genome.fa.s149.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold149
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  533615

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5221--5295	28	2.8	26	80	17	82	22	29	21	26	1.99
5082--5344	107	2.5	106	78	6	305	28	25	12	33	1.92
5334--5551	79	2.8	79	85	1	285	28	23	13	34	1.92
9450--9834	52	7.4	51	71	9	256	29	27	11	31	1.91
9554--9605	28	2.0	26	81	11	61	25	30	15	28	1.96
9450--9946	263	1.9	262	92	0	832	28	27	12	31	1.93
9849--10081	79	2.9	79	80	4	272	26	27	14	32	1.94
11258--11335	40	2.0	39	84	2	102	42	11	11	34	1.77
11261--11335	20	3.8	20	76	0	69	42	10	12	34	1.77
11911--12556	28	22.6	28	85	4	794	23	16	30	29	1.96
11911--12555	57	11.3	57	85	4	818	23	16	30	29	1.96
11911--12555	85	7.5	85	87	2	812	23	16	30	29	1.96
13769--13818	12	4.2	12	77	15	50	2	4	14	80	0.95
19689--19724	17	2.1	17	89	0	54	83	0	16	0	0.65
26130--26182	23	2.3	23	86	3	70	71	11	11	5	1.29
26451--26475	9	2.8	9	100	0	50	84	16	0	0	0.63
27537--27864	27	12.0	27	89	2	478	23	34	13	28	1.93
27537--27864	136	2.4	136	92	1	550	23	34	13	28	1.93
27847--28256	32	12.8	32	93	0	651	30	34	18	16	1.93
29456--29506	14	3.4	15	78	15	52	76	0	21	1	0.88
29453--29508	17	3.3	17	74	0	58	78	0	19	1	0.84
34667--34691	11	2.3	11	100	0	50	36	28	0	36	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35543--35600	27	2.1	27	87	0	80	27	39	1	31	1.67
36803--36861	27	2.2	27	90	0	91	44	16	1	37	1.59
36823--36979	79	2.0	79	91	2	253	37	14	3	45	1.60
37605--37639	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
39018--39086	30	2.3	30	87	5	104	24	36	28	10	1.88
39129--39208	15	5.3	15	64	21	51	27	33	25	13	1.93
39128--39223	30	3.2	30	83	2	131	28	33	27	11	1.91
39174--39471	45	6.6	45	75	3	269	20	36	32	10	1.86
39219--39358	30	4.7	30	90	0	217	19	35	34	10	1.86
39128--39472	135	2.6	135	88	0	503	21	36	31	11	1.88
39279--39435	75	2.1	75	87	0	224	19	35	35	9	1.85
39174--39462	30	9.6	30	82	3	183	20	35	33	9	1.86
39167--39462	105	2.8	105	82	2	362	20	36	33	10	1.86
39355--39486	30	4.4	30	87	0	165	21	39	29	9	1.85
39816--39844	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
40109--40165	21	2.8	20	84	10	73	66	3	3	26	1.24
40738--40786	16	2.7	20	76	20	54	59	0	0	40	0.98
44594--44633	21	2.0	20	90	5	62	37	2	0	60	1.11
46726--46799	20	3.7	19	85	7	94	29	16	12	41	1.84
49092--49205	51	2.2	51	81	6	124	29	23	13	33	1.93
49196--49268	28	2.6	28	84	4	94	26	31	17	24	1.97
49163--49423	107	2.4	106	80	3	290	29	24	12	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49410--49630	79	2.8	79	82	1	255	29	21	14	34	1.93
52896--52985	19	5.1	18	71	22	75	35	12	15	36	1.85
52942--52966	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
52921--52993	32	2.3	32	97	0	137	34	12	17	35	1.88
53016--53090	20	3.7	20	90	1	114	25	16	12	46	1.81
55419--55813	51	7.6	51	72	8	278	29	27	11	30	1.91
55427--55925	262	1.9	261	94	0	872	28	28	12	30	1.93
55830--56060	79	2.9	78	80	5	248	25	27	14	32	1.94
57240--57314	20	3.8	20	74	0	78	42	10	12	34	1.77
57891--58563	57	11.8	58	86	3	877	23	16	30	30	1.96
57891--58561	85	7.8	85	86	4	800	23	16	30	30	1.96
59777--59833	24	2.3	25	84	3	71	1	3	14	80	0.92
59790--59828	10	3.8	10	90	10	53	0	2	15	82	0.79
59801--59834	14	2.4	14	86	13	52	0	0	11	88	0.52
67804--67845	18	2.3	18	100	0	84	14	26	9	50	1.73
73849--73923	20	3.8	19	78	7	87	41	12	13	33	1.81
