genome.fa.s2351.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2351
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  521823

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50--94	21	2.1	21	87	0	63	20	4	4	71	1.21
991--1085	17	5.4	16	73	17	73	55	3	1	40	1.23
1000--1085	18	5.0	16	70	27	52	54	2	1	41	1.20
988--1074	45	1.9	44	82	13	106	55	2	1	41	1.20
995--1104	28	3.9	27	72	13	80	54	3	0	40	1.24
994--1114	54	2.4	52	75	19	121	56	3	0	39	1.22
5066--5109	16	2.8	16	82	0	52	40	4	29	25	1.75
9771--9797	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
10545--10678	67	2.0	67	92	0	223	44	4	5	45	1.46
10914--10974	30	2.0	30	87	12	90	40	4	0	54	1.22
11561--11605	7	6.4	7	100	0	90	57	0	0	42	0.98
12224--12296	29	2.5	30	80	8	80	63	1	4	31	1.22
12258--12287	12	2.4	13	94	5	53	63	0	6	30	1.20
13231--13299	24	2.8	25	75	18	65	55	0	0	44	0.99
13231--13299	12	5.7	12	72	17	54	55	0	0	44	0.99
13366--13397	14	2.3	14	94	0	55	50	3	0	46	1.17
13373--13405	14	2.4	14	94	0	57	51	3	0	45	1.16
13777--13806	15	2.1	15	93	6	53	6	20	20	53	1.67
14179--14238	12	5.2	12	84	8	79	65	1	0	33	1.03
14179--14239	23	2.6	24	87	5	90	63	1	0	34	1.04
16051--16129	24	3.4	24	68	21	62	46	0	1	51	1.08
17350--17420	29	2.3	31	76	9	74	46	0	1	52	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17535--17595	22	2.9	21	80	14	72	44	6	0	49	1.28
19914--19951	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
20318--20485	16	9.3	17	67	17	74	48	1	1	48	1.19
21458--21497	17	2.4	16	84	12	53	25	15	5	55	1.60
22555--22592	17	2.2	18	85	4	51	15	15	13	55	1.70
22608--22714	20	5.3	20	75	0	97	15	22	13	48	1.80
22608--22717	40	2.8	40	77	2	114	16	22	13	47	1.82
22587--22718	60	2.2	60	86	0	183	16	24	12	46	1.81
23873--23997	26	4.5	26	68	15	72	61	3	1	33	1.21
23958--23997	21	2.0	20	85	14	55	70	5	0	25	1.08
24271--24305	17	2.1	17	88	0	52	14	2	8	74	1.17
25200--25230	16	1.9	16	93	0	53	58	0	0	41	0.98
28322--28352	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
38336--38404	20	3.7	19	70	16	54	37	2	2	56	1.29
39071--39125	27	2.0	27	96	0	101	23	16	3	56	1.56
40202--40248	13	3.8	13	77	11	53	34	2	4	59	1.29
40501--40537	15	2.4	16	82	13	51	29	0	2	67	1.04
41944--42005	16	3.9	17	81	12	78	46	12	12	27	1.79
41944--42005	32	1.9	32	90	6	99	46	12	12	27	1.79
42448--42478	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
44478--44524	24	2.0	24	83	8	60	40	0	0	59	0.97
45792--45843	2	26.0	2	96	0	95	0	48	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57524--57572	22	2.2	22	100	0	98	67	8	8	16	1.40
58491--58565	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
58488--58565	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
65336--65369	16	2.0	18	88	11	54	41	0	0	58	0.98
65793--65835	19	2.3	19	79	0	50	30	0	6	62	1.21
66055--66106	10	5.1	11	84	11	67	46	0	0	53	1.00
73481--73557	17	4.8	16	68	18	52	38	1	2	57	1.21
73943--74000	25	2.3	25	87	0	80	44	3	8	43	1.51
74814--74863	9	5.7	9	81	13	59	22	2	0	76	0.89
74822--74861	20	2.0	21	90	5	64	20	2	0	77	0.88
75414--75438	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
75727--75763	15	2.4	16	82	13	51	29	0	2	67	1.04
75818--75858	18	2.2	19	86	4	57	80	0	9	9	0.91
75818--75858	19	2.2	19	87	12	50	80	0	9	9	0.91
77504--77552	21	2.2	21	82	7	53	55	0	6	38	1.25
77516--77554	21	2.0	20	90	10	62	51	0	7	41	1.31
92463--92531	19	3.9	18	73	21	65	34	1	5	57	1.31
