genome.fa.s213.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold213
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  483536

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153721--153811	44	2.1	44	97	0	173	28	8	14	48	1.73
153848--153886	20	2.0	20	85	10	53	48	0	0	51	1.00
153925--153963	11	3.6	11	86	6	62	33	2	0	64	1.08
153929--153979	11	4.6	11	79	16	52	31	3	0	64	1.11
154133--154179	17	2.8	17	77	3	51	57	0	0	42	0.98
154133--154181	21	2.4	21	83	12	59	59	0	0	40	0.98
154306--154370	34	1.9	34	84	12	89	43	1	0	55	1.09
154434--154682	125	2.0	125	87	0	363	34	17	12	34	1.88
155144--155184	21	2.0	20	86	13	57	56	0	2	41	1.13
156599--156624	13	2.0	13	100	0	52	76	0	0	23	0.78
156720--156808	35	2.5	35	96	0	169	32	19	29	19	1.96
157989--158106	51	2.3	49	78	15	139	46	2	2	48	1.29
158159--158198	20	2.0	20	85	4	55	57	2	0	40	1.12
160995--161020	13	2.0	13	100	0	52	30	7	7	53	1.57
163192--163296	32	3.3	32	78	2	113	44	25	11	18	1.83
163219--163296	16	4.9	16	70	0	66	47	23	10	19	1.79
163269--163318	23	2.1	25	85	7	68	48	22	10	20	1.79
163798--163864	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
163818--163842	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
163908--163932	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
163941--164061	52	2.3	52	94	0	215	34	17	18	29	1.94
169581--169626	17	2.6	17	93	3	74	34	6	13	45	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
170704--170779	29	2.6	30	83	12	95	25	27	17	30	1.97
170806--170881	14	5.3	14	73	10	64	28	18	14	38	1.90
170801--170886	29	3.0	29	81	3	102	29	17	15	38	1.90
173077--173173	36	2.6	37	88	1	142	29	23	10	36	1.88
174330--174463	69	1.9	69	90	3	216	35	12	20	31	1.90
182297--182321	13	1.9	13	100	0	50	56	4	8	32	1.47
185242--185282	16	2.6	16	88	0	55	24	31	24	19	1.98
186232--186260	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
186490--186530	14	2.8	15	81	7	57	21	21	26	29	1.99
187784--187809	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
187762--187819	30	1.9	31	85	3	82	32	0	0	67	0.91
192664--192736	26	2.9	26	88	8	98	63	0	0	36	0.95
192721--192812	31	2.8	31	78	9	94	56	0	0	43	0.99
192773--192814	20	2.1	20	86	8	59	54	0	0	45	0.99
192682--192818	16	8.2	16	65	25	61	59	0	0	40	0.98
193612--193670	19	3.0	19	77	18	50	30	0	0	69	0.89
193613--193662	20	2.4	21	83	12	59	32	0	0	68	0.90
193848--193890	21	2.0	22	86	8	63	69	0	0	30	0.88
194064--194113	21	2.4	21	79	0	55	50	4	0	46	1.20
194473--194568	35	2.9	32	76	22	85	54	0	1	44	1.07
195746--195787	2	21.5	2	80	4	50	45	0	2	52	1.13
196720--196774	25	2.2	25	78	12	60	61	0	3	34	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
197304--197339	2	18.0	2	88	0	54	44	0	5	50	1.25
197297--197330	14	2.5	14	95	4	61	41	0	5	52	1.25
201216--201258	24	1.9	21	81	13	50	58	0	0	41	0.98
201762--201823	20	2.9	22	73	11	65	41	1	0	56	1.09
201778--201819	22	1.9	22	85	9	59	47	2	0	50	1.14
201993--202822	235	3.6	231	83	7	926	33	11	9	45	1.71
203750--203821	26	2.6	28	76	14	78	59	0	0	40	0.97
204804--205133	128	2.6	127	80	4	369	37	8	13	40	1.75
205443--205789	128	2.7	126	86	3	450	37	7	13	42	1.72
204714--206675	650	3.0	647	85	4	2624	37	7	13	40	1.74
206069--206447	124	3.0	125	80	5	440	39	4	11	44	1.62
207025--207071	5	9.2	5	88	11	69	57	0	2	40	1.11
208272--208319	20	2.3	21	82	10	62	45	0	0	54	0.99
208279--208320	20	2.1	20	90	0	66	50	0	0	50	1.00
