genome.fa.s2224.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2224
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  651981

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 330 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3447--3484	13	2.9	13	92	0	58	36	18	13	31	1.89
4177--4219	10	4.3	10	82	11	52	76	4	18	0	0.95
8470--8523	22	2.5	22	87	6	74	50	3	5	40	1.44
8641--8701	32	1.9	32	83	6	79	42	9	3	44	1.54
11589--11661	31	2.4	31	84	9	87	41	15	10	32	1.82
12956--12987	13	2.5	13	94	0	55	31	15	12	40	1.85
13076--13101	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
13056--13122	33	2.0	33	88	5	100	34	13	17	34	1.89
14703--14737	15	2.3	15	95	0	61	42	0	28	28	1.56
18552--18605	20	2.9	19	86	10	76	1	18	0	79	0.82
19822--20475	32	20.8	31	85	4	739	19	17	30	31	1.96
19822--20475	64	10.4	64	89	2	816	19	17	30	31	1.96
20460--20886	27	15.7	27	88	1	611	28	14	33	23	1.94
20460--20886	109	3.9	108	90	0	629	28	14	33	23	1.94
32146--34541	475	5.0	476	85	3	3166	31	18	13	35	1.90
34111--36403	475	5.0	429	79	11	1491	31	19	14	34	1.91
32685--36403	904	4.0	901	82	7	3718	31	19	14	35	1.91
34556--36418	475	3.9	477	89	2	2613	31	19	14	34	1.92
37151--40524	477	7.1	476	86	3	4462	31	18	14	35	1.92
40298--40730	240	1.8	240	85	2	618	33	17	14	34	1.91
40538--45182	477	9.8	476	85	2	5918	32	18	14	34	1.91
40538--45182	952	4.9	952	85	2	5972	32	18	14	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41010--44994	159	25.2	157	64	13	852	32	18	14	34	1.91
50615--50649	12	2.9	12	84	16	54	11	48	0	40	1.39
50582--50700	42	2.8	42	89	0	175	9	45	1	43	1.46
50606--50691	24	3.8	24	70	17	76	11	44	1	43	1.48
52308--55371	477	6.5	475	91	1	3797	31	18	14	35	1.91
56568--58463	477	4.0	478	87	2	2546	30	18	14	36	1.91
61087--61125	20	2.0	20	89	0	60	33	10	15	41	1.81
59660--64906	458	11.1	474	83	6	5966	31	18	14	35	1.91
63472--67635	477	8.9	458	79	8	2620	31	18	13	35	1.90
64937--67687	477	5.8	476	87	2	3762	32	18	13	35	1.90
67717--70721	477	6.4	473	82	5	3491	32	18	14	35	1.91
67771--70722	952	3.1	945	85	4	4029	31	18	14	35	1.91
70720--72504	473	3.8	474	87	3	2466	31	18	13	36	1.89
72510--73506	475	2.1	473	84	4	1292	32	17	13	36	1.90
73830--73885	20	2.8	20	81	2	60	37	10	14	37	1.81
73915--73963	20	2.5	20	86	6	64	30	10	20	38	1.86
80158--80184	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
81638--81704	33	2.0	33	85	5	91	29	28	11	29	1.92
82060--82102	21	2.0	22	86	4	61	37	4	20	37	1.74
82676--82700	13	1.9	13	100	0	50	36	8	16	40	1.77
84054--86292	474	4.7	476	86	3	2909	32	18	14	35	1.91
86298--88480	476	4.6	476	86	2	2865	31	18	14	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88867--88892	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
88792--89000	86	2.4	86	93	2	341	37	15	16	30	1.90
88953--88978	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
91192--91236	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
93039--93077	15	2.6	15	91	0	60	51	15	20	12	1.76
95121--95153	13	2.5	13	95	0	57	27	12	15	45	1.81
95280--95325	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
102331--102377	18	2.6	18	83	6	51	10	44	0	44	1.38
102362--102422	9	7.1	9	74	10	65	13	42	0	44	1.43
102367--102443	12	6.9	12	75	19	62	12	45	0	41	1.43
102338--102453	42	2.8	42	91	0	187	12	43	0	43	1.41
102341--102447	24	5.0	23	72	23	92	13	42	0	43	1.43
104754--104810	19	3.0	20	84	7	82	33	15	17	33	1.92
104744--104924	52	3.2	52	67	22	141	32	18	16	33	1.93
104840--104925	20	4.8	18	72	21	56	32	15	15	37	1.88
104856--104886	13	2.4	13	94	0	53	35	16	9	38	1.81
104870--104925	19	2.9	19	86	2	76	33	16	14	35	1.88
