genome.fa.s1740.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1740
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  654062

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
973--997	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
953--1017	33	2.0	33	93	0	112	33	15	12	38	1.85
952--1019	20	3.8	19	72	25	67	35	14	11	38	1.83
986--1038	20	2.7	19	85	11	63	33	16	15	33	1.90
1067--1124	19	3.0	20	82	7	75	34	17	15	32	1.91
1091--1207	52	2.3	51	79	4	126	35	17	16	29	1.92
1754--1810	30	2.0	30	86	10	84	28	21	10	40	1.86
3672--3708	13	2.8	13	95	0	65	37	16	13	32	1.87
7884--7914	3	10.3	3	92	0	53	29	35	0	35	1.58
9531--9584	19	2.8	20	85	2	74	37	12	16	33	1.87
10174--10219	23	2.0	23	83	8	58	41	0	6	52	1.27
12145--12184	14	2.8	15	85	7	57	45	2	0	52	1.14
16604--16719	28	4.3	28	75	11	84	39	2	7	50	1.45
16682--16737	29	1.9	29	82	7	69	37	1	8	51	1.44
18620--18652	13	2.5	13	95	0	57	42	9	15	33	1.78
18698--18769	20	3.7	19	85	7	83	40	13	16	29	1.87
19578--19644	32	2.1	32	88	5	100	32	14	17	34	1.91
19685--19737	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
23095--23130	13	2.8	13	91	0	54	38	19	11	30	1.86
23793--23839	20	2.3	20	85	3	58	29	19	14	36	1.92
23827--23851	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
27529--27596	33	2.1	33	88	2	102	32	14	17	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27637--27689	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
31349--31416	33	2.1	33	88	2	102	32	14	19	33	1.92
31457--31509	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
31497--31521	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
37336--37361	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
37318--37381	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
37819--37885	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
44890--45314	89	4.8	90	75	6	303	36	10	24	29	1.88
51707--52146	166	2.6	166	87	2	614	52	5	9	32	1.58
59499--59523	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
60842--60882	20	2.0	21	85	9	57	43	21	14	19	1.87
63629--63757	52	2.5	52	94	0	231	30	18	16	34	1.93
63766--63790	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
63840--63897	13	4.0	13	76	23	62	34	15	13	36	1.87
63853--63917	19	3.7	19	73	23	70	36	16	12	33	1.87
63838--63915	32	2.4	32	95	0	138	34	16	12	35	1.87
64631--65061	49	8.6	49	82	4	497	32	17	24	25	1.97
65089--65281	30	6.6	30	95	1	313	18	15	32	33	1.92
66666--66755	4	21.8	4	77	13	51	0	2	14	83	0.74
66664--66757	17	5.5	17	75	18	79	0	2	13	84	0.72
66682--66765	1	84.0	1	75	0	78	0	1	10	88	0.58
66662--66766	22	4.8	22	81	10	117	0	1	13	84	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66678--66766	4	19.8	5	83	13	90	0	1	12	86	0.63
66678--66765	31	2.9	30	86	9	124	0	1	11	87	0.60
66663--66766	18	5.8	18	78	14	99	0	1	13	84	0.70
80606--80734	52	2.5	52	94	0	231	28	18	17	35	1.93
80743--80767	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
80823--80871	19	2.6	19	93	0	89	42	18	10	28	1.83
82856--82889	12	2.9	11	91	8	50	44	0	29	26	1.55
87317--87396	32	2.5	33	91	2	126	32	15	18	33	1.92
89326--89394	22	3.1	21	80	12	77	42	0	24	33	1.55
89951--89989	20	1.9	21	89	5	62	41	17	17	23	1.91
90577--90606	14	2.1	14	93	0	51	36	0	0	63	0.95
93066--93542	161	2.9	158	79	13	538	30	13	12	43	1.81
93030--93577	169	3.3	167	81	8	603	31	13	11	43	1.79
94079--94129	14	3.4	14	80	15	66	80	0	19	0	0.71
94078--94129	15	3.4	16	84	7	72	78	0	21	0	0.74
95755--96180	155	2.8	155	77	6	348	25	15	19	40	1.90