208254--208324	9	8.0	9	69	20	51	43	0	0	56	0.99
208884--208925	21	2.0	21	100	0	84	61	0	0	38	0.96
210133--210167	14	2.6	14	90	4	54	57	0	2	40	1.14
213094--213145	26	2.0	26	92	0	86	34	26	25	13	1.93
214703--214741	16	2.2	18	86	13	55	69	0	0	30	0.89
214871--214912	22	1.9	22	90	0	66	38	7	21	33	1.81
220746--221126	163	2.4	155	84	5	505	43	8	10	37	1.70
221242--221279	15	2.5	15	91	0	58	28	0	2	68	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
227627--227689	15	4.1	15	75	13	58	39	0	0	60	0.97
227651--227686	17	2.1	17	90	10	56	38	0	0	61	0.96
227637--227687	21	2.4	21	83	6	59	37	0	0	62	0.95
227809--227845	2	18.5	2	94	0	65	54	0	0	45	1.00
228348--228398	20	2.5	20	90	6	75	19	3	9	66	1.36
229081--229162	29	2.7	30	74	12	87	59	3	2	34	1.28
230154--230247	16	5.5	16	69	13	55	40	2	0	57	1.11
230293--230360	33	2.1	33	97	0	127	23	33	26	16	1.95
230574--230599	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
232048--232082	17	2.1	17	88	0	52	2	34	14	48	1.58
236343--236397	21	2.7	21	80	5	69	34	12	14	38	1.84
236422--236463	21	2.0	21	100	0	84	42	9	19	28	1.82
238845--239114	51	5.3	51	76	9	239	28	27	11	31	1.92
238846--239084	102	2.4	102	86	3	322	28	27	11	32	1.91
239052--239350	79	3.8	78	83	5	363	28	27	14	30	1.95
239286--239405	51	2.4	51	85	2	161	29	28	14	28	1.95
239165--239559	209	1.9	209	85	1	549	28	25	13	32	1.94
239334--239645	79	3.9	80	80	2	351	27	26	13	32	1.94
239210--239448	130	1.8	129	85	5	338	28	27	12	30	1.93
239336--239634	158	1.9	159	84	4	399	27	25	13	32	1.94
240850--240890	21	2.0	21	90	4	66	43	0	0	56	0.99
244247--244286	20	2.0	20	100	0	80	20	10	35	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
245321--245366	17	2.6	18	82	10	58	19	2	6	71	1.18
245237--245602	165	2.2	163	79	7	411	29	8	6	55	1.55
245237--245694	164	2.8	163	76	8	430	29	9	6	54	1.57
248137--248611	153	3.1	153	88	2	702	22	18	22	36	1.95
248134--248706	306	1.9	306	81	5	712	22	19	22	35	1.96
250343--250384	17	2.3	18	80	8	50	47	4	4	42	1.45
251985--252022	15	2.7	14	88	8	51	44	2	0	52	1.14
252026--252070	19	2.4	19	81	7	56	55	0	4	40	1.20
252071--252113	21	2.0	21	82	8	52	27	2	2	67	1.15
252105--252232	35	4.0	31	70	21	95	43	0	0	56	0.99
252105--252232	59	2.2	58	83	12	156	43	0	0	56	0.99
252130--252232	35	3.0	35	80	8	106	41	0	0	58	0.98
257695--257735	16	2.6	16	82	17	59	46	0	0	53	1.00
257689--257735	15	3.1	15	82	14	60	42	0	0	57	0.98
259035--259078	14	3.2	15	81	15	51	65	0	2	31	1.05
259078--259127	25	2.0	26	84	11	68	54	0	0	46	1.00
259081--259147	32	2.2	32	84	7	86	50	1	0	47	1.10
259400--259452	22	2.4	22	84	6	63	30	0	3	66	1.10
260565--260603	15	2.7	14	84	7	60	74	2	0	23	0.94
272354--272405	20	2.7	20	93	3	88	28	11	19	40	1.86
272439--272491	20	2.6	21	82	8	65	30	16	15	37	1.90
272479--272503	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
274483--274524	20	2.0	20	86	4	57	7	28	45	19	1.76
274958--275045	13	6.8	13	93	0	149	34	18	15	31	1.92
274958--275045	26	3.4	26	100	0	176	34	18	15	31	1.92
275250--275275	8	3.2	8	100	0	52	61	23	0	15	1.33
281197--281248	20	2.7	20	93	3	88	28	11	19	40	1.86
281285--281334	20	2.4	21	86	3	66	30	18	14	38	1.89
281322--281346	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
285526--285565	20	2.0	21	85	5	55	50	0	20	30	1.49
291746--291785	20	2.0	21	85	5	55	50	0	20	30	1.49
310305--310344	20	2.0	21	85	5	55	50	0	20	30	1.49

Tables:   1   2   3   4