genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold223
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4172444

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2033707--2033802	43	2.3	43	80	10	119	45	0	0	54	0.99
2033732--2033789	23	2.7	23	77	17	61	43	0	0	56	0.99
2034170--2034217	14	3.4	14	82	5	69	64	0	0	35	0.94
2034395--2034464	29	2.3	29	85	9	88	32	0	5	61	1.20
2036359--2036386	13	2.2	13	100	0	56	17	60	0	21	1.36
2036423--2036460	12	3.2	12	85	14	53	71	0	2	26	1.00
2036845--2036924	31	2.6	31	85	0	106	37	31	6	25	1.81
2040513--2040572	31	1.9	31	89	0	93	48	10	0	41	1.37
2041056--2041098	15	2.8	16	80	20	56	46	0	0	53	1.00
2041724--2041790	14	4.5	14	74	18	64	61	0	0	38	0.96
2041738--2041781	19	2.2	20	84	8	63	61	0	0	38	0.96
2041936--2041982	3	15.7	3	100	0	94	34	0	0	65	0.93
2042304--2042377	25	3.0	25	78	4	69	50	0	0	50	1.00
2042862--2042896	17	2.1	17	88	0	52	22	0	2	74	0.95
2043390--2043456	28	2.4	29	82	7	77	32	7	0	59	1.25
2043723--2043773	15	3.4	15	91	0	84	54	0	5	39	1.24
2043723--2043773	5	10.2	5	91	0	75	54	0	5	39	1.24
2044757--2044785	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2046176--2046216	18	2.3	18	82	0	55	60	4	0	34	1.18
2048567--2048601	2	17.5	2	93	0	61	48	0	0	51	1.00
2048601--2048633	2	16.5	2	93	0	57	48	3	48	0	1.17
2050019--2050085	18	3.8	18	75	15	68	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2050015--2050067	8	6.5	8	77	12	54	58	0	0	41	0.98
2050014--2050085	33	2.1	34	92	2	119	58	0	0	41	0.98
2050096--2050121	11	2.4	11	100	0	52	73	0	0	26	0.84
2051126--2051165	17	2.4	17	87	8	55	37	0	0	62	0.95
2051182--2051218	12	2.9	14	80	19	53	32	5	0	62	1.18
2051124--2051204	31	2.5	32	80	8	92	39	1	1	58	1.14
2051193--2051243	21	2.3	23	86	10	79	33	1	0	64	1.05
2052033--2052059	4	6.8	4	100	0	54	25	0	22	51	1.48
2058375--2058415	21	2.0	20	86	13	57	43	2	0	53	1.13
2058646--2058682	14	2.7	14	84	15	51	48	0	0	51	1.00
2059809--2059851	11	4.2	10	85	11	52	25	4	0	69	1.07
2059815--2059855	18	2.3	18	87	8	57	26	4	0	68	1.10
2059809--2059851	20	2.2	20	87	8	61	25	4	0	69	1.07
2059871--2059912	22	1.9	22	85	0	57	38	0	0	61	0.96
2059894--2059972	13	6.2	12	74	18	63	36	2	2	58	1.25
2060952--2061001	19	2.5	20	81	12	59	60	0	0	40	0.97
2061135--2061173	20	2.0	19	85	14	53	56	0	2	41	1.13
2061112--2061161	26	1.9	26	84	8	66	48	0	2	50	1.12
2062172--2062247	10	7.6	10	73	19	52	48	0	0	51	1.00
2062176--2062220	18	2.4	18	85	7	54	55	0	0	44	0.99
2062221--2062247	5	5.4	5	100	0	54	37	0	0	62	0.95
2063254--2063314	31	2.0	30	87	6	88	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2063633--2063709	25	3.0	25	72	25	72	54	0	2	42	1.14
2067547--2067602	28	1.9	30	85	7	80	58	0	0	41	0.98
2068423--2068451	15	1.9	15	100	0	58	0	0	6	93	0.36
2072411--2072498	41	2.1	41	87	6	133	32	5	14	46	1.68
2072488--2072536	23	2.1	23	92	0	80	14	6	20	59	1.56
2074071--2074104	16	2.1	17	88	5	52	41	0	2	55	1.15
2075548--2075594	25	1.9	24	82	4	58	46	0	0	53	1.00
2076448--2076508	15	3.8	15	72	20	52	50	0	0	49	1.00
2076454--2076502	15	3.2	14	74	20	53	51	0	0	48	1.00
2076942--2076988	13	3.7	13	78	21	55	59	0	0	40	0.97
2078591--2078615	13	1.9	13	100	0	50	56	4	0	40	1.18
2081433--2081483	23	2.2	23	100	0	102	29	15	17	37	1.91
2082543--2082607	18	3.6	19	83	10	91	32	6	35	26	1.81
2082934--2082969	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
2086142--2086184	12	3.3	12	84	12	50	41	0	2	55	1.12
2086678--2086708	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2089101--2089143	2	21.5	2	100	0	86	51	0	48	0	1.00
