genome.fa.s159.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold159
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  552906

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110808--110874	33	2.0	33	88	0	98	26	14	14	43	1.85
113018--113359	52	6.5	53	69	16	201	29	26	12	32	1.92
113135--113203	27	2.5	27	88	6	95	24	30	21	23	1.99
113023--113358	104	3.2	103	71	13	297	30	25	12	31	1.93
113348--113416	28	2.5	28	90	0	102	23	30	18	27	1.98
113021--113426	212	1.9	212	88	3	611	28	26	13	31	1.94
125978--126015	10	3.6	11	82	10	53	86	5	7	0	0.69
125976--126046	23	3.0	23	76	14	56	81	4	12	1	0.90
127006--127686	55	12.1	55	84	7	841	27	27	20	25	1.99
127061--127146	27	3.1	27	62	15	68	27	30	18	23	1.98
127010--127681	341	2.0	335	91	2	1094	27	27	20	24	1.99
127006--127686	171	4.0	171	91	2	1101	27	27	20	25	1.99
128514--128581	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
128535--128559	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
128516--128578	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
128621--128646	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
128601--128667	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
131000--131341	52	6.5	53	69	19	207	30	26	11	32	1.91
131116--131185	27	2.6	27	86	6	88	25	34	18	21	1.96
131325--131401	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
131003--131397	212	1.9	212	88	3	607	29	27	12	31	1.93
131063--131480	107	3.9	107	74	9	296	27	27	14	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131355--131557	79	2.6	79	82	3	230	24	30	16	29	1.96
132539--133178	52	12.7	52	86	4	839	25	26	17	30	1.97
132537--133178	101	6.4	101	89	3	891	25	26	17	30	1.97
132539--133178	150	4.2	153	88	3	818	25	26	17	30	1.97
134068--134117	19	2.6	19	96	0	91	34	12	18	36	1.87
134359--134396	20	2.0	20	89	5	60	36	39	13	10	1.79
136852--136884	16	2.1	16	88	11	50	54	9	12	24	1.66
139997--140108	51	2.2	51	87	3	154	33	13	23	30	1.93
139903--140139	130	1.8	130	86	6	345	32	14	25	27	1.95
140044--140315	109	2.5	107	83	2	355	31	15	25	26	1.96
140200--140276	28	2.8	28	91	0	118	23	20	32	23	1.98
142622--142676	20	2.8	20	91	0	92	41	12	14	30	1.83
142714--142739	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
147259--147383	52	2.4	52	95	0	223	28	17	18	36	1.94
147259--147403	52	2.8	51	89	4	211	29	17	18	34	1.94
147392--147416	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
147457--147523	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
147479--147503	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
148300--148426	67	1.9	67	82	8	159	39	11	23	25	1.89
148439--149048	49	12.7	49	83	8	765	30	17	26	25	1.97
149041--149220	33	5.5	32	86	8	249	19	16	35	28	1.94
149048--149220	67	2.6	66	91	5	278	20	16	35	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149222--149712	34	14.6	34	83	9	496	33	12	34	20	1.89
149485--149689	35	5.9	34	81	9	236	34	11	33	20	1.89
149693--149749	30	1.9	30	96	0	105	31	19	24	24	1.98
156212--156285	20	3.7	20	75	13	80	40	12	13	33	1.82
156229--156367	71	2.0	71	89	2	217	42	12	14	30	1.83
156302--156356	20	2.8	20	80	0	65	40	16	10	32	1.83
157087--157201	45	2.4	49	84	5	139	32	18	26	22	1.97
157275--157702	28	14.9	28	83	6	455	22	16	30	30	1.96
157321--157702	116	3.4	112	86	5	473	22	15	31	30	1.95
158955--159032	8	9.9	8	75	9	63	2	2	11	83	0.85
168935--169007	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
168953--169028	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
168935--169028	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
