genome.fa.s188.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold188
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  942289

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
794719--794789	19	3.4	21	77	15	69	1	2	11	84	0.79
794719--794788	12	5.5	12	80	10	77	1	2	10	85	0.76
800219--800259	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
800299--800369	20	3.6	19	77	7	70	40	16	12	29	1.86
800535--800573	13	3.0	13	84	0	60	33	15	15	35	1.89
801051--801117	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
810146--810220	20	3.8	19	78	7	87	41	12	13	33	1.81
810143--810220	40	2.0	39	89	2	120	41	12	12	33	1.82
819385--819551	51	3.3	51	83	3	185	29	12	26	31	1.93
819256--819582	181	1.8	182	82	2	424	29	13	27	29	1.94
819511--819734	76	2.9	76	95	0	394	30	16	27	25	1.96
819718--819883	51	3.3	50	84	8	201	31	12	27	28	1.92
822122--822213	20	4.9	20	78	17	108	40	10	14	34	1.81
822162--822224	13	5.3	13	75	21	75	39	12	15	31	1.85
822142--822221	33	2.4	33	95	0	142	40	12	13	33	1.83
822142--822241	33	3.0	33	89	2	130	39	13	15	33	1.85
822685--822742	16	3.6	16	83	2	71	36	12	12	39	1.80
822803--822856	16	3.4	16	68	0	54	33	9	18	38	1.83
823847--823873	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
823902--823957	19	2.8	21	83	10	80	33	17	14	33	1.90
823943--823969	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
824494--824614	57	2.1	57	90	0	188	40	24	5	28	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
826446--826473	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
832336--832373	20	1.9	20	88	0	58	39	15	13	31	1.86
832403--832458	19	2.8	21	83	10	80	33	17	14	33	1.90
832444--832470	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
836318--836363	2	23.0	2	95	0	83	0	47	2	50	1.13
837357--837397	18	2.3	18	87	8	57	36	2	0	60	1.10
838657--838703	2	24.0	2	91	4	78	46	0	0	53	1.00
839637--839732	20	4.6	20	72	10	84	61	14	0	23	1.33
839619--839743	35	3.7	34	72	14	107	61	12	0	25	1.31
839657--839714	29	2.0	29	86	6	82	63	10	0	25	1.26
839987--840017	16	1.9	16	100	0	62	74	0	25	0	0.82
841317--841365	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
842112--842139	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
842873--843122	124	2.0	123	84	4	324	40	10	8	40	1.70
843419--843451	2	16.5	2	93	0	57	54	0	0	45	0.99
844057--844086	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
844298--844342	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
846151--846230	28	2.8	28	75	16	76	63	0	5	31	1.15
849610--849696	30	3.1	28	79	9	81	40	0	1	58	1.05
849619--849700	36	2.3	35	76	15	89	41	0	1	57	1.06
856881--856927	22	2.0	23	84	8	60	44	6	2	46	1.40
859345--859409	15	4.5	15	73	21	50	38	1	0	60	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
859441--859695	115	2.3	114	83	10	316	30	11	3	53	1.55
859913--859971	4	15.5	4	80	16	56	0	20	0	79	0.73
859913--859971	11	5.5	11	78	17	63	0	20	0	79	0.73
863601--863686	1	86.0	1	74	0	73	87	9	2	1	0.69
863602--863694	17	5.5	17	80	11	102	86	10	2	1	0.72
863603--863707	33	3.2	31	84	9	111	84	12	1	0	0.75
863601--863708	37	2.9	35	80	14	112	84	12	2	0	0.78
863608--863705	4	24.8	4	78	12	51	83	13	2	1	0.78
865326--865411	19	4.8	18	73	25	74	34	13	16	34	1.88
865367--865391	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
865348--865416	32	2.2	32	97	0	129	33	11	17	37	1.86
865463--865487	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
879405--879494	1	90.0	1	73	0	72	86	11	2	0	0.65
879406--879506	10	9.8	10	81	11	89	85	12	1	0	0.69