2091958--2092012	26	2.1	25	83	10	65	72	10	5	10	1.26
2094008--2094125	39	3.0	38	81	4	146	51	22	18	7	1.71
2099392--2099418	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2100147--2100188	22	1.9	22	85	9	59	11	4	0	83	0.79
2100400--2100439	7	5.6	7	88	5	62	65	0	5	30	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2100399--2100448	22	2.5	19	80	9	55	64	0	4	32	1.12
2100392--2100482	27	3.3	26	73	6	83	60	0	3	36	1.13
2105209--2105260	27	1.9	27	81	14	63	46	0	0	53	1.00
2105248--2105301	25	2.2	25	83	3	65	57	0	0	42	0.98
2113938--2113968	3	10.3	3	92	0	53	64	0	0	35	0.94
2114889--2114929	16	2.4	18	80	12	50	51	0	0	48	1.00
2115064--2115173	18	6.3	19	66	25	64	53	0	0	46	1.00
2115113--2115180	21	3.3	21	80	13	70	55	0	1	42	1.08
2115105--2115161	21	2.7	21	81	13	71	59	0	0	40	0.97
2118369--2118405	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
2118492--2118532	22	1.9	22	85	5	57	65	0	0	34	0.93
2120641--2120677	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2121620--2122112	250	2.0	250	100	0	986	38	15	17	29	1.90
2122739--2122802	2	33.0	2	77	17	64	43	3	1	51	1.26
2125524--2125580	29	1.9	30	82	10	73	42	3	1	52	1.28
2126840--2126886	21	2.2	22	84	3	60	57	0	0	42	0.98
2126840--2126899	22	2.7	22	82	7	59	60	0	0	40	0.97
2128062--2128100	21	1.9	21	94	5	71	56	2	0	41	1.13
2132236--2132282	23	2.0	23	87	8	67	59	2	2	36	1.21
2133799--2133847	19	2.4	21	77	16	59	51	0	0	48	1.00
2137612--2137643	10	3.2	10	90	0	55	53	0	0	46	1.00
2137671--2137715	22	2.1	21	84	12	56	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2138195--2138478	142	2.0	142	96	0	525	32	5	10	51	1.59
2139820--2139845	6	4.3	6	100	0	52	34	0	0	65	0.93
2140910--2140954	16	2.8	16	75	24	58	44	0	2	53	1.13
2141260--2141284	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2141829--2141914	42	2.0	42	90	0	136	30	24	3	41	1.71
2144719--2144759	19	2.2	19	86	8	57	39	2	0	58	1.11
2145393--2145468	28	2.7	28	78	10	75	44	0	2	52	1.14
2145416--2145483	23	3.0	21	72	12	55	45	0	2	51	1.16
2145440--2145472	17	1.9	18	88	11	52	51	0	3	45	1.16
2145487--2145567	28	2.9	28	76	8	94	54	0	2	43	1.13
2145486--2145590	27	3.9	25	78	14	93	53	0	4	41	1.22
2145943--2146009	5	13.6	5	73	14	50	29	0	0	70	0.88
2145932--2146008	39	2.0	39	85	12	106	32	0	0	67	0.91
2151966--2152292	89	3.8	85	75	14	287	27	25	14	32	1.95
2151986--2152292	167	1.8	168	85	0	436	27	24	14	33	1.94
2154487--2154542	19	2.8	20	75	10	60	28	1	0	69	0.98
2154493--2154562	31	2.3	31	80	16	83	31	1	1	65	1.10
2154510--2154583	31	2.3	30	80	17	78	33	2	1	62	1.18
2155098--2155139	17	2.5	17	80	3	50	45	14	7	33	1.72
2155136--2155170	4	8.8	4	93	0	61	25	2	22	48	1.64
2160247--2160313	27	2.4	28	75	18	77	58	0	0	41	0.98
2160258--2160310	25	2.0	25	89	7	79	62	0	0	37	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2161147--2161206	15	3.9	15	72	12	50	65	0	1	33	1.03
2163883--2163907	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2164379--2164409	6	5.2	6	100	0	62	32	0	0	67	0.91
2166403--2166597	99	2.0	99	87	0	282	40	29	16	13	1.87
2166993--2167029	18	2.1	18	85	14	51	59	0	0	40	0.97
2167388--2167420	2	17.0	2	93	6	59	48	0	51	0	1.00
2176371--2176409	2	20.0	2	89	5	62	46	0	0	53	1.00
2176371--2176415	23	2.0	23	100	0	90	44	0	0	55	0.99
2185718--2185749	16	2.0	16	100	0	64	18	6	31	43	1.75
2193195--2193286	42	2.2	42	88	3	132	50	3	7	39	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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