genome.fa.s2485.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2485
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  359192

Tables:   1   2   3   4   

This is table  3  of  4  ( 409 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204958--205000	18	2.5	17	85	11	52	39	2	6	51	1.42
205505--205536	16	2.0	16	93	0	55	28	18	15	37	1.92
205512--205612	53	1.9	53	81	4	123	22	13	26	36	1.92
206899--206937	20	2.0	20	89	0	60	66	0	23	10	1.22
214549--214856	28	10.9	27	76	10	251	24	27	16	31	1.96
214549--214843	55	5.2	55	76	9	270	24	28	15	31	1.96
214630--214933	55	5.4	55	75	9	215	25	28	16	29	1.97
214640--214843	83	2.5	82	82	4	241	25	28	14	31	1.94
214640--215266	28	21.9	28	76	11	312	27	27	16	27	1.97
214796--215427	56	10.7	56	77	8	421	28	28	17	25	1.97
214823--215363	28	18.4	28	75	9	386	29	28	17	25	1.97
215280--215413	32	4.2	32	78	3	110	31	29	14	23	1.95
215081--215345	118	2.2	117	80	7	288	31	30	16	21	1.95
215304--215466	63	2.5	65	91	3	258	29	27	16	26	1.97
215300--215466	32	5.2	32	74	8	151	28	27	16	27	1.97
216656--216690	17	2.1	16	89	5	52	71	0	25	2	1.00
219394--219455	32	1.9	32	86	0	88	11	16	29	43	1.82
219410--219455	16	2.9	16	90	0	74	8	15	30	45	1.76
219394--219482	16	5.4	16	77	9	65	13	13	25	47	1.80
219524--219585	28	2.2	28	97	0	115	20	11	25	41	1.86
230262--230382	52	2.3	52	95	0	215	29	18	17	34	1.94
230262--230402	52	2.7	51	89	4	203	31	17	17	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230456--230522	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
230478--230502	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
233135--233159	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
233148--233229	19	4.6	19	82	17	113	32	10	18	37	1.86
233167--233237	32	2.2	32	92	0	115	33	11	16	38	1.85
233282--233306	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
233315--233443	52	2.5	52	96	0	240	34	17	18	28	1.94
245277--245316	21	2.0	20	90	5	62	72	2	0	25	0.97
246043--246068	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
245989--246066	35	2.3	34	84	2	102	43	5	10	41	1.61
251167--251210	18	2.4	18	82	17	56	50	0	0	50	1.00
251157--251218	20	3.2	20	84	8	67	46	0	0	53	1.00
252365--252561	2	104.5	2	70	16	136	50	4	2	43	1.34
252363--252534	37	4.8	35	77	16	149	51	4	1	41	1.33
252365--252561	11	17.6	11	72	15	138	50	4	2	43	1.34
252365--252561	13	15.4	13	74	17	155	50	4	2	43	1.34
252363--252561	15	12.7	15	71	18	131	50	4	2	43	1.34
253192--253230	15	2.7	15	81	18	55	61	0	0	38	0.96
253151--253230	16	5.3	16	70	16	55	58	2	2	36	1.25
254628--254688	27	2.2	28	77	13	65	39	1	4	54	1.32
255506--255560	2	27.5	2	100	0	110	49	0	0	50	1.00
256058--256124	35	1.9	35	85	11	93	49	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
256328--256375	20	2.5	19	81	18	64	77	0	6	16	0.97
256797--256829	17	1.9	17	88	11	50	24	3	30	42	1.70
259857--259898	19	2.2	20	82	4	50	54	0	0	45	0.99
260145--260310	80	2.1	80	96	1	305	34	12	8	45	1.72
260528--260568	21	1.9	22	85	5	57	24	21	0	53	1.46
260783--260826	22	2.0	22	86	13	63	68	0	0	31	0.90
261166--261204	20	2.0	20	90	5	62	61	0	2	35	1.10
261177--261237	27	2.3	27	86	5	81	62	0	0	37	0.96
263027--263076	16	3.2	16	78	13	59	48	0	0	52	1.00
263033--263115	31	2.8	30	82	10	91	54	0	0	45	0.99
264258--264288	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
265396--265420	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
266555--266595	18	2.4	17	84	16	57	65	0	0	34	0.93
