genome.fa.s110.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold110
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1159294

Tables:   1   2   3   4   5   6   

This is table  2  of  6  ( 712 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133319--133454	61	2.3	59	85	5	175	24	27	12	36	1.91
133209--133442	93	2.6	91	79	7	224	22	29	11	36	1.90
133351--133506	58	2.7	58	82	4	174	24	26	12	36	1.91
133558--133685	31	4.0	32	78	8	118	32	26	17	23	1.97
138305--138330	13	2.0	13	100	0	52	46	7	7	38	1.61
139806--139865	21	2.9	21	80	14	79	20	26	0	53	1.46
141918--141961	20	2.2	20	88	4	63	38	18	13	29	1.89
141920--142060	52	2.5	56	86	11	182	38	15	15	30	1.89
143159--143209	22	2.3	22	83	6	59	78	7	9	3	1.07
144397--144459	30	2.1	30	87	3	90	23	25	12	38	1.90
144397--144486	31	2.8	32	83	6	103	23	25	14	36	1.93
144525--144577	27	1.9	28	88	3	81	16	20	15	47	1.83
144525--144588	27	2.4	28	81	7	78	18	18	12	50	1.78
144752--145326	28	19.2	28	70	13	256	22	28	12	36	1.91
144814--144966	60	2.5	60	84	0	198	21	26	11	40	1.87
144435--145179	33	23.8	33	72	11	446	22	26	12	39	1.89
145329--145410	31	2.6	31	84	3	121	29	32	20	17	1.95
145470--145629	52	3.1	51	78	8	146	25	21	14	39	1.91
145683--145816	52	2.6	52	86	0	178	26	23	17	32	1.97
146581--146634	20	2.7	20	80	8	56	40	9	20	29	1.83
146682--146755	20	3.7	20	78	7	78	33	13	12	40	1.82
146677--146754	40	2.0	40	92	0	129	35	12	12	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147332--147356	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
147342--147395	21	2.6	21	88	2	74	31	12	16	38	1.87
155420--155489	21	3.3	19	75	24	68	41	4	27	27	1.74
156249--156304	21	2.8	20	77	2	58	33	10	14	41	1.80
160673--160712	21	2.0	21	90	5	64	45	10	17	27	1.80
162921--163065	74	1.9	75	83	4	186	36	8	25	29	1.85
165656--165708	19	2.7	20	91	2	90	33	11	15	39	1.83
165751--165775	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
165784--165912	52	2.5	52	98	0	249	34	18	18	27	1.95
172798--172832	9	3.8	9	92	7	61	85	14	0	0	0.59
172799--172832	5	7.2	5	87	12	54	85	14	0	0	0.60
174051--174265	30	6.9	30	77	10	191	24	27	16	31	1.97
174052--174265	93	2.3	93	87	2	313	24	28	16	30	1.97
174056--174264	63	3.4	61	79	13	178	24	27	17	30	1.97
174241--174286	23	2.0	23	95	0	83	28	32	21	17	1.96
174267--174521	34	7.8	33	73	17	194	20	33	13	33	1.91
174333--174552	61	3.5	61	82	10	246	19	34	13	33	1.91
174267--174582	128	2.4	130	79	10	362	20	33	13	31	1.92
174337--174582	61	3.9	61	80	11	167	20	33	13	32	1.92
174549--174834	33	9.0	32	84	6	307	29	32	18	19	1.96
174563--174834	64	4.2	64	84	4	300	29	32	19	19	1.96
174548--174834	97	3.0	97	87	6	381	28	32	18	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174840--175553	49	15.1	47	78	12	682	25	25	17	31	1.97
174839--175553	92	7.6	92	88	3	1007	25	25	17	31	1.97
175396--175544	52	2.9	52	91	0	253	22	23	18	35	1.95
176401--176471	19	3.7	19	94	1	115	33	11	16	38	1.85
176514--176538	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
178730--178780	27	2.0	26	85	11	70	23	39	17	19	1.92
179687--179739	20	2.7	20	90	0	79	33	18	9	37	1.83
180492--180594	51	2.0	52	81	12	122	24	21	25	29	1.99
180414--180831	88	4.8	89	78	12	389	26	15	28	29	1.96
180434--180831	118	3.4	120	78	7	333	26	16	27	29	1.97
180402--180831	30	14.7	29	75	10	351	26	16	28	29	1.97
199521--199575	20	2.8	20	91	0	92	41	5	16	36	1.71
200114--200299	82	2.3	82	78	7	198	42	15	23	18	1.88
200114--200369	41	6.2	41	70	16	134	43	12	23	20	1.86
200930--201028	50	2.0	50	84	4	128	37	9	19	34	1.83
200952--201222	126	2.2	126	86	2	375	40	9	17	32	1.82
201526--201642	16	7.3	16	73	0	90	44	32	10	12	1.76
