genome.fa.s174.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold174
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2085601

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5447--5538	20	4.7	19	90	5	96	31	17	13	38	1.88
5447--5538	39	2.3	41	83	10	120	31	17	13	38	1.88
5467--5539	20	3.7	20	94	1	121	32	17	12	36	1.87
7086--7117	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
7338--7428	16	5.7	16	80	8	96	35	0	8	56	1.31
7355--7434	6	14.7	6	74	19	59	38	0	5	56	1.21
7339--7428	32	2.8	32	84	5	119	35	0	7	56	1.28
7417--7496	37	2.1	39	79	6	94	36	0	0	63	0.94
7526--7567	19	2.2	19	83	8	50	33	0	0	66	0.92
7580--7618	18	2.2	18	95	4	71	48	0	0	51	1.00
7588--7623	18	2.1	18	89	5	56	52	0	0	47	1.00
8817--8901	16	5.3	16	67	5	55	34	5	4	55	1.45
8884--8957	21	3.5	20	72	25	62	41	1	0	56	1.07
8980--9008	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
9626--9704	41	1.9	41	84	5	106	31	0	2	65	1.06
9632--9704	20	3.6	21	73	15	64	32	0	1	65	1.01
12333--12390	30	1.9	30	100	0	116	44	6	0	48	1.29
13999--14062	29	2.1	32	86	13	91	50	0	1	48	1.10
16527--16580	24	2.2	25	80	3	65	48	0	0	51	1.00
18631--18738	34	3.1	34	63	7	83	39	8	14	37	1.77
18576--18741	69	2.4	69	90	0	251	40	9	13	35	1.78
21704--21747	23	1.9	23	95	0	79	54	0	9	36	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22826--22870	23	2.0	22	87	8	65	42	31	2	24	1.67
31814--31867	20	2.7	20	97	0	99	33	18	12	35	1.89
38903--39843	156	6.1	156	79	5	638	39	20	15	23	1.91
39147--39843	311	2.3	301	79	4	702	39	20	16	23	1.92
41159--41188	12	2.5	12	94	0	51	0	16	0	83	0.65
41466--41534	14	5.2	12	75	19	50	65	1	1	31	1.11
41480--41527	14	3.1	15	85	8	62	66	0	0	33	0.92
43907--44119	52	4.1	52	78	7	164	34	27	13	24	1.93
44636--44692	30	1.9	30	88	0	87	15	45	15	22	1.84
48512--48563	22	2.3	22	74	9	52	69	0	1	28	0.99
51233--51268	5	7.0	5	87	6	54	80	16	2	0	0.83
51557--51613	30	1.9	30	82	7	71	50	0	0	49	1.00
52497--52530	10	3.4	10	83	0	50	85	2	0	11	0.71
52489--52536	18	2.8	16	78	15	51	81	2	2	14	0.88
53004--53062	13	4.5	13	70	19	50	72	1	18	6	1.15
52989--53064	40	1.9	40	100	0	152	72	2	18	6	1.18
52990--53074	40	2.1	40	89	4	127	74	2	16	7	1.15
52999--53083	40	2.1	40	82	4	100	76	1	16	5	1.04
53352--53390	6	7.0	6	94	5	57	17	0	0	82	0.68
53356--53390	5	6.6	5	93	6	52	17	0	0	82	0.66
53904--54282	108	3.5	107	79	5	289	35	13	16	34	1.89
53974--54316	108	3.2	109	81	4	361	35	13	15	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55868--56035	16	10.8	16	66	22	65	48	0	1	49	1.13
56013--56056	23	1.9	23	95	0	79	54	4	0	40	1.21
56821--56945	5	25.4	5	68	22	70	58	0	0	40	1.04
56797--56945	23	6.3	23	66	23	71	58	1	0	40	1.07
56835--56884	18	2.8	18	78	9	57	50	2	0	48	1.12
56815--56952	8	17.6	8	69	21	53	57	0	0	42	1.04
57253--57290	20	2.0	20	89	5	60	52	2	0	44	1.14
60744--60768	6	4.2	6	100	0	50	48	0	0	52	1.00
62114--62177	34	1.9	33	83	3	83	48	0	1	50	1.10
62743--62818	33	2.2	35	93	4	129	19	9	14	56	1.65
63191--63245	11	4.9	11	76	10	58	47	0	0	52	1.00
63237--63282	19	2.4	19	85	0	65	54	0	0	45	0.99
63443--63483	15	2.8	15	88	3	57	53	0	0	46	1.00
64272--64301	15	2.0	15	100	0	60	53	0	6	40	1.27
64802--64884	30	2.7	29	76	22	87	45	1	0	53	1.08
