genome.fa.s199.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold199
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  611138

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
793--832	6	6.7	6	97	0	71	20	32	0	47	1.50
2742--2778	19	1.9	19	94	0	65	2	18	13	64	1.39
6017--6191	90	1.9	90	92	0	296	32	18	21	28	1.96
8561--8691	16	8.2	16	73	13	99	37	0	7	54	1.29
8626--8691	31	2.1	32	88	8	100	34	0	9	56	1.31
9921--9962	20	2.1	20	86	0	57	35	4	7	52	1.50
10571--10616	15	3.0	15	83	3	56	41	2	2	54	1.25
10577--10621	15	2.9	15	83	3	54	40	2	0	57	1.11
10814--10862	17	2.8	17	84	6	62	38	2	0	59	1.09
10944--10982	3	13.3	3	94	5	71	30	0	0	69	0.89
14151--14200	16	3.1	16	79	0	55	52	0	0	48	1.00
15187--15220	17	1.9	18	88	5	52	35	2	0	61	1.11
15234--15317	32	2.7	33	78	8	88	42	0	0	57	0.99
15272--15318	16	2.9	17	73	23	55	48	0	0	51	1.00
15260--15336	32	2.4	33	82	8	97	45	0	0	54	0.99
15266--15366	11	9.5	11	67	19	54	43	0	0	56	0.99
15532--15696	5	35.0	5	63	21	54	57	0	0	41	1.03
15532--15696	9	17.5	10	65	20	54	57	0	0	41	1.03
15619--15702	29	2.9	29	76	13	82	59	0	0	40	0.97
16170--16215	21	2.2	21	84	0	56	43	0	8	47	1.34
16323--16381	28	2.2	26	82	11	66	47	0	0	52	1.00
16707--16761	24	2.3	25	75	15	62	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16688--16767	32	2.6	30	79	11	90	48	1	0	50	1.08
17512--17625	34	3.1	34	64	20	86	39	11	21	28	1.87
17471--17693	75	3.0	75	98	0	428	36	11	21	30	1.89
17859--17889	2	15.5	2	93	0	53	0	3	48	48	1.17
17891--17920	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
19812--19851	2	20.5	2	94	5	73	47	0	0	52	1.00
21980--22010	13	2.4	13	94	0	53	45	3	0	51	1.17
22676--22749	28	2.7	29	77	14	84	56	2	0	40	1.13
23137--23201	25	2.5	27	80	16	75	27	1	1	69	1.07
23236--23310	17	4.2	17	76	19	64	42	0	0	57	0.98
23236--23310	36	2.1	36	85	9	100	42	0	0	57	0.98
23255--23328	17	4.2	17	75	24	66	45	1	0	52	1.09
23587--23650	33	1.9	33	96	0	119	46	4	0	48	1.23
26123--26165	6	7.2	6	79	10	52	53	0	0	46	1.00
26123--26204	36	2.5	33	80	18	98	57	2	0	40	1.12
26137--26216	36	2.3	35	89	6	117	61	2	0	36	1.10
26156--26195	15	2.7	14	82	14	53	62	5	0	32	1.17
26271--26314	16	2.8	15	83	16	54	61	4	0	34	1.16
28462--28497	10	3.6	10	92	0	63	38	8	2	50	1.47
29309--29343	17	2.0	18	88	5	54	48	0	2	48	1.16
29336--29402	30	2.4	28	78	21	79	61	2	0	35	1.12
29359--29399	20	2.0	21	86	13	59	60	4	0	34	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34153--34189	18	2.1	18	89	0	56	29	0	0	70	0.88
34152--34225	28	2.6	28	77	12	71	37	0	2	59	1.12
34769--34831	19	3.3	19	90	0	90	28	17	19	34	1.94
38897--39000	34	3.1	33	89	6	156	26	8	24	40	1.84
38995--39078	34	2.5	34	86	7	127	41	23	7	27	1.80
39435--39515	34	2.4	34	85	8	112	23	4	30	40	1.76
42200--42239	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
45445--45496	2	26.5	2	92	3	88	51	0	0	48	1.00
46277--46324	24	2.0	24	100	0	96	25	41	8	25	1.83
49543--49609	16	4.2	16	82	0	80	53	1	7	37	1.38
50422--50451	15	2.0	15	100	0	60	33	6	13	46	1.69
62185--62228	2	22.5	2	95	4	81	47	0	0	52	1.00
62737--62773	19	2.0	18	89	5	56	62	0	0	37	0.96
65559--65613	28	2.0	28	100	0	110	18	10	21	49	1.78
65595--65664	24	2.8	24	78	8	68	22	5	25	45	1.74
68188--68233	21	2.1	22	84	4	58	30	17	30	21	1.96
