genome.fa.s1873.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1873
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  405709

Tables:   1   2   3   4   

This is table  2  of  4  ( 402 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154601--155004	34	12.2	33	77	10	346	19	33	12	34	1.89
154601--154971	66	5.5	66	78	7	327	19	33	12	34	1.89
154613--154971	100	3.6	97	80	7	369	19	33	12	34	1.89
154938--154991	27	2.0	27	96	0	99	22	35	14	27	1.93
154724--155029	100	3.1	96	73	18	261	19	33	13	33	1.91
155007--155629	33	18.9	33	90	2	959	28	33	17	20	1.96
155629--156233	49	12.7	49	84	8	729	25	25	18	31	1.97
155675--156189	43	11.1	43	77	15	467	25	25	18	31	1.97
155717--155785	22	3.2	21	66	25	54	26	26	17	30	1.97
155696--155763	21	3.2	21	64	25	52	26	27	17	27	1.98
155675--156242	92	6.0	92	88	6	765	25	25	17	31	1.97
155949--156280	49	6.5	53	84	6	343	24	25	17	33	1.96
156311--156408	49	2.0	49	87	0	142	21	26	21	30	1.98
156943--157043	32	3.1	32	89	1	157	35	11	15	36	1.85
156995--157019	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
156941--157038	19	5.8	18	67	28	72	34	12	15	37	1.85
157114--157242	52	2.5	52	87	2	197	37	16	16	30	1.91
161266--161428	77	2.1	79	81	4	186	44	11	18	25	1.84
166026--166506	156	3.1	155	81	3	531	37	18	17	25	1.93
168353--168397	15	2.6	18	76	20	51	55	0	11	33	1.35
168163--168755	165	3.6	164	82	5	653	52	8	9	29	1.64
168181--168884	330	2.1	329	79	7	694	51	8	9	29	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171724--171773	16	2.9	17	85	14	68	62	0	0	38	0.96
171779--171833	23	2.4	23	81	6	67	60	0	3	36	1.15
171854--171904	26	2.0	26	88	3	77	72	0	1	25	0.95
172158--172205	16	3.0	16	90	0	69	54	2	2	41	1.24
172231--172280	25	2.0	25	88	4	73	54	0	0	46	1.00
176050--176363	166	1.9	165	81	7	377	32	11	7	48	1.66
176604--176648	16	2.7	16	78	21	56	31	6	0	62	1.21
177550--177591	13	2.9	14	82	13	50	61	14	23	0	1.32
177568--177609	22	1.9	22	90	9	68	61	11	26	0	1.30
178690--179693	155	6.5	153	80	5	959	22	16	22	38	1.93
178690--179693	309	3.2	306	82	5	1135	22	16	22	38	1.93
183302--183353	25	2.1	25	82	10	63	53	11	7	26	1.63
184785--184856	36	2.0	36	86	2	101	26	29	12	31	1.93
185332--185384	20	2.7	19	78	18	63	37	3	26	32	1.74
185326--185384	10	5.9	10	71	15	50	38	5	25	30	1.77
189169--189224	20	2.7	20	88	5	76	33	16	7	42	1.75
195635--196336	155	4.5	154	79	5	687	23	15	20	39	1.91
196818--196857	20	2.0	20	100	0	80	35	15	10	40	1.80
197229--197253	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
197209--197274	32	2.0	33	94	2	116	34	12	16	36	1.86
197315--197339	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
203563--203606	20	2.1	22	87	8	65	40	18	9	31	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205738--205789	21	2.4	21	78	9	61	63	3	9	23	1.41
210158--210229	28	2.6	28	86	4	92	22	19	36	22	1.95
210220--210341	51	2.3	51	83	4	145	35	10	22	31	1.89
212705--212730	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
212684--212750	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
212770--212837	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
212792--212816	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
212773--212835	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
213726--213763	13	2.9	13	100	0	76	31	21	15	31	1.94
214205--214247	20	2.1	20	82	4	50	20	44	25	9	1.81
216400--216443	20	2.1	22	91	8	74	40	20	9	29	1.83
218591--218647	12	5.0	11	79	14	62	84	10	3	1	0.82
218616--218649	14	2.4	14	95	0	59	91	8	0	0	0.43
218591--218649	24	2.4	25	81	16	70	84	10	3	1	0.80
