genome.fa.s189.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold189
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2243555

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2696--2748	26	2.0	26	100	0	106	37	7	3	50	1.49
6402--6428	12	2.2	12	100	0	54	40	14	7	37	1.74
7213--7289	16	4.8	17	69	20	58	44	1	0	54	1.08
7238--7292	18	3.1	18	78	19	62	47	0	0	52	1.00
7335--7389	21	2.6	20	78	18	58	63	1	0	34	1.05
8166--8202	19	1.9	19	100	0	74	27	0	18	54	1.44
14983--15173	103	1.9	102	87	1	283	42	17	13	26	1.86
16489--16543	2	29.5	2	85	14	82	0	0	49	50	1.00
16489--16543	27	2.1	25	90	6	83	0	0	49	50	1.00
19458--19513	2	28.5	2	96	3	105	50	0	50	0	1.00
19716--19826	28	3.9	28	73	3	80	52	1	0	45	1.11
19717--19826	57	1.9	57	81	3	132	51	1	0	46	1.11
20058--20131	22	3.5	22	78	10	66	39	0	1	59	1.06
20050--20157	41	2.8	41	74	17	97	39	1	0	57	1.16
20140--20174	16	2.3	16	90	9	56	40	0	0	60	0.97
20340--20462	53	2.3	55	76	18	136	51	2	0	45	1.20
22955--23019	32	2.0	32	96	0	121	52	24	15	7	1.69
25399--25434	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
34117--34143	12	2.2	12	100	0	54	40	14	7	37	1.74
34947--35004	18	3.4	18	73	20	61	37	0	0	62	0.96
34957--35005	15	3.1	15	78	16	62	36	0	0	63	0.95
34929--35008	38	2.1	37	81	6	90	42	1	0	56	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35651--35678	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
37238--37425	102	1.8	102	88	0	286	42	16	15	26	1.88
38741--38770	2	15.0	2	100	0	60	0	0	50	50	1.00
41916--41957	15	2.9	15	89	3	59	33	35	9	21	1.86
41937--42001	32	2.0	33	84	3	87	40	29	9	21	1.84
42129--42167	3	13.0	3	94	0	69	33	2	0	64	1.08
45474--45538	32	2.0	32	100	0	130	50	24	15	9	1.73
49620--49657	19	2.0	19	94	0	67	31	26	13	28	1.93
50016--50090	22	3.3	22	84	3	87	32	4	16	48	1.64
50008--50096	22	4.0	22	82	5	70	33	3	14	48	1.61
50014--50098	24	3.6	24	82	6	102	32	3	15	48	1.62
54795--54982	102	1.8	102	87	2	279	43	17	13	25	1.86
55439--56045	303	2.0	305	98	1	1164	38	16	14	30	1.89
57468--57495	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
60620--60672	26	2.0	26	88	0	79	35	9	7	47	1.64
62896--62936	20	2.0	20	95	0	73	65	2	19	12	1.36
64404--64430	12	2.2	12	100	0	54	40	14	7	37	1.74
65415--65485	28	2.5	28	81	9	81	54	1	1	42	1.17
68052--68235	102	1.8	102	85	0	260	44	15	13	26	1.84
69556--69587	2	16.0	2	100	0	64	0	0	50	50	1.00
71731--71922	96	2.0	96	98	0	375	42	8	28	20	1.82
84388--84414	12	2.2	12	100	0	54	40	14	7	37	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85221--85263	18	2.4	18	84	7	52	37	2	0	60	1.10
85254--85283	15	1.9	16	93	6	53	60	0	0	40	0.97
86700--86744	21	2.1	21	83	0	54	44	6	13	35	1.70
89031--89057	12	2.2	12	100	0	54	40	14	7	37	1.74
89901--89963	18	3.6	17	77	14	65	41	1	0	57	1.08
89913--89966	17	3.1	17	77	15	65	44	0	0	55	0.99
89940--89997	23	2.5	23	82	0	71	55	3	0	41	1.17
90280--90374	40	2.4	39	75	10	95	36	2	2	58	1.21
90294--90348	24	2.4	22	82	14	58	36	0	1	61	1.06
90314--90363	19	2.5	20	78	15	59	38	0	2	60	1.09
90370--90422	26	2.0	26	85	7	72	35	5	0	58	1.22
93712--93808	48	2.0	48	95	0	176	17	26	14	41	1.88
93933--93986	17	3.1	18	84	10	67	53	0	0	46	1.00
93933--94000	18	3.8	17	80	9	64	52	0	1	45	1.09
94405--94464	31	1.9	31	82	0	75	41	3	6	48	1.46
94535--94604	32	2.1	35	84	10	92	47	2	1	48	1.25
