genome.fa.s173.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold173
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2040036

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
704058--704636	27	21.1	27	82	5	637	25	30	14	29	1.95
704058--704636	55	10.6	55	83	4	688	25	30	14	29	1.95
704058--704647	82	7.2	82	87	4	753	26	30	14	28	1.95
704058--705085	55	18.3	56	81	6	663	27	30	16	25	1.96
704058--705428	28	48.1	28	80	7	935	27	30	16	25	1.97
704527--705421	175	5.1	175	87	4	1109	28	31	18	22	1.97
705848--705921	20	3.7	20	79	0	94	33	13	12	40	1.82
706782--706859	22	3.5	22	96	3	147	17	10	8	62	1.52
710099--710138	21	2.0	21	85	5	55	15	7	7	70	1.33
719851--719887	13	2.8	13	91	0	65	89	10	0	0	0.49
719852--719894	1	43.0	1	80	0	50	90	6	2	0	0.52
721126--722343	28	42.6	28	83	5	1312	26	31	19	22	1.98
721126--722343	143	8.5	141	85	5	1314	26	31	19	22	1.98
721126--722356	227	5.4	224	84	5	1386	26	31	19	22	1.98
722953--723026	20	3.7	20	79	0	94	33	13	12	40	1.82
723887--723942	23	2.5	23	97	2	105	17	10	8	62	1.52
723887--723949	23	2.9	21	86	9	56	20	11	9	58	1.60
726570--726644	20	3.8	20	74	0	78	33	13	12	41	1.81
728903--728954	12	3.7	15	82	17	51	76	0	21	1	0.87
728923--728957	12	2.7	13	91	8	54	85	0	14	0	0.59
729338--729368	2	15.5	2	93	0	53	45	0	3	51	1.17
735708--735747	11	3.7	11	86	3	55	87	12	0	0	0.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
735708--735746	17	2.3	17	86	0	60	89	10	0	0	0.48
736768--737255	82	5.9	81	90	2	726	23	33	14	28	1.94
736768--737255	55	8.9	54	90	2	726	23	33	14	28	1.94
736768--737255	27	17.8	27	89	3	726	23	33	14	28	1.94
737240--737584	32	10.8	32	90	0	505	31	32	18	17	1.94
738396--738443	22	2.3	21	82	7	53	54	8	25	12	1.65
738821--738870	14	3.4	15	78	18	52	76	0	22	2	0.89
738817--738870	20	2.7	20	79	2	63	77	0	20	1	0.86
738844--738873	10	3.0	10	95	0	51	86	0	13	0	0.57
738817--738880	20	3.2	19	77	6	56	76	0	18	4	0.95
742338--742494	70	2.2	70	96	0	296	28	27	12	31	1.93
748066--748113	21	2.3	21	85	0	60	43	4	20	31	1.71
748083--748128	22	2.1	21	88	4	65	41	4	15	39	1.67
751462--751497	2	18.0	2	94	0	63	50	2	0	47	1.15
752543--752574	16	2.0	16	93	0	55	34	0	0	65	0.93
755289--755341	21	2.5	21	79	11	63	47	3	11	37	1.58
755967--756030	24	2.9	21	70	17	58	57	1	3	37	1.24
756428--756505	39	1.9	39	85	10	104	65	0	0	34	0.93
757515--757556	15	2.8	15	75	13	50	50	16	9	23	1.75
757719--757758	20	2.0	20	90	5	62	27	2	0	70	1.01
757735--757923	28	6.4	30	71	18	132	40	3	0	55	1.20
757837--757890	17	3.4	17	72	15	60	46	3	0	50	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
757767--757939	92	1.9	92	86	2	247	41	3	0	54	1.22
758631--758769	23	5.8	23	69	16	86	38	0	0	61	1.02
758679--758731	24	2.4	22	78	15	56	45	0	0	54	0.99
758691--758771	42	1.9	42	85	9	112	35	0	0	64	0.94
758637--758708	8	8.9	8	69	24	53	38	0	1	59	1.06
759139--759184	24	1.9	24	86	0	65	65	0	2	32	1.05
759648--759686	19	2.1	19	86	13	55	35	5	10	48	1.59
759757--759798	19	2.1	21	82	8	52	50	0	0	50	1.00
759774--759834	27	2.3	27	80	11	63	57	1	0	40	1.08
759774--759823	25	1.9	27	84	8	68	56	2	0	42	1.11
760546--760576	14	2.2	14	100	0	62	51	0	0	48	1.00
760619--760710	47	1.9	46	86	8	123	42	2	0	55	1.12
761063--761102	20	2.0	20	90	9	64	50	0	2	47	1.14
761126--761161	18	1.9	19	88	5	56	27	2	0	69	1.02
761309--761351	19	2.3	19	80	12	52	30	0	9	60	1.28
