genome.fa.s188.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold188
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  942289

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
524253--524328	20	3.8	20	75	0	71	39	13	11	35	1.81
524889--525264	29	13.0	29	85	4	474	23	15	30	29	1.96
524935--525266	57	5.8	57	88	2	479	23	14	31	29	1.95
526496--526542	25	1.9	25	86	4	60	4	0	8	87	0.67
526495--526540	19	2.3	21	85	11	69	4	0	8	86	0.68
526483--526543	9	7.0	9	76	12	56	3	1	11	83	0.83
532971--533011	20	2.0	20	85	0	55	70	7	9	12	1.33
533685--533710	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
533667--533730	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
534167--534233	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
535748--535913	84	2.0	84	80	9	187	54	3	16	24	1.58
677233--677257	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
677213--677278	32	2.0	33	88	2	98	34	12	13	39	1.82
677319--677343	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
677352--677470	52	2.3	52	92	4	197	33	18	16	31	1.94
680908--680932	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
681064--681104	22	2.0	20	86	13	57	31	21	4	41	1.74
683425--683478	20	2.7	20	88	0	81	40	12	16	29	1.86
683530--683555	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
683510--683577	33	2.1	32	91	8	111	35	17	14	32	1.91
683581--683942	181	2.0	181	97	0	679	39	21	13	25	1.89
685302--685457	55	2.8	55	89	1	215	28	28	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
685937--686011	20	3.8	20	90	0	114	26	12	14	46	1.79
693341--693445	51	2.1	50	87	1	147	33	17	24	24	1.96
700162--700238	20	3.8	20	80	0	100	38	11	18	31	1.86
700182--700319	71	1.9	71	85	2	188	39	11	18	31	1.86
700118--700305	91	2.1	91	89	2	288	41	11	17	29	1.85
701782--701823	16	2.5	17	82	14	52	78	14	2	4	1.01
702812--703202	61	6.4	61	83	5	411	26	27	17	27	1.98
703220--703500	40	7.6	34	66	18	109	18	23	16	41	1.90
703295--703500	40	5.6	35	71	15	148	18	24	16	40	1.91
703331--703471	40	3.7	40	76	12	168	18	25	17	39	1.92
703220--703503	75	3.8	74	89	2	399	19	23	16	40	1.91
705977--706088	51	2.2	50	79	1	125	29	26	12	31	1.93
706106--706222	51	2.3	50	83	4	162	30	28	10	30	1.90
705915--706300	129	3.0	130	81	2	427	29	25	11	33	1.92
705915--706300	130	3.0	129	80	3	434	29	25	11	33	1.92
706158--706402	79	3.1	79	83	1	276	31	25	10	33	1.90
711166--711405	49	5.0	49	74	8	187	35	17	23	24	1.96
711255--711392	43	3.1	43	72	11	141	35	18	21	25	1.95
711401--711658	29	8.9	29	82	7	157	22	17	28	31	1.97
711397--711658	57	4.5	57	83	4	303	23	17	28	30	1.97
711460--711660	29	7.0	29	84	3	262	23	17	28	30	1.97
713078--713157	11	7.8	10	76	18	76	1	1	12	85	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
713080--713156	18	3.9	19	77	16	68	1	1	12	84	0.75
713078--713156	29	2.7	28	86	5	104	1	1	12	84	0.74
713091--713157	1	67.0	1	72	0	53	1	1	10	86	0.70
726658--726718	13	5.2	13	74	22	71	39	14	14	31	1.87
726640--726720	33	2.5	33	91	4	128	39	13	14	32	1.85
728121--728259	51	2.7	52	89	1	199	39	12	16	30	1.86
728318--728362	20	2.2	21	92	4	74	28	17	8	44	1.79
730686--731156	79	5.9	79	81	3	475	29	24	11	34	1.91
731092--731208	51	2.3	51	75	0	126	32	27	7	32	1.85
730950--731330	209	1.8	208	84	5	518	29	23	10	35	1.89
735141--735194	20	2.7	20	91	0	90	37	9	16	37	1.81
735231--735257	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
735507--735541	12	2.9	12	91	0	61	31	34	8	25	1.86
735961--736090	52	2.4	52	81	8	136	33	13	26	26	1.93
736008--736848	101	8.4	101	81	6	691	33	18	25	22	1.97
