genome.fa.s151.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold151
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  367700

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128896--129034	13	9.9	13	71	23	56	78	16	0	4	0.95
129243--129289	24	2.0	24	87	8	69	27	70	0	2	0.99
129324--129364	18	2.2	18	86	8	55	24	75	0	0	0.80
129385--129551	1	167.0	1	83	0	208	4	91	0	2	0.52
129339--129549	42	4.7	43	80	11	203	7	87	0	4	0.68
129357--129551	26	7.3	28	80	15	132	6	88	0	4	0.64
129376--129551	66	2.7	63	86	11	237	5	90	0	3	0.55
135126--135172	23	2.0	24	87	4	69	55	4	0	40	1.19
135162--135212	21	2.4	21	83	6	68	50	0	0	49	1.00
135440--135484	21	2.0	23	87	8	67	42	4	2	51	1.34
136050--136097	18	2.7	18	80	6	53	72	2	0	25	0.95
137567--137604	18	2.1	18	95	0	67	28	2	0	68	1.03
138211--138241	3	10.7	3	93	6	55	29	0	0	70	0.87
139035--139086	23	2.2	24	83	10	63	46	1	1	50	1.23
140066--140112	24	2.0	23	88	8	69	12	8	29	48	1.71
143625--143716	25	3.7	25	71	11	73	52	0	0	47	1.00
144658--144855	105	1.9	104	82	10	253	49	3	3	43	1.35
144658--144855	104	1.9	103	82	10	251	49	3	3	43	1.35
145804--145836	14	2.4	14	90	5	50	39	0	0	60	0.97
145810--145838	14	2.1	14	100	0	58	34	0	0	65	0.93
145812--145853	22	1.9	22	90	9	68	35	0	0	64	0.94
147245--147282	19	2.0	19	94	0	67	55	13	10	21	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152626--152669	20	2.5	17	77	22	54	68	0	0	31	0.90
152900--152966	35	1.9	35	82	11	84	50	0	0	49	1.00
153850--153905	23	2.5	22	76	18	62	64	1	1	32	1.14
154033--154119	3	28.7	3	85	6	113	63	1	1	34	1.10
155170--155213	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
155386--155425	15	2.5	17	84	16	66	47	0	7	45	1.31
156001--156039	20	2.0	20	85	10	53	48	0	0	51	1.00
156674--156712	14	2.7	15	84	11	55	69	0	12	17	1.19
156682--156723	18	2.5	17	81	11	50	71	2	9	16	1.23
157364--157396	17	1.9	17	93	0	57	45	3	0	51	1.16
157770--157803	18	1.9	17	88	5	50	44	0	2	52	1.16
158504--158546	19	2.3	19	88	4	61	55	2	0	41	1.12
161004--161044	2	20.0	2	90	5	64	46	2	0	51	1.14
161071--161110	20	2.0	20	90	4	64	67	5	0	27	1.11
163574--163610	19	2.0	18	94	5	65	51	0	0	48	1.00
163599--163640	12	3.7	11	78	15	50	61	0	0	38	0.96
163774--163817	11	3.8	12	79	8	56	36	0	0	63	0.95
165399--165738	9	38.7	9	66	23	113	28	1	4	65	1.22
165381--165443	25	2.6	25	82	12	78	26	1	3	68	1.14
165434--165512	26	3.2	24	84	15	99	29	0	2	68	1.03
165439--165512	34	2.1	34	83	11	89	29	0	2	67	1.04
165428--165513	35	2.4	36	75	14	88	30	0	2	67	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165448--165548	53	2.0	50	90	5	157	28	0	5	65	1.16
165517--165565	10	5.2	10	75	20	52	28	0	8	63	1.23
165614--165738	10	13.6	9	69	15	60	24	1	4	68	1.18
165650--165748	7	13.4	7	73	15	58	20	1	4	74	1.03
166078--166112	10	3.4	10	88	7	52	34	0	0	65	0.93
166110--166189	32	2.8	28	71	22	83	42	1	0	56	1.07
166105--166171	16	4.1	17	74	24	56	43	1	0	55	1.09
166183--166237	19	2.9	18	78	15	58	27	5	0	67	1.12
166094--166231	60	2.3	60	76	8	140	37	2	0	59	1.12
166552--166660	9	11.9	9	73	18	64	60	0	1	37	1.07
167322--167451	35	3.8	33	76	14	104	56	1	0	42	1.09
167346--167481	35	4.0	34	73	16	97	58	0	0	41	1.03
167335--167441	42	2.8	38	73	16	103	57	0	0	42	0.99
167422--167460	20	2.0	20	84	0	51	53	0	0	46	1.00
167445--167484	17	2.2	19	86	8	57	65	0	2	32	1.06
