genome.fa.s159.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold159
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  552906

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208--238	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
646--686	20	2.1	19	86	4	55	48	0	7	43	1.30
1440--1537	23	4.2	24	68	18	71	53	2	0	44	1.12
1347--1575	115	2.0	112	92	4	379	53	2	0	42	1.20
1509--1588	41	1.9	42	85	14	112	52	1	1	45	1.16
1522--1631	55	2.0	56	82	10	138	53	0	0	44	1.13
1562--1599	18	2.1	18	85	14	51	57	0	0	42	0.98
1565--1662	34	2.9	32	75	17	101	57	0	0	42	0.99
2339--2413	20	3.8	20	81	0	96	34	13	10	41	1.79
5714--5750	11	3.4	11	84	0	56	37	0	0	62	0.96
8815--8846	16	2.0	16	100	0	64	31	37	12	18	1.88
9647--9672	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
10379--10422	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
12227--12265	13	3.0	13	96	0	69	38	12	15	33	1.85
14343--14373	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
16176--16220	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
18430--18455	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
19499--20047	88	6.1	91	80	7	550	32	17	7	42	1.77
19499--20047	182	3.0	180	80	6	578	32	17	7	42	1.77
19499--20047	89	6.1	91	80	8	561	32	17	7	42	1.77
19520--20022	273	1.8	272	83	7	664	33	16	7	42	1.77
27221--27259	21	1.9	21	94	5	71	30	23	0	46	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29663--29725	19	3.3	19	84	6	83	38	14	12	34	1.84
29748--29819	20	4.0	20	74	23	86	29	11	18	41	1.84
29767--29849	13	7.3	13	68	29	73	31	12	18	38	1.87
29748--29849	33	3.1	33	95	2	179	30	11	18	39	1.87
29815--29991	72	2.5	72	98	0	336	35	13	14	36	1.85
30830--30860	15	2.0	16	93	6	55	64	0	3	32	1.09
30660--30992	124	2.7	122	85	9	444	52	1	2	43	1.23
30970--31022	19	2.8	18	75	13	54	32	0	0	67	0.91
31308--31361	26	2.2	25	83	9	67	31	1	1	64	1.14
31311--31684	111	3.2	116	86	7	444	42	2	1	53	1.22
31504--31665	38	4.3	38	67	22	124	41	0	1	56	1.12
31511--31670	41	4.1	40	65	23	117	42	0	1	55	1.12
31542--31602	22	2.7	21	78	14	61	39	0	1	59	1.08
31416--31684	114	2.3	114	89	4	405	42	1	1	54	1.22
31858--31911	22	2.5	22	78	6	56	38	3	1	55	1.28
32150--32201	14	3.6	15	80	12	56	51	5	0	42	1.25
32143--32209	28	2.3	29	78	12	84	49	4	0	46	1.22
35265--35313	13	3.6	14	72	22	50	59	14	8	18	1.59
40292--40432	50	2.8	50	76	7	151	29	18	19	32	1.96
40264--40519	103	2.5	99	76	7	244	25	17	21	34	1.96
40292--40712	103	4.1	101	73	7	289	25	18	21	34	1.96
40287--40738	206	2.2	206	79	6	472	26	17	21	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40767--40890	47	2.6	48	84	8	146	21	20	25	33	1.97
40810--41170	103	3.5	102	76	2	310	22	20	21	34	1.97
40292--41200	52	17.8	50	70	9	260	24	18	22	34	1.96
42217--42263	16	2.9	16	83	0	58	36	17	27	19	1.93
43810--43853	22	2.0	21	91	4	70	2	6	6	84	0.86
44281--44330	20	2.5	20	96	0	91	30	10	14	46	1.77
44318--44347	13	2.3	13	100	0	60	30	16	13	40	1.87
44334--44385	20	2.7	19	82	5	68	32	13	13	40	1.83
46762--46829	28	2.4	28	77	0	82	26	30	16	26	1.96
46801--47377	79	7.3	78	81	5	572	28	23	13	34	1.92
46798--47312	237	2.2	236	83	6	657	28	23	13	34	1.92
46802--47378	158	3.7	158	85	3	698	28	23	13	34	1.92
50869--51105	20	10.8	20	68	20	102	29	15	13	41	1.85
50889--51156	40	5.7	49	71	21	198	27	16	13	43	1.84
50861--51156	91	3.3	90	88	4	427	27	15	13	43	1.84
