genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold223
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4172444

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2490274--2490310	17	2.1	18	95	5	67	67	0	0	32	0.91
2490646--2490691	16	2.8	17	81	15	60	54	0	0	45	0.99
2491312--2491353	2	22.0	2	80	9	52	45	2	2	50	1.27
2491917--2492007	23	3.9	23	69	18	62	41	0	0	58	0.98
2491898--2492029	48	2.6	51	80	12	141	46	0	0	53	1.00
2491946--2491992	21	2.2	23	77	14	55	48	0	0	51	1.00
2491972--2492028	16	3.6	16	71	17	55	52	0	0	47	1.00
2491882--2492011	56	2.4	54	75	13	133	45	0	0	54	0.99
2492582--2492648	28	2.4	29	76	14	68	49	0	0	50	1.00
2492597--2492638	22	1.9	22	85	9	59	57	0	0	42	0.99
2494234--2494272	2	20.5	2	89	10	64	53	0	0	46	1.00
2494763--2494818	19	3.0	18	82	7	67	60	0	1	37	1.07
2494784--2494837	11	4.9	11	74	17	58	51	0	1	46	1.11
2494762--2494846	18	4.9	18	76	12	61	54	0	1	44	1.07
2497706--2497972	132	2.0	132	98	0	516	46	5	4	44	1.45
2499011--2499036	6	4.3	6	100	0	52	0	0	30	69	0.89
2499655--2499709	21	2.7	21	83	10	69	49	0	0	50	1.00
2500260--2500313	14	3.4	16	80	14	60	44	0	0	55	0.99
2500657--2500719	27	2.3	27	81	5	65	71	9	3	15	1.25
2511704--2511746	22	2.0	20	86	8	59	65	0	0	34	0.93
2511692--2511800	55	2.0	55	82	13	136	56	0	0	42	1.05
2511766--2511805	21	1.9	21	84	0	53	70	2	0	27	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2513407--2513458	24	2.2	24	100	0	104	30	11	9	48	1.72
2517445--2517478	11	3.2	11	83	8	52	0	20	8	70	1.13
2519469--2519602	61	2.2	61	89	2	198	48	10	10	30	1.71
2520702--2520750	23	2.1	22	79	17	55	30	2	2	65	1.15
2522697--2522729	16	2.0	17	88	5	50	24	0	0	75	0.80
2523263--2523320	29	2.1	28	84	12	75	41	3	1	53	1.28
2523277--2523337	23	2.6	22	80	12	52	42	1	1	54	1.20
2523829--2523872	2	22.5	2	86	4	63	45	4	0	50	1.22
2525296--2525321	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2526792--2526824	3	11.0	3	93	0	57	30	0	0	69	0.88
2527196--2527251	28	2.0	29	85	3	78	58	0	0	41	0.98
2528535--2528562	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
2529478--2529533	2	29.5	2	85	10	82	48	0	1	50	1.11
2529878--2529916	19	2.0	20	90	5	62	48	0	7	43	1.31
2529907--2529963	19	3.2	19	78	11	59	64	3	1	29	1.20
2531273--2531332	25	2.4	26	75	8	70	45	1	0	53	1.10
2531980--2532051	33	2.1	36	85	12	98	54	0	0	45	0.99
2532000--2532075	33	2.4	30	79	14	82	51	0	0	48	1.00
2532346--2532375	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
2532605--2532644	3	13.0	3	94	5	71	65	2	0	32	1.06
2532925--2532982	25	2.3	25	85	5	73	43	0	1	55	1.10
2533969--2534053	22	3.8	22	76	16	68	55	2	1	41	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2534222--2534303	37	2.2	37	91	0	128	25	19	23	31	1.98
2539523--2539581	21	2.8	21	94	0	100	38	3	3	54	1.34
2539660--2539701	3	14.0	3	89	0	66	64	2	2	30	1.19
2542919--2542972	25	2.2	25	100	0	108	40	7	14	37	1.74
2544811--2544894	33	2.5	33	86	0	123	26	25	16	32	1.96
2550365--2550405	14	3.1	14	80	20	52	63	0	0	36	0.95
2550433--2550484	26	1.9	28	85	14	74	46	0	0	53	1.00
2551003--2551033	15	2.1	14	94	5	53	41	0	3	54	1.16
2553739--2553834	45	2.2	43	87	7	131	55	0	1	43	1.06
2553773--2553820	20	2.4	19	83	16	62	52	0	0	47	1.00
2553777--2553834	11	5.1	12	70	8	50	55	0	0	44	0.99
2555201--2555234	2	17.0	2	93	0	59	47	0	2	50	1.16
2555699--2555746	25	2.0	24	88	8	71	45	2	2	50	1.25
2555765--2555819	17	3.0	18	86	7	67	43	9	0	47	1.35
2565142--2565290	45	3.4	43	74	14	137	37	2	0	59	1.17
2565127--2565296	88	1.9	90	82	13	219	38	2	0	58	1.16
2565224--2565294	31	2.4	28	79	9	70	35	2	0	61	1.10