167661--167716	29	1.9	29	85	7	78	55	0	0	44	0.99
168218--168269	17	2.9	18	78	10	54	67	0	1	30	1.02
168494--168538	5	9.4	5	77	18	51	55	2	0	42	1.12
168494--168538	18	2.3	20	81	11	58	55	2	0	42	1.12
168495--168538	9	4.7	9	85	5	52	54	2	0	43	1.12
168933--168970	20	1.9	20	89	10	60	68	0	0	31	0.90
168945--169046	25	4.1	24	78	14	100	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168933--169043	24	4.8	23	72	22	74	63	0	0	36	0.95
168962--169001	15	2.5	17	88	8	57	55	0	0	45	0.99
168937--169051	43	2.8	42	79	11	116	63	0	0	36	0.95
169006--169051	19	2.4	19	86	13	60	69	0	0	30	0.89
171740--171836	51	1.9	51	97	0	185	26	13	17	42	1.86
176793--176826	6	5.8	6	86	6	52	50	0	2	47	1.16
176793--176826	17	1.9	18	88	5	52	50	0	2	47	1.16
176793--176829	11	3.3	11	88	3	56	51	0	2	45	1.15
177477--177542	27	2.5	27	72	18	68	54	3	0	42	1.15
177676--177718	19	2.3	19	91	0	68	32	2	2	62	1.20
178136--178166	12	2.5	13	89	10	55	32	0	0	67	0.91
178968--179051	3	28.7	3	71	13	50	61	1	1	35	1.11
178987--179059	25	3.0	25	75	20	82	63	2	0	34	1.09
179013--179058	21	2.1	21	88	4	65	63	0	0	36	0.95
178973--179058	22	4.0	21	73	11	68	61	1	0	37	1.04
178988--179111	51	2.5	49	85	5	153	59	8	0	30	1.33
179167--179256	46	2.0	46	90	0	144	44	11	11	33	1.75
187734--187795	18	3.5	17	72	16	54	33	3	1	61	1.22
196113--196165	19	2.7	20	80	8	56	39	1	5	52	1.36
196167--196250	23	3.7	22	71	13	71	53	0	2	44	1.13
197829--197898	19	3.8	18	73	19	63	50	0	0	50	1.00
198783--198940	11	15.0	11	73	16	97	37	0	0	61	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198795--198926	5	27.2	5	70	19	68	37	0	0	61	1.02
199735--199791	16	3.4	17	70	7	53	47	0	0	52	1.00
199864--199893	10	2.9	10	95	5	51	40	0	0	60	0.97
200338--200392	27	2.0	27	85	7	74	58	0	1	40	1.09
200383--200462	24	3.4	24	78	11	85	61	0	0	38	0.96
200343--200473	14	8.8	15	69	18	62	61	0	1	37	1.06
200349--200458	8	12.9	8	70	26	59	60	0	0	40	0.97
200638--200696	18	3.4	18	76	9	68	64	0	0	35	0.94
200650--200734	17	4.9	17	70	11	50	57	1	0	41	1.06
200668--200721	23	2.2	22	84	15	63	57	0	0	42	0.98
200641--200743	34	3.0	33	78	9	100	57	0	0	40	1.12
200738--200767	10	2.9	10	95	5	51	70	0	0	30	0.88
200704--200776	37	2.0	37	82	10	89	61	1	2	34	1.19
200963--201018	23	2.3	24	85	14	71	57	0	0	42	0.99
200342--201182	297	2.9	293	89	3	1245	44	9	6	39	1.62
200988--201056	19	3.6	19	76	20	81	57	0	0	42	0.98
200997--201051	18	3.1	17	80	14	74	58	0	0	41	0.98
200946--201056	37	3.1	36	78	11	122	58	0	0	41	0.98
200930--201065	19	7.4	18	68	15	66	58	0	1	39	1.07
201238--201289	3	17.3	3	80	7	61	61	1	1	34	1.18
201288--201325	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
201640--201664	10	2.5	10	100	0	50	16	0	0	84	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
202203--202241	12	3.3	12	82	7	53	28	0	0	71	0.86
203769--203812	18	2.4	19	84	3	54	59	0	0	40	0.98
203921--203945	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
203936--203990	25	2.2	26	83	6	69	60	0	0	40	0.97
212136--212167	11	2.9	11	95	0	55	25	18	21	34	1.96
216777--216818	21	2.0	21	95	0	75	47	11	9	30	1.72
216837--216867	16	1.9	16	93	0	53	48	3	0	48	1.17
219188--219221	17	2.0	17	100	0	68	5	52	23	17	1.66
219451--219496	13	3.5	13	82	5	56	45	0	2	52	1.13
219562--219598	18	2.0	18	89	5	56	24	0	2	72	0.97

Tables:   1   2   3   4