genome.fa.s151.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold151
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  367700

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219713--219863	77	2.0	74	83	8	189	33	4	5	55	1.45
221801--221832	6	5.3	6	96	0	55	28	15	34	21	1.94
224016--224081	16	4.2	16	75	13	57	62	1	0	36	1.05
224035--224080	20	2.3	20	85	10	67	69	0	0	30	0.89
224073--224128	28	2.0	28	82	10	69	51	1	0	46	1.11
224339--224405	18	3.8	18	76	5	66	46	2	2	47	1.33
224369--224442	18	4.0	17	75	17	58	50	4	2	43	1.35
224438--224535	39	2.5	39	83	4	101	48	1	3	46	1.24
224479--224514	17	2.1	17	90	10	56	50	0	0	50	1.00
224469--224653	21	8.4	23	69	23	105	47	2	1	49	1.20
224468--224626	49	3.4	45	80	11	135	46	1	0	50	1.16
224567--224626	28	2.1	28	82	11	70	45	3	0	51	1.17
224583--224641	19	3.1	17	79	18	55	47	3	1	47	1.29
225196--225324	68	1.9	68	95	0	231	34	1	5	58	1.31
225427--225466	19	2.2	19	86	13	57	62	0	0	37	0.95
225504--225528	13	1.9	13	100	0	50	64	0	4	32	1.12
226387--226424	18	2.2	18	85	4	51	42	0	0	57	0.98
226421--226464	23	1.9	23	85	0	61	56	2	2	38	1.24
226434--226539	30	3.6	29	73	16	85	58	0	0	39	1.11
226478--226542	29	2.3	28	82	12	71	53	1	1	43	1.19
226628--226673	21	2.2	21	100	0	92	39	4	0	56	1.19
226748--226789	15	2.7	16	81	7	59	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
227017--227058	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
228280--228318	11	3.9	11	78	21	50	35	0	7	56	1.28
229316--229425	52	2.1	52	89	0	166	30	18	5	46	1.71
230212--230347	68	2.0	68	88	0	200	28	13	27	30	1.94
231369--231401	6	5.3	6	96	3	57	81	3	15	0	0.80
231709--231756	21	2.1	21	85	11	60	45	0	0	54	0.99
232916--232979	20	3.2	20	76	12	60	57	1	4	35	1.29
235473--235498	13	2.0	13	100	0	52	38	23	7	30	1.83
236728--236767	21	2.0	19	85	9	53	55	0	0	45	0.99
236892--236953	31	2.1	28	85	8	79	38	1	1	58	1.18
237667--237752	31	2.7	31	74	5	82	52	1	2	44	1.21
237791--237820	9	3.3	9	100	0	60	43	0	0	56	0.99
237898--237957	5	12.6	5	84	10	81	55	1	1	41	1.20
237870--237936	27	2.5	26	81	13	75	49	5	4	40	1.48
237890--237943	27	2.0	27	92	0	90	51	3	3	40	1.37
238227--238260	17	1.9	18	88	5	52	38	0	8	52	1.33
242099--242154	24	2.2	26	87	6	80	33	28	14	23	1.94
244758--244803	21	2.1	22	84	4	58	30	19	30	19	1.97
246667--246724	24	2.3	26	91	5	93	32	25	15	25	1.95
252195--252259	31	2.1	30	82	2	76	24	6	29	40	1.79
253548--253609	23	2.8	22	76	9	63	61	3	0	35	1.12
254139--254211	22	3.3	22	71	9	58	26	4	4	65	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
255967--255998	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
256268--256294	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
256713--256765	2	26.5	2	100	0	106	49	0	0	50	1.00
259700--259749	24	2.1	24	85	7	66	46	2	0	52	1.12
261532--261696	77	2.2	77	92	3	280	41	4	6	47	1.49
261651--261698	21	2.2	22	82	10	55	45	8	4	41	1.53
264061--264133	27	2.5	29	78	20	73	56	0	0	43	0.99
266587--266626	17	2.4	17	86	0	53	40	0	2	57	1.12
269076--269122	20	2.4	20	82	10	62	51	0	0	48	1.00
270764--270824	31	2.0	31	93	0	104	60	6	1	31	1.32
271745--271962	72	3.0	72	90	1	339	35	18	11	33	1.87
272754--272779	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
273328--273356	15	2.0	15	93	6	51	31	0	6	62	1.22
273712--273780	32	2.2	32	86	5	95	50	2	1	44	1.25
