genome.fa.s188.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold188
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  942289

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1988--2052	21	3.1	21	97	0	121	32	9	20	38	1.84
1988--2072	42	2.0	42	86	4	118	34	12	17	35	1.88
2108--2175	19	3.9	19	76	21	76	35	10	14	39	1.80
2129--2153	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2110--2172	32	2.0	32	93	0	108	34	11	15	38	1.83
2215--2240	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2195--2261	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
4591--4721	51	2.5	53	81	8	169	32	23	10	33	1.89
4705--4780	27	2.8	28	89	2	109	23	34	21	21	1.97
4800--4932	52	2.6	52	79	11	148	30	24	11	33	1.90
4916--4992	28	2.8	28	85	0	91	23	32	19	24	1.97
4594--4997	212	1.9	212	88	5	620	27	26	13	31	1.94
9731--9797	33	2.0	33	88	0	98	35	11	11	40	1.79
9751--9775	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
9839--9863	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
9872--10047	52	3.4	52	96	0	318	35	18	17	28	1.93
21797--21879	9	8.9	9	77	13	62	83	6	10	0	0.81
21794--21880	14	6.2	14	79	2	68	83	5	10	0	0.79
21794--21880	23	3.8	22	78	7	93	83	5	10	0	0.79
21794--21865	1	72.0	1	73	0	54	86	6	6	0	0.72
22849--23521	55	12.2	55	93	1	1081	28	29	20	21	1.98
23064--23149	27	3.1	27	62	15	68	27	30	18	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24150--24214	21	3.1	21	97	0	121	32	9	20	38	1.84
24150--24234	42	2.0	42	86	4	118	34	12	17	35	1.88
24270--24337	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
24291--24315	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
24272--24334	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
24377--24402	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
24357--24423	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
26752--27093	52	6.5	53	70	19	189	29	26	12	31	1.93
26866--26941	27	2.8	28	85	2	100	25	34	19	21	1.96
27077--27153	28	2.8	28	85	0	91	23	32	19	24	1.97
26755--27158	212	1.9	212	89	4	627	27	27	13	31	1.94
30617--30655	13	3.0	13	88	0	60	33	20	12	33	1.91
30789--30829	22	2.0	20	86	13	57	31	21	4	41	1.74
31094--31145	20	2.4	21	84	9	61	21	50	25	3	1.65
33083--33107	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
33199--33223	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
33179--33246	33	2.1	33	88	2	102	35	17	14	32	1.91
40511--40566	27	2.1	27	100	0	112	30	7	10	51	1.63
43056--43097	18	2.3	18	87	0	57	42	9	40	7	1.65
43253--43295	20	2.2	19	91	4	68	13	0	4	81	0.84
44381--44414	17	1.9	18	88	5	52	29	0	0	70	0.87
47460--47672	105	2.0	105	92	0	354	30	12	20	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54560--54612	13	4.5	13	71	26	55	35	16	13	33	1.88
54560--54628	33	2.1	33	89	5	104	36	18	13	31	1.89
55253--55294	22	1.9	22	90	0	66	21	33	4	40	1.74
59556--59631	28	2.7	28	81	4	82	27	22	30	19	1.98
59581--59634	28	1.9	28	96	0	99	25	18	33	22	1.97
59622--59733	51	2.2	51	88	0	170	34	11	20	33	1.89
59669--59969	79	3.8	79	78	6	313	32	12	25	30	1.92
59673--59970	158	1.9	157	85	3	411	32	12	25	30	1.92
59904--60021	51	2.3	51	85	5	159	31	9	26	33	1.88
59957--60157	108	1.9	107	86	1	285	30	15	25	28	1.96
59819--60257	238	1.8	236	83	3	576	31	13	25	29	1.93
60144--60257	51	2.2	51	82	3	131	32	13	23	30	1.93
62577--62635	20	2.9	21	87	7	86	40	11	16	30	1.85
62597--62666	33	2.1	33	89	0	104	41	15	17	25	1.89
62577--62681	20	5.6	20	72	22	77	41	14	16	27	1.86
