genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold223
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4172444

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2619551--2619576	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2620626--2620654	4	7.2	4	100	0	58	75	0	0	24	0.80
2621212--2621254	2	22.5	2	81	9	54	53	0	2	44	1.13
2621212--2621254	21	2.0	21	90	0	68	53	0	2	44	1.13
2623054--2623082	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2627582--2627613	5	6.4	5	92	0	55	43	0	0	56	0.99
2627577--2627649	20	3.8	20	76	13	64	42	0	0	57	0.98
2633485--2633517	12	2.8	12	86	4	50	0	21	42	36	1.53
2635226--2635256	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2636056--2636094	2	19.5	2	100	0	78	51	0	48	0	1.00
2642249--2642285	18	2.0	20	84	10	51	62	13	5	18	1.50
2642450--2642493	2	22.0	2	92	0	70	2	2	50	45	1.27
2648700--2648741	6	7.0	6	83	8	50	78	2	16	2	0.96
2648700--2648777	15	5.1	15	71	13	54	75	1	19	3	1.02
2653962--2654043	33	2.4	34	84	8	105	45	0	1	53	1.08
2654022--2654068	24	2.0	24	86	0	67	38	0	0	61	0.96
2653973--2654072	32	3.2	30	76	20	91	41	0	1	58	1.05
2654392--2654427	17	2.1	17	89	0	54	69	0	0	30	0.89
2656147--2656408	130	2.0	131	95	0	472	37	14	14	33	1.86
2658755--2658785	4	7.8	4	92	0	53	25	3	22	48	1.66
2659119--2659172	27	2.0	27	100	0	108	44	18	11	25	1.83
2659535--2659585	16	3.2	16	77	5	59	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2659916--2659944	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
2660411--2660435	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2668224--2668254	2	15.5	2	100	0	62	0	51	0	48	1.00
2668718--2668773	11	5.4	10	75	21	53	26	3	0	69	1.04
2668711--2668753	16	2.9	15	86	10	54	30	0	0	69	0.88
2669042--2669122	16	4.7	17	71	17	60	45	2	0	51	1.14
2669033--2669119	32	2.9	30	77	15	83	47	2	0	50	1.13
2669047--2669119	11	6.9	11	69	20	57	47	2	0	49	1.15
2672144--2672181	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2684479--2684513	17	2.1	17	88	0	52	42	5	5	45	1.51
2685632--2685678	18	2.5	19	86	13	71	59	0	0	40	0.97
2687120--2687152	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
2689760--2689794	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2696504--2696608	36	2.8	35	77	11	93	60	0	0	38	1.10
2696574--2696625	28	1.9	26	84	7	68	59	0	0	40	0.97
2702723--2702772	24	2.0	24	81	11	57	38	6	6	50	1.52
2702966--2703005	21	1.9	21	85	10	55	47	0	0	52	1.00
2708809--2708872	31	2.1	31	82	5	76	56	0	0	43	0.99
2709391--2709438	13	3.7	13	78	10	53	64	0	0	35	0.94
2709380--2709449	37	1.9	37	85	5	99	64	1	0	34	1.03
2709380--2709457	37	2.1	37	83	6	97	64	1	0	34	1.02
2709446--2709495	18	2.6	19	81	9	57	54	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2710806--2710844	20	2.0	20	89	0	60	20	12	20	46	1.83
2714300--2714352	2	27.0	2	88	3	81	50	3	0	45	1.19
2718414--2718447	14	2.4	14	85	0	50	29	0	2	67	1.05
2718500--2718541	14	3.1	14	82	6	50	42	0	2	54	1.13
2718515--2718567	15	3.6	15	84	5	72	39	0	0	60	0.97
2718515--2718579	15	4.3	15	82	7	69	41	0	1	56	1.08
2718658--2718687	7	4.3	7	95	0	51	66	0	0	33	0.92
2718658--2718695	14	2.8	14	88	4	60	63	0	0	36	0.95
2721302--2721334	15	2.2	15	94	0	57	45	33	15	6	1.70
2721500--2721537	15	2.5	16	91	8	62	28	0	2	68	1.03
2721638--2721674	16	2.3	16	90	9	58	29	0	2	67	1.04
2721868--2721916	17	2.9	17	79	8	57	32	4	0	63	1.13
2721876--2721921	16	3.0	15	81	12	58	30	4	0	65	1.12
2724851--2724887	15	2.4	16	79	20	51	59	2	2	35	1.26
2725187--2725220	17	1.9	18	88	5	52	50	0	0	50	1.00
2727812--2727843	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2728798--2728851	15	3.7	15	77	2	56	48	0	1	50	1.11