762191--762216	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
762372--762405	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
762827--762859	5	6.8	5	86	6	50	42	3	0	54	1.15
762827--762859	14	2.3	15	89	5	50	42	3	0	54	1.15
762972--763018	2	23.5	2	91	0	67	42	0	6	51	1.27
764896--764933	19	2.0	19	100	0	76	31	0	21	47	1.51
765249--765278	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
765777--765809	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
766834--766886	20	2.8	20	85	5	65	43	0	1	54	1.11
769411--769498	16	5.4	16	77	10	72	44	0	2	53	1.13
769470--769521	5	10.6	5	84	12	56	61	0	0	38	0.96
769470--769507	11	3.6	11	93	6	62	57	0	0	42	0.98
770889--770927	18	2.2	18	86	4	53	38	0	10	51	1.36
770905--771088	95	2.0	94	89	5	284	42	2	9	45	1.50
771573--771625	3	17.7	3	96	0	97	66	1	0	32	1.03
772100--772138	18	2.1	19	90	4	62	41	0	0	58	0.98
772105--772138	12	2.7	13	81	9	52	38	0	0	61	0.96
773403--773463	23	2.7	23	77	5	54	37	1	0	60	1.07
773520--773563	18	2.3	19	80	7	54	45	9	6	38	1.63
776760--776813	27	2.0	27	100	0	108	48	11	11	29	1.73
776815--776869	28	2.0	28	88	0	83	43	1	14	40	1.56
779757--779800	23	2.0	22	82	13	54	56	0	11	31	1.35
781282--781339	29	2.0	30	83	10	75	65	1	3	29	1.19
781852--781897	20	2.3	20	84	0	56	32	4	52	10	1.56
786425--786470	20	2.3	20	92	0	74	32	4	50	13	1.61
788235--788276	22	2.0	21	85	4	57	42	0	0	57	0.99
788673--788716	22	2.0	22	91	4	72	63	0	9	27	1.24
789144--789179	7	5.1	7	89	0	54	27	0	2	69	1.02
790463--790489	14	1.9	14	100	0	54	48	0	7	44	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
791484--791545	24	2.7	23	80	9	63	51	0	0	48	1.00
800835--800868	12	2.9	11	87	12	50	23	0	0	76	0.79
801246--801272	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
803506--803557	24	2.2	24	78	18	65	55	0	0	44	0.99
803498--803559	21	2.9	21	76	19	58	51	1	0	46	1.10
803651--803675	13	1.9	13	100	0	50	16	0	0	84	0.63
807370--807432	33	1.9	33	87	6	92	44	4	0	50	1.23
807664--807728	20	3.3	20	78	4	71	60	0	4	35	1.18
808380--808422	21	2.0	22	95	4	79	51	6	4	37	1.50
808919--808953	15	2.2	16	90	10	54	60	0	5	34	1.21
809347--809402	20	2.9	19	82	10	62	51	1	1	44	1.22
809387--809445	16	3.9	14	76	14	55	61	3	0	35	1.13
809594--809628	16	2.2	16	94	0	61	48	31	14	5	1.67
809639--809680	15	2.7	16	81	7	50	42	26	14	16	1.86
810329--810364	16	2.2	17	95	5	65	38	16	5	38	1.72
812209--812273	24	2.8	23	77	11	71	38	7	3	50	1.47
813942--813979	20	1.9	19	89	5	58	23	5	0	71	1.07
813914--813979	24	2.8	24	73	13	64	25	7	0	66	1.18
815890--815929	19	2.1	19	100	0	80	52	10	15	22	1.71
819596--819652	21	2.7	21	83	0	69	42	3	17	36	1.67
820271--820334	24	2.9	21	70	17	58	57	1	3	37	1.24
821282--821330	21	2.5	19	78	18	55	46	0	4	48	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
821956--821997	15	2.8	15	81	0	57	47	16	11	23	1.80
822159--822198	20	2.0	20	90	5	62	27	2	0	70	1.01
822177--822357	28	6.4	29	69	17	105	40	2	0	56	1.18
822187--822374	86	2.2	89	84	6	251	40	2	1	55	1.21
822712--822755	22	1.9	24	90	9	74	45	0	0	54	0.99
823064--823202	23	5.8	23	69	16	86	38	0	0	61	1.02
823112--823164	24	2.4	22	78	15	56	45	0	0	54	0.99
823124--823204	42	1.9	42	85	9	112	35	0	0	64	0.94
823070--823141	8	8.9	8	69	24	53	38	0	1	59	1.06
824081--824119	19	2.1	19	86	13	55	35	5	10	48	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16