genome.fa.s173.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold173
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2040036

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189965--190112	77	1.9	78	81	4	183	27	12	19	41	1.87
190929--190976	22	2.2	22	85	7	62	64	10	4	20	1.41
191363--191516	80	2.0	77	83	8	195	37	8	24	29	1.85
191442--191544	53	2.0	53	88	1	154	42	8	22	26	1.82
191288--191643	133	2.7	132	80	6	364	34	10	26	27	1.89
194000--194052	20	2.6	21	90	6	90	37	16	3	41	1.67
196730--196831	51	2.0	51	86	3	143	48	16	13	21	1.81
197952--198008	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
198064--198131	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
198085--198109	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
198066--198128	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
198171--198196	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
198151--198217	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
205653--205823	51	3.3	51	78	4	189	29	26	11	32	1.92
205806--205887	28	2.9	28	82	7	96	24	31	17	26	1.97
211040--211212	51	3.4	51	83	3	204	28	3	15	52	1.59
211969--212009	21	1.9	22	90	5	66	43	17	12	26	1.84
211969--212014	21	2.2	20	85	11	58	41	17	13	28	1.86
212154--212186	10	3.3	10	95	0	57	54	21	3	21	1.58
214405--214689	106	2.7	103	79	11	294	33	22	5	37	1.79
214594--214648	27	2.1	27	83	10	69	43	25	3	27	1.71
216375--216636	77	3.4	76	76	8	242	28	12	18	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221049--221080	16	2.0	16	100	0	64	37	12	18	31	1.88
226972--227025	27	2.0	27	100	0	108	55	3	37	3	1.35
246619--246666	23	2.1	23	92	0	78	54	16	10	18	1.70
252479--252512	13	2.5	14	90	4	52	58	0	0	41	0.98
253231--253282	20	2.6	21	84	9	72	53	0	1	44	1.11
253235--253282	19	2.4	20	82	10	62	56	0	2	41	1.11
257801--257906	53	2.0	53	100	0	212	24	20	28	26	1.99
261506--261553	20	2.4	20	100	0	96	43	10	10	35	1.73
261522--261659	52	2.7	52	87	0	195	40	10	15	33	1.82
266428--266500	32	2.3	32	87	0	110	13	35	28	21	1.92
269408--269435	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
271405--271442	16	2.5	15	87	8	51	55	0	0	44	0.99
271586--271627	18	2.3	18	80	8	50	52	2	0	45	1.13
272641--272671	15	2.0	16	93	6	55	48	0	0	51	1.00
273020--273157	7	19.9	7	66	24	62	44	0	0	55	0.99
273023--273168	5	30.2	5	70	16	103	43	0	0	56	0.99
273027--273092	17	3.6	19	71	22	61	46	0	0	53	1.00
273009--273123	37	3.2	36	79	13	112	45	0	0	54	0.99
273044--273188	71	2.1	70	82	10	178	41	0	0	58	0.98
273105--273212	44	2.4	44	84	7	128	39	0	0	58	1.11
274078--274137	11	5.4	11	77	15	52	36	1	1	60	1.17
274278--274350	26	2.7	27	72	14	71	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
274368--274403	15	2.4	15	90	0	54	44	0	2	52	1.15
274637--274662	7	3.7	7	100	0	52	26	0	0	73	0.84
275152--275203	17	2.9	17	78	15	59	44	0	0	55	0.99
275167--275256	27	3.3	27	70	21	73	46	0	0	53	1.00
275152--275210	20	2.7	22	74	15	59	44	0	0	55	0.99
275238--275317	11	7.3	11	70	16	58	38	0	1	60	1.05
275251--275319	21	3.5	20	72	20	58	34	0	1	63	1.03
275238--275317	32	2.4	34	76	14	85	38	0	1	60	1.05
275282--275332	16	3.0	16	76	20	50	31	0	0	68	0.90
275271--275323	26	2.0	26	88	3	79	33	0	0	66	0.92
275261--275339	26	3.5	22	76	15	72	34	0	0	65	0.93
275655--275697	9	5.0	9	88	2	54	13	2	0	83	0.74
275659--275702	11	4.1	10	80	13	52	11	2	0	86	0.66
275657--275702	18	2.8	17	80	12	60	13	2	0	84	0.71
275662--275710	14	3.4	15	76	23	52	12	4	2	81	0.91
