genome.fa.s177.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold177
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  788481

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1589--1626	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
1737--1782	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
4155--4180	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
11851--11877	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
11832--11896	32	2.0	32	87	3	94	26	15	16	41	1.88
11963--11993	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
11950--12014	33	1.9	34	87	9	98	35	16	16	30	1.92
11881--12110	97	2.4	97	93	0	390	35	17	15	31	1.92
12060--12090	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
13000--13066	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
13320--13360	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
13790--13824	18	1.9	18	100	0	70	42	0	40	17	1.49
17957--18023	33	2.0	34	88	2	100	35	11	16	35	1.86
19208--19263	20	2.8	19	83	5	67	37	16	16	30	1.90
23415--23445	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
25519--25544	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
27972--28027	20	2.8	19	83	5	67	37	16	16	30	1.90
28086--28111	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
28951--29562	49	12.6	49	87	5	784	31	17	25	25	1.97
28951--29562	97	6.3	98	88	4	802	31	17	25	25	1.97
29220--29562	52	6.9	52	89	4	453	30	16	26	26	1.97
29645--30069	33	13.0	32	78	7	274	34	13	30	21	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29645--29875	101	2.3	99	83	5	275	35	13	31	18	1.90
29645--30069	134	3.2	132	82	7	408	34	13	30	21	1.92
29723--30208	33	15.0	32	77	11	298	34	13	29	22	1.92
29855--30203	95	3.6	95	86	5	479	33	13	29	24	1.93
30647--30713	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
30667--30691	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
30756--30780	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
30788--30908	52	2.3	52	95	0	215	34	18	19	28	1.95
33893--34027	69	2.0	69	98	0	261	26	31	18	22	1.97
35190--35227	11	3.5	11	89	7	51	0	0	10	89	0.49
42230--42295	19	3.8	19	77	22	90	36	18	12	33	1.88
42251--42275	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
42232--42294	32	2.0	32	100	0	126	34	19	12	33	1.89
43089--43187	1	99.0	1	73	0	63	84	9	3	3	0.82
43089--43176	14	6.3	14	77	19	78	85	10	1	3	0.77
43089--43165	7	9.5	8	78	18	79	85	9	1	3	0.77
43089--43187	27	3.6	27	78	11	103	84	9	3	3	0.82
43104--43187	22	3.9	21	79	14	75	84	9	3	2	0.83
43104--43186	42	2.0	42	83	7	105	84	9	3	2	0.84
44258--44946	61	11.6	60	80	10	685	25	26	19	29	1.98
44283--44946	122	5.6	120	81	10	779	24	26	19	29	1.98
44911--45163	84	3.0	83	80	6	267	20	25	12	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45106--45269	83	2.0	83	80	7	190	21	20	12	45	1.84
44938--45266	41	7.8	41	71	13	184	20	24	12	43	1.86
45809--45837	13	2.2	13	100	0	58	31	13	13	41	1.84
48168--48450	79	3.6	79	84	2	363	29	23	12	35	1.91
48306--48661	130	2.7	129	82	2	410	30	23	11	34	1.90
48517--48635	51	2.3	51	82	4	168	31	24	10	33	1.88
48619--48685	28	2.4	28	80	9	75	23	25	19	31	1.98
51253--51317	33	2.0	32	85	11	87	32	18	13	35	1.90
52971--53199	111	2.1	111	99	0	451	31	17	26	24	1.97
53836--53907	31	2.3	31	79	11	76	43	0	20	36	1.53
54236--54265	13	2.4	12	94	5	51	66	10	0	23	1.21
60210--60234	13	1.9	13	100	0	50	36	16	8	40	1.77
60190--60252	33	1.9	33	87	6	92	31	19	12	36	1.89