201528--201642	32	3.6	31	78	4	113	45	33	9	12	1.74
201516--201643	64	2.0	64	86	3	177	44	31	10	14	1.78
202632--202749	16	7.0	16	71	14	76	41	34	14	9	1.78
202661--202759	32	3.1	33	79	4	94	46	34	11	8	1.69
202772--202806	15	2.3	15	85	0	52	57	31	0	11	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203681--203745	33	2.0	33	90	0	103	32	15	15	36	1.89
203680--203746	20	3.7	20	68	25	58	34	14	14	35	1.88
203775--203811	19	1.9	19	94	0	65	43	16	13	27	1.85
204421--204511	44	2.1	44	91	0	146	36	17	3	42	1.66
205865--205912	20	2.4	20	89	0	69	20	27	35	16	1.94
210221--210250	14	2.1	14	100	0	60	46	6	0	46	1.29
212396--212460	33	2.0	33	87	0	94	33	16	13	35	1.89
217961--218012	20	2.5	21	81	3	61	44	9	15	30	1.78
219164--219239	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
219185--219257	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
219164--219257	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
221733--221770	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
223850--223880	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
227933--227958	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
227997--228072	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
228018--228090	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
227997--228090	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
229609--230311	353	2.0	353	88	0	1039	32	19	14	34	1.92
231014--231072	27	2.1	28	84	3	75	25	20	25	28	1.99
241296--241343	22	2.2	22	96	0	87	47	8	6	37	1.59
243783--243834	20	2.6	20	96	0	95	11	13	34	40	1.81
244677--244746	3	26.0	3	76	16	57	24	1	0	74	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
244685--244743	8	7.5	8	81	11	68	22	0	0	77	0.76
244677--244746	13	5.2	14	80	14	60	24	1	0	74	0.90
244687--244743	15	3.7	15	86	6	78	21	0	0	78	0.74
247249--247292	21	2.1	21	91	0	70	56	0	18	25	1.41
247307--247357	21	2.5	20	78	12	59	47	13	19	19	1.83
249075--249344	135	2.0	135	97	0	513	47	16	17	17	1.83
250570--250595	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
250552--250615	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
254663--254693	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
256899--256944	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
259330--259355	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
259312--259375	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
263082--263148	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
263627--263652	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
263713--263804	10	9.0	10	68	20	57	38	9	27	25	1.87
263731--263786	21	2.6	22	94	5	105	37	10	25	26	1.88
263881--263951	20	3.5	20	77	11	74	29	12	16	40	1.86
263991--264031	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
268777--268843	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
269322--269347	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
269408--269499	10	9.0	10	68	20	57	38	9	27	25	1.87
269426--269481	21	2.6	22	94	5	105	37	10	25	26	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
269576--269646	20	3.5	20	77	11	74	29	12	16	40	1.86
269686--269726	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
270830--270868	22	1.9	20	85	15	53	41	10	5	43	1.61
271098--271128	13	2.4	13	94	0	53	35	16	9	38	1.81
273532--273556	5	5.0	5	100	0	50	0	0	20	80	0.72
275250--275282	13	2.4	14	90	5	50	36	3	0	60	1.12
275360--275405	20	2.4	18	86	13	58	65	0	2	32	1.05
275353--275421	29	2.4	27	78	9	66	66	0	1	31	1.00
275360--275421	10	6.4	9	75	12	52	67	0	1	30	1.00
277659--277690	11	2.9	11	95	0	55	75	21	3	0	0.95

Tables:   1   2   3   4   5   6