genome.fa.s188.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold188
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  942289

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163232--163285	20	2.7	19	83	11	65	33	12	18	35	1.89
167056--167105	20	2.5	20	90	3	75	34	18	16	32	1.92
169459--169508	21	2.4	21	83	9	59	48	0	20	32	1.50
169466--169508	21	2.0	22	86	4	61	51	0	20	27	1.48
169769--169821	20	2.7	20	75	21	58	54	16	1	26	1.53
173857--173925	20	3.5	19	82	7	68	37	17	15	28	1.91
176380--176447	20	3.3	20	92	8	118	63	8	8	19	1.49
176381--176455	22	3.5	22	92	7	136	61	9	10	18	1.55
177365--177439	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
177362--177439	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
178556--178592	3	12.3	3	88	0	56	29	32	0	37	1.58
180270--180366	19	5.0	20	82	6	128	35	16	15	32	1.90
180270--180365	39	2.5	39	96	1	176	34	16	15	33	1.91
180350--180374	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
181018--181072	15	3.7	15	90	7	78	87	5	7	0	0.68
181018--181070	10	5.2	10	82	13	56	86	5	7	0	0.69
181027--181081	26	2.2	26	90	9	87	87	3	9	0	0.66
181018--181081	14	4.6	14	81	13	69	85	4	9	0	0.72
181021--181072	1	52.0	1	78	0	50	88	5	5	0	0.63
188306--188330	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
191539--191658	58	2.1	57	95	1	213	34	13	12	40	1.82
192630--192655	10	2.6	10	100	0	52	34	23	0	42	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
197879--197923	23	2.0	23	82	8	56	15	20	20	44	1.87
200013--200045	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
200049--200267	119	1.8	119	88	0	330	35	17	16	31	1.92
200702--200773	20	3.5	21	81	7	67	37	9	20	31	1.85
203874--203945	20	3.6	20	94	0	126	38	12	15	33	1.85
205629--205662	3	11.3	3	93	0	59	35	0	35	29	1.58
210135--210177	20	2.1	21	95	4	79	46	11	13	27	1.78
210337--210386	21	2.4	22	83	9	61	32	20	0	48	1.50
210658--215605	989	5.0	989	98	0	9520	27	27	17	27	1.97
221362--221391	16	1.9	16	93	6	53	66	0	0	33	0.92
221657--221704	22	2.2	22	81	7	53	35	2	2	60	1.20
221759--221816	21	2.6	21	79	15	64	44	1	0	53	1.10
222212--222356	5	29.6	5	67	17	56	35	0	1	62	1.09
222223--222321	18	5.7	16	72	18	56	35	1	1	62	1.09
222234--222313	23	3.3	24	75	13	65	36	1	0	62	1.03
222212--222326	11	10.1	11	71	13	81	35	0	0	62	1.07
222217--222346	26	4.8	26	70	20	79	34	0	1	63	1.10
222565--222599	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
227731--227771	21	2.0	21	85	0	55	43	9	2	43	1.50
228256--228293	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
230386--230414	15	1.9	15	100	0	58	20	13	27	37	1.91
231417--231474	24	2.5	24	85	2	73	32	3	41	22	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
232449--232506	30	1.9	29	86	6	80	20	8	31	39	1.83
233344--233400	23	2.5	23	88	0	87	57	12	5	24	1.55
240635--240667	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
242094--242142	20	2.4	21	75	3	55	20	6	8	65	1.41
243788--243825	16	2.3	17	86	4	51	44	5	5	44	1.49
244310--244349	19	2.2	19	86	4	55	40	0	2	57	1.12
251261--251394	50	2.7	50	85	1	187	40	12	17	29	1.86
252316--252383	21	3.2	21	64	25	52	30	16	26	26	1.96
252314--252395	43	1.9	43	92	0	137	31	17	24	26	1.97
252415--252594	32	5.7	31	72	7	121	19	16	31	32	1.94
252509--252634	32	3.9	32	77	6	85	23	18	29	29	1.97
252838--252906	28	2.5	28	88	2	95	26	21	27	24	1.99
252960--252998	13	2.9	13	88	7	60	35	15	15	33	1.89
252962--253004	14	3.2	13	87	9	59	34	16	11	37	1.85
263551--263601	21	2.5	21	81	9	61	39	15	15	29	1.89
263661--263686	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