219597--219810	30	6.8	31	76	7	173	21	28	16	32	1.95
219596--219810	62	3.4	62	81	4	209	21	28	16	33	1.95
219780--219884	34	3.1	34	82	2	124	19	31	11	38	1.87
219596--219878	30	8.9	32	77	8	150	21	29	15	34	1.94
219852--219904	27	2.0	27	88	0	79	22	33	15	28	1.94
219795--219917	34	3.9	33	72	17	98	19	32	12	35	1.89
219912--220146	33	7.2	33	87	7	329	28	33	17	20	1.95
219912--220146	98	2.4	98	92	2	328	28	33	17	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219912--220146	65	3.6	66	89	5	352	28	33	17	20	1.95
220146--220484	52	7.1	49	81	11	389	23	25	17	33	1.97
220141--220484	91	3.6	91	87	7	445	23	25	17	33	1.96
220283--220372	43	2.1	43	89	0	135	23	24	20	32	1.98
221324--221421	20	5.7	19	70	29	94	34	12	18	34	1.88
221345--221402	13	3.9	13	73	26	53	36	13	17	32	1.89
221325--221423	33	3.0	33	98	1	191	35	12	18	34	1.88
221462--221488	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
221476--221625	52	2.9	50	89	5	219	34	18	17	30	1.94
224711--224773	19	3.7	18	74	24	64	34	12	15	36	1.86
224730--224754	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
224709--224780	32	2.2	32	95	0	126	36	12	15	36	1.85
224803--224867	20	3.6	20	73	26	81	35	15	12	36	1.85
224825--224885	13	4.2	13	72	25	50	31	13	14	40	1.84
224805--224884	33	2.4	33	100	0	160	32	15	12	40	1.84
231892--232020	52	2.5	52	96	0	231	30	17	17	34	1.93
231892--232040	52	2.9	51	89	4	219	31	17	17	33	1.93
232029--232053	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
232119--232143	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
232097--232163	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
232870--232992	49	2.5	49	94	0	210	33	16	27	22	1.95
233015--233435	49	8.7	52	79	12	307	32	17	24	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233070--233435	49	7.8	48	82	10	425	31	18	24	25	1.97
233070--233447	186	2.0	189	93	2	645	31	17	24	25	1.97
233061--233440	92	4.1	92	92	3	607	32	17	25	25	1.97
233440--233722	63	4.4	65	86	5	407	19	18	33	28	1.96
233428--233722	32	9.3	31	86	9	416	19	18	33	28	1.95
233454--233722	95	2.8	94	88	6	290	19	17	33	28	1.95
233733--234040	34	9.1	34	82	9	346	35	12	32	19	1.89
233937--233996	28	2.1	28	87	0	84	31	13	30	25	1.93
237303--237367	20	3.3	19	73	16	60	50	16	3	29	1.60
237278--237367	40	2.2	40	90	0	135	47	15	7	28	1.73
237985--238009	11	2.3	11	100	0	50	8	8	0	84	0.79
241223--241269	21	2.2	21	92	0	76	21	31	17	29	1.96
245114--245155	21	2.0	21	90	0	66	47	9	0	42	1.36
252700--252766	33	2.0	33	82	5	82	28	28	13	29	1.94
253624--253648	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
254516--254564	24	2.0	24	96	0	89	30	10	20	38	1.86
254616--254642	14	1.9	14	100	0	54	33	7	14	44	1.73
258935--259452	157	3.3	156	81	3	596	44	16	9	28	1.80
258858--259477	157	4.0	155	74	7	448	44	16	8	29	1.78
259746--259804	30	1.9	32	82	6	77	33	16	6	42	1.75
259962--260450	163	3.0	163	93	1	820	51	16	5	25	1.67
261109--261821	153	4.7	152	80	6	723	49	8	8	33	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
261829--261866	19	2.0	19	100	0	76	57	0	5	36	1.21
261865--261905	21	1.9	22	90	5	66	41	2	12	43	1.55
261891--261957	27	2.5	27	76	13	75	58	4	7	29	1.46
265893--266031	49	2.9	49	89	1	199	35	18	25	19	1.95
266091--266917	28	28.4	28	77	10	559	23	16	29	30	1.96
266097--266912	113	7.0	113	80	8	655	23	17	29	30	1.97
266117--266912	85	9.1	84	79	9	608	23	16	29	30	1.96
266169--266810	57	11.0	62	80	10	433	21	17	30	30	1.96
266172--266864	156	4.8	148	80	9	581	22	17	30	30	1.96
267142--267685	270	2.0	270	97	0	1025	31	18	19	30	1.96

Tables:   1   2   3   4