genome.fa.s147.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold147
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  880509

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
740693--740742	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
741131--741179	21	2.4	21	75	3	55	57	2	0	40	1.10
741073--741433	125	2.9	126	93	2	611	45	4	3	45	1.41
741241--741305	34	1.9	34	87	0	94	58	1	0	40	1.07
741366--741431	34	1.9	35	84	3	89	57	1	0	40	1.08
741611--741661	19	2.8	19	76	5	61	60	0	0	39	0.97
741611--741669	17	3.4	17	75	11	66	59	0	0	40	0.97
742637--742668	16	2.1	15	94	5	55	0	9	0	90	0.45
742635--742666	10	3.1	10	95	4	55	0	12	0	87	0.54
742635--742667	11	3.1	11	86	8	50	0	12	0	87	0.53
743850--743883	15	2.2	16	89	5	52	50	2	0	47	1.16
745305--745417	11	9.6	11	71	23	54	64	4	3	27	1.29
745305--745432	24	5.4	24	72	11	111	64	3	3	28	1.29
745602--745693	29	3.2	29	80	0	112	30	11	13	44	1.79
746382--746420	6	6.5	6	93	0	51	23	17	38	20	1.93
751140--751198	27	2.2	25	77	16	64	45	1	3	49	1.28
751267--751306	21	1.9	21	85	10	55	47	0	5	47	1.24
751806--751933	47	2.8	45	76	13	125	51	0	0	46	1.11
754860--754907	20	2.4	20	78	0	60	58	0	0	41	0.98
755892--755923	16	2.1	15	94	5	55	0	9	0	90	0.45
755890--755921	10	3.1	10	95	4	55	0	12	0	87	0.54
755890--755922	11	3.1	11	86	8	50	0	12	0	87	0.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
763248--763306	27	2.2	26	79	8	64	45	3	5	45	1.42
765878--765977	24	4.2	24	71	20	75	50	0	3	47	1.16
766465--766538	26	2.8	25	76	20	80	55	5	0	39	1.23
767290--767339	22	2.2	24	82	7	59	50	0	6	44	1.26
767677--767731	25	2.2	25	87	3	76	56	0	1	41	1.10
767897--767957	30	2.0	30	81	12	72	39	0	3	57	1.15
769474--769524	18	2.7	19	75	9	59	60	3	0	35	1.15
774266--774301	18	2.1	18	89	5	56	33	0	0	66	0.92
774276--774361	15	5.2	15	74	12	55	36	1	3	59	1.22
774566--774648	29	2.9	29	80	7	91	38	1	1	59	1.13
774585--774634	23	2.1	25	85	14	70	42	2	0	56	1.11
774538--774642	29	3.8	28	75	15	85	40	2	0	56	1.14
774766--774790	10	2.5	10	100	0	50	0	44	8	48	1.32
775753--775787	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
781497--781527	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
786281--786345	23	3.0	23	80	6	64	41	0	0	58	0.98
786318--786382	34	1.9	34	84	12	89	46	1	0	52	1.10
786862--786904	19	2.2	20	80	12	54	60	0	0	39	0.97
788681--788722	20	2.0	21	86	9	59	61	2	0	35	1.09
788673--788732	20	3.1	18	75	17	57	56	1	0	41	1.09
789131--789206	37	2.1	37	82	5	91	63	1	3	31	1.21
789134--789260	18	7.3	18	65	20	56	60	0	3	34	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
791866--791919	18	3.1	18	78	13	67	53	0	0	46	1.00
791894--791977	33	2.5	34	85	12	113	53	0	0	46	1.00
791912--792008	32	3.2	28	77	20	81	56	0	0	43	0.99
794090--794119	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
795798--795824	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
796923--796962	20	2.0	21	90	5	64	55	0	0	45	0.99
797445--797482	3	12.3	3	94	5	67	36	0	0	63	0.95
798018--798108	41	2.3	40	83	10	116	43	0	0	56	0.99
798990--799066	17	4.5	17	75	18	63	46	0	0	53	1.00
798986--799053	32	2.1	33	88	2	102	47	0	0	52	1.00
798986--799034	14	3.2	14	76	20	53	51	0	0	48	1.00
800011--800083	31	2.4	33	82	11	84	38	1	1	58	1.15
800011--800096	31	2.8	32	79	15	83	37	1	2	59	1.18
800742--800775	2	17.0	2	93	0	59	47	2	0	50	1.16
