genome.fa.s122.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold122
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  766530

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8343--8369	10	2.7	10	100	0	54	77	22	0	0	0.76
12498--12621	52	2.4	51	94	1	212	28	17	18	35	1.94
12498--12641	52	2.8	51	88	5	202	29	17	18	34	1.94
12630--12654	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
12695--12761	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
12717--12741	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
13065--13222	35	4.5	35	98	0	307	19	31	5	43	1.75
13097--13197	21	5.5	21	62	29	68	19	31	5	42	1.75
13675--13778	42	2.5	41	81	10	122	44	11	27	16	1.82
13678--13894	120	1.8	117	79	12	246	44	13	24	17	1.85
13918--14284	61	6.2	60	83	10	375	28	20	25	25	1.99
13918--14284	122	3.1	116	83	7	438	28	20	25	25	1.99
14208--14381	94	1.8	95	91	1	287	27	21	27	24	1.99
14332--14553	55	3.9	55	84	10	302	25	21	26	26	2.00
14332--14555	117	2.0	109	87	6	322	25	21	26	26	1.99
14095--15391	266	4.7	269	86	8	1578	24	20	29	25	1.99
14361--14766	211	1.9	211	89	2	636	24	20	29	25	1.99
14477--14650	94	1.8	96	92	4	300	24	20	29	24	1.99
14569--15420	55	15.0	55	86	7	1102	23	20	29	26	1.99
14906--14995	26	3.3	26	69	14	83	22	17	32	27	1.97
14569--15420	227	3.7	229	89	4	1241	23	20	29	26	1.99
15259--15342	26	3.1	26	65	15	71	22	22	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15269--15359	28	3.2	29	65	14	82	21	19	30	27	1.98
21484--21717	79	2.9	77	80	6	245	32	13	26	27	1.94
21731--21912	51	3.5	50	81	10	215	31	9	26	31	1.89
21770--21950	51	3.5	51	82	2	175	34	12	25	28	1.92
21961--22067	51	2.1	52	86	8	148	34	13	26	26	1.93
21831--22289	130	3.5	129	86	4	604	33	13	24	28	1.93
22091--22210	51	2.4	51	92	0	204	32	14	24	29	1.94
22143--22317	79	2.2	79	93	2	298	31	15	25	28	1.96
23685--23756	35	2.1	35	97	0	135	19	34	5	40	1.75
23691--23812	56	2.2	56	96	0	226	19	31	5	43	1.74
23747--23872	35	3.6	35	98	0	243	19	30	5	43	1.74
23726--23847	21	6.5	21	69	24	110	19	31	5	43	1.74
25538--25592	20	2.8	19	83	8	74	38	10	16	34	1.84
26445--26516	20	3.6	20	84	0	108	36	13	18	31	1.90
26445--26537	40	2.3	40	94	5	161	38	12	18	30	1.88
26576--26601	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
30662--30692	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
32763--32801	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
34638--34733	48	2.0	48	100	0	192	37	8	29	25	1.85
35287--35358	20	3.6	20	84	0	108	36	13	18	31	1.90
35287--35379	40	2.3	40	94	5	161	38	12	18	30	1.88
35418--35443	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39442--39497	20	2.8	20	83	0	76	42	8	12	35	1.74
39927--39956	13	2.3	13	94	0	51	36	16	13	33	1.88
43256--43372	51	2.3	52	86	7	168	29	27	14	29	1.95
43294--43420	51	2.5	51	89	2	184	29	26	13	30	1.94
47465--47496	16	2.0	17	88	11	50	50	12	21	15	1.77
49711--49749	21	2.0	20	90	10	62	33	23	0	43	1.54
52000--52026	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
55820--55873	20	2.7	20	88	11	76	33	12	16	37	1.87
66209--66234	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
66468--66540	20	3.6	20	83	5	76	38	13	17	30	1.89
66568--66624	22	2.6	22	91	0	96	33	14	15	36	1.88
69046--69294	80	3.2	78	81	6	279	30	30	9	29	1.89
76535--76581	21	2.3	21	76	23	55	42	4	19	34	1.70
76702--76740	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
76726--76804	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
