genome.fa.s242.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold242
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  756895

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2645--2698	20	2.7	20	100	0	108	25	20	14	38	1.91
5031--5164	52	2.6	52	80	5	155	32	26	9	32	1.88
5147--5223	28	2.8	28	82	7	86	23	35	19	22	1.96
5177--5379	79	2.6	79	84	1	246	24	29	17	29	1.97
10086--10111	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
10171--10225	20	2.7	19	83	8	65	27	14	16	41	1.87
10662--10941	87	3.2	85	82	8	291	37	8	22	31	1.83
10717--10973	86	3.0	83	78	10	248	37	7	22	31	1.83
12288--12358	31	2.3	31	85	2	99	43	16	19	19	1.88
15063--15090	13	2.2	13	100	0	56	28	14	14	42	1.84
15073--15129	19	2.9	19	81	2	69	33	15	14	36	1.88
21202--21235	10	3.4	10	87	0	50	35	20	0	44	1.52
21225--21265	21	1.9	21	85	5	55	26	19	0	53	1.45
24016--24279	97	2.7	97	84	1	332	41	10	20	27	1.85
27927--27957	10	3.1	10	95	0	53	0	12	0	87	0.55
27927--27984	24	2.7	21	80	17	66	1	18	0	79	0.82
29211--29643	32	13.6	32	90	1	645	17	19	32	30	1.95
29657--31110	27	53.3	27	91	2	2260	28	13	34	23	1.93
29657--31110	164	8.9	162	91	2	2248	28	13	34	23	1.93
38821--38874	27	2.0	27	100	0	108	18	3	25	51	1.62
38915--38945	10	3.1	10	95	0	53	0	12	0	87	0.55
38915--38972	24	2.7	21	80	17	66	1	18	0	79	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41274--41321	20	2.3	20	89	3	69	29	12	10	47	1.74
43422--43456	15	2.2	16	95	5	63	20	14	14	51	1.76
48143--48180	10	3.9	10	80	19	53	39	0	0	60	0.97
48694--48739	24	1.9	24	95	0	83	71	0	0	28	0.86
49198--49348	65	2.3	64	82	1	176	43	15	21	18	1.87
49254--49387	66	2.1	64	84	2	169	45	12	21	20	1.84
49423--49632	65	3.2	65	83	1	251	45	19	21	13	1.85
49469--49632	64	2.5	65	85	3	224	46	18	20	14	1.84
49543--49717	97	1.8	96	82	3	226	44	17	22	16	1.87
49618--50235	65	9.6	64	74	7	311	43	18	21	16	1.87
50110--50190	32	2.5	34	75	17	82	44	18	19	17	1.87
51954--52096	76	1.9	76	83	0	187	41	9	20	27	1.84
55208--55291	20	4.7	19	69	20	65	36	1	1	60	1.12
59103--59250	74	2.0	74	100	0	296	35	9	16	39	1.81
59439--59513	20	3.8	20	77	7	80	42	8	14	34	1.75
59891--60066	47	3.8	47	83	6	205	33	17	27	21	1.96
59886--60096	92	2.3	92	81	4	255	33	18	26	22	1.96
59889--60100	45	4.6	46	79	7	189	33	18	26	21	1.97
60173--61621	96	16.3	84	78	12	531	22	18	28	29	1.97
60361--60504	76	1.9	76	85	2	200	25	17	30	27	1.97
60463--61592	32	37.1	32	83	5	945	22	18	28	30	1.98
60437--61877	32	48.5	28	80	11	605	23	17	29	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61241--61872	28	22.4	28	82	9	332	24	16	31	27	1.96
61549--61876	55	6.0	54	89	2	431	27	14	32	25	1.95
63191--63235	23	1.9	24	86	4	65	4	11	11	73	1.23
70262--70336	20	3.8	20	77	7	80	42	8	14	34	1.75
71471--71529	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
71810--71835	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
71790--71853	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
71884--71957	20	3.7	20	79	13	71	28	14	14	41	1.86
71906--71960	20	2.8	20	88	5	76	29	12	16	41	1.85
77791--77862	20	3.6	20	78	0	81	34	13	11	40	1.81
78770--78826	23	2.5	23	100	0	114	17	17	8	56	1.66
80903--80992	36	2.5	36	90	0	135	48	18	21	11	1.78
81855--81919	32	2.0	33	87	3	96	27	16	15	40	1.89
81984--82015	13	2.4	14	85	15	50	37	15	12	34	1.85
81970--82036	33	2.0	33	91	5	109	35	14	14	34	1.88
90602--90675	19	3.7	19	85	7	85	28	14	18	37	1.91
90602--90675	21	3.7	20	85	5	78	28	14	18	37	1.91
