genome.fa.s240.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold240
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  472780

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8144--8238	40	2.4	40	77	7	111	24	14	10	50	1.74
8414--8543	40	3.2	40	79	4	145	20	19	13	46	1.84
8598--8687	40	2.2	40	94	0	153	16	22	15	45	1.85
8974--9035	33	1.9	32	83	3	79	19	16	11	53	1.72
9045--9127	40	2.1	40	88	0	121	19	21	13	45	1.84
9057--9147	40	2.3	39	83	9	121	19	23	14	42	1.88
9362--9477	40	2.9	39	81	7	117	24	21	6	47	1.75
9376--9512	40	3.4	40	83	2	150	23	22	7	46	1.76
10341--10437	40	2.4	40	86	3	124	18	16	15	49	1.80
10302--10930	185	3.4	185	77	7	518	20	21	13	44	1.85
10890--10979	40	2.2	40	78	3	101	21	21	10	47	1.79
11038--11121	40	2.1	40	91	4	134	26	23	7	42	1.80
10764--11129	145	2.5	144	79	6	373	21	22	11	44	1.84
11385--11907	144	3.6	143	76	5	493	21	21	12	43	1.86
11385--11906	288	1.8	288	79	2	618	21	21	12	43	1.85
11891--12235	184	1.9	185	81	4	428	20	20	13	44	1.86
12109--12451	145	2.4	145	80	2	332	20	20	13	45	1.84
12239--12336	40	2.5	40	83	3	117	18	19	16	45	1.85
12176--12613	145	3.0	144	76	6	429	18	20	12	47	1.81
12704--12817	40	2.8	40	82	5	131	22	22	11	42	1.85
12718--12825	40	2.7	40	84	5	137	21	23	12	42	1.87
12694--13146	185	2.4	184	78	2	496	21	22	11	44	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13239--13334	40	2.4	40	83	10	117	23	21	12	41	1.87
13464--13550	40	2.2	39	82	8	104	20	20	11	47	1.81
13923--14030	40	2.7	40	79	0	108	21	18	11	49	1.78
14219--14307	40	2.2	40	85	0	115	22	21	12	43	1.85
14339--14631	145	2.0	145	80	5	324	19	22	13	45	1.85
14692--14813	40	3.1	39	79	9	129	18	22	16	42	1.89
14775--15025	105	2.4	105	75	2	245	19	23	13	44	1.85
14981--15131	40	3.8	39	87	6	180	19	21	12	46	1.83
14775--15052	104	2.7	104	72	6	229	19	23	13	43	1.86
15005--15170	39	4.2	40	84	4	194	21	24	11	42	1.86
15004--15170	78	2.1	79	86	2	228	21	25	11	41	1.86
15204--15280	40	1.9	40	86	0	109	20	16	12	49	1.79
15207--15296	40	2.2	40	82	0	108	22	17	11	48	1.78
15627--15754	40	3.2	40	76	9	111	19	22	14	43	1.87
15652--15778	40	3.2	40	76	8	134	23	23	11	40	1.87
15655--16041	212	1.8	212	81	7	482	21	21	13	43	1.87
15846--15990	40	3.6	39	77	3	146	20	21	14	43	1.87
15884--16226	145	2.4	144	83	3	395	20	22	13	43	1.86
16277--16760	185	2.6	182	74	5	425	21	21	12	44	1.85
16992--17056	33	2.0	32	81	3	76	20	21	10	47	1.80
17128--17204	40	1.9	40	89	0	118	24	19	10	45	1.81
17483--17573	40	2.3	39	81	9	103	19	19	13	47	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17374--17635	144	1.8	144	80	6	316	22	19	13	44	1.85
17374--17673	144	2.1	144	78	6	313	22	20	12	44	1.84
17628--17765	40	3.5	39	79	7	143	22	18	10	47	1.79
17998--18083	40	2.2	40	87	4	120	20	18	13	46	1.83
17484--18083	185	3.3	182	75	7	539	20	21	13	43	1.86
17858--18280	145	2.9	144	78	6	415	20	22	13	43	1.87
20707--20745	15	2.7	15	88	4	53	25	0	0	74	0.82
21749--21800	10	5.6	10	78	17	51	0	23	1	75	0.91
22441--22766	165	2.0	168	86	3	462	47	9	13	30	1.74
23742--23878	40	3.5	40	79	4	152	21	18	12	46	1.82
25033--25286	79	3.2	79	83	2	314	28	14	28	28	1.95
27673--27724	13	3.5	13	73	26	50	34	17	15	32	1.91
27681--27743	19	3.7	18	76	24	73	34	17	14	33	1.90
27673--27745	32	2.3	32	95	4	130	34	17	13	34	1.90
27712--27773	19	3.2	19	71	13	54	27	14	14	43	1.84
28686--29057	55	6.4	55	87	8	453	24	20	28	26	1.99