78819--78849	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
80653--80697	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
82896--82921	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
86044--86172	52	2.5	52	96	0	240	28	17	18	35	1.93
86044--86192	52	2.9	51	90	4	228	30	16	18	34	1.94
86267--86291	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
86246--86311	32	2.0	33	91	2	107	37	16	10	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86543--86660	52	2.3	52	97	2	220	29	17	16	35	1.93
86543--86681	52	2.7	52	92	4	192	30	17	17	34	1.93
86974--87017	6	7.5	6	87	2	63	81	0	18	0	0.68
87380--87428	20	2.4	22	76	13	59	65	2	24	8	1.31
90404--90589	66	2.9	63	78	11	180	15	16	18	50	1.79
90438--90589	66	2.3	66	85	2	189	15	15	19	50	1.79
91085--91667	131	4.4	129	74	8	383	16	21	15	45	1.85
91085--91720	66	9.7	66	76	5	363	16	22	15	45	1.85
91914--92132	66	3.3	65	79	3	217	12	25	19	42	1.86
91721--92792	132	8.1	131	75	7	577	15	23	16	44	1.85
91920--92803	198	4.5	198	74	7	537	14	23	17	44	1.86
91943--92792	66	12.9	66	73	9	398	14	23	17	44	1.86
93165--93269	41	2.6	41	75	6	122	21	22	13	41	1.88
100277--100314	21	1.9	19	85	15	51	26	2	10	60	1.43
101231--101910	154	4.4	154	79	6	591	28	14	18	38	1.90
111688--111734	22	2.1	22	100	0	94	46	4	19	29	1.68
111688--111744	22	2.6	22	91	2	80	45	5	17	31	1.71
111952--112157	102	2.0	102	88	1	306	33	5	22	38	1.78
114190--114220	13	2.4	13	94	0	53	32	16	12	38	1.86
120477--120556	33	2.4	33	95	0	142	35	15	12	37	1.85
120501--120556	13	4.8	13	69	24	52	35	16	12	35	1.86
123003--123029	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124685--124792	44	2.5	44	95	0	198	41	12	11	35	1.78
126062--126091	7	4.3	7	95	0	51	43	3	0	53	1.17
129732--129769	20	1.9	20	94	0	67	0	15	5	78	0.91
130125--130469	166	2.1	166	80	8	382	50	6	9	33	1.62
130303--130620	157	2.0	156	81	5	374	50	9	10	29	1.66
133621--133671	20	2.5	21	93	3	86	39	11	19	29	1.87
133711--133748	20	1.9	20	100	0	76	31	18	10	39	1.85
133710--133848	52	2.7	52	88	1	217	30	18	10	41	1.84
133762--133799	20	1.9	20	94	0	67	28	18	7	44	1.78
135473--135519	21	2.3	21	92	3	78	42	14	8	34	1.77
135579--135630	20	2.6	20	84	0	68	34	11	15	38	1.83
137279--137630	97	3.5	97	78	10	311	26	21	13	39	1.90
159418--159447	14	2.2	14	94	5	53	33	23	13	30	1.93
163101--163228	52	2.5	52	93	3	215	31	17	17	33	1.93
163237--163261	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
163302--163368	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
163324--163348	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
164877--164915	3	13.0	3	88	0	60	61	0	0	38	0.96
171715--171766	19	2.6	21	87	6	72	38	11	15	34	1.83
171820--171846	13	2.1	13	100	0	54	29	22	18	29	1.97
174224--174601	79	4.8	79	92	0	596	26	26	15	30	1.96
174539--174658	51	2.4	51	87	2	179	29	27	13	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174498--174731	130	1.8	130	88	3	364	27	26	14	32	1.94
175075--175099	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
175163--175187	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
175196--175325	52	2.5	52	91	3	201	33	19	16	31	1.94
191745--191835	29	3.2	29	64	14	73	27	30	18	23	1.98
191774--191861	26	3.3	26	65	14	70	27	29	19	23	1.98
191714--192246	55	9.4	54	83	8	593	27	27	20	24	1.99
194193--194572	79	4.8	79	92	0	598	27	26	15	31	1.95
194508--194626	51	2.3	51	92	0	202	30	29	11	28	1.92
194429--194704	130	2.1	131	84	6	357	28	26	13	31	1.94

Tables:   1   2   3   4   5