genome.fa.s1873.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1873
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  405709

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48--228	84	2.1	84	90	3	283	34	9	2	53	1.45
133--175	21	2.2	19	87	8	59	37	6	0	55	1.27
8823--8922	33	3.0	33	88	0	155	21	27	22	30	1.98
9800--9876	21	3.7	21	89	3	111	35	12	16	35	1.88
9912--9979	19	3.9	19	76	21	76	36	11	14	36	1.83
9933--9958	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
9914--9976	32	2.0	32	93	0	108	36	12	15	34	1.86
10019--10044	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
12521--12596	27	2.8	27	86	6	100	23	31	21	23	1.98
12579--12801	52	4.3	52	79	2	216	29	25	12	32	1.92
12581--12801	105	2.1	103	82	3	255	29	25	11	33	1.91
12789--12856	28	2.4	27	80	9	75	22	32	19	26	1.97
12410--12911	264	1.9	262	87	2	736	28	26	13	31	1.94
14201--14250	20	2.5	20	100	0	100	46	14	16	24	1.83
14278--14342	33	2.0	33	84	6	87	38	15	16	29	1.90
25798--25839	16	2.6	16	84	3	57	42	4	0	52	1.22
26873--26897	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
26853--26917	33	2.0	33	85	11	89	32	20	15	32	1.93
33404--33601	79	2.5	78	82	4	211	29	16	28	25	1.97
33556--33632	28	2.8	28	83	0	82	24	20	32	22	1.98
33616--33784	52	3.3	52	77	8	175	31	13	25	28	1.94
36268--36293	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36247--36313	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
36333--36400	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
36355--36379	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
36336--36398	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
38516--38565	20	2.4	21	74	16	50	70	2	26	2	1.09
39586--39722	43	3.2	43	67	10	134	18	17	18	45	1.86
39586--39811	87	2.6	87	86	6	289	19	17	17	45	1.86
40824--41003	78	2.3	78	79	11	197	33	15	25	26	1.95
40859--41116	130	2.0	130	83	3	324	33	12	25	28	1.92
40988--41531	79	6.9	78	82	2	550	31	13	25	28	1.94
41061--41522	157	2.9	157	83	3	563	32	12	25	28	1.93
40988--41535	236	2.3	237	82	2	643	32	13	25	28	1.94
44480--44593	34	3.3	34	81	3	122	35	15	28	19	1.93
44569--44681	41	2.7	42	86	6	151	43	10	26	19	1.83
44683--45022	61	5.5	60	83	4	403	27	18	27	26	1.98
47735--47843	48	2.3	48	85	0	146	20	21	17	41	1.91
47857--48322	88	5.3	88	83	4	528	19	23	17	39	1.92
47849--48324	44	10.8	44	69	11	215	19	23	17	40	1.91
48419--48520	42	2.4	42	77	3	107	21	20	19	38	1.94
48604--49010	42	9.7	42	78	3	336	15	32	16	35	1.91
48523--49010	84	5.8	83	80	3	388	15	31	17	35	1.91
50113--50473	167	2.2	165	79	7	383	28	12	9	49	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50476--50909	160	2.6	162	82	7	504	29	12	10	47	1.75
50476--50997	167	3.2	164	80	8	451	30	12	10	47	1.74
51595--51619	12	2.1	12	100	0	50	84	0	16	0	0.63
51588--51635	20	2.4	20	86	6	62	79	0	16	4	0.89
53846--54386	155	3.5	154	77	4	455	21	16	21	40	1.91
53785--54423	309	2.1	309	77	6	639	21	15	21	41	1.90
58949--59013	32	2.0	33	90	3	105	36	15	15	32	1.89
59788--59833	23	2.0	23	95	0	83	17	28	4	50	1.65
60117--60148	12	2.7	12	95	0	55	31	28	9	31	1.88
63510--63534	13	1.9	13	100	0	50	24	16	20	40	1.91
63588--63627	13	3.1	13	92	0	71	40	12	15	32	1.84
66808--66845	20	1.9	20	94	0	67	47	15	13	23	1.81
72777--72839	33	1.9	33	90	6	101	33	17	14	34	1.90
72869--72913	20	2.3	19	84	3	54	40	17	13	28	1.88
72878--72921	19	2.2	20	92	4	72	40	15	13	29	1.86
75946--76012	33	2.0	33	86	11	93	31	17	14	35	1.91
76628--76680	19	2.7	18	83	16	61	20	39	3	35	1.71
