genome.fa.s189.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold189
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2243555

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

This is table  9  of  9  ( 1067 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2121388--2121467	21	3.7	21	75	11	81	52	0	5	42	1.23
2131518--2131544	5	5.4	5	100	0	54	0	18	0	81	0.69
2131544--2131589	2	22.5	2	95	4	83	0	47	2	50	1.13
2134118--2134148	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2135225--2135271	21	2.2	21	84	0	58	31	23	6	38	1.80
2140180--2140217	19	2.1	18	85	14	51	60	2	0	36	1.11
2141433--2141480	12	4.0	12	76	10	53	47	0	2	50	1.12
2141532--2141586	25	2.2	26	80	9	69	61	5	10	21	1.49
2147998--2148096	24	4.0	24	80	7	99	36	0	7	56	1.27
2147997--2148071	24	2.9	26	88	7	109	37	0	5	57	1.22
2147997--2148109	51	2.2	51	83	0	136	35	0	6	58	1.23
2153766--2153794	14	2.1	14	100	0	58	41	0	17	41	1.49
2156392--2156422	12	2.6	12	94	0	53	61	6	0	32	1.21
2169524--2169569	4	12.2	4	77	13	53	73	0	26	0	0.83
2170180--2170220	22	1.9	21	90	5	64	80	0	19	0	0.71
2170182--2170235	16	3.4	15	78	16	56	79	1	18	0	0.82
2170190--2170232	20	2.0	20	91	8	68	76	2	20	0	0.89
2171321--2171361	17	2.5	17	84	7	59	43	0	0	56	0.99
2174259--2174290	3	10.7	3	100	0	64	0	34	0	65	0.93
2175260--2175403	47	3.1	46	73	11	139	40	14	6	38	1.71
2175830--2175861	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
2176246--2176280	3	11.7	3	100	0	70	68	0	31	0	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2177772--2177810	21	1.9	20	89	5	60	61	5	0	33	1.18
2177863--2177940	23	3.3	23	75	8	59	62	2	3	30	1.26
2178230--2178586	122	2.9	119	82	10	400	42	3	1	52	1.30
2178281--2178637	125	2.9	120	79	11	280	41	3	2	52	1.30
2178886--2179046	38	4.2	39	75	5	103	43	2	8	45	1.48
2182684--2182965	70	4.0	70	86	4	365	30	15	9	44	1.78
2182702--2182959	140	1.8	141	89	4	405	31	15	10	43	1.79
2182890--2183151	94	2.8	93	90	2	411	31	16	9	42	1.80
2183077--2183361	70	4.1	70	91	2	423	31	16	8	42	1.79
2182722--2183539	396	2.1	388	91	3	1327	31	16	9	42	1.80
2183289--2183685	91	4.4	91	80	9	452	33	15	7	42	1.76
2183294--2183659	178	2.1	178	86	5	515	33	15	7	42	1.76
2183683--2183728	22	2.1	21	84	4	56	41	8	6	43	1.61
2184327--2184688	123	2.9	121	85	8	462	53	2	1	42	1.24
2184978--2185031	23	2.4	23	81	3	74	29	1	5	62	1.28
2184957--2185031	23	3.2	23	76	12	73	30	1	6	61	1.30
2185113--2185177	22	2.9	22	78	14	62	40	0	1	58	1.07
2185006--2185287	110	2.5	113	84	5	347	42	2	1	53	1.23
2185253--2185318	32	2.1	30	88	5	96	42	0	0	57	0.98
2185105--2185342	115	2.1	115	81	9	279	43	1	0	55	1.11
2185483--2185523	3	13.7	3	94	0	73	34	31	0	34	1.58
2190517--2190546	7	4.3	7	91	0	51	26	33	13	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2190772--2190805	11	3.0	11	91	4	50	17	17	14	50	1.79
2190833--2191088	84	3.0	84	100	0	512	27	9	19	43	1.82
2192362--2192425	2	32.0	2	83	0	74	45	1	0	53	1.10
2194975--2195014	2	20.0	2	89	0	62	45	0	5	50	1.23
2200031--2200240	11	19.9	11	69	20	103	40	0	3	55	1.20
2200031--2200623	21	28.2	21	67	17	173	38	3	4	53	1.37
2200026--2200212	104	1.8	101	84	10	254	40	0	4	55	1.24
