genome.fa.s234.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold234
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  616507

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133694--133745	16	3.1	17	78	21	56	44	0	1	53	1.11
135416--135502	16	5.4	16	69	11	54	60	3	0	35	1.13
135475--135510	18	1.9	19	88	5	56	66	2	0	30	1.06
138750--138815	20	3.6	20	76	23	90	39	12	13	34	1.82
138773--138829	14	3.6	14	75	24	60	40	14	10	35	1.80
138753--138830	34	2.3	34	100	0	156	41	12	11	34	1.80
140728--141171	153	2.9	152	80	7	470	49	9	9	31	1.68
142581--142776	43	4.6	42	78	8	198	36	16	27	19	1.93
142580--142822	86	2.8	87	81	4	269	38	16	24	20	1.93
142581--142814	129	1.8	129	80	5	285	37	15	25	21	1.93
142582--142862	86	3.3	86	81	5	235	39	15	24	20	1.92
142846--142888	18	2.4	18	96	0	77	55	25	9	9	1.61
143085--143558	43	11.1	43	74	8	261	41	15	22	19	1.89
142902--143238	86	4.0	85	74	8	276	40	15	22	20	1.90
142925--143558	86	7.5	86	71	9	273	41	15	23	19	1.89
143101--143384	124	2.2	127	80	5	317	44	15	20	19	1.87
142992--143469	210	2.3	209	80	3	514	42	15	22	19	1.88
143986--144365	43	9.0	42	73	7	178	39	13	25	21	1.91
144174--144364	86	2.2	85	77	5	206	40	13	23	23	1.89
144842--145092	76	3.4	74	79	5	247	44	9	17	29	1.80
144893--145125	75	3.1	75	80	7	267	42	9	19	28	1.82
146158--146457	82	3.5	85	74	10	243	43	10	17	28	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147777--147896	20	6.0	20	71	14	79	8	14	3	74	1.18
147777--147896	19	6.1	19	71	18	68	8	14	3	74	1.18
147836--147914	6	12.2	6	75	18	52	3	13	5	77	1.08
147861--147914	27	2.0	27	82	7	56	1	14	5	77	1.03
150746--150778	17	1.9	17	93	0	57	42	12	9	36	1.74
150768--150945	93	1.9	93	100	0	356	43	15	15	25	1.86
150965--150997	17	1.9	17	93	0	57	42	12	9	36	1.74
150642--151039	219	1.8	219	100	0	796	41	14	15	29	1.86
151103--151140	15	2.5	15	95	0	67	28	5	10	55	1.56
152705--153644	158	6.0	155	82	5	1027	45	17	9	27	1.79
152749--153645	314	2.9	310	84	3	1134	46	17	9	26	1.79
153539--153589	20	2.5	19	78	12	57	64	17	3	13	1.42
152755--153644	472	1.9	472	85	4	1249	46	17	9	26	1.79
154113--154539	154	2.8	151	82	7	495	50	8	7	33	1.61
156215--156326	50	2.2	50	88	0	170	29	16	12	41	1.86
158615--159097	79	6.1	78	82	5	515	28	26	12	32	1.93
163370--163412	23	1.9	23	85	4	61	11	4	6	76	1.13
163370--163424	22	2.5	22	80	11	58	10	3	7	78	1.08
169645--170035	151	2.6	151	82	6	477	37	17	19	25	1.94
171630--171682	3	18.7	3	78	18	60	67	1	0	30	1.01
171630--171667	20	1.9	20	100	0	76	68	2	0	28	1.03
171629--171682	20	2.7	20	85	5	74	68	1	0	29	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171630--171676	11	4.4	11	81	13	62	68	2	0	29	1.02
171631--171689	14	4.0	14	76	24	59	66	1	0	32	1.02
171852--171900	18	2.8	19	73	14	52	75	6	0	18	1.00
172966--173284	85	3.8	84	77	6	259	35	13	29	21	1.92
173364--173939	47	12.9	46	77	9	384	39	16	22	21	1.92
173584--173682	35	2.8	35	90	0	153	44	14	22	19	1.86
173648--173941	93	3.1	94	84	2	353	39	17	22	21	1.92
173665--173938	140	2.0	140	85	5	376	38	16	22	21	1.93
173996--174960	44	22.0	45	70	10	436	41	15	22	20	1.90
173958--174964	132	7.7	132	80	3	969	41	15	22	20	1.90
175587--175884	89	3.3	89	80	6	345	31	14	24	28	1.95
176992--177202	112	1.9	112	80	4	246	35	17	16	30	1.92
177465--177497	11	2.9	11	95	4	57	9	12	0	78	0.95
177465--177497	12	2.8	12	90	4	50	9	12	0	78	0.95
181622--182018	155	2.6	155	81	6	439	40	19	15	24	1.90
181791--182327	150	3.5	152	79	5	521	40	20	16	22	1.91
183752--183964	91	2.3	91	94	1	374	33	17	17	31	1.93