800787--800966	99	1.9	97	81	6	222	40	7	1	50	1.41
801760--801805	22	2.1	21	88	4	65	47	0	4	47	1.21
806409--806475	25	2.7	25	75	9	66	31	0	4	64	1.14
809995--810044	17	2.9	18	83	13	54	40	0	2	58	1.10
810473--810539	19	3.7	18	80	13	84	70	1	0	28	0.96
810477--810561	18	4.8	17	83	11	91	64	1	1	32	1.08
810498--810632	16	8.1	16	74	14	62	60	0	0	37	1.07
810599--810642	19	2.4	19	85	7	56	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
810599--810637	18	2.2	17	86	9	51	58	0	0	41	0.98
813474--813554	39	2.1	38	84	6	101	49	0	0	50	1.00
813894--813934	20	2.0	20	90	4	64	46	0	0	53	1.00
814412--814452	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
814607--814634	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
819790--819837	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
820928--820966	19	2.1	19	90	4	62	23	0	10	66	1.22
824997--825039	3	14.0	3	95	4	77	34	0	0	65	0.93
825460--825547	16	5.4	16	76	11	72	56	4	3	35	1.36
825613--825762	16	9.0	16	71	13	61	48	2	3	46	1.30
825646--825714	22	3.2	21	77	6	75	46	1	2	49	1.25
825671--825762	16	5.7	17	80	11	88	52	0	1	46	1.07
825671--825771	32	3.2	31	78	12	109	51	0	0	47	1.07
825600--825771	69	2.6	67	78	10	156	47	1	3	47	1.29
826035--826086	22	2.4	21	75	15	52	44	0	5	50	1.26
826092--826134	17	2.5	18	77	11	54	37	0	0	62	0.95
826269--826345	7	10.9	7	72	16	61	53	0	0	46	1.00
826275--826344	15	4.9	14	89	3	86	54	0	0	45	0.99
826270--826326	29	1.9	29	89	3	87	56	0	0	43	0.99
826270--826326	15	3.9	15	90	4	89	56	0	0	43	0.99
826227--826345	51	2.4	51	83	7	145	52	2	0	45	1.14
828454--828491	19	2.0	20	84	5	51	21	13	21	44	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
832495--832548	28	2.0	27	83	16	69	51	0	0	48	1.00
834545--834627	38	2.2	38	77	14	91	46	8	0	44	1.33
835968--836027	29	2.1	29	81	6	70	50	5	0	45	1.23
836487--836516	15	1.9	16	93	6	53	50	0	3	46	1.18
844086--844185	16	6.1	17	69	20	52	58	0	0	42	0.98
844092--844185	20	4.6	21	69	20	56	58	0	0	41	0.98
844109--844189	27	3.0	28	80	8	87	58	0	0	41	0.98
844130--844187	22	2.7	21	78	5	62	62	0	0	37	0.96
848836--848871	2	18.0	2	88	0	54	44	0	5	50	1.25
849054--849093	21	2.0	19	85	9	53	55	0	0	45	0.99
852132--852206	23	3.2	23	73	17	64	57	0	0	42	0.98
852154--852211	31	1.9	31	82	6	75	56	0	0	43	0.99
852393--852417	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53
853103--853145	17	2.5	17	88	0	59	60	0	0	39	0.97
853124--853188	22	3.0	22	67	13	55	44	0	0	55	0.99
853957--854059	35	3.0	34	72	9	84	48	0	0	51	1.00
854172--854219	19	2.7	18	78	18	55	56	0	0	43	0.99
857595--857648	27	2.0	27	92	0	90	37	1	1	59	1.19
858050--858092	22	2.0	22	86	9	61	39	0	0	60	0.97
858338--858399	3	19.7	3	75	21	56	64	0	1	33	1.03
858336--858418	20	4.1	20	81	17	91	66	1	1	31	1.07
858341--858464	14	7.9	16	71	17	59	62	0	2	33	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
858338--858399	10	5.7	11	77	22	69	64	0	1	33	1.03
861944--862055	55	2.1	54	91	1	179	20	16	16	47	1.83
862217--862255	10	3.7	10	83	10	51	66	0	0	33	0.92
862233--862280	17	2.6	18	83	9	53	52	0	6	41	1.27
862198--862266	21	3.2	21	70	13	50	59	0	1	39	1.06
864425--864457	17	1.9	17	93	0	57	60	3	0	36	1.12
864828--864861	16	2.1	16	100	0	68	50	17	0	32	1.47
869403--869432	12	2.6	11	90	10	51	40	0	3	56	1.16
869455--869503	23	2.2	22	85	3	62	57	2	0	40	1.10
870443--870479	14	2.6	14	91	8	58	54	0	5	40	1.24

Tables:   1   2   3   4   5