263643--263706	33	2.0	32	90	3	101	39	20	14	26	1.90
265271--265307	3	12.3	3	94	0	65	35	0	35	29	1.58
269574--269600	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
269556--269619	32	2.0	33	87	3	94	40	17	15	26	1.89
271809--271853	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
274879--274903	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
274859--274925	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
274966--274990	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
274999--275126	52	2.5	52	92	3	215	34	17	17	30	1.93
279299--279376	20	3.6	21	74	15	70	26	14	15	43	1.85
279365--279402	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
281854--281947	20	4.6	20	80	4	98	38	13	19	28	1.90
281872--281947	21	3.7	21	82	3	109	40	11	18	28	1.86
281854--281947	41	2.3	41	98	0	179	38	13	19	28	1.90
283171--283196	8	3.2	8	100	0	52	15	0	23	61	1.33
285948--285999	20	2.7	20	90	3	79	38	21	13	26	1.90
290663--291009	28	12.0	28	81	7	360	28	30	17	23	1.97
290663--291007	85	4.0	85	85	6	403	28	30	17	22	1.97
290663--291007	57	6.0	57	86	7	432	28	30	17	22	1.97
292112--292137	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
294352--294396	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
298244--298323	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
298309--298347	13	3.0	13	88	0	60	30	15	15	38	1.88
300802--300895	21	4.6	20	78	4	89	39	12	19	28	1.88
300820--300895	21	3.7	21	82	3	109	40	11	18	28	1.86
300802--300895	41	2.3	41	96	0	170	39	12	19	28	1.88
300934--300959	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
306350--306376	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
306362--306417	19	2.8	20	83	8	69	32	14	17	35	1.90
310241--310305	33	2.0	33	84	6	87	41	15	13	29	1.86
314350--314380	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
316453--316490	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
316604--316646	20	2.2	19	84	16	52	27	18	4	48	1.68
319046--319071	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
319027--319090	33	1.9	33	87	6	94	40	17	14	28	1.88
320268--320292	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
323714--323741	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
325540--325659	57	2.1	57	96	0	222	31	5	22	40	1.78
326185--326257	20	3.7	20	92	1	112	24	20	19	35	1.95
326224--326278	19	2.8	20	86	8	76	32	14	18	34	1.91
326323--326353	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
326307--326373	33	2.0	32	88	11	100	35	13	17	32	1.89
329142--329389	79	3.1	79	81	3	250	34	14	23	27	1.94
331720--331851	50	2.7	50	91	1	203	42	14	16	26	1.87
332875--333129	52	5.0	52	77	10	247	34	15	24	25	1.95
333024--333124	49	2.2	43	75	18	112	35	14	21	27	1.93
333135--333217	43	1.9	43	82	4	105	32	14	26	26	1.95
333231--333480	32	7.9	32	76	4	238	20	18	31	30	1.96
333222--333475	95	2.6	96	84	3	323	20	18	31	29	1.96
334612--334659	14	3.3	14	75	11	51	39	10	22	27	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
335467--335595	62	2.1	61	94	1	222	37	4	13	44	1.65
338303--338375	34	2.1	35	82	7	87	54	10	16	17	1.70
339566--339635	31	2.2	32	89	5	106	52	8	11	27	1.66
341329--341380	20	2.6	20	90	0	77	46	13	17	23	1.83
344176--344229	20	2.8	19	86	5	65	38	11	12	37	1.79
344197--344258	33	1.9	32	86	3	88	38	11	14	35	1.82
344730--344767	20	1.9	20	84	10	51	47	7	15	28	1.74
346540--346586	23	2.0	24	84	12	62	61	19	4	14	1.49
350384--350446	19	3.7	18	72	24	64	33	19	12	34	1.89
350362--350448	32	2.7	32	91	3	131	32	18	13	35	1.90

Tables:   1   2   3   4   5