genome.fa.s2547.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2547
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  500834

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3799--4821	475	2.1	475	84	5	1357	32	19	13	35	1.90
5362--6360	475	2.1	475	83	3	1204	32	18	13	35	1.89
6975--8280	473	2.8	469	86	3	1717	33	18	11	36	1.87
9195--10070	474	1.8	472	84	3	1179	31	19	13	35	1.91
10753--11631	471	1.9	474	83	3	1162	31	19	13	35	1.91
12319--13197	471	1.9	474	82	4	1139	31	19	13	35	1.91
13877--14761	471	1.9	471	84	3	1188	31	19	13	35	1.91
18115--19719	473	3.4	474	85	2	2087	32	18	12	36	1.88
18985--20585	862	1.9	860	85	2	2264	31	17	12	37	1.88
19723--21666	474	4.1	475	82	3	2228	31	17	13	36	1.90
22509--22568	21	2.8	21	94	2	102	36	10	26	26	1.88
22452--22545	34	2.8	34	78	15	106	37	7	23	31	1.83
22629--22714	34	2.5	34	92	0	136	26	19	18	34	1.95
22697--22767	20	3.5	20	77	11	74	29	14	16	39	1.88
23070--25712	475	5.6	473	82	3	2973	32	17	13	37	1.89
25810--28537	476	5.8	473	83	3	3033	31	17	13	36	1.89
28187--28893	381	1.9	381	88	1	1069	32	18	15	33	1.92
28897--32611	476	7.8	475	82	3	4105	31	18	13	36	1.89
34512--34864	79	4.5	79	82	3	410	28	25	14	31	1.94
35875--35917	21	2.0	21	90	0	68	18	25	20	34	1.96
35896--41227	474	11.3	476	82	4	6015	32	18	13	36	1.89
40441--42007	794	2.0	796	83	2	2024	31	17	13	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41236--43677	473	5.1	474	80	3	2495	31	18	13	36	1.89
44440--44465	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
44420--44483	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
44347--44599	71	3.5	72	64	21	186	33	16	14	35	1.89
44587--44612	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
44567--44628	32	1.9	32	86	3	88	29	12	14	43	1.83
44368--44674	147	2.1	147	97	0	578	32	17	15	34	1.92
45256--45346	39	2.3	41	79	9	107	34	23	5	37	1.78
46809--46846	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
48921--48958	15	2.5	15	91	0	58	13	21	15	50	1.78
50761--50805	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
53026--53051	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
53006--53069	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
53444--57735	476	9.1	477	81	5	4743	31	17	13	36	1.89
58109--58161	19	2.7	20	85	8	72	43	15	13	28	1.84
63741--63778	13	2.9	13	92	0	58	36	18	13	31	1.89
63890--63935	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
65624--65710	39	2.3	39	80	11	99	40	5	21	32	1.77
66332--66384	19	2.7	20	85	8	72	43	15	13	28	1.84
67146--68228	475	2.3	474	83	3	1307	32	17	13	37	1.88
68684--79129	475	22.0	476	83	3	11312	31	18	14	36	1.90
69143--74114	159	31.4	159	66	11	890	31	18	13	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68684--79129	951	11.0	947	82	4	11038	31	18	14	36	1.90
79956--80008	19	2.7	20	85	2	72	37	16	16	28	1.91
79997--80021	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
79978--80042	33	2.0	33	88	8	98	38	16	15	29	1.90
82464--82555	30	3.4	29	66	27	85	28	19	11	40	1.87
82442--82576	50	2.7	48	89	4	189	28	21	11	39	1.87
85029--85080	20	2.7	20	84	3	70	26	11	21	40	1.87
85162--85186	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
87617--87652	13	2.8	13	91	0	54	38	19	11	30	1.86
88523--88554	15	2.1	15	100	0	64	21	25	25	28	1.99
94966--95315	79	4.4	79	76	10	322	28	22	13	35	1.92
95028--95086	28	2.0	30	87	9	86	28	25	13	32	1.94
94996--95286	158	1.8	157	81	6	365	30	23	11	34	1.91
95545--95593	23	2.2	22	81	3	53	16	4	14	65	1.42
100130--100192	28	2.2	28	94	0	108	38	22	25	14	1.92
