genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold112
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1714866

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  2  of  11  ( 1240 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135662--135711	9	5.7	9	77	13	59	62	0	0	38	0.96
136848--136890	17	2.4	18	80	3	52	55	2	6	34	1.39
138520--138560	22	1.9	21	85	14	57	53	0	2	43	1.13
140541--140571	14	2.1	15	94	5	55	41	0	0	58	0.98
140566--140590	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
140620--140659	17	2.2	19	86	8	57	32	0	0	67	0.91
140611--140660	19	2.7	20	72	12	52	32	0	2	66	1.03
140661--140701	9	4.7	9	87	6	66	60	0	0	39	0.96
140654--140694	17	2.7	15	88	11	57	58	0	0	41	0.98
141663--141858	101	2.0	99	96	2	365	45	6	20	28	1.75
143545--143585	22	1.9	21	90	5	64	56	0	0	43	0.99
144461--144502	21	2.1	19	86	13	57	59	0	0	40	0.97
144925--144954	5	6.0	5	96	0	51	3	20	0	76	0.92
147933--148061	42	3.1	42	81	0	150	33	13	31	22	1.92
149192--149228	17	2.2	17	90	0	56	43	8	8	40	1.64
149192--149245	18	3.1	18	83	2	65	44	5	5	44	1.50
150020--150073	20	2.7	20	91	8	83	38	12	18	29	1.88
150116--150192	40	1.9	39	89	2	118	33	14	14	37	1.86
150119--150193	20	3.8	20	75	1	71	32	14	13	40	1.85
155356--155387	15	2.1	15	100	0	64	28	28	0	43	1.55
156976--157008	17	1.9	17	93	0	57	69	0	3	27	1.03
156965--157013	22	2.1	24	88	7	75	71	0	4	24	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157137--157209	23	3.0	24	72	11	67	49	0	1	49	1.09
157168--157224	11	5.1	11	74	18	55	42	0	3	54	1.17
160206--160298	45	2.0	47	81	4	109	63	2	1	33	1.13
161537--161610	30	2.6	29	89	8	109	40	9	6	43	1.64
161553--161614	30	2.1	30	100	0	124	38	14	6	40	1.72
162091--162142	18	2.9	18	77	13	54	36	1	0	61	1.07
162609--162696	32	2.8	32	78	0	86	23	1	13	61	1.39
162794--162831	13	2.9	13	88	0	58	36	18	13	31	1.89
164252--164300	19	2.4	19	80	13	53	44	4	20	30	1.70
167640--167682	10	4.3	10	77	11	52	41	0	0	58	0.98
167644--167681	20	2.0	20	89	5	60	39	0	0	60	0.97
167754--167787	17	2.0	17	100	0	68	41	0	0	58	0.98
167748--167796	17	2.6	20	75	24	61	46	0	0	53	1.00
168179--168257	32	2.3	34	82	8	90	34	0	2	63	1.08
168732--168770	20	2.0	20	89	0	60	33	0	0	66	0.92
169427--169455	12	2.5	12	94	5	51	51	0	0	48	1.00
171890--171946	18	3.1	18	82	14	71	47	0	0	52	1.00
171897--171946	18	2.6	20	84	12	77	48	0	0	52	1.00
171859--172005	46	3.2	46	75	19	144	39	0	0	60	0.97
171937--171988	12	4.5	11	83	9	52	30	0	0	69	0.89
171861--171999	24	6.2	24	67	22	88	38	0	0	61	0.96
172436--172497	21	2.8	22	78	11	65	50	1	1	46	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172635--172689	21	2.7	21	81	10	62	52	0	0	47	1.00
172645--172737	35	2.6	38	75	15	97	58	2	0	39	1.10
172800--172857	16	3.6	16	88	4	82	62	0	0	37	0.96
173147--173178	14	2.2	15	94	5	57	50	0	0	50	1.00
173161--173217	20	2.8	20	72	15	55	50	0	0	49	1.00
173154--173221	29	2.2	32	87	10	97	52	0	0	47	1.00
173154--173229	32	2.4	32	82	14	95	52	0	0	47	1.00
174174--174242	21	3.4	21	67	16	65	55	0	1	43	1.08
174202--174474	51	5.3	51	78	7	293	52	2	1	44	1.22
174214--174474	103	2.5	104	82	5	325	52	2	0	43	1.20
174787--174841	22	2.5	22	74	11	58	34	7	5	52	1.52
174838--174920	37	2.2	37	87	4	114	43	3	6	46	1.45
175361--175550	53	3.6	51	82	9	231	39	1	3	55	1.27
175361--175551	104	1.8	105	87	5	289	39	1	4	54	1.29
177162--177197	18	1.9	19	88	5	56	5	27	0	66	1.13