64806--64884	32	2.4	34	85	10	112	45	1	0	53	1.08
64761--64962	110	1.9	108	87	5	300	44	2	0	51	1.21
64888--64937	22	2.3	22	79	3	57	44	2	0	54	1.11
64833--65166	126	2.7	123	86	6	437	42	2	1	52	1.24
64845--65209	126	3.0	119	81	10	287	43	2	1	52	1.22
68578--68659	41	2.0	41	90	0	128	29	20	23	26	1.99
69587--69650	28	2.4	25	82	12	74	64	1	0	34	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71592--71651	14	4.4	14	72	10	61	46	0	1	51	1.10
71967--72006	20	2.0	21	85	14	57	55	0	2	42	1.13
72876--72963	27	3.3	27	74	20	71	46	2	0	51	1.13
72907--72962	23	2.5	24	80	16	66	48	1	0	50	1.11
73213--73278	19	3.5	19	73	21	59	60	0	0	39	0.97
73217--73287	23	3.0	23	76	13	74	63	0	0	36	0.95
73298--73384	33	2.7	33	84	13	110	54	0	0	45	1.00
73298--73395	31	3.0	31	74	24	87	54	0	0	45	1.00
73219--73402	58	3.3	55	72	14	153	57	0	1	41	1.10
73305--73402	9	9.5	11	66	24	54	56	0	0	43	0.99
73604--73644	19	2.2	19	86	4	57	41	0	0	58	0.98
74867--74898	2	17.0	2	87	12	50	53	0	0	46	1.00
74867--74898	15	2.1	15	100	0	64	53	0	0	46	1.00
74867--74892	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
76261--76312	18	2.9	18	83	8	70	50	0	1	48	1.12
77055--77102	19	2.5	19	80	16	55	47	0	0	52	1.00
80282--80369	20	4.4	20	76	8	72	47	3	4	44	1.40
80262--80369	20	5.5	20	69	16	66	48	3	5	42	1.44
80262--80384	41	3.2	38	72	14	99	47	3	5	43	1.43
81771--81835	33	2.0	33	84	6	87	35	0	1	63	1.04
81786--81840	7	8.1	7	75	15	53	40	0	0	60	0.97
82197--82242	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82748--82777	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
84143--84232	43	2.1	43	95	0	162	46	10	10	33	1.71
84299--84389	6	13.9	7	71	17	54	56	0	1	42	1.06
84305--84386	32	2.5	31	84	7	110	54	0	1	43	1.07
86253--86286	16	2.1	17	88	5	52	41	2	0	55	1.15
88247--88392	68	2.1	68	85	7	190	47	2	2	47	1.28
89128--89165	19	2.0	19	94	0	67	44	0	0	55	0.99
89119--89167	19	2.4	21	80	13	66	53	0	0	46	1.00
92933--92971	19	2.1	19	85	0	51	25	0	5	69	1.09
93679--93762	37	2.3	35	78	15	89	52	0	2	45	1.13
93736--93772	18	2.1	18	89	0	56	56	2	0	40	1.13
93988--94028	4	10.5	4	80	15	50	53	2	0	43	1.13
94207--94253	13	3.6	13	85	0	67	34	2	4	59	1.29
94282--94343	31	2.0	31	84	3	81	48	12	1	37	1.51
94443--94504	26	2.4	25	82	10	72	37	1	6	54	1.36
94456--94504	26	1.9	26	87	4	73	32	2	8	57	1.40
95042--95120	39	2.1	38	86	11	108	43	0	2	54	1.14
95098--95133	19	1.9	19	88	5	56	22	0	5	72	1.05
95867--95896	15	1.9	16	93	6	53	46	0	0	53	1.00
96232--96270	19	2.0	21	85	10	55	48	10	5	35	1.59
96286--96358	28	3.0	25	81	16	75	41	0	0	58	0.98
96286--96347	28	2.3	28	83	8	76	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96320--96358	20	2.0	20	90	10	62	43	0	0	56	0.99
96864--96919	16	3.5	16	82	0	58	32	7	7	53	1.55
97028--97119	16	5.8	16	76	5	60	36	9	4	48	1.56
97456--97511	20	2.6	22	75	16	64	50	0	0	50	1.00
97427--97533	51	2.1	49	85	10	137	45	0	0	54	0.99
97442--97510	18	3.6	19	74	21	65	47	0	0	52	1.00
97468--97538	32	2.2	33	85	10	92	47	0	0	52	1.00
97449--97535	38	2.4	36	79	12	88	48	0	0	51	1.00
97970--98008	19	2.1	19	85	0	51	38	2	0	58	1.12
98899--98927	15	2.0	15	93	6	51	6	10	0	82	0.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15