95660--95713	20	2.7	20	88	11	76	35	18	14	31	1.91
95742--95816	19	3.9	19	92	1	114	37	17	14	30	1.90
96368--96416	10	4.8	11	78	12	52	44	0	2	53	1.12
96803--96875	36	2.0	36	84	10	96	31	2	0	65	1.06
96991--97041	16	3.3	15	82	15	52	39	0	7	52	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97034--97091	31	1.9	30	86	10	82	48	5	1	44	1.35
97125--97151	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
97708--97736	15	2.0	15	93	6	51	0	3	13	82	0.79
106200--106237	20	1.9	20	89	10	60	60	5	2	31	1.33
107217--107241	12	2.1	12	100	0	50	48	16	8	28	1.74
107872--107906	16	2.2	16	89	0	52	45	0	0	54	0.99
107883--107943	16	3.4	16	72	23	50	52	0	1	45	1.10
107915--107976	30	2.1	30	82	11	74	54	1	3	40	1.26
107884--107970	38	2.3	38	84	7	106	55	1	2	41	1.20
109881--109933	2	26.5	2	92	0	88	47	0	3	49	1.19
110067--110106	20	2.0	20	85	0	53	55	0	2	42	1.13
120604--120640	17	2.2	17	90	0	56	67	5	0	27	1.12
121482--121536	20	2.8	20	78	8	60	50	0	0	49	1.00
123146--123191	20	2.3	20	75	17	51	43	0	2	54	1.12
123158--123209	18	3.0	16	81	16	52	51	0	3	44	1.19
123418--123445	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
123835--123888	21	2.6	22	83	13	71	44	0	0	55	0.99
123835--123889	20	2.7	21	86	10	71	43	0	0	56	0.99
124575--124609	18	2.0	18	88	5	54	45	5	0	48	1.26
124582--124623	18	2.3	18	80	8	50	47	4	0	47	1.23
124717--124742	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
130914--130952	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131539--131569	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
132082--132164	2	41.5	2	100	0	166	50	0	0	49	1.00
134818--135079	132	2.0	133	91	0	427	48	19	12	20	1.80
137629--137696	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
137631--137693	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
137650--137674	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
137736--137761	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
137716--137782	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
140123--140464	52	6.5	53	70	17	205	28	26	12	32	1.92
140240--140308	27	2.5	27	88	2	93	24	31	21	21	1.98
140186--140578	107	3.7	105	73	11	341	27	27	14	30	1.95
140128--140463	104	3.2	103	71	13	297	29	25	12	32	1.93
140448--140524	28	2.8	28	87	0	100	22	33	19	24	1.97
140126--140531	212	1.9	212	89	3	638	27	27	13	31	1.94
140478--140680	79	2.6	79	80	3	212	23	30	16	29	1.96
147232--147285	21	2.7	20	77	8	65	37	14	11	37	1.82
147973--148159	61	3.1	61	85	0	241	39	13	22	24	1.90
147937--148161	121	1.9	121	81	3	274	37	13	23	24	1.92
148158--148267	57	1.9	57	83	0	139	39	10	23	27	1.86
148240--148585	52	6.7	52	72	9	186	37	13	23	25	1.92
148147--148405	104	2.4	108	77	8	287	38	10	22	27	1.88
148215--148630	155	2.7	155	78	3	433	37	13	24	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148638--148741	33	3.2	33	80	5	77	22	20	27	29	1.98
148653--148756	33	3.2	33	79	5	120	19	18	33	28	1.95
148765--148813	24	2.0	24	92	0	80	34	10	28	26	1.89
148851--148909	27	2.2	27	87	6	93	37	13	28	20	1.91
148817--148978	61	2.7	61	84	2	175	38	12	27	20	1.90
148878--149867	34	31.0	33	72	14	433	37	11	28	22	1.89
148846--148991	61	2.4	60	87	2	202	39	13	28	19	1.89
149149--149268	59	2.0	59	82	6	143	38	10	26	24	1.88
149234--149305	32	2.5	28	82	13	83	38	11	29	20	1.87
149399--149514	61	1.9	62	82	5	146	35	12	29	22	1.91

Tables:   1   2   3   4