178941--178986	19	2.4	20	82	10	60	58	0	0	41	0.98
178913--178984	21	3.5	20	73	19	60	55	0	0	44	0.99
179774--179812	17	2.3	17	86	8	53	30	5	0	64	1.15
179976--180010	12	3.0	12	95	4	63	42	8	5	42	1.59
180132--180166	13	2.7	13	86	0	52	74	0	0	25	0.82
180368--180468	54	1.9	52	84	11	134	46	3	4	44	1.43
181553--181600	24	2.0	24	87	0	69	20	18	12	47	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186959--187010	18	3.1	18	72	13	56	61	0	0	38	0.96
186979--187019	18	2.3	18	86	0	55	63	0	0	36	0.95
188879--188916	20	1.9	20	84	10	51	47	5	0	47	1.24
192444--192498	28	2.0	28	96	0	101	18	9	21	50	1.74
192444--192522	28	2.9	28	85	7	92	21	6	22	49	1.72
192480--192548	24	2.8	24	82	4	75	21	5	26	46	1.74
197036--197101	24	2.6	25	80	4	71	22	4	25	46	1.70
198103--198183	18	4.4	18	73	17	53	54	1	0	44	1.08
198830--198866	19	1.9	19	89	10	58	29	0	5	64	1.15
198967--199069	23	4.5	23	77	13	104	56	3	0	38	1.24
198972--199059	12	7.6	12	72	12	67	54	3	1	40	1.24
198964--199062	22	4.4	21	74	16	74	55	3	1	40	1.22
199305--199347	11	3.8	12	78	9	54	58	4	9	27	1.49
199298--199355	23	2.5	23	94	5	100	62	3	6	27	1.37
210720--210750	15	2.1	15	93	0	53	35	32	12	19	1.90
210761--210826	24	2.6	25	80	4	71	22	4	25	46	1.70
211842--211893	19	2.7	19	81	3	59	57	0	0	42	0.98
212564--212600	19	1.9	19	89	10	58	29	0	5	64	1.15
212563--212614	15	3.2	15	73	19	50	30	0	3	65	1.10
212701--212804	23	4.5	23	75	16	90	55	3	0	40	1.18
212706--212793	12	7.6	12	72	12	67	54	3	0	42	1.17
212698--212796	22	4.4	21	74	16	74	55	3	0	41	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213195--213234	18	2.2	19	90	4	64	62	5	5	27	1.37
213512--213550	18	2.1	19	85	4	53	53	0	0	46	1.00
216391--216416	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
219302--219394	19	5.1	19	68	19	72	48	0	0	51	1.00
219293--219394	40	2.8	34	71	25	84	48	0	0	51	1.00
219360--219392	15	2.2	15	89	10	50	48	0	0	51	1.00
220302--220339	14	2.7	15	80	12	53	44	0	0	55	0.99
220626--220665	2	20.0	2	94	0	71	47	0	0	52	1.00
220876--220962	5	19.2	5	70	19	66	65	0	0	34	0.93
220887--220960	17	4.6	16	76	15	73	66	0	0	33	0.92
220874--220963	36	2.5	38	75	21	95	64	0	0	35	0.94
220887--220960	23	3.2	23	76	16	73	66	0	0	33	0.92
220874--220963	30	3.0	32	80	10	95	64	0	0	35	0.94
221101--221161	9	6.8	9	73	12	54	60	0	0	39	0.97
222100--222133	3	11.3	3	93	0	59	35	2	32	29	1.73
225073--225110	17	2.2	18	90	4	60	47	0	2	50	1.15
226771--226814	23	2.0	23	82	13	56	20	2	2	75	1.03
233189--233214	13	2.0	13	100	0	52	84	15	0	0	0.62
234236--235190	27	35.0	27	91	2	1507	22	34	14	28	1.94
234236--235190	191	5.0	190	93	1	1565	22	34	14	28	1.94
235173--235904	32	22.8	32	93	2	1229	31	33	18	16	1.94
235925--236055	45	2.8	47	80	7	133	21	26	21	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
237538--237581	23	2.0	23	82	13	56	20	2	2	75	1.03
240611--240670	26	2.3	25	82	5	66	43	1	5	50	1.34
240712--240766	15	3.5	16	78	14	53	50	0	0	49	1.00
240674--240748	40	1.9	40	83	5	100	54	2	1	41	1.23
242848--242952	40	2.6	39	83	7	131	40	15	4	39	1.68
247548--247581	15	2.3	15	94	0	59	20	2	23	52	1.60
247645--247769	53	2.3	54	79	4	137	24	13	22	39	1.90
248488--248523	17	2.1	17	89	0	54	13	13	25	47	1.80
248524--248564	16	2.6	16	84	0	55	26	12	17	43	1.84
249789--249860	28	2.5	29	82	11	85	47	1	1	50	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11