2200525--2200623	9	9.9	9	70	20	63	33	1	4	61	1.21
2200528--2200618	20	4.4	20	84	6	112	32	1	4	61	1.23
2200528--2200640	11	10.8	11	73	17	82	33	1	4	60	1.27
2200689--2200746	20	2.8	22	77	20	61	39	3	8	48	1.51
2200736--2200783	21	2.3	21	85	0	60	31	0	10	58	1.32
2200804--2200840	20	1.9	20	88	5	58	32	2	13	51	1.55
2200797--2200872	21	3.6	22	73	8	59	34	2	9	53	1.46
2200880--2200967	21	4.2	21	77	8	99	39	0	6	53	1.28
2200883--2200964	41	2.0	42	90	7	132	42	0	6	51	1.26
2201074--2201124	21	2.4	21	80	9	59	41	5	7	45	1.57
2201113--2201166	21	2.6	21	82	2	65	44	7	0	48	1.31
2201248--2201329	34	2.4	34	85	4	112	24	6	20	48	1.72
2201687--2201724	19	2.0	19	94	0	67	31	18	15	34	1.92
2205129--2205239	21	5.2	21	71	11	84	40	1	9	48	1.45
2207706--2207745	6	6.8	6	85	2	55	50	15	2	32	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2208905--2208974	34	2.1	34	100	0	140	22	15	14	47	1.82
2213625--2213659	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2214733--2214780	2	24.0	2	79	8	53	43	2	0	54	1.12
2214733--2214792	15	4.2	14	89	8	86	41	1	0	56	1.09
2214733--2214802	19	3.7	19	76	3	61	44	2	0	52	1.15
2215234--2215259	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2215924--2215962	20	2.0	20	89	0	60	43	2	0	53	1.14
2216053--2216082	14	2.1	14	93	0	51	70	0	0	30	0.88
2220024--2220056	2	16.5	2	93	0	57	48	3	0	48	1.17
2224004--2224061	16	3.5	17	79	6	66	32	15	10	41	1.81
2224004--2224068	16	4.0	16	76	9	60	33	16	9	40	1.81
2224875--2224908	16	2.1	17	88	5	52	20	20	20	38	1.94
2225234--2225259	5	5.2	5	100	0	52	76	0	23	0	0.78
2225382--2225544	68	2.4	67	86	2	220	35	7	6	50	1.57
2226373--2226759	156	2.5	154	81	7	458	43	17	11	27	1.83
2230400--2230435	16	2.2	16	90	0	54	38	33	16	11	1.84
2230726--2230759	15	2.3	15	100	0	68	70	5	11	11	1.32
2238679--2238729	24	2.1	24	92	3	84	49	3	7	39	1.51
2241136--2241170	14	2.5	14	85	0	52	54	0	0	45	0.99
2241154--2241195	22	1.9	22	85	0	57	69	0	0	30	0.89
2241598--2241808	7	29.3	7	69	8	57	16	0	41	41	1.54
2241610--2241732	51	2.4	49	80	12	133	16	1	41	40	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2241619--2241849	21	10.8	21	75	14	161	16	2	40	41	1.60
2241604--2241779	14	12.3	14	72	15	112	17	1	39	42	1.56
2241598--2241798	14	14.0	14	70	20	98	16	0	41	41	1.55
2241981--2242044	7	8.9	7	83	13	85	10	3	82	3	0.89
2241981--2242046	29	2.3	28	87	10	89	10	3	83	3	0.87
2241981--2242045	15	4.4	15	79	11	80	10	3	83	3	0.88
2242115--2242552	8	53.1	8	66	19	99	37	38	15	7	1.76
2242276--2242312	18	2.1	17	90	5	56	29	51	18	0	1.47
2242370--2242555	7	23.9	7	74	18	138	38	41	14	5	1.69
2242370--2242555	24	8.0	21	75	16	138	38	41	14	5	1.69
2242361--2242555	57	3.5	52	75	18	148	38	41	14	5	1.69
2242544--2242605	8	8.3	7	74	13	52	38	53	3	4	1.39
2242544--2243428	15	58.8	15	74	17	554	39	54	0	4	1.27
2242582--2242633	26	2.0	26	88	0	77	44	48	0	7	1.31
2242684--2243428	7	98.7	7	78	15	639	40	55	0	3	1.22
2242685--2243423	87	8.6	81	76	16	564	40	55	0	3	1.21
2243024--2243507	7	66.4	7	81	13	130	36	58	3	1	1.22
2243029--2243479	22	20.6	21	79	14	98	37	58	2	1	1.19
2243509--2243534	7	3.7	7	100	0	52	42	46	0	11	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9

The End!