275659--275713	27	2.0	27	82	6	67	12	3	1	81	0.89
275855--275903	23	2.1	23	84	0	62	38	0	2	59	1.09
276437--276524	18	5.2	16	74	15	72	37	9	12	40	1.75
277720--277796	20	3.8	20	80	0	91	29	11	12	45	1.78
278703--278741	20	1.9	21	89	5	62	23	10	10	56	1.63
283447--283484	18	2.1	18	90	0	58	50	10	5	34	1.59
282595--284389	902	2.0	899	80	5	1999	28	15	22	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
292210--292629	221	1.9	221	97	0	795	35	14	18	31	1.91
297661--297712	6	8.5	6	89	6	70	80	0	15	3	0.85
298110--298269	87	1.8	86	86	1	230	31	8	12	47	1.72
298643--298700	21	2.8	20	76	16	57	27	0	6	65	1.18
299678--299756	39	2.0	39	95	0	140	30	8	11	49	1.69
301621--301666	24	1.9	24	81	0	56	23	13	4	58	1.52
319593--319677	32	2.6	33	75	17	88	43	0	2	54	1.13
320456--320498	11	4.1	11	79	11	54	67	0	0	32	0.91
322785--322815	11	2.8	11	95	0	53	38	0	0	61	0.96
322826--322850	12	2.1	12	100	0	50	68	0	0	32	0.90
322871--322931	21	3.0	21	77	13	56	54	1	0	44	1.10
323970--324011	14	2.9	14	82	13	50	54	11	2	30	1.49
325977--326044	20	3.8	20	74	25	87	27	11	20	39	1.88
325998--326056	13	5.0	13	69	23	58	28	13	18	38	1.89
325978--326074	33	3.0	33	95	1	169	26	13	20	39	1.90
327258--327292	16	2.2	16	89	0	52	28	2	0	68	1.04
328472--328498	13	2.1	13	100	0	54	51	0	7	40	1.30
328482--328521	17	2.4	17	91	4	64	50	0	2	47	1.14
328940--328981	11	3.8	11	81	12	59	33	0	0	66	0.92
332964--333019	20	2.8	20	86	7	78	39	14	14	32	1.86
332933--333102	72	2.4	71	84	3	225	41	11	16	30	1.84
333037--333091	20	2.8	20	82	0	65	40	10	10	38	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
333928--334481	28	19.5	28	83	4	617	23	16	29	30	1.96
333928--334481	230	2.4	223	82	5	651	23	16	29	30	1.96
335735--335847	8	13.8	8	78	14	115	1	0	12	85	0.67
335735--335848	1	114.0	1	74	0	84	1	0	12	85	0.66
335735--335846	26	4.2	27	83	8	133	1	0	12	85	0.67
335735--335850	18	6.5	17	84	7	142	1	0	12	85	0.68
346034--346162	52	2.5	52	94	0	222	30	17	17	35	1.92
346034--346182	52	2.9	51	88	4	210	31	16	17	34	1.93
346171--346195	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
346236--346302	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
346258--346282	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
354266--354313	21	2.2	22	81	7	53	41	4	2	52	1.32
355701--355765	28	2.3	28	84	12	80	64	4	3	27	1.28
356191--356227	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
356347--356391	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
357924--358187	135	2.0	135	88	1	395	25	7	18	47	1.76
358462--358833	80	4.7	80	76	6	252	34	13	19	32	1.91
362506--362639	52	2.6	52	89	1	198	42	14	14	29	1.84
362692--362734	20	2.2	20	82	0	50	34	16	6	41	1.75
366002--366130	52	2.5	52	98	0	249	28	17	17	35	1.93
366139--366163	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
366206--366232	13	2.1	13	100	0	54	37	14	14	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
369906--370068	83	1.9	84	82	2	202	41	12	15	30	1.84
372458--372531	20	3.6	20	77	13	69	32	17	10	39	1.84
378865--378923	17	3.0	21	75	22	65	54	0	0	45	0.99
378867--378906	20	1.9	22	90	10	66	52	0	0	47	1.00
379061--379101	22	1.9	22	85	5	57	58	4	0	36	1.20
379202--379267	25	2.6	25	78	9	62	45	1	3	50	1.26
379690--379740	16	3.2	16	85	0	57	47	13	9	29	1.75
379719--379796	16	4.9	16	80	0	84	41	17	16	24	1.90
380877--380910	15	2.3	15	90	5	52	58	8	0	32	1.29
383832--383916	42	2.0	41	84	6	109	37	7	0	55	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16