genome.fa.s213.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold213
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  483536

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11508--11536	14	2.0	15	93	6	51	48	10	13	27	1.75
14760--14849	44	2.0	44	91	0	144	40	8	23	27	1.84
17106--17131	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
17191--17263	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
17170--17263	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
17170--17245	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
19706--19744	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
19730--19808	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
21823--21853	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
25916--25941	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
26001--26073	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
25980--26073	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
25980--26055	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
28363--28758	207	1.9	207	91	1	650	32	20	19	28	1.97
29460--29510	17	3.0	17	79	0	57	60	3	5	29	1.38
29516--29550	14	2.4	15	90	4	54	71	2	0	25	1.00
29712--29758	23	2.0	24	83	4	60	46	6	2	44	1.40
29814--29845	16	2.0	16	93	0	55	40	0	3	56	1.15
31222--31249	6	4.7	6	100	0	56	0	14	17	67	1.22
32411--32460	25	2.0	25	100	0	100	36	16	16	32	1.90
34472--34576	32	3.2	32	65	28	83	42	24	9	22	1.83
34472--34670	68	2.9	68	87	3	283	42	23	9	24	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34487--34598	32	3.4	33	67	23	99	41	24	8	25	1.84
34827--34998	74	2.3	74	92	1	283	33	15	28	22	1.94
35263--35317	17	3.1	18	79	10	60	49	1	1	47	1.23
35309--35357	26	2.0	25	84	11	66	55	4	0	40	1.19
35316--35629	166	1.9	160	85	3	421	43	9	3	42	1.55
36153--36203	24	2.3	21	80	10	57	66	7	0	25	1.18
41883--42006	52	2.4	52	90	0	194	29	15	19	36	1.92
42022--42046	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
42804--43523	49	14.8	49	78	8	634	32	17	25	24	1.96
43010--43523	92	5.4	92	80	12	422	32	17	25	24	1.97
42907--43524	144	4.3	144	85	5	684	33	17	25	24	1.96
42848--43523	236	2.8	234	84	7	827	33	17	25	24	1.96
43583--43660	35	2.3	34	84	4	95	47	10	26	15	1.77
43572--44058	101	4.8	101	82	7	524	34	11	34	20	1.88
43624--44027	67	6.0	68	89	4	568	34	10	34	20	1.87
43639--44027	135	2.9	135	91	3	613	33	10	35	20	1.87
43555--44058	34	14.8	34	83	5	549	34	11	33	20	1.89
43999--44209	31	6.9	31	85	6	270	31	16	27	24	1.96
43995--44209	92	2.3	93	87	5	310	32	15	27	24	1.96
52550--52633	13	5.5	13	68	28	51	35	16	13	34	1.88
52558--52618	19	3.6	18	75	25	69	36	16	13	34	1.87
52550--52635	32	2.7	32	94	0	154	37	16	12	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56499--57332	28	28.3	28	84	5	700	20	17	30	30	1.96
56547--57327	126	6.6	116	87	5	798	20	18	30	30	1.96
58532--58588	10	6.0	9	78	17	62	0	1	14	84	0.71
58544--58585	7	5.9	7	83	13	50	0	0	11	88	0.53
65976--66001	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
70068--70098	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
72171--72208	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
73887--74051	83	2.0	83	97	0	312	37	3	19	39	1.69
74758--74811	20	2.6	21	85	5	74	42	16	12	27	1.85
74846--74883	20	1.9	20	94	0	67	42	13	10	34	1.78
82348--82403	21	2.8	20	86	10	78	33	10	21	33	1.88
83807--83840	16	2.1	16	94	0	59	41	0	2	55	1.15
85443--85491	13	4.0	12	79	12	55	0	18	2	79	0.83
86078--86366	142	2.0	141	84	4	377	53	8	11	25	1.65