267139--267195	22	2.4	23	78	18	64	33	1	1	63	1.15
268288--268470	101	1.8	100	91	3	305	31	20	19	28	1.97
268288--268470	50	3.6	50	89	4	287	31	20	19	28	1.97
272886--273053	50	3.4	50	92	0	275	29	20	20	29	1.98
274513--274562	25	2.0	25	96	0	91	36	8	6	50	1.57
274811--274841	16	2.0	16	93	6	55	54	0	0	45	0.99
276030--276067	20	2.0	20	89	5	60	57	10	0	31	1.32
276444--276486	15	2.7	15	85	7	50	27	0	2	69	1.00
276450--276505	14	4.2	13	78	14	53	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
276444--276513	13	5.0	15	72	16	53	32	0	1	65	1.01
276524--276549	12	2.2	12	100	0	52	30	34	0	34	1.58
276940--276996	30	1.9	30	85	7	80	50	0	0	49	1.00
277658--277722	16	4.0	17	74	21	59	40	0	3	56	1.15
278222--278278	23	2.5	22	78	10	62	50	0	0	49	1.00
278663--278744	20	4.2	20	74	10	71	35	1	1	62	1.11
278728--278781	21	2.5	22	88	5	76	51	0	0	48	1.00
280631--280672	9	4.7	9	78	21	52	40	0	0	59	0.97
280657--280716	22	2.7	22	80	17	54	43	0	0	56	0.99
281400--281430	13	2.3	14	94	5	55	51	0	0	48	1.00
283131--283166	17	2.0	19	89	10	58	36	0	0	63	0.94
283185--283249	25	2.6	25	75	18	64	52	0	0	47	1.00
283541--283575	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00
289562--289824	142	1.9	142	86	0	382	48	6	6	38	1.55
292402--292456	13	4.4	12	80	8	65	54	0	1	43	1.10
292392--292473	13	5.8	14	72	16	53	59	0	1	39	1.05
292433--292503	26	2.6	27	73	20	67	54	4	0	40	1.20
292487--292526	18	2.2	19	90	4	64	37	5	0	57	1.21
293210--293266	22	2.6	22	81	10	64	31	1	0	66	1.02
294132--294187	3	17.7	3	90	7	85	30	3	0	66	1.09
296394--296418	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
296393--296449	22	2.5	21	81	18	62	75	0	1	22	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
296394--296437	16	2.8	15	83	16	54	77	0	0	22	0.77
296391--296447	12	4.6	12	81	16	55	77	0	1	21	0.86
296582--296617	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
296874--296913	18	2.2	19	95	4	73	32	0	0	67	0.91
296875--296935	29	2.1	29	84	6	79	36	0	0	63	0.94
296871--296923	23	2.5	21	81	9	63	37	0	0	62	0.96
297441--297470	14	2.1	14	93	0	51	46	26	0	26	1.53
297718--297769	26	2.0	26	85	7	70	57	1	0	40	1.10
303091--303115	13	1.9	13	100	0	50	32	20	0	48	1.50
303511--303550	19	2.1	19	90	0	62	60	10	15	15	1.60
304675--304708	16	2.1	17	88	5	52	20	0	2	76	0.92
305002--305055	24	2.2	25	84	15	69	51	3	0	44	1.19
306706--306736	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
307625--307696	16	4.4	17	73	16	62	41	0	1	56	1.07
307630--307714	32	2.6	32	83	5	89	38	0	2	58	1.11
307718--307773	19	3.1	19	70	19	55	28	0	0	71	0.86
308277--308405	46	2.8	46	71	23	121	40	1	1	56	1.18
308295--308352	18	3.1	18	85	12	64	44	0	0	55	0.99
308373--308416	12	3.5	13	82	17	58	38	0	2	59	1.10
308633--308693	17	3.2	17	74	24	59	81	0	18	0	0.68
308643--308693	23	2.1	24	92	7	86	84	0	15	0	0.63
308814--308860	3	16.0	3	95	4	87	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
308913--308984	4	19.0	4	81	8	71	76	0	19	4	0.95
308913--308984	11	6.3	12	75	10	71	76	0	19	4	0.95
308918--308988	23	3.1	23	80	6	83	78	0	16	4	0.90
309712--309752	16	2.6	16	84	0	55	65	0	2	31	1.05
310497--310545	19	2.7	18	87	3	71	83	4	12	0	0.77
310628--310669	14	2.9	15	79	13	52	33	0	0	66	0.92
311833--311876	24	1.9	24	90	9	74	79	0	20	0	0.73
311916--311980	24	2.5	25	80	9	69	36	3	0	60	1.13
320559--320598	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
321283--321345	25	2.5	24	80	12	63	49	1	0	49	1.10

Tables:   1   2   3   4