97068--97092	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
99061--99127	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
99597--99635	13	3.0	13	84	0	51	35	17	15	30	1.91
99706--99749	21	2.0	22	95	4	81	38	9	22	29	1.85
99771--99835	32	2.0	32	88	8	96	27	15	16	40	1.89
102534--109281	475	14.2	471	82	4	7220	36	13	18	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109672--109698	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
110104--110147	23	1.9	23	81	9	54	38	6	13	40	1.71
111299--111327	15	1.9	15	100	0	58	41	0	27	31	1.56
117258--117291	17	2.1	17	88	5	52	55	11	26	5	1.58
121538--121591	21	2.7	21	88	5	76	31	14	18	35	1.91
125569--125612	21	2.1	21	95	0	79	36	18	6	38	1.77
125749--125775	13	2.1	13	100	0	54	29	7	14	48	1.71
126741--126822	41	2.0	41	90	0	128	31	17	15	35	1.91
127101--131558	159	28.2	158	65	12	523	36	13	18	32	1.89
126782--138702	476	24.9	475	73	9	6834	36	13	17	32	1.89
135194--135667	158	3.0	158	67	13	387	36	13	17	31	1.89
134701--136188	794	1.9	794	88	1	2169	36	14	17	31	1.90
134701--136411	794	2.2	792	83	3	2012	37	13	17	31	1.89
134701--136612	794	2.4	789	80	5	1738	37	13	17	31	1.89
135368--138702	953	3.5	948	83	3	4066	36	13	18	31	1.89
138348--139096	394	1.9	394	89	2	1155	35	12	17	34	1.87
138718--144063	474	11.4	473	81	5	5621	36	13	18	32	1.90
141726--143967	158	14.2	156	66	13	482	36	13	18	32	1.89
145120--146042	318	3.0	304	70	14	794	35	14	18	31	1.91
147054--147100	21	2.2	21	88	0	67	23	21	0	55	1.44
147560--147591	3	10.7	3	93	0	55	28	34	3	34	1.73
149045--149070	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151286--151330	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
153129--153159	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
155384--155429	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
157072--157111	19	2.0	20	95	4	73	35	5	32	27	1.79
157840--157865	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
159181--159205	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
159214--159252	20	1.9	21	89	5	62	20	15	20	43	1.88
159496--163908	476	9.3	475	83	3	5234	31	18	13	36	1.90
164314--164367	20	2.7	19	88	11	74	31	14	18	35	1.91
169786--170943	475	2.4	473	83	4	1359	31	17	13	38	1.88
172960--173036	29	2.7	28	75	2	91	28	7	16	46	1.75
173163--186803	475	28.8	475	78	5	12329	31	18	13	36	1.89
186435--187176	373	2.0	372	84	2	963	31	17	13	37	1.89
185960--187652	849	2.0	848	83	3	2104	31	18	13	36	1.89
186801--192393	476	11.9	474	79	7	4797	32	18	13	36	1.89
192330--192456	63	2.0	63	84	0	164	27	15	12	44	1.83
192393--193437	473	2.2	470	79	6	1113	32	17	13	37	1.88
193746--194564	434	1.9	434	84	3	1112	31	17	14	36	1.90
194180--195423	474	2.6	473	83	3	1502	31	17	13	37	1.89
196168--196235	33	2.1	32	86	2	91	32	10	17	39	1.84
204646--204703	31	1.9	30	86	10	82	55	13	10	20	1.68
204951--205018	33	2.1	32	88	2	100	35	14	14	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205071--205120	20	2.5	20	86	0	64	38	16	16	30	1.90
205389--209246	474	8.2	476	80	4	3961	32	17	13	36	1.89
217673--217707	18	2.0	17	88	5	52	48	0	45	5	1.26
218445--218497	19	2.7	19	85	2	70	28	15	13	43	1.84
218445--218516	20	3.7	20	81	3	74	33	15	11	40	1.82
218544--218596	20	2.7	20	84	0	61	35	7	22	33	1.83
220761--225272	475	9.5	476	82	2	5126	32	18	13	35	1.90
229325--235673	476	13.4	476	82	4	6773	31	18	13	37	1.89
236147--236173	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
236157--236213	19	2.9	19	89	2	87	31	17	17	33	1.93

Tables:   1   2   3   4