169067--169092	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
173155--173185	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
175199--175277	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
175264--175302	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
177112--177314	61	3.4	61	64	11	168	36	5	28	29	1.81
177113--177351	118	2.0	118	100	0	478	36	5	26	30	1.80
177880--177952	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
177898--177973	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
177880--177973	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178012--178037	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
186838--186889	9	5.6	9	82	8	68	84	15	0	0	0.62
186835--186889	18	2.9	19	92	7	94	85	14	0	0	0.60
186835--186890	20	2.9	19	94	5	96	85	14	0	0	0.59
186837--186899	19	3.3	19	87	10	85	84	12	3	0	0.75
186888--186921	14	2.4	14	85	0	50	79	0	20	0	0.73
187864--188467	59	10.1	59	87	3	744	26	27	18	27	1.98
188476--188572	42	2.2	44	85	7	128	21	21	17	39	1.93
189290--189332	23	1.9	22	85	4	59	2	6	9	81	0.95
189290--189338	23	2.1	23	81	7	55	4	8	8	79	1.04
189748--189809	13	5.2	13	74	21	64	33	16	9	40	1.81
189731--189809	33	2.4	33	100	0	158	32	15	10	41	1.80
189710--189797	20	4.8	20	77	18	109	31	15	9	43	1.79
192223--192296	28	2.6	29	87	4	107	28	32	14	24	1.95
192255--192901	157	4.1	159	78	8	624	29	23	12	34	1.91
192255--192901	79	8.2	78	78	7	585	29	23	12	34	1.91
192255--192901	236	2.7	232	79	9	680	29	23	12	34	1.91
194058--194120	19	3.7	18	76	24	73	33	12	17	36	1.88
194077--194101	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
194058--194126	32	2.2	32	97	0	129	33	11	17	37	1.86
197804--197830	13	2.1	13	100	0	54	37	14	7	40	1.74
202351--202401	10	5.2	9	76	23	50	82	5	11	0	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
202352--202401	19	2.6	18	81	15	55	82	6	12	0	0.85
203486--204185	61	11.5	61	86	2	913	25	26	19	28	1.99
203486--204185	184	3.8	183	87	2	960	25	26	19	28	1.99
206870--206978	51	2.1	51	84	3	139	30	27	11	31	1.91
206910--207217	79	3.9	79	79	5	309	27	25	13	32	1.94
207043--207099	28	1.9	28	86	10	78	29	26	10	33	1.90
206913--207209	158	1.9	158	81	6	361	28	25	12	33	1.93
213925--214167	122	2.0	122	100	0	486	44	13	12	29	1.81
216908--216944	19	1.9	19	88	0	56	27	8	8	56	1.56
218233--218258	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
218211--218278	33	2.1	32	91	2	109	30	14	19	35	1.92
218936--218980	22	2.0	22	95	0	81	33	31	0	35	1.58
220313--220357	20	2.1	22	88	8	67	4	28	48	17	1.66
226961--227012	20	2.7	20	90	3	79	26	13	21	38	1.90
227094--227118	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
227660--227684	12	2.1	12	100	0	50	24	8	8	60	1.52
228824--228856	15	2.3	15	89	5	50	30	3	9	57	1.45
228851--228885	17	2.1	17	89	5	54	31	5	5	57	1.46
229045--229324	109	2.5	110	82	11	329	53	2	1	42	1.23
229264--229336	22	3.2	22	76	14	67	60	4	1	34	1.24
229140--229349	109	1.9	108	82	7	264	51	3	2	42	1.31
229640--229997	120	2.9	121	82	9	408	42	3	2	51	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230998--231209	68	3.1	70	93	4	367	40	10	19	30	1.85
231133--231414	96	3.0	94	79	6	288	42	8	16	32	1.78
236558--236917	120	2.9	121	85	7	444	52	1	1	43	1.22
237190--237265	23	3.2	24	73	15	70	28	3	6	60	1.40
237240--237508	109	2.5	108	79	14	263	43	2	2	51	1.27
237535--237571	19	2.1	19	85	10	51	43	5	0	51	1.24
240329--240376	23	2.1	22	85	11	62	50	6	29	14	1.67
240519--240553	18	1.9	18	88	0	52	57	5	5	31	1.46
241179--241240	33	1.9	33	87	6	92	38	16	6	38	1.74
247302--247343	2	21.0	2	95	0	75	47	0	0	52	1.00

Tables:   1   2   3   4