84706--84772	33	2.0	33	85	0	89	32	16	13	37	1.88
84791--84842	19	2.6	20	84	9	70	36	17	13	32	1.89
84828--84854	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
84809--84873	32	2.0	32	90	3	103	40	16	16	26	1.90
86665--86689	3	8.3	3	100	0	50	32	32	0	36	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89962--90008	15	3.2	14	84	6	58	6	12	0	80	0.88
93873--94287	150	2.8	148	80	3	411	36	19	19	24	1.95
103156--103195	20	2.0	20	85	0	53	30	10	25	35	1.88
108062--108109	13	4.2	13	75	25	54	35	18	12	33	1.89
108062--108130	33	2.1	33	91	0	111	36	18	13	31	1.89
108159--108211	19	2.7	20	88	2	72	39	16	16	26	1.91
108683--108738	22	2.5	22	88	0	76	21	33	7	37	1.81
110625--110651	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
111602--112313	61	11.0	62	81	10	615	20	33	13	32	1.91
111595--112366	34	23.6	34	75	16	624	20	34	12	32	1.90
111760--111811	27	1.9	27	96	0	95	23	38	17	21	1.93
111820--112118	163	1.8	165	88	6	462	20	34	13	32	1.90
112182--112235	27	2.0	27	92	0	90	22	40	14	22	1.90
112210--112346	73	1.9	71	89	5	213	18	30	11	38	1.87
112215--112366	73	2.1	71	84	6	191	20	33	11	34	1.88
112351--112420	33	2.1	35	94	5	126	25	37	17	20	1.94
112420--113560	49	23.7	49	82	5	1373	25	26	17	31	1.97
112420--113623	98	12.4	98	92	3	1685	25	26	17	31	1.97
114480--114504	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
114460--114529	33	2.1	33	89	0	104	34	11	14	40	1.82
114569--114593	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
122929--123010	30	2.7	31	88	1	112	25	28	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122987--123697	61	11.0	62	82	10	631	20	34	13	32	1.91
122959--123750	34	24.3	34	76	15	641	20	34	13	32	1.91
123145--123196	27	1.9	27	96	0	95	23	38	17	21	1.93
123205--123503	163	1.8	165	88	6	462	20	34	13	32	1.90
123567--123620	27	2.0	27	92	0	90	22	40	14	22	1.90
123600--123750	71	2.1	70	84	7	189	20	33	11	34	1.88
123735--123804	33	2.1	35	91	5	117	25	35	17	21	1.95
123804--124944	49	23.7	49	82	5	1402	25	26	17	30	1.97
123804--125007	98	12.4	98	93	3	1714	25	26	17	31	1.97
125864--125888	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
125847--125913	33	2.0	33	88	0	98	35	11	13	38	1.82
125954--125978	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
125987--126107	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
135269--135342	20	3.8	19	87	3	94	36	16	16	31	1.91
140151--140177	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
140163--140201	20	2.0	20	100	0	78	43	10	15	30	1.80
141575--141599	13	1.9	13	100	0	50	28	8	0	64	1.22
141820--141876	13	3.9	13	72	24	51	36	12	17	33	1.87
141800--141900	32	3.1	32	94	1	175	35	10	17	35	1.85
141798--141895	19	5.8	18	71	28	90	34	11	17	36	1.85
141917--141941	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
141950--142078	52	2.5	52	89	0	204	37	17	17	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148613--148813	79	2.6	78	81	2	215	29	16	28	24	1.97
148824--148993	52	3.3	50	79	8	171	32	12	25	28	1.93
148863--148993	51	2.5	51	80	4	147	35	13	25	25	1.93
149115--149231	51	2.4	51	84	15	149	35	11	22	30	1.90
151576--151639	34	1.9	33	90	3	101	42	14	17	26	1.87
151666--151717	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
151674--151738	19	3.7	19	75	23	79	38	16	12	32	1.86
151666--151736	32	2.2	32	97	0	133	36	18	12	32	1.88
151776--151831	21	2.6	22	80	8	71	33	10	14	41	1.80
153594--153659	30	2.2	29	84	15	82	81	7	10	0	0.86

Tables:   1   2   3   4