genome.fa.s199.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold199
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  611138

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126091--126128	17	2.2	18	86	13	53	76	2	2	18	1.02
127642--127724	22	3.6	22	74	15	78	62	1	1	34	1.11
127642--127723	11	8.2	10	72	17	55	62	1	1	35	1.11
127650--127724	20	3.8	20	82	7	75	62	1	1	34	1.12
127647--127723	30	2.7	28	77	15	77	62	1	1	35	1.12
127895--127930	17	2.2	17	90	9	58	41	5	0	52	1.24
128170--128198	8	3.8	8	95	4	51	75	0	0	24	0.80
131595--131634	14	2.7	15	80	7	55	45	0	0	55	0.99
131686--131775	28	3.2	27	80	10	92	41	1	2	55	1.19
132821--132866	24	1.9	24	86	0	65	26	15	13	45	1.82
136754--136801	25	1.9	25	86	0	69	52	2	2	43	1.24
137355--137421	12	5.8	12	70	18	52	34	1	0	64	1.03
137375--137434	20	3.0	20	69	11	50	40	1	0	58	1.08
137895--137938	22	2.0	22	83	12	56	36	2	0	61	1.09
137870--137946	29	2.6	29	75	6	75	40	1	1	57	1.15
138202--138235	17	2.0	17	100	0	68	41	0	0	58	0.98
139355--139428	30	2.5	30	79	16	77	51	4	0	44	1.20
139556--139612	8	7.4	8	84	7	55	33	0	14	52	1.41
139562--139612	10	5.3	10	79	9	52	35	0	11	52	1.38
143717--143824	54	2.0	54	100	0	216	29	11	20	38	1.87
145579--145609	16	1.9	16	93	0	53	22	0	6	70	1.09
146862--146967	31	3.4	29	77	12	95	36	0	2	60	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148463--148507	17	2.6	18	85	3	65	44	4	0	51	1.21
149282--149326	4	11.2	4	100	0	90	75	0	24	0	0.80
149937--149984	21	2.3	21	92	0	87	56	4	6	33	1.44
149970--150013	14	3.1	14	87	6	63	56	0	2	40	1.11
149972--150012	2	20.5	2	85	9	57	53	0	2	43	1.13
152505--152546	21	2.0	21	81	9	50	57	0	0	42	0.99
155285--155322	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
155863--155896	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
157938--157977	13	3.1	13	85	0	53	0	17	7	75	1.03
160706--160734	2	14.5	2	100	0	58	48	0	51	0	1.00
161520--161597	40	2.0	40	92	0	129	26	50	6	16	1.69
163886--163920	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
164794--164855	28	2.3	26	88	8	88	45	0	0	54	0.99
164785--164856	26	2.5	29	78	15	87	41	0	0	58	0.98
168611--169105	250	2.0	250	91	1	814	30	24	13	32	1.93
171829--171859	1	31.0	1	93	0	53	3	0	96	0	0.21
171829--171863	11	3.3	11	96	4	63	5	0	94	0	0.32
174876--174940	17	3.9	16	76	9	58	46	6	4	43	1.49
177643--177672	15	1.9	16	93	6	53	23	0	6	70	1.11
177905--177947	18	2.3	19	88	11	63	46	0	0	53	1.00
177915--177954	16	2.4	16	83	4	53	50	0	0	50	1.00
178610--178644	12	2.9	12	91	0	52	37	0	8	54	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179151--179188	14	2.7	14	84	11	51	50	0	0	50	1.00
179489--179533	21	2.1	21	84	8	56	53	4	0	42	1.21
186858--186931	32	2.2	34	83	9	91	58	0	4	37	1.17
187692--187739	20	2.4	20	83	10	62	52	0	0	47	1.00
187684--187742	20	2.9	20	78	12	59	52	0	0	47	1.00
188893--188943	14	3.6	14	83	0	66	43	3	5	47	1.46
192532--192566	17	2.1	17	89	5	54	65	0	0	34	0.93
192529--192582	16	3.3	16	80	14	58	62	0	0	37	0.95
192529--192590	16	3.8	16	79	8	54	62	0	1	35	1.05
193589--193629	2	20.5	2	94	0	73	48	0	0	51	1.00
195366--195391	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
195825--195870	13	3.5	13	90	3	65	30	2	0	67	1.03
195828--195888	26	2.3	27	76	15	65	31	4	0	63	1.15
195815--195883	27	2.6	28	77	9	81	30	7	0	62	1.22
195815--195891	27	2.9	27	75	7	77	31	7	0	61	1.25
