genome.fa.s240.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold240
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  472780

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76113--76213	32	3.1	32	95	1	175	34	11	16	36	1.86
76110--76208	19	5.9	17	71	28	79	34	12	16	37	1.85
76251--76308	13	4.9	13	72	23	65	29	17	15	37	1.90
76263--76328	20	3.7	20	73	26	83	27	18	15	39	1.90
76251--76329	33	2.4	33	100	0	158	27	17	15	39	1.90
76317--76445	52	2.5	52	93	0	222	34	18	19	27	1.95
85152--85202	20	2.5	20	90	6	77	35	17	13	33	1.89
85234--85282	20	2.5	20	86	3	64	36	18	14	30	1.90
87119--87172	27	2.0	27	100	0	108	29	11	18	40	1.85
87944--88560	307	2.0	307	94	0	1081	39	14	19	26	1.90
92126--92235	51	2.2	51	83	6	134	30	17	11	40	1.85
92627--92659	15	2.2	15	89	10	50	27	12	12	48	1.76
96233--96981	49	15.8	49	75	13	548	30	18	26	24	1.98
96270--96571	52	5.8	52	80	6	303	32	17	26	23	1.96
96292--96981	87	7.2	101	82	8	382	30	18	25	24	1.98
96533--96779	39	5.9	39	72	15	197	27	20	26	25	1.99
96486--96930	87	5.0	87	85	6	541	29	19	25	25	1.98
97042--97359	34	9.6	33	75	8	238	33	12	33	20	1.90
97141--97266	61	2.1	60	92	1	207	35	12	32	19	1.89
97338--97517	31	5.9	31	83	6	215	28	16	31	23	1.96
97344--97517	61	2.8	60	86	6	226	27	16	31	24	1.96
103005--103037	15	2.2	15	89	10	50	27	12	12	48	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105687--105714	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
117351--117463	51	2.2	52	84	4	149	27	15	11	45	1.81
117351--117479	52	2.5	51	83	3	152	28	15	11	44	1.82
124563--124619	18	3.1	18	78	14	53	80	7	8	3	1.00
124559--124619	20	2.9	20	80	11	61	80	8	8	3	1.01
125632--125827	108	1.8	108	84	2	268	27	21	14	36	1.92
125812--125950	72	1.9	72	89	0	215	23	23	16	37	1.94
126882--126922	20	2.0	20	95	0	73	29	12	24	34	1.91
134351--134398	22	2.1	22	84	3	60	39	14	0	45	1.45
134399--134777	166	2.3	166	81	6	419	30	10	9	49	1.67
135258--135300	11	3.6	11	84	12	50	81	0	16	2	0.79
136040--136492	175	2.6	176	87	3	610	41	8	7	41	1.65
138728--138845	51	2.3	51	92	0	200	29	11	28	30	1.91
138830--138934	28	3.8	28	89	2	158	26	17	31	24	1.97
138705--139090	186	2.1	185	93	3	663	30	13	27	27	1.95
138915--139035	51	2.4	51	92	0	206	29	14	28	27	1.95
139016--139089	25	2.8	26	78	13	87	27	18	31	22	1.98
138969--139162	105	1.8	106	81	5	239	30	13	27	28	1.94
139043--139451	79	5.2	79	81	4	409	32	13	26	27	1.94
139043--139451	155	2.6	155	83	5	448	32	13	26	27	1.94
139387--139515	51	2.5	51	88	0	186	34	10	25	29	1.90
139421--139530	51	2.2	51	84	0	148	37	10	23	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142235--142334	42	2.5	40	79	12	105	44	11	26	19	1.83
142354--142443	42	2.1	42	82	8	103	42	14	25	17	1.87
142495--142730	55	4.3	55	87	3	307	23	19	28	28	1.98
142427--142730	110	2.7	111	81	8	339	25	20	26	27	1.99
143253--144131	55	15.3	55	79	8	742	24	20	27	27	1.99
143253--144131	117	7.7	109	79	10	803	24	20	27	27	1.99
143244--144131	172	5.2	171	81	7	826	24	20	27	27	1.99
143256--144111	227	3.7	227	83	7	948	24	19	28	27	1.99
145223--145292	1	70.0	1	71	0	50	0	2	11	85	0.69
145223--145292	21	3.2	21	84	6	86	0	2	11	85	0.69
145223--145282	28	2.1	28	87	6	86	0	1	11	86	0.64
145230--145292	15	4.2	15	84	10	76	0	1	12	85	0.66
147615--148188	285	2.0	285	94	0	1013	22	21	21	33	1.97
157458--157733	51	5.3	50	70	14	211	31	14	26	27	1.95
157560--157630	28	2.5	28	93	4	117	25	18	33	22	1.96
157719--157790	29	2.7	27	87	12	96	29	19	27	23	1.98