100228--100282	12	4.6	12	75	8	58	76	7	12	3	1.12
101508--101580	30	2.4	30	88	0	110	30	26	10	32	1.90
101562--101971	186	2.2	186	81	4	463	24	26	18	31	1.97
101566--101974	62	6.6	61	79	7	396	24	26	18	31	1.98
102116--102601	45	11.5	44	71	13	303	20	27	12	39	1.89
102118--102551	168	2.6	167	86	2	577	20	27	12	39	1.88
102612--102732	53	2.3	53	92	2	199	24	24	14	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102722--102956	61	3.8	59	79	9	199	26	25	19	28	1.99
102937--103273	40	8.3	41	78	9	309	20	24	13	41	1.89
102937--103273	85	4.1	83	76	12	277	20	24	13	41	1.89
103211--103376	75	2.2	74	79	3	179	19	24	13	42	1.87
102937--103388	40	11.4	39	74	12	224	21	23	14	40	1.89
103092--103351	117	2.2	118	92	0	432	19	23	14	42	1.88
104005--104033	14	2.1	14	100	0	58	37	13	20	27	1.91
106386--106793	79	5.2	79	78	7	280	28	25	11	35	1.90
106465--106754	158	1.8	158	85	4	406	28	24	11	35	1.90
106390--106793	158	2.6	154	75	8	384	28	25	11	34	1.91
112113--112166	20	2.7	20	94	0	99	25	14	16	42	1.87
112082--112214	69	1.9	70	92	1	223	26	15	16	42	1.87
114505--114634	50	2.6	50	81	1	134	26	24	12	36	1.91
114566--114952	79	4.9	78	79	5	366	24	25	17	33	1.96
116802--116854	19	2.7	19	79	5	61	43	15	13	28	1.84
116914--117034	64	1.9	64	94	0	215	29	16	15	38	1.90
120156--120181	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
120735--121870	159	7.2	157	67	12	423	31	18	13	36	1.90
120490--122855	473	5.1	476	83	5	2863	31	18	13	36	1.90
126463--126517	29	1.9	29	85	3	76	34	21	16	27	1.95
126605--126962	28	12.3	28	75	10	229	29	29	18	22	1.97
126600--126761	86	1.9	87	89	3	256	28	29	16	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126602--126930	57	5.7	57	79	7	310	29	29	17	22	1.97
126773--126981	32	7.0	32	71	15	151	30	29	19	21	1.97
126775--126974	89	2.2	89	80	10	230	30	29	20	21	1.98
128553--128606	20	2.7	20	88	11	76	31	12	20	35	1.90
129347--130587	474	2.6	475	82	4	1507	31	18	13	36	1.90
130275--130869	312	1.9	312	84	2	809	30	17	14	37	1.89
132442--133053	316	1.9	317	85	3	847	29	18	14	37	1.90
133176--133970	411	1.9	411	82	4	1003	29	17	14	38	1.89
132687--134446	887	2.0	885	83	2	2246	29	18	14	37	1.90
133567--135390	476	3.8	476	87	2	2471	30	18	13	36	1.90
133567--135390	953	1.9	953	86	1	2593	30	18	13	36	1.90
135595--135635	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
135675--135743	20	3.5	19	78	7	75	39	14	14	31	1.86
135715--135851	53	2.6	52	86	5	175	37	16	16	29	1.91
135875--135904	10	3.0	10	90	0	51	23	30	6	40	1.80
136154--136224	20	3.6	19	77	7	70	39	16	14	29	1.88
136207--136292	34	2.5	34	90	0	127	36	18	18	26	1.94
136353--136412	21	2.8	21	94	2	102	26	26	10	36	1.88
136937--137003	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
137572--140588	159	19.1	157	66	12	481	31	18	13	36	1.90
137253--140583	475	7.0	472	83	4	3666	31	18	13	36	1.90
141238--143400	159	13.7	156	66	14	621	31	18	14	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140855--180119	473	81.7	476	74	10	20762	30	18	14	35	1.91
140940--143516	158	16.3	155	66	14	623	31	17	14	36	1.90
145105--147721	465	5.6	471	79	7	2555	30	18	14	36	1.91
145226--147723	938	2.7	933	80	6	2683	30	18	14	36	1.90
147757--180119	948	33.8	946	77	9	23695	30	18	14	35	1.91
149056--159666	159	67.3	156	65	15	1537	30	19	14	35	1.92
147760--180119	473	67.5	472	76	9	24289	30	18	14	35	1.91
162802--162827	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
162784--162847	32	2.0	33	87	3	94	39	17	14	29	1.88
164467--180119	474	32.7	474	76	8	12591	30	18	14	36	1.91

Tables:   1   2   3