736157--736848	49	13.9	49	83	5	821	33	18	25	22	1.97
736157--736830	349	1.9	349	88	0	1015	33	18	25	22	1.97
736853--736955	31	3.4	32	77	20	114	20	19	28	32	1.97
736853--736960	30	3.7	29	83	9	121	19	19	28	32	1.96
736865--736960	30	3.3	29	84	7	124	18	16	30	34	1.93
736992--737116	34	3.9	34	80	14	147	36	12	29	21	1.90
737037--737095	27	2.2	27	90	0	100	33	11	32	22	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
737133--737367	95	2.5	93	84	6	296	29	15	30	24	1.95
737129--737373	31	7.9	31	78	8	248	30	14	29	25	1.95
737129--737367	126	1.9	125	83	8	306	30	15	30	24	1.95
738371--738412	17	2.5	17	80	3	50	4	14	4	76	1.12
739432--739457	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
746737--746788	13	3.5	13	73	26	50	32	19	15	32	1.93
746745--746828	19	4.6	19	76	19	81	32	17	15	34	1.92
746737--746807	32	2.2	32	97	0	133	33	19	14	32	1.92
757580--757638	1	59.0	1	77	0	55	88	8	3	0	0.63
757581--757638	8	7.5	8	83	14	68	87	8	3	0	0.64
757580--757618	17	2.3	17	100	0	78	89	10	0	0	0.48
758615--758810	59	3.3	60	81	3	225	27	26	20	26	1.99
758791--758933	41	3.4	42	80	3	146	23	24	13	38	1.91
759461--759504	21	2.1	21	87	8	63	34	15	15	34	1.90
761935--762409	79	6.0	78	80	6	483	29	23	13	34	1.92
761943--762409	159	2.9	158	83	4	557	29	23	13	34	1.92
761946--762408	238	1.9	238	83	7	593	29	23	12	34	1.92
762342--762458	51	2.3	50	85	5	146	29	26	13	29	1.94
762397--762567	79	2.2	78	88	1	261	27	26	14	31	1.94
762281--762533	130	1.9	130	84	4	332	29	24	13	32	1.93
762431--762582	78	1.9	79	86	4	200	26	26	14	31	1.95
764040--764184	40	3.6	39	76	18	120	17	24	11	46	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
764125--764213	41	2.1	42	81	4	108	17	22	7	51	1.71
764376--764624	39	6.2	39	69	10	119	18	19	13	48	1.81
764414--764500	40	2.2	39	83	6	104	16	24	13	45	1.83
764565--764664	40	2.5	41	81	4	114	15	16	16	53	1.74
766275--766421	79	1.9	79	85	5	208	26	15	31	26	1.96
766358--766524	51	3.3	51	84	5	221	29	12	27	30	1.93
766484--766811	76	4.3	76	90	1	487	32	14	25	27	1.94
766460--766830	152	2.4	153	86	4	523	31	14	26	27	1.95
766766--766941	51	3.5	50	82	7	214	32	10	27	28	1.90
769229--769287	20	2.9	21	82	7	77	42	11	15	30	1.83
769268--769298	13	2.4	13	100	0	62	38	16	16	29	1.90
769249--769315	33	2.0	33	91	5	109	41	13	16	28	1.86
769354--769379	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
769878--769931	16	3.4	16	68	0	54	33	9	18	38	1.83
770997--771070	20	3.7	20	80	8	71	35	18	16	29	1.93
773987--774667	61	11.7	61	81	10	659	26	19	27	26	1.99
774104--774694	55	10.3	55	82	10	602	25	19	27	27	1.99
773987--774695	232	3.1	229	83	8	859	26	19	26	26	1.99
781455--781528	20	3.8	20	78	3	78	41	12	12	33	1.79
782767--782792	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
782831--782906	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
782852--782924	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
782831--782924	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
783542--783602	31	2.0	31	100	0	122	44	26	3	26	1.69
785396--785434	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
785420--785498	20	3.7	20	70	20	70	45	16	12	25	1.82
791600--791625	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
791664--791737	21	3.6	21	79	3	96	28	17	12	41	1.85
792121--793497	28	47.5	29	85	7	1563	22	17	31	28	1.97
792174--793501	57	23.0	56	82	8	1493	22	17	31	28	1.97
794731--794791	10	6.1	10	77	11	54	0	1	13	85	0.68
794742--794788	1	47.0	1	82	0	58	0	0	8	91	0.42

Tables:   1   2   3   4   5