50941--51107	20	8.9	20	70	17	108	28	16	13	41	1.86
57783--57858	27	2.8	27	97	0	143	22	19	36	21	1.95
59960--60084	52	2.4	52	95	0	223	28	17	18	36	1.94
59960--60104	52	2.8	51	89	4	211	29	17	18	34	1.94
60181--60205	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
61078--61521	49	9.1	49	82	6	488	33	16	24	25	1.96
61190--61274	43	2.0	43	88	0	125	29	20	24	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61148--61521	147	2.6	147	90	2	580	32	17	24	25	1.97
61529--61734	34	6.8	27	72	21	90	28	14	35	21	1.92
61557--61930	34	11.7	33	80	11	295	31	13	33	21	1.93
61513--61868	96	3.7	96	80	11	383	31	12	33	21	1.92
61583--61868	62	4.5	63	85	6	321	31	12	33	21	1.91
61525--61930	159	2.6	158	81	10	402	31	13	33	21	1.93
61810--61990	62	2.9	61	86	4	220	28	16	29	25	1.97
61783--61993	93	2.3	94	84	5	259	28	16	29	25	1.96
61815--61990	31	5.7	31	86	7	198	27	17	29	26	1.97
62095--62132	8	4.6	8	90	6	58	26	2	23	47	1.65
63185--63219	15	2.3	15	90	5	52	5	17	8	68	1.35
63194--63250	19	3.0	19	82	10	55	5	7	14	73	1.21
63199--63243	21	2.1	21	84	8	56	4	6	15	73	1.21
70090--70214	52	2.4	52	95	0	223	28	17	18	36	1.94
70090--70234	52	2.8	51	89	4	211	29	17	18	34	1.94
70311--70335	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
72215--72309	20	4.8	20	88	7	131	29	14	11	44	1.81
74576--74742	51	3.3	51	78	4	167	29	25	13	31	1.94
74868--75038	51	3.3	50	76	8	175	29	25	12	31	1.93
75017--75199	80	2.3	79	84	2	233	24	24	17	33	1.96
80975--81012	16	2.4	16	82	4	51	86	5	7	0	0.69
81963--82152	100	2.0	94	84	8	247	24	28	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82075--82899	55	14.4	55	79	10	813	25	27	21	25	1.99
82079--82902	226	3.6	226	84	5	995	25	27	21	25	1.99
82883--82972	42	2.1	42	81	4	101	16	25	16	41	1.89
83827--83868	21	2.0	21	90	0	66	42	9	19	28	1.82
83855--83880	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
86245--86372	52	2.5	52	84	2	168	30	28	12	28	1.93
86383--86606	51	4.4	51	82	7	249	30	26	11	31	1.91
86422--86604	52	3.5	51	82	9	219	31	26	9	32	1.89
86383--86605	102	2.2	103	85	4	290	30	26	10	31	1.90
86247--86685	234	1.9	234	90	1	702	29	27	11	30	1.92
93787--93819	13	2.5	13	86	13	50	87	6	3	3	0.71
94892--95195	55	5.5	55	87	3	428	28	26	20	24	1.99
94892--95195	112	2.7	112	92	1	502	28	26	20	24	1.99
95212--95469	61	4.3	61	84	8	327	27	26	19	26	1.99
95453--95643	42	4.5	42	78	6	195	21	24	13	39	1.90
96395--96517	20	6.8	20	67	25	78	32	16	10	40	1.82
96448--96477	13	2.3	13	94	0	51	40	16	3	40	1.65
96395--96497	33	3.1	33	87	0	161	32	16	10	40	1.83
98826--98989	51	3.2	51	76	3	159	29	25	12	31	1.93
98976--99073	28	3.5	28	72	10	94	23	24	19	32	1.97
99198--99385	79	2.4	78	78	7	202	27	26	14	32	1.95
107250--107312	8	8.0	8	81	10	76	84	12	1	1	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108532--108717	28	6.3	28	79	10	167	30	31	16	21	1.95
108552--108717	62	2.8	58	79	8	174	29	31	17	21	1.96
108768--108902	49	2.8	49	89	0	216	19	28	20	31	1.97
109449--109696	20	11.3	20	66	21	97	29	16	12	41	1.85
109477--109746	51	5.7	50	71	18	211	28	16	11	43	1.83
109530--109693	40	3.8	40	75	18	168	29	15	12	42	1.84
109449--109745	91	3.3	91	92	1	470	28	16	12	42	1.84
110721--110788	19	3.9	19	74	21	76	36	11	13	38	1.81
110725--110785	32	1.9	32	96	0	113	37	13	13	36	1.83
110828--110853	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88

Tables:   1   2   3   4