94637--94679	16	2.8	16	85	3	52	60	0	0	39	0.97
94517--94918	209	1.9	205	90	2	642	44	6	2	47	1.42
94960--95003	21	2.1	21	83	8	54	38	4	0	56	1.20
95809--95919	54	2.1	54	94	0	195	53	8	7	31	1.58
98078--98111	17	1.9	18	88	5	52	44	11	5	38	1.65
111105--111142	20	1.9	20	88	0	58	47	7	2	42	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114251--114296	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
114563--114630	31	2.2	31	84	5	84	66	4	10	19	1.39
114768--114845	38	2.0	39	95	2	140	52	12	10	24	1.70
119109--119152	22	1.9	24	86	9	65	75	0	9	15	1.05
120633--120705	38	2.0	38	89	10	116	60	8	1	30	1.34
121579--121773	103	1.9	103	88	2	293	45	17	12	24	1.83
123492--123560	23	3.0	22	78	6	66	30	2	0	66	1.06
132777--132827	22	2.3	22	77	19	52	68	3	0	27	1.07
134335--134378	20	2.1	20	83	8	52	43	0	0	56	0.99
135049--135104	26	2.2	26	83	0	67	71	0	0	28	0.86
135018--135090	31	2.3	31	83	6	85	64	0	0	35	0.94
146757--146817	21	2.8	23	72	20	60	37	0	0	62	0.96
146748--146824	19	3.9	19	71	20	61	40	0	0	59	0.97
148677--148730	27	2.0	27	82	13	67	53	1	0	44	1.11
148719--148775	30	1.9	29	86	10	80	63	1	0	35	1.05
149127--149169	20	2.2	20	82	0	50	44	0	2	53	1.13
149140--149179	20	2.0	20	90	9	64	40	0	0	60	0.97
149150--149223	24	3.1	24	81	13	73	43	1	0	55	1.08
149150--149223	23	3.1	24	79	13	73	43	1	0	55	1.08
149218--149257	15	2.4	17	88	12	57	42	0	0	57	0.98
149661--149694	14	2.4	14	90	9	52	41	0	0	58	0.98
149650--149772	47	2.6	46	79	18	121	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149664--149750	44	2.0	44	84	10	117	48	0	0	51	1.00
149745--149778	17	1.9	17	88	5	50	50	0	0	50	1.00
149800--149847	22	2.2	22	88	0	69	52	2	2	43	1.24
150209--150241	2	17.0	2	87	6	50	51	3	0	45	1.16
158965--159006	20	2.0	21	90	4	68	52	0	0	47	1.00
158965--159034	20	3.1	22	78	15	63	50	2	0	47	1.16
163101--163145	18	2.6	18	82	10	58	60	2	0	37	1.09
164950--165004	23	2.3	22	87	12	74	54	0	0	45	0.99
164971--165006	19	1.9	18	94	5	63	55	0	0	44	0.99
164950--165017	25	2.8	24	80	12	61	57	0	0	42	0.98
165165--165220	19	3.4	16	81	13	53	62	1	0	35	1.06
167037--167075	19	2.1	19	100	0	78	30	23	10	35	1.88
169008--169044	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
174090--174187	21	4.7	20	82	16	110	61	5	1	32	1.25
174090--174172	10	7.6	12	69	20	56	60	4	1	33	1.26
174107--174188	42	2.0	43	90	4	132	59	4	0	35	1.19
174105--174196	41	2.2	42	86	3	132	57	5	1	35	1.29
187094--187143	17	3.1	17	76	23	54	58	0	0	42	0.98
189343--189379	15	2.4	16	90	4	58	54	0	0	45	1.00
189389--189500	58	2.0	55	81	11	129	43	5	1	49	1.36
196560--196587	6	4.7	6	100	0	56	67	0	0	32	0.91
196906--196950	19	2.5	18	89	7	65	55	0	4	40	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196951--197014	30	2.1	31	86	11	89	51	0	0	48	1.00
210590--210659	35	2.0	35	100	0	140	28	14	28	28	1.95
214521--214565	18	2.5	19	82	13	60	57	0	0	42	0.98
214562--214605	23	2.0	22	86	4	61	40	2	2	54	1.25
214956--214982	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
219638--219664	4	6.8	4	100	0	54	51	22	0	25	1.48
220355--220388	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
220576--220609	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
222043--222073	2	15.5	2	100	0	62	48	0	51	0	1.00
238642--238672	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9