genome.fa.s234.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold234
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  616507

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
325--349	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
340--390	20	2.6	20	87	3	68	33	15	15	35	1.90
334--390	19	3.0	20	79	7	73	35	15	15	33	1.90
2276--2315	21	1.9	21	94	0	71	50	10	15	25	1.74
6597--6654	13	4.0	13	76	23	62	31	17	13	37	1.89
6597--6675	32	2.5	32	100	0	158	30	17	12	39	1.87
6610--6695	19	4.7	19	75	20	94	30	17	12	39	1.87
7397--8390	39	21.8	48	71	18	469	30	18	25	25	1.98
7440--7807	140	2.7	140	93	2	620	31	18	25	24	1.97
7720--8390	48	14.9	48	71	14	396	29	18	25	26	1.98
7632--8251	87	7.0	87	86	4	837	28	18	26	26	1.98
7632--8247	271	2.3	261	86	4	831	29	18	26	25	1.98
8174--8386	47	4.6	47	77	12	183	28	17	25	27	1.98
7493--8390	358	2.5	356	80	8	1112	29	18	25	26	1.98
8217--8386	88	2.0	86	83	2	214	29	17	24	28	1.97
8390--8522	37	3.9	34	82	6	144	33	12	35	18	1.89
8399--8930	34	16.4	33	78	12	435	36	12	31	19	1.89
8496--8642	27	5.0	27	79	15	109	38	13	27	20	1.90
8418--8888	94	4.9	94	85	4	561	37	12	30	19	1.89
8905--9370	30	15.2	30	80	7	492	31	15	29	23	1.95
8905--9370	61	7.6	61	84	6	575	31	15	29	23	1.95
8911--9366	92	5.0	91	86	4	587	30	16	29	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8771--9368	30	19.1	33	79	8	351	32	15	29	22	1.94
12759--12887	52	2.5	52	98	0	249	28	17	18	34	1.94
12759--12907	52	2.9	51	92	4	237	30	17	18	33	1.94
12896--12920	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
12958--13122	32	5.1	32	97	0	294	35	16	12	35	1.86
12982--13102	13	7.9	13	71	28	80	34	17	13	34	1.88
13282--13316	18	1.9	18	100	0	70	62	5	5	25	1.40
14338--14362	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
14371--14498	51	2.5	52	96	2	240	36	18	17	27	1.93
20045--20166	52	2.3	52	95	0	217	29	18	17	34	1.94
20041--20186	52	2.8	51	89	4	213	30	17	17	34	1.94
20229--20290	19	3.6	18	73	26	62	35	16	12	35	1.87
20248--20272	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
20227--20290	32	2.0	33	93	3	112	35	15	12	35	1.85
20324--20371	21	2.3	22	78	10	64	35	18	16	29	1.93
21020--21438	48	8.7	49	80	6	415	31	19	25	24	1.98
21224--21396	43	3.7	45	79	9	154	30	20	24	24	1.99
21020--21355	149	2.3	145	84	5	414	30	19	25	24	1.98
21034--21456	192	2.2	192	84	5	521	31	19	25	23	1.98
21473--21624	28	5.3	28	85	5	182	19	16	27	36	1.93
21473--21629	84	1.8	84	82	10	203	21	15	27	35	1.94
21684--21982	29	10.4	29	84	5	383	24	16	28	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21684--21988	115	2.6	113	91	4	475	24	16	29	30	1.96
21499--21982	86	5.5	86	75	12	385	25	16	28	29	1.97
23421--23512	24	3.6	25	84	11	100	0	3	14	82	0.79
23424--23512	37	2.4	37	80	16	103	0	3	13	83	0.78
23412--23509	14	6.9	14	80	10	85	0	3	15	81	0.81
23412--23498	9	9.6	9	75	14	63	0	1	16	82	0.72
23454--23512	13	4.5	13	89	8	84	0	5	8	86	0.70
26900--27021	52	2.3	52	95	0	217	28	18	18	35	1.94
26896--27041	52	2.8	51	89	4	213	29	17	18	34	1.94
27084--27145	19	3.6	18	73	26	62	35	16	12	35	1.87
27103--27127	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
27082--27145	32	2.0	33	93	3	112	35	15	12	35	1.85
27179--27226	21	2.3	22	78	10	64	35	18	16	29	1.93
30121--30185	20	3.6	20	73	26	81	29	15	15	40	1.88
30141--30165	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
30120--30199	33	2.4	33	97	0	151	32	15	13	38	1.86