62709--62747	20	2.0	20	94	0	69	41	12	17	28	1.87
67215--67270	19	2.9	19	89	2	76	35	16	16	32	1.90
68070--68101	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
72421--72447	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
76907--76941	2	17.5	2	93	0	61	48	0	2	48	1.16
79595--79622	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
82303--82384	41	2.0	41	100	0	164	51	2	17	29	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85922--85971	23	2.2	21	80	19	57	38	16	4	42	1.66
86500--86524	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
86478--86544	33	2.0	33	91	0	107	35	14	16	32	1.90
87943--87968	9	2.9	9	100	0	52	46	11	0	42	1.40
88503--88541	18	2.2	18	86	4	53	15	15	12	56	1.68
89256--89443	62	3.0	62	80	9	159	43	16	13	26	1.86
89250--89393	62	2.3	65	81	10	174	38	18	15	27	1.91
89343--89463	63	1.9	62	83	1	152	46	15	11	26	1.80
89442--89577	46	2.9	46	80	7	134	45	19	9	25	1.80
90138--90181	22	2.0	22	86	8	63	27	25	9	38	1.86
99349--99603	59	4.4	56	76	9	176	46	14	18	20	1.84
99384--99603	59	3.8	58	78	7	209	46	15	17	20	1.84
99528--99732	55	3.7	55	77	5	171	46	21	15	15	1.83
99528--99732	110	1.9	110	83	1	266	46	21	15	15	1.83
101660--101692	17	1.9	17	88	11	50	12	9	0	78	0.95
102334--102378	17	2.8	16	86	3	54	20	13	2	64	1.38
103949--104387	169	2.7	161	74	10	395	30	10	10	49	1.69
104740--104777	10	3.7	10	86	13	51	81	2	15	0	0.80
107616--107640	13	1.9	13	100	0	50	28	16	16	40	1.89
107691--107760	33	2.1	32	87	10	97	34	12	15	37	1.86
109355--109385	15	2.1	15	93	0	53	45	0	25	29	1.54
112806--112919	20	5.7	19	78	12	122	30	18	14	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112802--112920	40	3.0	39	86	8	159	30	19	14	36	1.91
120570--120602	6	5.5	6	100	0	66	54	15	0	30	1.41
120731--120893	50	3.3	50	91	1	274	42	14	26	15	1.86
121285--121339	19	2.6	20	77	16	58	50	20	25	3	1.64
121471--121539	18	3.8	18	77	7	77	34	37	20	7	1.80
121440--121539	37	2.5	39	82	12	107	36	38	19	7	1.78
122465--122591	53	2.5	50	82	12	150	28	25	14	31	1.95
122520--122990	79	6.0	79	93	0	773	27	24	14	33	1.95
122519--122990	236	2.0	237	94	0	838	27	24	14	33	1.95
136384--137167	60	12.9	61	87	5	1054	25	29	20	25	1.99
137867--137893	12	2.2	12	100	0	54	55	14	0	29	1.40
138020--138182	50	3.3	50	91	1	274	42	14	26	15	1.86
138726--138825	43	2.5	39	84	12	116	35	39	19	7	1.78
138755--138825	18	3.9	18	77	14	74	33	38	21	7	1.80
139751--139877	53	2.5	50	82	12	150	28	25	14	31	1.95
139806--140276	79	6.0	79	93	0	791	26	24	15	33	1.95
139805--140276	236	2.0	237	95	0	856	26	24	15	33	1.95
153681--154466	60	12.9	60	86	4	979	25	29	19	25	1.99
153680--154466	120	6.4	120	89	3	1096	25	29	19	25	1.99
153680--154466	364	2.2	365	91	2	1283	25	29	19	25	1.99
155173--155199	12	2.2	12	100	0	54	55	14	0	29	1.40
155328--155490	50	3.3	50	89	1	265	43	14	26	15	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155729--155760	6	5.2	6	92	7	55	50	34	15	0	1.45
156041--156140	43	2.5	39	84	12	116	35	39	19	7	1.78
156070--156140	18	3.9	18	77	14	74	33	38	21	7	1.80
157067--157192	53	2.4	50	81	12	139	29	26	13	30	1.94
157121--157591	79	6.0	79	92	0	773	26	24	15	33	1.95
157122--157591	157	3.0	157	92	1	798	26	24	15	33	1.95
157120--157591	236	2.0	237	94	0	838	26	24	15	33	1.95
163137--163163	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
163148--163203	19	2.8	20	86	2	78	32	16	14	37	1.88
163144--163204	20	3.1	19	79	6	77	34	14	14	36	1.87

Tables:   1   2   3   4   5