genome.fa.s2351.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2351
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  521823

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149022--149581	95	5.8	95	75	12	370	37	10	28	22	1.88
149522--149763	27	8.2	28	68	24	115	36	12	28	22	1.91
149489--149767	60	4.6	60	73	21	201	37	12	27	22	1.90
148912--149703	122	6.3	123	72	16	426	37	11	28	22	1.89
149671--149734	33	1.9	33	87	6	94	40	14	25	20	1.89
149764--149844	35	2.3	35	86	0	117	34	8	32	24	1.86
149784--149857	35	2.1	35	90	5	114	28	8	35	28	1.86
155798--155864	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
155818--155842	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
155905--155929	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
155938--156061	52	2.4	52	93	4	207	34	18	17	29	1.94
162410--162447	20	2.0	20	89	5	51	73	5	0	21	1.02
163855--163889	7	5.0	7	92	0	52	51	0	0	48	1.00
164372--164406	6	5.8	6	93	0	61	31	0	2	65	1.07
164839--164881	20	2.4	19	85	14	56	53	0	0	46	1.00
167233--167304	29	2.6	29	81	14	73	44	1	0	54	1.08
168500--168953	226	2.0	226	95	0	820	43	9	6	40	1.64
169322--169519	111	1.8	107	83	6	263	45	4	3	46	1.39
169651--169697	2	24.0	2	82	4	60	53	2	0	44	1.12
176060--176098	19	2.0	20	90	5	62	48	0	7	43	1.31
176595--176631	19	1.9	19	88	0	56	48	0	5	45	1.25
177690--177741	22	2.4	22	90	0	77	51	5	0	42	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178235--178279	16	2.8	16	89	0	72	37	0	15	46	1.46
182447--182527	28	3.0	28	82	8	96	50	19	4	24	1.67
188426--188470	15	3.1	15	78	15	58	20	0	2	77	0.87
188423--188495	29	2.5	30	82	8	87	24	0	5	69	1.09
188463--188502	17	2.2	19	86	8	57	35	0	7	57	1.27
188832--188941	56	1.9	58	81	9	136	51	1	0	45	1.18
188941--188971	14	2.2	14	94	0	53	29	3	0	67	1.06
192113--192141	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
192314--192352	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
192843--192909	31	2.2	31	86	5	91	31	5	5	56	1.47
194920--194953	13	2.6	13	90	0	50	26	5	50	17	1.69
195032--195107	27	2.8	27	83	0	89	46	22	5	26	1.73
199495--199528	13	2.6	13	90	0	59	29	5	47	17	1.71
199612--199682	27	2.6	27	86	0	97	46	19	7	26	1.75
203274--203355	29	3.0	29	67	20	75	51	0	4	43	1.23
203817--203864	2	24.5	2	95	4	89	52	0	0	47	1.00
205944--206001	30	1.9	30	89	0	89	32	17	5	44	1.70
206442--206471	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
206498--206536	17	2.2	17	86	4	51	74	5	10	10	1.21
207428--207524	29	3.2	29	82	5	113	44	12	1	42	1.49
209133--209171	21	1.9	20	89	5	60	38	15	10	35	1.81
209292--209391	33	3.1	33	75	13	91	30	16	15	39	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211531--211599	27	2.6	27	100	0	138	26	40	20	13	1.88
213093--213154	26	2.3	27	89	8	92	32	9	12	45	1.75
213116--213202	24	3.5	24	78	6	68	33	6	14	44	1.72
213506--213927	209	2.0	210	92	1	704	28	16	22	32	1.96
215815--215857	21	2.0	22	86	4	61	37	20	23	18	1.94
217750--217803	24	2.2	25	86	6	74	31	7	18	42	1.78
220052--220077	7	3.7	7	100	0	52	26	0	0	73	0.84
220703--220754	17	3.1	17	75	13	54	42	0	1	55	1.10
220754--220798	19	2.3	20	84	3	56	22	2	2	73	1.05
220754--220805	19	2.7	19	77	14	52	25	1	1	71	1.07
222268--222310	13	3.3	12	78	15	50	46	2	0	51	1.13
228536--228584	24	2.0	26	92	8	84	10	4	16	69	1.32
228565--228617	23	2.3	23	93	0	88	26	1	18	52	1.56
228576--228636	23	2.7	22	87	2	77	32	0	14	52	1.42