30187--30258	19	3.7	19	84	1	90	34	15	12	37	1.85
30223--30260	20	1.9	20	100	0	76	39	13	15	31	1.86
30287--30340	20	2.7	19	83	11	65	31	16	16	35	1.92
31189--31299	35	3.2	35	79	6	118	53	1	5	39	1.35
31916--32011	32	2.8	34	79	12	106	54	2	1	42	1.19
31953--32086	32	4.2	31	73	17	96	54	0	2	42	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32024--32072	18	2.7	18	83	0	62	51	2	2	44	1.24
36276--36459	92	2.0	92	98	0	359	27	17	14	40	1.89
37755--37801	22	2.1	22	96	0	85	51	10	17	21	1.75
39560--39613	20	2.7	20	85	8	74	37	11	20	31	1.88
39669--39805	52	2.7	52	83	1	177	29	14	15	40	1.87
39669--39793	51	2.4	51	86	1	169	28	14	14	42	1.85
42038--42238	81	2.5	79	78	9	237	29	21	12	36	1.90
44220--44310	39	2.3	39	96	0	164	40	15	16	27	1.88
45367--45432	35	1.9	34	96	3	123	36	12	19	31	1.89
50882--50919	19	2.1	19	90	5	60	39	10	13	36	1.79
52683--52739	26	2.2	26	93	0	96	47	3	17	31	1.65
52782--53214	213	2.0	213	97	0	821	38	6	18	36	1.76
55668--55716	26	1.9	26	87	4	73	32	20	26	20	1.97
57967--58082	52	2.3	50	86	3	151	46	8	15	29	1.75
59263--59328	35	1.9	34	93	3	114	31	10	24	33	1.89
60359--60388	13	2.3	13	94	0	51	33	6	20	40	1.78
60433--60488	19	2.9	18	76	7	58	35	12	17	33	1.88
60485--60538	20	2.7	20	97	0	99	48	14	9	27	1.75
69283--69341	20	3.0	20	82	9	75	28	22	10	38	1.86
69364--69416	19	2.7	19	80	8	63	32	15	20	32	1.93
69405--69429	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
73069--73350	28	9.7	29	74	11	177	23	17	31	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73067--73355	59	5.0	58	79	7	268	23	16	30	28	1.97
73067--73350	117	2.5	116	79	9	287	23	16	30	28	1.97
74644--74705	1	62.0	1	77	0	61	4	0	6	88	0.62
74644--74709	9	7.2	9	82	16	73	4	0	7	87	0.65
74644--74709	18	3.6	18	80	15	82	4	0	7	87	0.65
93929--93994	27	2.4	28	84	7	89	28	36	15	19	1.92
94179--94315	61	2.2	61	84	5	170	21	24	13	39	1.90
108391--108874	242	2.0	242	95	0	869	34	22	20	23	1.97
109229--109253	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
109209--109274	32	2.0	33	94	2	116	34	12	16	36	1.86
109315--109339	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
109348--109521	52	3.3	52	91	0	285	36	18	17	27	1.94
114021--114082	28	2.2	28	94	2	108	24	29	20	25	1.99
114301--114415	32	3.7	31	79	12	137	29	31	20	19	1.97
114540--114667	52	2.5	52	79	5	134	25	23	14	35	1.93
114597--114740	73	2.0	73	98	0	279	27	25	13	34	1.93
114949--115087	52	2.7	52	83	0	179	21	24	15	38	1.93
115713--115761	20	2.4	20	86	3	62	40	14	18	26	1.89
115713--115786	21	3.6	21	81	7	80	39	14	17	28	1.89
119889--119929	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
119969--120039	20	3.6	19	77	7	70	39	16	14	29	1.88
120009--120145	53	2.6	53	96	1	247	37	18	17	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120311--120336	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
120815--120881	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
122405--122565	84	1.9	84	80	9	186	53	3	17	25	1.60
124082--124106	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
125715--125755	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
125795--125865	20	3.6	19	77	7	70	39	16	14	29	1.88
125835--125971	53	2.6	53	95	1	238	37	17	17	27	1.92
125936--125972	19	1.9	19	94	0	65	43	10	10	35	1.75
126137--126162	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
126641--126707	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92

Tables:   1   2   3   4   5