183953--183977	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
183932--183996	33	2.0	32	88	8	96	30	15	15	38	1.88
191730--191796	33	2.0	33	85	0	89	28	29	13	28	1.94
192768--192792	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
192747--192811	33	2.0	32	88	8	96	32	15	13	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192776--192833	19	3.0	20	80	14	77	34	15	15	34	1.89
193722--193762	20	2.0	20	85	9	55	0	19	9	70	1.14
194013--194050	20	1.9	20	94	0	67	68	5	0	26	1.11
194012--194051	14	2.9	14	82	10	55	70	5	0	25	1.08
194013--194054	11	4.0	11	75	12	52	69	4	0	26	1.08
194012--194054	20	2.2	20	83	4	61	69	4	0	25	1.07
194220--194290	35	2.1	33	85	12	92	73	5	0	21	1.04
197073--197134	28	2.2	28	91	0	97	45	6	20	27	1.76
199135--199229	50	1.9	50	91	0	154	24	16	16	42	1.89
201601--201720	51	2.4	51	94	0	204	30	25	10	32	1.90
201654--201905	79	3.2	78	82	5	256	29	25	11	32	1.92
201865--201932	28	2.4	28	82	0	73	29	27	11	30	1.92
201786--202012	107	2.1	108	88	2	332	28	26	12	32	1.92
201891--202485	79	7.5	80	77	6	534	28	25	13	33	1.93
201891--202492	157	3.8	157	77	6	596	27	25	13	33	1.93
202350--202405	28	2.0	28	82	0	67	26	30	16	26	1.96
201891--202506	236	2.6	235	78	4	641	28	25	12	33	1.93
204190--204214	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
208390--208433	21	2.0	22	86	4	63	36	13	22	27	1.92
212059--213601	322	4.8	322	78	5	1401	34	15	17	32	1.91
212197--213604	640	2.2	640	81	5	1601	34	15	17	31	1.92
231573--231619	21	2.3	20	78	10	51	42	4	19	34	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231741--231779	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
243017--243070	20	2.7	20	88	8	74	38	12	14	33	1.85
244736--245581	164	5.1	165	79	6	768	27	12	8	51	1.68
246160--246196	13	2.8	14	80	12	51	83	0	16	0	0.64
246163--246202	12	3.3	12	86	6	55	85	0	15	0	0.61
246578--246642	19	3.8	18	75	24	77	32	12	16	38	1.86
246599--246623	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
246580--246650	32	2.2	32	97	0	133	32	12	18	36	1.88
246695--246719	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
250032--250080	23	2.1	23	100	0	98	24	22	20	32	1.98
261895--262122	29	8.0	29	88	4	331	28	27	17	25	1.98
261901--262160	58	4.6	56	85	3	177	31	27	17	24	1.97
262194--262632	39	9.8	46	69	16	197	24	25	20	29	1.99
262247--262315	22	3.2	21	64	12	50	26	23	18	31	1.97
262194--262670	87	5.4	87	81	4	535	24	24	20	29	1.99
262189--262670	175	2.7	175	90	1	739	25	24	20	29	1.99
262693--262891	52	3.9	52	76	5	190	26	24	16	32	1.96
263484--263548	19	3.8	18	75	24	77	32	12	16	38	1.86
263486--263556	32	2.2	32	97	0	133	32	12	18	36	1.88
263505--263529	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
263601--263625	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
268237--268785	155	3.5	154	77	5	526	22	17	21	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
270200--270251	20	2.7	20	91	8	81	28	15	17	38	1.90
278692--278717	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
278670--278737	33	2.1	32	91	8	111	32	16	16	35	1.91
278806--278830	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
281419--281595	75	2.3	75	88	0	246	29	22	11	36	1.90
281569--281621	27	2.0	26	82	7	63	30	37	11	20	1.88
282278--282343	20	3.7	20	66	26	65	30	13	13	42	1.83
282400--282437	20	1.9	20	88	0	58	36	10	18	34	1.85
288375--288407	11	3.0	11	95	0	57	30	0	18	51	1.46
288525--288576	20	2.7	19	82	8	61	42	11	11	34	1.77

Tables:   1   2   3   4   5