229526--229584	24	2.3	26	82	14	77	49	3	3	44	1.36
229643--229731	39	2.2	40	86	11	121	40	0	0	59	0.97
229643--229753	21	5.4	21	68	21	67	37	0	0	62	0.96
229646--229712	18	3.6	18	70	21	57	41	0	0	58	0.98
229634--229732	39	2.4	41	79	17	116	40	0	0	59	0.97
229635--229737	10	11.1	9	70	23	56	39	0	0	60	0.97
229634--229737	19	5.6	18	73	13	79	40	0	0	59	0.97
237980--238014	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
238409--238450	19	2.3	18	88	8	66	59	0	0	40	0.97
240313--240359	19	2.3	21	82	7	62	31	4	0	63	1.13
251531--251569	19	2.1	19	100	0	78	74	5	5	15	1.17
252240--252300	29	2.1	29	90	0	95	49	19	8	22	1.75
254878--254970	37	2.5	37	75	14	95	49	0	0	50	1.00
254897--254955	12	4.8	13	74	17	54	54	0	0	45	0.99
255820--255849	7	4.3	7	100	0	60	16	0	0	83	0.65
257698--257778	37	2.2	38	84	8	112	23	3	14	58	1.53
258144--258208	14	4.1	16	72	22	57	49	0	0	50	1.00
258193--258449	132	1.9	132	85	6	351	41	5	6	47	1.51
259853--259919	24	2.8	24	93	0	116	34	0	2	62	1.10
260710--260744	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
265440--265491	22	2.5	21	87	6	79	67	0	15	17	1.24
265991--266126	43	3.3	42	79	7	136	30	15	14	38	1.88
272145--272202	18	3.0	18	73	22	55	72	3	0	24	1.00
272900--272938	18	2.2	18	100	0	78	38	5	5	51	1.46
273524--273558	16	2.3	15	90	5	52	74	5	14	5	1.19
275128--275156	14	2.1	14	93	6	51	31	13	20	34	1.92
277082--277166	22	3.8	21	75	18	64	37	2	5	54	1.38
277096--277148	26	2.0	26	85	0	70	35	3	5	54	1.42
287142--287216	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
287142--287219	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
298965--298997	16	2.0	17	88	5	50	9	33	33	24	1.87
301231--301271	11	3.6	11	87	6	55	87	4	4	2	0.72
302499--303566	29	35.4	28	90	3	957	30	33	17	19	1.95
302499--303566	32	35.3	30	89	5	965	30	33	17	19	1.95
303636--303754	49	2.4	49	97	0	220	18	28	19	33	1.95
304143--304217	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
304143--304220	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
307716--307754	21	1.9	21	89	5	62	33	0	10	56	1.33
311153--311220	28	2.4	28	82	4	84	48	10	11	29	1.73
312379--312502	37	3.4	37	75	1	115	41	2	3	52	1.30
313824--313863	16	2.4	17	83	8	55	52	0	0	47	1.00
313930--313976	24	2.0	24	86	0	67	55	0	0	44	0.99
315962--316008	9	5.3	9	78	14	53	70	2	0	27	0.99
316945--316983	7	5.6	7	90	0	51	33	0	2	64	1.08
319896--319934	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
328377--328439	2	32.5	2	80	6	76	50	4	1	42	1.32
333902--333974	28	2.6	29	77	10	80	52	0	0	47	1.00
334456--334506	23	2.2	23	85	3	66	50	1	1	45	1.24
334566--334616	22	2.3	22	80	6	59	58	1	1	37	1.20
334624--334656	15	2.1	17	88	11	52	48	0	3	48	1.17
334729--334834	30	3.6	29	71	16	83	53	3	5	36	1.42
334820--334878	18	3.0	20	71	16	50	50	5	1	42	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
334837--334874	19	2.1	19	85	5	51	47	2	2	47	1.30
335338--335400	21	3.0	20	68	11	54	50	0	0	49	1.00
337014--337098	17	4.7	18	73	23	72	42	1	1	55	1.15
337017--337064	20	2.5	20	80	13	55	43	0	0	56	0.99
337086--337173	46	1.9	46	84	6	117	48	1	1	48	1.16
337402--337426	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
338940--338976	15	2.5	15	91	8	58	59	2	0	37	1.12
340030--340058	13	2.1	14	93	6	51	31	0	0	68	0.89
342923--342958	14	2.6	14	91	8	56	58	0	0	41	0.98
343327--343362	14	2.6	14	91	8	56	58	0	0	41	0.98

Tables:   1   2   3   4