70081--70136	19	2.9	19	94	0	94	10	14	37	37	1.81
70156--70210	28	2.0	28	92	0	92	20	9	23	47	1.78
70192--70260	24	2.8	24	82	4	75	21	5	26	46	1.74
70711--70750	20	2.0	20	90	0	62	35	15	10	40	1.80
71278--71312	16	2.2	16	94	0	61	60	8	5	25	1.49
71286--71348	16	3.9	16	80	0	54	52	4	7	34	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71582--71634	23	2.3	22	81	12	61	47	3	5	43	1.45
72970--73030	2	30.5	2	93	0	95	49	3	1	45	1.28
73986--74086	50	2.0	50	100	0	202	35	28	19	15	1.93
74752--74832	37	2.2	38	95	2	146	27	23	19	29	1.98
78575--78615	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
78853--78896	21	2.1	20	83	8	52	34	0	2	63	1.07
79890--79962	28	2.6	29	76	8	80	61	1	0	36	1.05
79887--79949	22	3.0	20	74	25	58	60	1	0	38	1.07
80404--80464	27	2.1	28	88	8	88	26	1	1	70	1.06
81569--81607	7	5.4	7	82	17	53	53	0	0	46	1.00
81569--81614	15	3.1	15	79	14	51	52	0	0	47	1.00
82104--82149	17	2.5	20	76	20	55	41	0	0	58	0.98
86211--86277	16	4.2	16	74	24	61	56	2	1	38	1.24
87638--87756	60	2.0	61	83	5	152	37	5	6	50	1.51
87638--87779	60	2.4	59	79	4	140	37	5	7	50	1.53
87812--88211	61	6.7	60	73	10	183	32	8	13	45	1.74
87914--88196	122	2.3	122	80	3	311	32	8	15	44	1.76
88018--88248	122	1.9	123	81	0	284	34	6	14	44	1.72
92764--92791	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
92930--92976	24	2.0	24	82	0	58	44	0	0	55	0.99
92922--92985	31	2.1	31	88	5	94	43	0	0	56	0.99
92939--93022	41	2.1	40	82	6	98	35	1	0	63	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92968--93019	24	2.3	23	86	6	70	32	1	0	65	1.04
92985--93035	24	2.1	24	85	0	66	31	3	3	60	1.33
94047--94138	3	30.3	3	82	6	78	38	4	2	55	1.32
94289--94327	13	3.2	12	86	13	53	53	0	0	46	1.00
95301--95334	17	1.9	18	88	5	52	73	2	0	23	0.97
97033--97101	23	3.0	22	89	10	104	68	0	1	30	0.99
98321--98376	26	2.2	25	84	9	69	39	0	0	60	0.97
98307--98360	21	2.7	21	75	16	60	35	0	0	64	0.94
98332--98382	25	2.0	27	84	7	70	45	0	0	54	0.99
98365--98398	18	1.9	18	88	5	52	58	2	0	38	1.13
98333--98388	25	2.1	27	80	6	62	48	0	0	51	1.00
100671--100716	17	2.8	17	74	6	51	54	0	0	45	0.99
105770--105794	7	3.6	7	100	0	50	16	0	0	84	0.63
107190--107254	29	2.3	29	81	7	80	49	0	0	50	1.00
111515--111539	6	4.2	6	100	0	50	48	0	52	0	1.00
113105--113130	7	3.7	7	100	0	52	11	0	0	88	0.52
114507--114616	15	7.1	15	70	23	61	41	0	0	57	1.05
114504--114664	20	6.8	23	69	24	70	38	1	0	60	1.05
114492--114652	79	2.0	81	82	13	201	40	1	0	57	1.06
114566--114628	31	2.0	31	84	0	81	41	1	0	57	1.08
114623--114663	11	3.8	11	93	3	66	31	0	0	68	0.90
114591--114686	28	3.7	26	75	13	74	32	2	0	65	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114492--114681	79	2.4	79	81	13	198	38	1	0	60	1.04
114973--115022	21	2.3	21	86	3	64	48	0	0	52	1.00
116400--116468	31	2.2	30	82	5	93	55	1	1	42	1.18
117053--117097	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
117243--117309	18	3.9	18	75	13	61	65	0	1	32	1.02
117668--117700	14	2.3	15	89	5	50	48	12	3	36	1.56
119267--119314	22	2.1	23	85	11	64	56	0	0	43	0.99
120312--120343	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
121590--121629	18	2.2	18	86	4	53	82	2	7	7	0.92
122209--122277	35	1.9	36	83	16	90	47	0	0	52	1.00

Tables:   1   2   3   4   5