273712--273760	9	5.9	9	76	13	52	53	2	2	42	1.24
274244--274354	44	2.7	43	80	15	119	44	0	0	54	1.06
279384--279424	15	2.7	16	85	11	59	51	7	0	41	1.30
279965--280039	27	2.7	27	81	6	80	34	2	0	62	1.09
280535--280626	31	2.9	30	79	9	105	46	3	7	42	1.48
280535--280626	32	2.9	31	80	6	114	46	3	7	42	1.48
281000--281038	5	7.8	5	83	11	53	35	0	0	64	0.94
280999--281041	19	2.2	20	91	8	70	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
282591--282627	19	1.9	19	88	0	56	35	21	10	32	1.88
286688--286771	34	2.5	35	92	5	145	25	8	26	40	1.83
287682--287736	16	3.4	16	76	16	60	58	0	23	18	1.39
287681--287728	16	2.9	16	82	11	62	60	0	22	16	1.36
288756--288822	25	2.7	24	73	17	64	49	7	2	40	1.46
289078--289144	16	4.2	16	81	7	73	56	13	1	28	1.46
289089--289178	32	2.8	32	80	8	94	56	13	3	26	1.52
289120--289182	16	3.9	16	78	12	58	55	14	4	25	1.58
290031--290074	21	2.0	22	83	12	56	59	0	0	40	0.98
293645--293678	16	2.1	17	94	5	61	70	0	0	29	0.87
293662--293712	26	2.1	26	82	17	65	60	0	3	35	1.15
293719--293772	20	2.8	20	80	11	58	61	0	0	38	0.96
293769--293802	15	2.3	15	89	0	50	47	2	8	41	1.50
294320--294371	15	3.4	15	82	17	63	50	0	0	50	1.00
294314--294401	18	4.9	18	74	18	60	44	0	1	54	1.07
295561--295599	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
296167--296211	24	2.0	22	83	12	56	51	8	2	37	1.46
297084--297114	16	1.9	16	93	0	53	41	12	12	32	1.81
297727--297825	32	3.0	34	81	12	118	55	0	0	44	0.99
297747--297803	14	3.9	14	72	18	53	56	0	0	43	0.99
297710--297826	16	6.9	17	68	19	66	55	0	0	44	0.99
298075--298130	15	3.4	15	77	20	58	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
298550--298574	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
298631--298705	27	2.8	27	79	4	89	30	4	16	49	1.63
301658--301709	21	2.5	21	96	0	95	42	11	23	23	1.86
303650--303683	13	2.6	13	90	0	59	8	38	5	47	1.59
304602--304632	6	5.2	6	100	0	62	48	0	0	51	1.00
305921--305966	20	2.3	20	84	0	56	10	45	6	36	1.65
310463--310508	20	2.3	20	84	0	56	10	45	6	36	1.65
310856--310905	20	2.5	20	78	12	57	42	0	0	58	0.98
310907--310944	18	2.1	19	90	5	60	63	0	0	36	0.95
310947--311000	18	2.9	18	78	8	56	61	1	0	37	1.07
314233--314278	24	1.9	24	90	0	74	43	23	6	26	1.78
314261--314330	28	2.6	26	78	10	77	50	21	4	24	1.67
314284--314338	28	2.0	28	96	0	101	49	21	9	20	1.76
318669--318738	28	2.5	28	84	6	81	51	18	4	25	1.64
319182--319222	16	2.5	17	88	4	57	65	0	0	34	0.93
319182--319230	9	5.6	8	81	13	53	63	0	0	36	0.95
319182--319230	17	2.8	17	76	14	55	63	0	0	36	0.95
319203--319281	32	2.4	33	81	12	90	54	0	0	45	0.99
319653--319702	26	2.0	25	88	4	73	52	0	0	48	1.00
319984--320143	5	33.8	5	68	18	78	40	0	0	58	1.02
319980--320032	23	2.3	23	78	12	63	35	0	0	64	0.94
320057--320114	14	4.2	14	76	8	57	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
320052--320114	33	2.0	33	90	6	103	49	0	0	50	1.00
319986--320192	21	10.0	21	67	20	64	41	0	0	57	1.09
320433--320501	27	2.6	27	75	9	70	44	0	0	55	0.99
320434--320489	20	2.8	20	83	5	60	42	0	0	57	0.99
320479--320520	15	2.7	16	77	7	50	38	0	0	61	0.96
320450--320525	23	3.1	24	81	11	84	39	0	0	60	0.97
322983--323044	28	2.2	29	80	8	74	64	3	1	30	1.19
322974--323041	20	3.2	21	80	12	77	66	4	1	27	1.20
323448--323475	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
325664--325728	33	1.9	35	90	6	107	41	3	1	53	1.25

Tables:   1   2   3   4