2729199--2729232	10	3.1	11	91	8	52	35	0	0	64	0.94
2729203--2729236	16	2.1	16	94	0	59	35	0	0	64	0.94
2732617--2732648	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
2732648--2732673	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
2733207--2733246	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2733557--2733586	13	2.2	13	94	5	51	26	0	0	73	0.84
2733557--2733586	7	4.4	7	91	8	53	26	0	0	73	0.84
2733765--2733795	14	2.2	14	94	0	53	61	0	0	38	0.96
2736835--2736870	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2738728--2738781	22	2.5	22	76	14	58	31	1	1	64	1.14
2741624--2741665	21	2.0	21	86	9	59	52	0	0	47	1.00
2741807--2741947	71	2.0	72	84	5	187	28	19	30	21	1.98
2742917--2742949	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2743447--2743490	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
2743701--2743756	27	2.1	27	89	0	85	39	7	16	37	1.76
2744107--2744139	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
2744374--2744434	2	30.5	2	80	12	63	47	4	3	44	1.41
2744389--2744452	30	2.2	29	91	2	101	42	9	7	40	1.66
2747461--2747517	25	2.3	25	96	0	105	49	24	8	17	1.75
2748807--2748860	27	2.0	28	81	3	65	55	0	1	42	1.10
2766030--2766059	10	3.0	10	95	0	51	66	0	0	33	0.92
2766346--2766393	18	2.5	19	83	16	64	72	0	2	25	0.95
2766535--2766618	28	3.0	28	89	1	116	60	2	5	30	1.33
2769073--2769120	17	2.7	18	80	9	62	60	0	0	39	0.97
2769073--2769125	19	2.8	18	81	18	56	62	0	0	37	0.96
2770102--2770144	19	2.4	18	88	7	61	41	0	4	53	1.21
2770376--2770426	16	3.3	15	78	13	50	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2770418--2770446	12	2.3	13	94	5	51	37	0	0	62	0.96
2770414--2770447	12	2.9	11	87	12	50	44	0	0	55	0.99
2773505--2773541	2	18.5	2	91	0	56	0	2	43	54	1.14
2790710--2790737	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2792030--2792158	62	2.1	63	88	7	192	31	5	14	48	1.67
2792901--2793003	51	2.0	51	100	0	206	42	7	9	39	1.67
2793583--2793607	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2793661--2793699	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
2793809--2793836	14	2.0	14	100	0	56	64	0	0	35	0.94
2793822--2793865	19	2.3	19	84	4	52	45	0	0	54	0.99
2793831--2793873	20	2.1	21	91	8	72	39	0	0	60	0.97
2794185--2794218	2	17.0	2	93	0	59	50	2	0	47	1.16
2795472--2795534	27	2.2	29	83	5	85	46	1	0	52	1.10
2795701--2795728	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2799445--2799494	2	25.0	2	87	0	73	52	4	0	44	1.20
2800047--2800101	17	3.3	16	75	14	58	34	3	1	60	1.25
2800172--2800215	20	2.2	20	84	4	54	54	6	2	36	1.40
2808474--2808527	19	2.8	20	86	5	67	38	0	0	61	0.96
2808622--2808658	17	2.1	18	95	5	67	51	0	0	48	1.00
2808626--2808665	18	2.3	17	86	4	53	52	0	0	47	1.00
2808727--2808772	18	2.5	18	80	16	58	30	2	0	67	1.03
2808977--2809050	14	4.8	15	77	14	62	62	0	1	36	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2811415--2811456	19	2.2	19	83	8	50	57	0	4	38	1.20
2812310--2812334	13	1.9	13	100	0	50	48	0	48	4	1.20
2814170--2814197	3	9.3	3	100	0	56	32	32	0	35	1.58
2820779--2820803	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
2821420--2821467	23	2.1	23	84	0	60	52	0	0	47	1.00
2824665--2824709	23	2.0	23	82	8	56	31	17	4	46	1.68
2825002--2825037	2	18.0	2	100	0	72	0	50	0	50	1.00
2831729--2831754	4	6.5	4	100	0	52	0	26	0	73	0.84
2832075--2832138	24	2.7	24	76	13	62	60	0	0	39	0.97
2832096--2832152	15	4.0	15	74	17	50	64	0	0	35	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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