genome.fa.s242.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold242
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  756895

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200423--200606	88	2.1	88	96	1	343	26	19	17	35	1.94
204308--204439	63	2.1	61	84	6	169	21	31	10	36	1.87
204603--204638	18	2.0	18	94	0	63	16	25	22	36	1.94
204659--204740	31	2.6	31	94	1	137	32	34	13	19	1.91
204834--205128	52	5.5	51	73	11	261	24	23	13	38	1.91
204971--205191	61	3.8	60	74	12	199	23	23	13	39	1.90
204918--205221	113	2.7	112	84	2	376	22	23	14	39	1.91
211622--211660	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
211782--211828	22	2.3	20	82	10	60	31	17	4	46	1.67
214237--214262	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
215034--215527	52	9.5	51	75	6	343	23	23	15	37	1.93
215050--215538	104	4.7	105	82	4	537	23	23	15	37	1.93
215034--215538	208	2.4	207	83	2	620	23	23	15	37	1.93
216085--216143	20	2.8	21	79	5	66	38	11	13	35	1.82
216899--216964	20	3.2	21	71	16	75	22	24	15	37	1.92
216897--216979	40	2.1	40	100	0	166	21	21	14	42	1.89
216911--216975	20	3.2	20	71	16	71	24	18	16	40	1.91
217069--217116	18	2.6	17	84	12	60	16	22	12	47	1.80
218673--218714	18	2.3	19	91	4	68	33	19	7	40	1.78
225081--225110	3	10.0	3	92	0	51	33	30	0	36	1.58
227002--227027	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
229435--229481	21	2.3	21	82	10	62	44	4	19	31	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235674--235699	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
236093--236205	34	3.4	33	81	8	115	33	23	11	31	1.90
236106--236210	34	3.0	35	84	5	133	30	24	10	34	1.89
236630--236667	20	1.9	20	94	0	67	39	10	13	36	1.79
237986--238026	14	2.9	15	82	13	52	36	0	9	53	1.34
243711--243773	32	1.9	33	87	3	92	31	14	15	38	1.88
246443--246468	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
246425--246489	32	2.0	32	87	6	94	40	18	13	27	1.89
249515--249593	20	3.7	20	72	18	68	29	16	15	39	1.89
249582--249606	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
249729--249775	21	2.3	20	82	10	60	31	19	4	44	1.70
250051--250093	20	2.1	20	86	4	59	18	44	27	9	1.80
252183--252208	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
262380--262704	127	2.5	128	84	3	415	31	12	12	43	1.80
262380--262741	127	2.8	126	80	8	385	30	12	13	42	1.82
263513--263575	32	1.9	33	83	3	83	31	15	14	38	1.88
265269--265314	3	15.3	3	86	0	65	41	0	28	30	1.56
272873--272902	13	2.3	13	100	0	60	33	16	13	36	1.88
274513--274544	15	2.1	15	94	0	55	43	0	28	28	1.55
277183--277233	25	2.0	26	84	7	68	43	7	21	27	1.80
281268--281292	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
281248--281315	33	2.1	33	91	2	111	35	16	14	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
290011--290035	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
289991--290058	33	2.1	33	91	2	111	35	16	14	33	1.89
291435--291460	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
291447--291499	19	2.7	20	82	2	63	32	16	13	37	1.88
295569--295614	23	2.0	23	87	8	67	58	6	8	26	1.52
298958--298991	15	2.3	15	89	0	50	29	11	8	50	1.69
301296--301355	30	2.0	30	100	0	120	36	13	13	36	1.84
302697--302749	27	2.0	27	88	7	81	39	16	7	35	1.78
303779--303821	22	2.0	22	95	0	77	34	9	16	39	1.80
304478--304502	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
304458--304522	33	2.0	33	90	6	105	35	13	18	32	1.90
307255--307280	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
307235--307299	33	2.0	33	87	6	96	27	13	16	41	1.87