879405--879515	27	4.1	26	82	5	132	84	13	1	0	0.70
879405--879509	43	2.4	43	87	6	142	84	13	1	0	0.70
879405--879515	22	5.2	21	82	10	127	84	13	1	0	0.70
881156--881218	19	3.7	18	76	24	73	33	12	17	36	1.88
881175--881199	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
881156--881226	32	2.2	32	97	0	133	32	12	18	36	1.88
881271--881295	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
886949--887008	21	3.0	21	73	20	56	30	1	3	65	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
891539--891655	51	2.3	51	85	7	166	31	15	23	29	1.95
891641--891710	28	2.5	27	84	9	79	24	17	34	24	1.96
891698--891813	51	2.3	51	87	3	171	26	11	30	31	1.91
891516--891842	158	2.1	158	82	4	401	30	14	28	27	1.95
891749--892012	79	3.3	79	82	3	307	33	14	25	26	1.94
894405--894462	13	4.0	13	74	23	53	34	15	17	32	1.91
894420--894483	19	3.7	18	74	23	66	39	17	14	29	1.88
894411--894481	32	2.2	32	94	0	124	36	18	14	30	1.90
896293--896321	15	1.9	15	100	0	58	41	13	10	34	1.79
900088--900146	20	3.0	20	90	2	93	40	15	10	33	1.81
908461--908527	20	3.7	20	70	25	76	37	17	10	34	1.85
908461--908527	33	2.0	33	97	0	125	37	17	10	34	1.85
911844--911897	20	2.7	20	97	0	99	33	11	16	38	1.84
918638--918875	51	4.6	50	80	8	230	30	10	27	31	1.91
921912--922270	55	6.3	55	81	7	373	24	21	26	27	1.99
922417--939591	55	307.4	54	71	14	7355	24	20	28	26	1.99
922630--922719	26	3.3	26	69	19	76	22	20	31	26	1.98
922292--924391	116	18.7	113	74	15	1434	24	20	28	26	1.99
922925--923363	61	7.5	61	78	7	226	27	20	26	26	1.99
921912--941529	668	29.5	649	77	12	12323	24	20	28	26	1.99
924136--924225	26	3.3	26	69	19	76	22	20	31	26	1.98
925064--925522	116	4.0	114	81	9	513	23	20	29	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
926565--928596	116	17.9	114	76	12	1746	25	20	27	26	1.99
927697--927786	26	3.3	26	67	19	76	21	20	32	26	1.97
928625--931083	116	21.8	114	73	14	1620	24	20	28	26	1.99
929536--929625	26	3.3	26	70	19	76	21	18	31	28	1.97
929514--929599	29	3.1	29	67	21	83	20	22	30	26	1.98
930259--931083	171	4.8	168	83	8	1008	23	20	28	26	1.99
930826--930915	26	3.3	26	67	19	76	21	20	32	26	1.97
931754--933882	116	19.0	114	71	16	1362	24	20	28	26	1.99
931765--942251	171	63.0	164	73	16	5439	24	20	28	25	1.99
933394--933793	210	1.9	210	85	4	547	24	20	29	26	1.99
933605--939587	381	15.5	381	74	15	2469	24	20	28	26	1.99
933920--934461	116	4.7	112	79	10	542	23	20	28	26	1.99
934148--934237	26	3.3	26	67	19	76	22	18	30	28	1.97
934272--934670	209	1.9	210	84	3	545	24	20	28	26	1.99
935406--935495	26	3.3	26	67	19	76	21	20	32	26	1.97
936199--936780	155	3.7	149	77	13	569	25	20	28	25	1.99
936666--937987	116	11.7	111	73	13	950	24	20	27	26	1.99
936890--936979	26	3.3	26	67	19	76	22	18	30	28	1.97
938232--938321	26	3.3	26	67	19	76	21	20	32	26	1.97
938295--938694	210	1.9	210	85	4	547	24	20	29	26	1.99
939049--939138	26	3.3	26	68	14	74	23	17	32	26	1.97
939606--939780	55	3.1	55	82	9	192	26	20	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
939460--939743	155	1.9	149	83	7	374	24	20	28	26	1.99
939399--939796	210	1.9	210	83	4	516	24	20	29	26	1.99
939937--940105	59	2.8	61	77	14	167	26	20	27	26	1.99
940139--940218	28	2.9	27	67	14	72	21	22	27	28	1.99
940139--940279	57	2.5	57	87	5	196	21	20	28	29	1.98
940830--941188	55	6.4	56	82	7	374	24	22	27	26	2.00
941339--941524	59	3.3	57	80	8	193	21	22	29	26	1.99
941339--941529	56	3.4	56	79	12	203	22	21	29	26	1.99
942120--942251	55	2.4	57	85	7	175	21	18	31	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5

The End!