61467--61520	20	2.7	20	88	0	72	35	12	18	33	1.89
62504--63072	79	7.2	77	77	8	461	33	13	25	27	1.93
62507--63072	158	3.6	158	82	4	617	33	13	25	27	1.93
62529--63072	237	2.3	235	81	7	618	33	13	25	27	1.94
62903--62959	28	1.9	30	86	10	82	31	14	28	26	1.94
66066--66095	15	2.0	15	93	0	51	30	13	30	26	1.94
66638--66821	65	2.9	64	80	10	198	34	9	14	41	1.78
66816--66854	15	2.6	15	87	0	51	25	2	10	61	1.41
67425--67478	20	2.6	21	91	2	83	40	11	16	31	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68732--68803	35	2.1	35	94	0	126	15	26	2	55	1.54
70013--70291	79	3.5	77	79	7	303	31	23	10	35	1.88
70671--70771	34	3.0	34	100	0	202	47	17	13	20	1.82
70675--70763	17	5.2	17	63	10	56	48	16	13	21	1.81
71831--71881	21	2.4	21	96	0	93	29	13	17	39	1.88
71867--72045	89	2.0	89	100	0	358	25	15	18	40	1.90
72044--72083	20	2.1	19	86	9	55	42	22	7	27	1.80
73591--73616	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
73573--73636	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
79934--79979	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
82388--82413	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
83336--83656	59	5.4	59	73	6	182	28	12	12	46	1.78
83394--83679	119	2.4	116	80	6	285	28	12	11	46	1.78
83521--83777	59	4.4	59	73	9	233	26	15	12	45	1.81
88677--88702	10	2.6	10	100	0	52	19	26	23	30	1.98
91634--91737	32	3.4	32	75	12	103	22	20	30	26	1.98
91634--91725	32	3.0	33	81	12	106	19	19	31	29	1.97
91653--92220	56	9.8	57	77	8	454	23	17	29	29	1.97
91755--92074	176	1.8	175	85	3	455	23	17	29	30	1.97
91686--92198	86	5.9	85	75	11	348	23	17	29	29	1.97
91704--92221	28	18.0	28	75	8	389	24	17	28	29	1.97
92037--92236	86	2.3	86	83	5	228	25	17	29	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92573--92636	32	2.0	32	96	0	119	23	25	12	39	1.90
93505--93541	13	2.9	13	88	11	51	0	0	10	89	0.49
93506--93541	18	1.9	18	94	5	63	0	0	11	88	0.50
93507--93540	17	1.9	18	94	5	61	0	0	11	88	0.52
107494--107613	20	5.5	20	71	21	89	45	12	13	29	1.80
109586--109625	21	1.9	21	84	0	53	77	5	10	7	1.11
110356--110384	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
111628--111663	2	18.0	2	88	0	54	44	0	5	50	1.25
112740--112808	26	3.0	24	71	26	67	62	0	0	37	0.96
112741--112782	14	3.1	14	82	6	50	59	0	0	40	0.97
112756--112823	20	3.4	20	67	19	52	58	0	0	41	0.98
112740--112808	25	2.7	26	78	14	74	62	0	0	37	0.96
112780--112824	15	2.9	16	87	6	58	57	0	0	42	0.98
112735--112827	39	2.4	40	77	12	95	58	0	0	41	0.98
116181--116221	20	2.0	20	85	0	55	46	14	17	21	1.84
116603--116646	14	2.9	15	83	6	54	36	0	6	56	1.26
117507--117540	11	3.0	11	95	4	59	61	0	2	35	1.11
122428--122458	2	15.5	2	93	0	53	0	45	0	54	0.99
134265--134347	33	2.5	32	78	7	94	26	30	14	28	1.95
134675--134708	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
135380--135442	23	2.9	20	81	15	56	68	3	0	28	1.05
135758--135794	17	2.2	17	90	0	56	29	8	18	43	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135846--135881	17	2.1	17	89	0	54	66	5	8	19	1.38
136384--136428	22	2.0	22	82	0	54	46	2	0	51	1.13
137073--137114	18	2.3	18	84	8	50	26	7	14	52	1.67
137220--137265	14	3.4	14	85	8	60	78	4	2	15	1.01
137818--137911	46	2.0	46	82	8	111	28	17	15	38	1.90
138928--138971	18	2.4	19	92	3	72	70	0	6	22	1.11
139837--139890	23	2.3	24	87	9	85	68	5	0	25	1.11
139883--139942	10	5.9	10	74	16	52	70	1	0	28	0.97
139837--139905	23	2.9	25	79	14	83	68	4	0	27	1.09
141977--142112	31	4.6	31	71	15	83	35	7	7	50	1.58

Tables:   1   2   3   4   5