90720--90750	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
90704--90770	33	2.0	32	88	11	100	35	13	17	32	1.89
92558--93180	316	2.0	314	86	2	874	23	16	21	38	1.93
92558--93288	157	4.6	157	85	2	851	23	16	21	38	1.93
99689--99713	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99754--99820	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
99776--99800	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
105699--105735	13	2.8	13	91	0	56	40	18	10	29	1.85
108328--108354	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
109990--110016	11	2.5	11	100	0	54	74	7	18	0	1.05
111547--111625	37	2.1	37	90	0	122	36	26	16	20	1.93
111828--111882	18	3.1	18	74	10	58	58	0	0	41	0.98
112409--112450	20	2.2	19	86	4	57	66	0	0	33	0.92
112898--112947	17	2.7	20	84	9	54	54	0	0	46	1.00
112920--112960	17	2.3	17	87	8	55	65	2	2	29	1.18
122235--122408	69	2.5	67	86	5	233	37	0	8	53	1.35
122778--122804	14	1.9	14	100	0	54	25	0	7	66	1.17
123404--123455	19	2.7	19	74	11	52	57	7	9	25	1.57
124091--124144	25	2.3	24	87	9	76	38	11	0	50	1.38
124269--124334	5	12.8	5	73	17	55	19	1	4	74	1.07
125498--125566	31	2.3	31	82	7	79	14	0	24	60	1.34
126995--127336	175	1.9	176	92	0	569	41	12	14	30	1.83
128377--128531	78	2.0	78	98	1	303	20	8	14	56	1.63
132672--133185	140	3.6	139	81	6	552	45	8	8	37	1.64
134075--134129	24	2.4	22	85	8	74	0	20	1	78	0.85
134083--134118	19	1.9	18	88	5	54	0	19	0	80	0.71
137402--137441	8	4.9	8	90	3	53	85	0	5	10	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137652--137690	19	2.1	19	90	0	60	38	2	7	51	1.44
137786--137819	17	1.9	18	88	5	52	35	0	5	58	1.22
138752--138776	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
140223--140272	25	2.0	25	84	7	66	32	26	24	18	1.97
145358--145390	5	6.6	5	100	0	66	18	81	0	0	0.68
145836--146522	344	2.0	344	96	0	1277	30	24	10	35	1.88
147835--147859	11	2.3	11	100	0	50	56	24	0	20	1.43
151966--152046	36	2.2	36	86	0	108	25	13	28	32	1.94
151983--152059	36	2.1	36	85	0	100	23	10	27	38	1.87
159010--159050	20	2.2	18	87	12	57	31	2	0	65	1.05
159496--159564	18	3.6	18	73	17	66	63	0	0	36	0.94
159707--159732	8	3.2	8	100	0	52	26	0	0	73	0.84
160121--160163	17	2.4	18	84	11	61	76	4	9	9	1.14
160290--160341	16	3.2	16	75	8	52	76	0	13	9	1.01
163529--163591	19	3.6	19	76	24	84	39	15	15	28	1.89
163547--163604	13	4.0	13	76	23	62	39	15	15	29	1.88
163529--163624	32	3.0	32	95	1	165	41	15	14	28	1.86
163622--164088	234	2.0	233	98	0	898	44	19	15	20	1.87
169331--169410	20	3.8	20	70	15	70	28	13	16	41	1.86
171939--171964	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
171921--171984	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
173849--173874	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176088--176132	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
177936--177966	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
179979--180058	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
180044--180082	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
182605--182630	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
192978--193002	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
192955--193022	33	2.1	33	91	2	111	33	14	16	35	1.89
194415--194439	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
198610--198677	22	2.8	25	70	20	81	36	1	25	36	1.65
199337--199392	20	2.8	20	79	12	71	33	14	12	39	1.83

Tables:   1   2   3   4