157743--158109	79	4.7	79	77	6	300	32	14	25	26	1.95
158086--158254	51	3.3	51	81	6	157	30	13	27	28	1.93
160937--161217	55	5.0	55	80	8	298	24	21	27	27	1.99
161895--162317	55	7.6	55	85	4	501	23	21	28	26	1.99
162997--163306	55	5.5	54	84	7	352	23	18	27	30	1.98
162945--163306	110	3.2	115	85	7	461	24	18	27	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163936--164298	55	6.4	55	81	8	372	25	20	26	27	1.99
161960--164384	991	2.5	991	91	1	3894	27	19	26	27	1.99
171315--171462	20	6.8	21	75	17	115	43	11	14	29	1.81
171368--171462	20	4.8	20	84	0	127	42	11	14	31	1.82
171480--171532	21	2.5	21	87	0	70	33	20	11	33	1.88
174949--175046	43	2.3	43	82	5	117	33	14	18	33	1.91
175857--175887	16	1.9	16	93	0	53	48	16	6	29	1.70
183535--183632	43	2.3	43	84	7	119	32	13	19	34	1.90
183725--183795	20	3.5	21	79	12	85	33	12	12	40	1.81
187919--188000	30	3.3	24	72	26	73	46	10	17	25	1.80
188688--189154	28	16.6	28	84	4	575	23	16	30	29	1.96
190431--190455	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
190440--190496	19	3.0	20	84	7	82	33	15	17	33	1.92
195523--195548	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
197447--197491	21	2.0	23	87	8	67	35	4	17	42	1.70
197460--197499	20	1.9	21	85	10	55	42	5	12	40	1.64
198045--198069	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
198054--198109	19	2.9	20	81	7	71	35	16	14	33	1.88
198024--198088	32	2.0	33	87	3	96	33	15	12	38	1.85
198054--198110	20	3.0	20	82	7	73	35	15	15	33	1.90
198140--198204	33	2.0	33	87	6	96	35	13	18	32	1.90
198475--198568	44	2.1	45	88	2	136	15	10	14	58	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198496--198565	22	3.2	21	71	15	70	12	11	17	58	1.63
224991--225016	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
226927--226968	20	2.0	21	86	4	59	42	4	14	38	1.66
227526--227584	19	3.2	19	74	25	63	37	16	15	30	1.90
227613--227677	33	2.0	33	87	6	96	35	13	18	32	1.90
227945--228039	45	2.1	46	86	3	131	15	10	14	58	1.62
227966--228036	23	3.2	21	69	18	63	12	11	16	59	1.61
242549--242703	50	2.9	50	76	21	186	42	12	19	25	1.86
242567--242672	30	3.5	30	97	1	194	42	13	19	24	1.87
244412--244932	92	5.7	92	82	4	559	30	27	12	29	1.93
244413--244932	184	2.8	182	83	3	621	30	27	12	29	1.93
244412--244932	276	1.9	276	82	2	652	30	27	12	29	1.93
245483--245656	45	3.8	45	73	10	120	22	20	15	41	1.89
245632--245956	81	4.0	81	74	4	262	23	20	12	43	1.86
247298--247667	166	2.2	166	81	5	415	31	10	8	50	1.65
247792--247827	5	7.2	5	100	0	72	19	0	0	80	0.71
248139--248184	12	3.9	12	83	10	60	76	0	21	2	0.90
248139--248203	24	2.7	23	81	11	60	76	0	18	4	0.95
248166--248204	20	2.0	20	90	10	62	82	0	12	5	0.83
248180--248206	11	2.5	11	100	0	54	85	0	7	7	0.75
249894--249924	3	10.3	3	92	0	53	29	3	32	35	1.73
252196--252221	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
256697--256748	21	2.5	21	100	0	104	40	3	21	34	1.71
259634--259670	11	3.1	13	81	18	53	5	8	21	64	1.40
260257--260558	167	1.8	166	86	3	437	36	11	10	41	1.76
260986--261569	156	3.7	156	89	1	823	23	18	20	38	1.94
261377--261786	221	1.9	221	86	2	599	22	19	21	36	1.95
261599--262417	156	5.3	155	78	6	754	23	16	20	39	1.92
261222--261946	377	1.9	377	85	2	999	21	18	21	37	1.94
261599--262417	303	2.7	305	77	6	794	23	16	20	39	1.92
263846--263889	20	2.1	22	91	8	74	29	9	20	40	1.83
263943--263968	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88

Tables:   1   2   3   4