genome.fa.s1740.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1740
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  654062

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
236242--236296	20	2.7	21	80	11	69	34	10	20	34	1.87
243413--243439	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
243423--243479	19	2.9	19	86	2	78	29	17	17	35	1.93
243508--243577	33	2.1	34	84	7	90	34	11	18	35	1.87
245407--245433	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
245843--245883	18	2.2	19	86	4	57	48	2	0	48	1.14
246212--246275	16	3.9	17	73	17	55	42	0	3	54	1.16
246214--246276	32	1.9	33	87	3	92	41	0	3	55	1.16
246195--246266	14	4.6	16	75	17	62	38	0	4	56	1.18
251685--251744	18	3.3	18	72	9	50	78	8	8	5	1.09
253009--253033	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
253021--253073	20	2.6	21	81	3	72	39	15	16	28	1.89
253115--253178	33	2.0	32	87	3	92	40	20	10	28	1.86
255866--255906	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
255946--256016	20	3.6	19	77	7	70	40	16	12	29	1.86
256034--256070	19	1.9	19	88	0	56	43	8	10	37	1.69
256093--256153	10	6.0	10	73	16	54	24	27	9	37	1.87
256221--256246	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
256725--256791	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
256890--256953	28	2.3	28	100	0	128	21	23	20	34	1.97
260728--260766	13	3.0	13	96	0	69	30	20	17	30	1.96
263225--263249	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
263237--263289	20	2.6	20	81	3	61	39	16	16	26	1.91
263349--263374	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
265773--266610	414	2.0	415	81	5	945	31	17	13	38	1.88
266677--273105	476	13.6	474	80	4	6364	31	17	13	37	1.89
273369--275337	476	4.1	476	80	3	1977	31	16	13	38	1.88
273422--275232	952	1.9	950	82	3	2239	31	16	13	38	1.88
275333--277661	475	4.9	473	80	5	2328	31	16	13	37	1.88
275333--277628	951	2.4	941	81	5	2529	31	16	13	37	1.88
277657--279954	476	4.8	473	81	3	2444	31	17	13	37	1.88
279987--281809	475	3.9	474	80	4	1899	32	17	13	37	1.88
281826--282927	470	2.3	472	82	5	1287	31	16	13	37	1.88
285592--285634	20	2.1	20	82	4	50	11	30	41	16	1.83
286077--286115	13	3.0	13	84	0	51	41	12	15	30	1.85
292642--293877	476	2.6	474	82	3	1453	32	17	13	37	1.88
293873--298769	476	10.4	475	80	5	4828	31	17	13	37	1.89
295990--298769	475	5.9	473	82	5	3101	32	17	13	36	1.89
300719--300786	33	2.1	33	86	8	95	32	13	16	38	1.87
302727--302794	33	2.1	33	86	8	95	32	13	16	38	1.87
302306--302897	297	2.0	296	92	1	979	30	15	17	36	1.91
310549--310573	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
310526--310593	33	2.1	33	88	2	102	32	14	17	35	1.91
310989--314055	478	6.5	476	82	5	3218	31	17	14	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
314334--314358	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
314314--314380	33	2.0	33	85	0	89	34	11	13	40	1.81
314421--314445	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
314454--314634	52	3.5	52	97	0	335	34	18	17	29	1.94
318776--318802	10	2.7	10	100	0	54	0	0	22	77	0.76
320420--320450	13	2.4	13	100	0	62	22	29	0	48	1.51
319889--325399	476	11.6	476	82	4	6043	31	17	13	37	1.89
328626--328678	20	2.6	20	80	11	54	45	0	22	32	1.53
331717--331741	13	1.9	13	100	0	50	36	8	16	40	1.77
331726--331783	20	3.1	19	75	7	64	34	12	18	34	1.88
331814--331877	33	1.9	33	90	6	103	37	14	14	34	1.86
339901--339994	35	2.7	35	90	1	145	31	2	28	37	1.69
340570--340594	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
340664--340730	33	2.0	33	88	0	98	34	13	14	37	1.86