307352--307406	20	2.8	20	88	5	76	30	14	14	40	1.86
307917--308007	39	2.3	41	79	9	107	34	23	4	38	1.75
309382--309419	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
313334--313378	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
315580--315605	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
315560--315624	33	2.0	33	87	6	96	27	13	16	41	1.87
315677--315731	20	2.8	20	88	5	76	30	14	14	40	1.86
316941--317443	81	6.3	80	73	11	338	30	26	10	33	1.89
319956--319995	20	2.0	20	90	5	62	40	27	15	17	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
319984--320035	19	2.7	19	87	3	68	28	17	13	40	1.87
319965--320056	20	4.7	19	77	10	78	34	20	11	32	1.89
320006--320056	19	2.6	19	87	3	66	37	19	9	33	1.85
320087--320151	33	2.0	33	84	6	87	38	9	16	35	1.81
326321--326354	13	2.6	13	90	0	50	38	14	11	35	1.83
328893--328944	19	2.7	19	87	3	77	36	15	7	40	1.76
330141--330179	13	3.1	13	89	10	55	23	0	0	76	0.78
331198--331237	12	3.5	11	86	13	55	0	17	2	80	0.83
331190--331237	22	2.2	22	85	7	62	2	20	2	75	1.02
331198--331236	10	3.6	10	89	10	51	0	17	2	79	0.84
334693--334769	2	39.5	2	76	5	68	41	5	3	49	1.43
334912--334951	19	2.2	18	90	4	62	32	0	0	67	0.91
335432--335482	20	2.6	20	78	3	59	23	13	19	43	1.87
335540--335577	20	1.9	20	94	0	67	34	10	18	36	1.85
335606--335660	20	2.8	20	86	10	85	32	12	14	40	1.84
335608--335672	20	3.3	19	78	8	67	32	12	18	36	1.88
339102--339158	19	2.9	19	89	5	78	35	17	15	31	1.92
339143--339169	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
339124--339188	32	2.0	33	87	3	96	40	15	16	27	1.89
344621--344678	25	2.3	24	80	11	62	25	12	10	51	1.70
345451--345514	32	2.0	33	87	3	94	28	15	15	40	1.88
345620--345664	20	2.2	20	84	7	56	33	11	20	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
347461--347494	14	2.4	14	90	0	50	52	2	11	32	1.53
347469--347495	14	1.9	14	100	0	54	44	3	14	37	1.63
348285--348376	47	2.0	47	91	2	150	17	10	9	61	1.54
348697--348770	20	3.8	19	85	8	87	32	16	14	36	1.89
348831--350637	904	2.0	904	98	0	3490	33	17	15	33	1.91
355857--355892	13	2.8	12	88	12	54	36	16	11	36	1.84
358433--358492	13	5.1	13	69	22	51	28	11	15	45	1.81
358414--358492	33	2.4	33	91	0	131	27	13	15	43	1.85
358414--358512	33	3.0	33	85	2	101	30	15	14	40	1.86
358563--358587	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
360265--360308	20	2.2	20	83	0	52	25	18	18	38	1.92
363130--363180	9	5.4	9	86	6	66	82	0	17	0	0.67
363126--363180	10	5.5	10	78	8	67	81	0	18	0	0.68
363128--363177	19	2.5	20	93	6	84	82	0	18	0	0.68
363126--363180	20	2.8	19	86	8	74	81	0	18	0	0.68
364043--364072	8	3.9	8	91	8	53	86	0	0	13	0.57
364043--364072	15	1.9	16	93	6	53	86	0	0	13	0.57
364969--365022	20	2.7	19	83	8	72	29	22	9	38	1.85
367878--367902	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
367855--367922	33	2.1	33	91	2	111	33	14	16	35	1.89
368586--368677	43	2.1	43	95	0	166	30	25	2	42	1.67
370463--370501	13	3.0	13	92	0	69	33	15	20	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
376653--376703	20	2.6	20	90	3	77	29	13	17	39	1.88
380527--380565	20	2.0	20	89	0	60	38	10	10	41	1.73
384474--384506	17	1.9	17	93	0	57	33	0	0	66	0.92
393013--393057	20	2.3	19	81	7	54	42	13	6	37	1.70
394222--394261	8	4.8	8	84	9	53	72	12	2	12	1.22
394212--394261	17	3.0	17	82	2	66	72	12	2	14	1.22
394222--394260	9	4.4	9	87	6	53	74	12	2	10	1.17
395755--396025	79	3.4	79	78	1	265	28	25	12	33	1.92
405786--405811	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
405850--405936	20	4.7	20	74	21	91	26	16	14	42	1.87

Tables:   1   2   3   4