196141--196187	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
196798--196866	5	14.6	5	76	8	65	46	1	0	52	1.09
196803--196871	23	3.0	23	79	8	77	49	1	0	49	1.09
196776--196848	28	2.6	28	93	0	128	52	0	0	47	1.00
196970--197042	14	5.0	14	77	9	74	52	1	0	46	1.09
198401--198442	22	2.0	22	86	13	61	35	2	0	61	1.09
198459--198509	10	4.9	10	80	4	57	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198423--198507	20	4.1	20	73	11	64	44	0	0	55	0.99
200090--200147	10	6.0	10	74	11	50	48	0	0	51	1.00
200090--200162	37	1.9	38	83	10	96	46	0	0	53	1.00
200687--200726	20	2.0	20	90	9	64	37	0	5	57	1.21
201189--201224	17	2.1	17	90	10	56	30	0	0	69	0.89
203685--203748	32	2.0	31	82	11	76	43	0	0	56	0.99
204294--204345	21	2.4	21	83	3	59	36	1	0	61	1.07
207972--207997	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
208951--209099	78	1.9	78	86	5	212	48	3	2	44	1.33
209577--209615	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
209770--209823	23	2.2	25	75	15	60	53	0	0	46	1.00
213200--213260	17	3.5	18	72	14	56	50	1	0	47	1.10
213196--213278	34	2.6	31	75	17	80	49	1	1	48	1.16
213222--213278	29	1.9	30	86	10	82	50	1	1	45	1.22
214025--214065	20	2.0	20	90	9	66	56	0	0	43	0.99
216129--216292	13	12.8	13	66	21	53	39	0	0	59	1.02
216222--216271	18	2.7	19	84	6	66	36	0	0	64	0.94
216216--216288	24	2.9	25	73	22	73	36	0	0	63	0.95
216216--216304	42	2.1	42	81	6	108	34	0	0	65	0.93
216222--216277	19	3.0	19	86	5	78	35	0	0	64	0.94
216223--216283	18	3.3	19	84	6	63	37	0	0	62	0.96
216127--216301	17	10.2	17	68	20	64	39	0	0	60	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218647--218676	15	1.9	16	93	6	53	66	0	0	33	0.92
219295--219358	12	5.2	12	75	15	60	60	0	3	35	1.12
219418--219476	29	2.0	30	87	9	86	61	1	1	35	1.16
220107--220141	17	2.1	17	94	0	61	57	0	2	40	1.14
220208--220270	24	2.5	24	82	12	74	55	0	1	42	1.09
220240--220274	18	2.0	17	88	5	52	57	0	0	42	0.99
220494--220603	45	2.4	45	82	11	120	45	0	0	53	1.06
220633--220673	16	2.5	17	84	11	50	48	2	0	48	1.14
226190--226258	26	2.5	29	81	9	83	56	1	1	40	1.17
233108--233174	17	4.0	17	75	16	59	41	0	2	55	1.15
233102--233163	32	1.9	32	90	0	97	41	0	3	54	1.16
233139--233222	9	9.0	9	68	17	55	32	0	2	65	1.05
233118--233174	18	3.4	18	77	20	61	40	0	1	57	1.09
238058--238111	19	2.8	19	88	0	72	72	7	1	18	1.17
241472--241515	17	2.5	17	81	3	61	34	0	0	65	0.93
241835--241880	19	2.3	20	85	7	58	45	4	0	50	1.21
242169--242227	16	3.5	16	83	6	73	67	1	30	0	1.00
242282--242334	6	9.3	6	77	22	53	69	0	26	3	1.05
242276--242334	29	2.2	25	80	16	73	67	1	27	3	1.16
252480--252525	22	2.1	22	95	0	83	39	0	15	45	1.46
254090--254146	24	2.4	24	82	2	71	33	3	0	63	1.12
254090--254146	23	2.5	21	80	13	60	33	3	0	63	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
256196--256248	20	2.6	18	78	21	52	43	1	0	54	1.11
257649--257709	24	2.6	24	87	12	99	49	4	0	45	1.23
258475--258510	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
259464--259531	24	2.8	24	75	4	75	60	4	26	8	1.46
260048--260128	24	3.5	24	68	16	71	55	1	0	43	1.07
260076--260114	19	2.0	20	85	14	55	56	2	0	41	1.13
260046--260123	20	3.7	20	72	17	68	56	1	0	42	1.07
261207--261284	21	3.7	21	73	0	66	58	2	7	30	1.39
264905--264938	15	2.2	16	94	5	61	55	0	0	44	0.99
264980--265048	22	3.2	20	75	18	68	42	2	0	55	1.15

Tables:   1   2   3   4   5