340678--340710	13	2.5	13	95	0	57	36	15	15	33	1.88
346398--346441	23	1.9	24	86	9	65	36	22	11	29	1.89
348740--348784	20	2.3	19	82	14	56	48	0	22	28	1.50
348749--348786	20	1.9	20	94	0	67	47	0	23	28	1.52
350709--350751	22	2.0	22	100	0	86	23	18	13	44	1.86
353914--353970	19	2.9	20	84	5	71	38	17	8	35	1.81
353956--353982	13	2.1	13	100	0	54	48	14	7	29	1.71
355229--356288	475	2.2	476	84	3	1330	31	18	13	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
356333--358405	476	4.4	473	80	2	2178	31	18	13	36	1.90
356333--358876	952	2.7	950	80	5	2433	31	18	13	37	1.89
357968--358846	438	2.0	438	82	5	1080	32	17	12	37	1.88
359740--359827	14	6.6	13	69	17	56	36	14	13	35	1.86
359755--359827	26	2.8	27	78	14	89	35	15	13	35	1.87
359832--360655	28	28.6	28	73	9	434	29	29	17	24	1.97
359857--360306	29	15.6	28	75	10	258	29	29	16	23	1.97
359834--360349	57	9.0	58	80	6	437	29	30	16	23	1.96
360214--360707	204	2.4	200	79	10	492	28	28	18	24	1.98
360387--360747	32	12.2	31	72	19	107	29	28	18	23	1.98
360624--360747	32	4.0	30	86	10	169	29	29	19	21	1.98
361837--361889	26	2.0	27	85	7	74	35	11	15	37	1.83
361802--361889	13	6.6	14	69	10	58	34	11	17	37	1.85
361899--362503	28	21.5	28	73	8	318	30	27	16	25	1.97
361898--362503	56	10.8	56	73	11	373	30	27	16	25	1.97
362016--362216	75	2.5	75	79	10	215	30	24	16	27	1.97
361982--362183	103	2.0	103	90	2	316	28	24	17	29	1.97
362480--362562	31	2.7	31	83	9	116	28	30	16	24	1.97
363839--363912	25	2.8	27	74	15	73	37	13	13	35	1.84
363917--364310	28	13.6	28	76	10	296	30	30	15	23	1.95
365690--366220	28	18.8	28	74	11	343	28	29	17	24	1.97
365854--366220	29	12.7	28	73	9	193	28	29	17	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
365969--366072	32	3.4	32	70	12	92	28	33	19	18	1.95
365949--366100	59	2.5	60	80	3	189	28	33	17	21	1.95
366201--366293	32	3.0	32	82	6	102	27	26	19	25	1.99
367013--367088	31	2.5	31	86	2	109	25	15	11	47	1.80
367074--367139	20	3.3	20	73	0	69	31	9	13	45	1.75
368024--368062	20	2.0	20	85	10	53	20	15	10	53	1.70
370313--375020	476	9.9	475	81	5	4891	31	18	13	36	1.89
374195--374242	20	2.4	20	100	0	96	25	14	4	56	1.56
375360--375386	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
389249--389330	12	6.8	11	79	20	85	84	12	2	1	0.79
389249--389341	11	8.0	11	76	16	55	82	11	4	1	0.86
389251--389330	1	80.0	1	69	0	52	85	11	2	1	0.77
389249--389341	31	3.0	31	80	11	102	82	11	4	1	0.86
389251--389341	44	2.1	44	86	8	125	83	10	4	1	0.84
390853--391013	34	4.7	34	89	3	207	18	32	11	37	1.87
391001--391120	29	4.2	29	78	11	115	29	30	20	20	1.97
391130--391436	87	3.4	87	80	6	312	27	24	18	29	1.98
395577--396649	475	2.3	476	84	3	1392	31	17	13	37	1.89
396895--396933	20	2.0	19	85	5	51	38	20	7	33	1.81
396943--396967	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
396955--397007	20	2.6	21	82	8	65	37	16	16	28	1.91
397275--397300	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
397047--397458	208	2.0	208	95	0	743	35	21	14	28	1.92
397257--397320	33	2.0	32	87	9	94	37	20	14	28	1.91
405928--405952	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
406052--406077	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
408499--408537	20	2.0	20	85	10	53	20	17	10	51	1.74
410845--412351	476	3.2	476	82	2	1706	31	18	13	36	1.89
412348--418381	476	12.7	475	82	2	6749	31	17	13	37	1.89
412348--418381	950	6.3	949	84	2	6907	31	17	13	37	1.89
418694--418718	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
418792--418843	20	2.7	20	90	3	79	38	21	11	28	1.88

Tables:   1   2   3   4