73846--73923	40	2.0	39	89	2	120	41	12	12	33	1.82
80207--80354	60	2.5	60	88	2	217	27	32	18	22	1.97
80412--80997	61	9.8	62	79	11	572	24	25	19	29	1.99
80409--80949	62	9.0	61	79	12	523	24	25	19	29	1.99
80412--80997	123	4.9	120	86	7	672	24	25	19	29	1.99
80730--81007	55	4.9	55	80	10	301	26	26	21	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80952--81202	100	2.6	100	84	5	309	23	27	20	28	1.99
81025--81412	156	2.5	154	86	5	545	24	28	20	26	1.99
81146--81275	61	2.1	62	82	4	156	21	28	20	30	1.98
81277--81521	55	4.5	55	88	1	341	27	27	20	23	1.99
81560--82031	62	7.9	61	78	7	443	26	26	20	26	1.99
81897--82181	155	1.8	155	89	1	446	25	26	21	27	1.99
82264--82493	39	5.4	39	69	20	149	26	25	21	27	1.99
82264--82747	101	5.2	89	85	8	494	23	26	20	29	1.99
82457--82747	52	5.8	49	84	4	321	22	26	19	31	1.98
83549--83611	19	3.6	19	64	24	57	33	14	17	34	1.90
83547--83619	32	2.3	32	90	0	119	34	13	17	34	1.90
83643--83708	33	2.0	33	87	0	96	31	13	12	42	1.81
86915--87081	45	3.8	45	78	8	164	20	27	11	40	1.87
86967--87088	42	2.8	43	81	7	149	21	23	12	42	1.86
86973--87088	44	2.7	42	80	7	135	22	24	12	41	1.87
86924--87088	86	1.9	87	83	3	217	21	26	11	41	1.87
90153--90258	51	2.1	51	82	7	126	29	26	10	33	1.89
90249--90320	28	2.6	29	82	8	87	25	27	19	27	1.99
90353--90429	28	2.8	27	84	4	91	20	27	23	28	1.99
90198--90472	107	2.6	106	81	4	340	26	23	16	33	1.96
90412--90529	51	2.3	51	85	5	159	32	26	10	31	1.89
90463--90683	79	2.8	80	85	4	306	30	23	12	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93113--93194	28	2.8	28	81	9	76	26	1	3	68	1.14
97481--97532	20	2.6	20	96	0	95	32	15	9	42	1.79
97521--97545	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
99948--100121	79	2.2	78	84	5	217	23	26	17	32	1.97
99975--100247	129	2.1	127	83	7	329	26	24	15	34	1.94
100054--100172	50	2.4	51	81	4	125	26	21	15	36	1.93
99884--100291	206	2.0	207	82	3	509	25	23	15	35	1.94
100104--100480	79	4.8	78	75	9	293	27	24	15	33	1.95
99884--100415	285	1.9	285	83	5	639	25	23	14	35	1.93
113961--114149	61	3.1	61	84	2	263	25	27	17	29	1.98
114158--114469	55	5.3	55	74	14	216	27	26	18	27	1.98
113841--114340	210	2.4	212	83	4	616	26	28	18	27	1.98
114233--114524	61	4.8	61	86	3	338	26	25	17	30	1.97
114564--114890	41	7.7	42	72	12	222	20	25	11	42	1.86
114551--114784	85	2.7	85	80	4	276	20	26	12	40	1.88
115532--115590	20	3.0	20	97	0	109	30	15	8	45	1.75
119989--120046	27	2.1	27	87	0	80	27	39	1	31	1.67
120834--120859	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
120816--120880	32	2.0	32	87	6	94	43	15	13	27	1.85
123081--123130	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
124928--124958	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
127039--127076	13	2.9	13	88	0	58	36	18	13	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128683--128725	23	2.0	21	81	9	50	13	9	16	60	1.58
129637--129662	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
129619--129683	32	2.0	32	87	6	94	43	15	13	27	1.85
131213--131270	27	2.1	27	93	0	98	43	18	1	36	1.61
131233--131388	79	2.0	78	89	3	242	37	14	3	45	1.61
133410--133731	30	10.6	30	77	12	119	23	34	28	12	1.92
133522--133764	30	8.1	30	89	1	335	20	34	31	12	1.90
133569--133902	30	11.1	30	87	2	206	19	35	34	10	1.86
133629--133902	45	6.1	45	73	1	235	19	36	35	9	1.83
133659--133875	105	2.1	105	88	0	326	18	35	35	9	1.83

Tables:   1   2   3