104840--104905	32	2.0	33	94	2	116	31	15	13	39	1.86
105013--105069	19	2.9	19	84	2	69	31	15	15	36	1.90
105098--105150	20	2.7	20	85	5	72	35	13	16	33	1.88
110958--110997	20	2.0	20	100	0	80	45	15	15	25	1.84
113598--113654	19	2.9	19	84	2	69	35	15	14	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113699--113731	13	2.5	13	100	0	66	30	15	15	39	1.88
114575--122456	476	16.7	476	85	3	9813	31	18	13	35	1.91
121800--122660	157	5.5	156	71	9	399	31	18	13	37	1.89
124530--124564	16	2.3	15	90	9	54	17	0	2	80	0.84
124910--124959	20	2.5	20	96	0	91	32	16	16	36	1.90
124961--125012	20	2.6	20	93	0	86	42	15	15	26	1.87
125064--125088	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
125044--125111	33	2.1	33	88	2	102	35	17	14	32	1.91
126001--126068	33	2.1	32	86	2	91	35	16	14	33	1.89
134581--134637	20	2.8	20	83	0	69	38	14	15	31	1.87
134623--134648	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
134639--134691	20	2.6	21	90	3	81	43	11	16	28	1.83
135487--135512	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
136211--136254	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
138062--138087	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
140165--140195	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
141999--142043	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
144262--144287	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
153772--153890	42	2.8	42	89	0	175	8	44	2	44	1.47
153806--153880	12	6.8	11	75	15	50	9	48	2	40	1.50
157808--157846	13	3.0	13	92	0	69	30	20	15	33	1.94
159650--159687	19	2.0	19	100	0	76	42	0	36	21	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160267--160323	20	2.8	20	83	0	69	38	14	15	31	1.87
160309--160337	13	2.2	13	100	0	58	31	17	13	37	1.89
160325--160377	21	2.6	21	90	3	81	43	15	15	26	1.85
160429--160453	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
160409--160476	33	2.1	32	86	2	91	36	17	13	32	1.89
162284--162487	107	1.9	107	83	0	264	9	15	34	40	1.81
163198--163263	31	2.1	31	91	0	105	18	25	19	36	1.94
163875--164921	42	25.0	42	79	3	840	39	18	27	14	1.90
163894--164921	292	3.5	292	79	5	1006	39	17	27	15	1.90
168283--168334	21	2.4	22	84	9	63	46	11	5	36	1.64
168464--178715	476	21.6	476	86	2	12708	31	18	14	35	1.91
168464--178715	951	10.8	951	85	2	12705	31	18	14	35	1.91
171713--175732	158	25.3	157	64	12	687	32	18	14	35	1.91
178588--178870	155	1.8	155	81	2	345	31	17	14	36	1.90
178126--179355	628	2.0	630	85	1	1707	32	17	14	36	1.90
180793--180823	16	2.0	15	93	6	53	19	0	3	77	0.90
181932--182133	107	1.9	107	90	0	323	9	16	35	38	1.81
182833--182895	30	2.1	31	93	3	110	19	26	17	36	1.94
183509--184346	125	6.7	125	79	5	852	39	18	27	14	1.90
183509--184346	167	5.0	165	79	5	862	39	18	27	14	1.90
183509--184346	42	20.0	42	80	4	798	39	18	27	14	1.90
187224--187249	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187869--187953	38	2.2	40	79	8	95	34	22	4	38	1.75
189797--189822	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
191900--191930	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
193734--193778	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
195997--196022	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
201275--215797	476	31.0	475	84	4	17324	31	18	14	35	1.91
216181--216206	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
218432--218476	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
220280--220310	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
222391--222427	13	2.8	13	95	0	65	35	16	16	32	1.91

Tables:   1   2   3