30036--30100	6	11.5	6	79	11	59	0	1	13	84	0.69
30036--30102	8	8.4	8	80	12	84	0	1	13	85	0.68
42375--42578	79	2.6	79	92	1	320	28	16	28	25	1.97
45189--45242	20	2.7	20	80	5	65	38	14	12	33	1.85
45271--45344	19	3.8	19	94	1	121	41	17	10	29	1.83
45330--45356	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46506--46568	17	3.9	16	74	21	60	36	12	14	36	1.84
46502--46577	30	2.4	32	91	4	120	36	14	14	34	1.87
46524--46580	13	4.1	13	79	16	60	38	15	15	29	1.89
46589--46630	21	2.0	21	100	0	84	42	9	19	28	1.82
46617--46642	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
49324--49348	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
49336--49387	20	2.6	20	87	0	77	40	13	15	30	1.86
49439--49463	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
49419--49483	33	2.0	33	87	3	96	36	18	13	30	1.90
49452--49503	20	2.6	20	100	0	104	42	19	11	26	1.85
51090--51120	9	3.4	9	95	0	53	38	0	35	25	1.56
57044--57194	52	2.9	52	92	1	248	28	14	18	38	1.90
57217--57299	19	4.6	19	76	19	88	38	15	10	34	1.83
57234--57258	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
57217--57277	32	1.9	32	93	0	104	37	16	11	34	1.85
57247--57298	20	2.7	19	93	3	86	36	17	11	34	1.86
59269--59307	13	3.0	13	88	0	60	33	20	12	33	1.91
59438--59478	22	2.0	21	86	13	59	31	21	4	41	1.74
59742--59783	20	2.0	21	95	4	77	21	47	26	4	1.70
61753--61798	20	2.3	20	84	0	56	39	10	15	34	1.82
61856--61880	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
61836--61903	33	2.1	33	91	2	111	35	16	14	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62647--62763	52	2.3	53	85	7	161	31	19	12	35	1.90
62747--62819	27	2.7	26	82	6	74	26	28	19	26	1.98
62698--62899	105	1.9	108	83	7	270	28	25	14	31	1.95
62795--62942	79	1.9	79	84	1	199	29	22	13	33	1.93
62883--63000	52	2.3	51	86	1	164	32	27	11	27	1.92
62805--63079	131	2.1	129	84	5	358	29	25	12	32	1.92
62934--63125	79	2.4	80	82	9	250	28	26	13	31	1.93
69148--69473	60	5.4	60	84	1	436	25	28	20	26	1.99
69148--69472	120	2.7	120	93	0	551	25	28	20	26	1.99
69148--69485	121	2.8	119	90	3	516	24	28	19	27	1.99
69389--69569	94	1.9	96	87	6	267	24	30	20	24	1.99
69299--69886	210	2.8	208	87	5	832	25	29	21	24	1.99
69489--69691	55	3.6	55	85	9	257	24	28	22	24	1.99
69549--69839	155	1.9	148	87	7	424	25	29	21	23	1.99
69704--70065	55	6.3	55	84	6	418	26	28	22	22	1.99
69699--70065	116	3.2	114	86	4	519	26	28	21	23	1.99
70050--70220	42	4.0	42	71	14	132	18	25	12	42	1.86
70914--70968	21	2.7	21	80	5	69	34	12	14	38	1.84
70958--71011	13	3.8	13	75	17	54	37	16	16	29	1.91
70939--71036	30	3.2	30	89	2	142	35	13	17	33	1.88
70938--71032	17	6.0	17	74	21	91	35	12	16	34	1.87
71053--71094	21	2.0	21	100	0	84	42	9	19	28	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71081--71106	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
73453--73584	51	2.6	52	85	3	169	30	22	12	34	1.92
73571--73642	27	2.6	29	84	10	105	25	33	19	22	1.97
73595--73769	79	2.2	79	79	4	226	30	26	11	30	1.91
73628--73903	131	2.1	130	81	3	322	30	27	10	31	1.90
73705--73824	52	2.3	51	86	1	177	32	30	10	27	1.89
73758--73928	79	2.2	79	84	4	227	28	28	13	29	1.94
75243--75283	22	2.0	21	85	9	57	36	9	17	36	1.82
75463--75502	13	3.1	13	88	0	62	42	12	12	32	1.80
76133--76189	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90

Tables:   1   2   3   4