2565157--2565296	43	3.1	45	70	23	125	37	2	0	58	1.18
2566245--2566295	12	4.2	12	94	0	75	68	3	0	27	1.07
2566252--2566295	3	14.7	3	95	0	79	68	2	0	29	1.02
2568072--2568113	22	1.9	22	90	9	68	59	0	0	40	0.97
2568346--2568396	2	25.5	2	100	0	102	49	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2568692--2568720	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2570139--2570164	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2571496--2571537	20	2.1	20	95	0	75	57	4	2	35	1.33
2572879--2572915	15	2.5	15	80	20	51	54	0	0	45	1.00
2573982--2574015	13	2.7	13	95	4	61	35	0	0	64	0.94
2574214--2574247	13	2.5	14	90	4	52	58	0	0	41	0.98
2574465--2574493	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2574634--2574665	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2575808--2575846	15	2.6	15	84	12	53	58	0	0	41	0.98
2576019--2576044	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2580313--2580345	14	2.4	14	90	5	50	30	0	0	69	0.88
2581203--2581228	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
2581635--2581666	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2584082--2584127	23	2.0	22	84	12	58	58	0	0	41	0.98
2586256--2586316	22	2.8	22	78	11	63	52	0	0	47	1.00
2587557--2587623	26	2.6	25	82	13	91	37	1	2	58	1.23
2589125--2589150	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
2591983--2592041	26	2.3	27	82	5	68	57	1	0	40	1.09
2592978--2593019	14	3.0	14	76	13	50	38	0	2	59	1.10
2592982--2593024	20	2.0	22	82	8	54	34	0	2	62	1.08
2596347--2596495	71	2.0	71	81	7	165	50	4	5	39	1.46
2596573--2596619	24	1.9	25	86	4	69	46	0	2	51	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2596581--2596627	19	2.5	19	82	3	51	44	0	2	53	1.12
2596682--2596736	24	2.4	23	82	8	69	43	1	5	49	1.36
2597880--2597955	27	2.8	26	76	20	75	48	2	0	48	1.15
2598652--2598695	18	2.4	18	84	3	52	38	0	0	61	0.96
2600700--2600747	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
2601222--2601274	17	3.2	16	77	15	54	33	1	0	64	1.05
2603467--2603519	27	2.0	27	85	7	72	39	0	0	60	0.97
2603426--2603560	45	3.0	45	77	15	136	48	0	0	51	1.00
2603548--2603601	18	3.1	17	73	19	56	51	1	0	46	1.11
2604001--2604035	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2604484--2604700	34	6.4	34	86	2	260	26	7	25	40	1.82
2604484--2604702	67	3.3	67	86	1	303	26	7	25	40	1.82
2609111--2609328	34	6.5	34	88	1	296	24	7	27	40	1.82
2609111--2609330	67	3.3	67	88	1	323	24	7	27	40	1.82
2609667--2609714	2	24.0	2	91	0	78	47	2	2	47	1.25
2610064--2610097	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
2610097--2610160	24	2.8	23	80	15	71	46	0	1	51	1.10
2610442--2610471	14	2.1	14	93	0	51	70	0	0	30	0.88
2612731--2612784	28	2.0	27	85	3	72	57	0	0	42	0.98
2612862--2612911	24	2.1	24	92	0	82	50	4	18	28	1.65
2613392--2613458	12	5.9	12	72	19	63	62	2	0	34	1.10
2613554--2613603	16	3.2	16	72	13	50	50	8	0	42	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2614269--2614330	34	1.9	31	87	9	88	50	0	0	50	1.00
2614819--2614893	19	4.1	19	65	26	54	45	1	2	50	1.24
2614882--2614963	12	6.3	13	76	9	53	32	1	3	62	1.21
2615759--2615787	8	3.6	8	100	0	58	41	0	0	58	0.98
2615805--2615852	20	2.4	20	86	6	62	35	2	0	62	1.07
2616017--2616078	25	2.6	23	80	10	70	45	0	1	53	1.10
2616027--2616084	23	2.4	25	85	5	75	46	0	0	53	1.00
2618239--2618335	29	3.3	27	73	17	86	47	3	0	49	1.17
2618311--2618354	18	2.4	18	84	3	61	38	0	0	61	0.96
2618947--2618980	12	2.8	12	91	8	52	20	0	2	76	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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