86219--86577	166	2.1	167	86	4	501	53	8	11	26	1.65
88305--88461	43	3.7	43	90	0	242	38	15	26	20	1.92
88447--88613	43	3.9	44	78	1	133	31	19	28	20	1.97
88444--89698	42	29.5	43	70	7	280	33	18	27	19	1.96
88446--89064	85	7.3	85	72	6	236	33	20	27	18	1.96
88577--88853	127	2.2	127	80	1	295	31	21	30	16	1.95
88876--89458	85	6.9	85	73	4	296	34	18	25	20	1.96
88882--89458	170	3.4	165	75	9	441	35	18	26	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89716--89854	43	3.3	42	76	8	138	36	19	27	16	1.93
89716--89986	85	3.2	85	76	6	217	37	18	26	16	1.93
90001--91293	43	30.3	43	80	5	1106	37	16	28	17	1.92
90013--91293	129	10.0	127	80	7	1257	37	16	28	17	1.92
91340--91444	42	2.5	42	84	1	122	36	20	27	15	1.93
91420--91547	42	3.0	42	86	0	166	34	17	31	16	1.93
92217--92436	90	2.5	89	81	9	268	28	14	27	29	1.95
92862--93029	88	1.9	86	81	1	192	43	16	17	23	1.87
97739--98413	155	4.3	155	82	6	665	39	21	17	21	1.93
97715--98413	312	2.2	309	81	4	789	39	21	17	21	1.92
100509--100763	140	1.8	141	91	0	422	53	7	11	27	1.64
100635--100983	163	2.1	163	85	5	463	53	7	10	28	1.63
104455--104480	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
104435--104498	32	2.0	33	90	3	103	28	14	18	39	1.90
104435--104505	19	4.0	18	72	25	62	26	12	21	39	1.89
107005--107043	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
109122--109152	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
110952--110998	21	2.2	22	84	3	60	23	21	4	51	1.65
112696--112781	36	2.4	36	96	2	154	32	22	11	33	1.90
113254--113279	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
113234--113297	32	2.0	33	87	3	94	28	15	18	37	1.92
115308--115361	21	2.7	20	83	13	67	29	14	18	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115442--115466	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
116992--117025	14	2.3	15	90	5	52	73	0	0	26	0.83
116990--117028	15	2.6	14	84	8	51	69	0	0	30	0.89
117285--117318	16	2.1	16	94	0	59	41	0	2	55	1.15
121922--122052	68	1.9	68	87	0	190	41	23	10	23	1.85
122572--122626	17	3.1	18	74	12	60	49	0	0	50	1.00
122606--122937	165	2.0	171	85	6	464	43	6	2	46	1.43
123829--123890	24	2.7	22	74	13	63	41	0	3	54	1.16
123806--123889	42	2.0	44	81	9	102	41	2	2	53	1.27
128885--128956	35	2.1	35	97	0	135	36	8	15	40	1.77
131032--131640	158	3.9	157	87	4	872	41	12	10	34	1.78
131032--131636	311	1.9	313	89	3	941	41	12	10	34	1.79
132260--132374	59	1.9	59	94	0	203	40	25	5	28	1.77
132473--132529	22	2.7	21	83	10	71	7	12	0	80	0.89
132490--132554	13	4.8	13	77	9	60	1	20	0	78	0.83
132479--132554	7	10.9	7	75	10	66	3	18	0	77	0.92
132490--132553	20	3.2	20	82	4	67	1	20	0	78	0.84
133241--133599	168	2.1	167	79	5	386	48	10	11	29	1.73
138989--139017	14	2.0	15	93	6	51	48	10	13	27	1.75
145970--145995	9	2.9	9	100	0	52	11	57	7	23	1.59
146824--146867	14	3.1	15	80	9	56	65	4	0	29	1.12
146824--146867	15	3.1	14	83	9	54	65	4	0	29	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147016--147064	23	2.1	24	84	3	64	46	6	2	44	1.39
147118--147155	16	2.3	17	86	9	60	42	0	2	55	1.14
151763--151899	68	2.0	68	88	5	206	43	24	10	22	1.84
152053--152224	74	2.3	74	90	3	258	33	16	27	22	1.96
152500--152561	17	3.6	17	89	6	90	56	0	0	43	0.99
152515--152564	16	3.1	16	91	2	64	54	0	0	46	1.00
152698--152740	17	2.4	18	84	7	61	46	0	0	53	1.00
152711--152754	17	2.6	17	82	10	54	47	0	0	52	1.00
152698--152752	17	3.2	18	80	12	53	47	0	0	52	1.00
152520--152891	180	2.1	178	87	2	539	47	4	2	44	1.39

Tables:   1   2   3   4