genome.fa.s2547.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2547
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  500834

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 296 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167915--167948	17	2.0	17	100	0	68	41	23	11	23	1.87
168789--168876	44	2.0	44	95	0	158	48	14	9	27	1.74
168789--168860	24	3.2	24	62	22	64	50	13	6	29	1.68
170613--170648	18	2.0	18	100	0	72	27	33	11	27	1.91
180114--188180	474	17.1	475	81	5	8066	31	18	13	36	1.90
188207--188252	22	2.1	22	95	0	83	15	47	8	28	1.74
188800--188851	20	2.7	20	90	3	79	26	13	21	38	1.90
197574--197625	20	2.7	20	81	3	61	26	17	19	36	1.94
198256--199118	431	2.0	430	84	4	1143	31	18	13	36	1.90
200082--200107	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
200467--204187	474	7.9	476	83	3	4387	31	18	13	36	1.90
204802--205239	219	2.0	219	98	0	849	43	11	17	27	1.84
205595--205770	52	3.4	51	82	9	221	32	11	25	30	1.91
205859--205991	51	2.5	51	83	6	151	33	10	23	32	1.89
207781--207811	10	3.1	10	95	0	53	0	0	12	87	0.55
207783--207812	11	2.6	12	94	5	53	0	0	10	90	0.47
208420--208444	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
208482--208558	21	3.7	21	89	3	111	35	16	12	35	1.88
209111--209322	119	1.8	116	82	11	270	40	15	25	19	1.90
209351--209440	26	3.3	26	66	14	74	21	20	32	26	1.97
209306--209728	115	3.7	115	85	7	533	23	20	29	27	1.98
209306--209728	55	7.3	60	84	8	481	23	20	29	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210718--210757	12	3.3	12	83	13	55	0	0	15	85	0.61
210712--210754	17	2.5	17	88	0	68	0	2	11	86	0.67
223148--223352	80	2.6	79	81	2	205	27	16	31	24	1.96
223307--223383	28	2.8	28	85	0	91	22	19	35	23	1.96
223367--223541	52	3.3	52	81	11	223	33	11	24	30	1.90
223594--223645	27	2.0	26	96	0	86	25	19	32	23	1.97
223632--223762	51	2.5	52	81	3	156	33	10	23	32	1.89
225756--231637	474	12.4	476	82	4	6264	31	18	13	36	1.90
228277--229446	158	7.4	158	68	9	479	32	18	12	36	1.88
225756--242457	950	17.7	949	81	6	15484	31	18	13	36	1.90
232002--242148	159	64.3	159	64	15	969	31	18	13	36	1.89
231779--242457	476	22.6	475	83	4	11933	31	18	13	36	1.90
243200--243264	33	2.0	32	85	11	87	35	18	13	32	1.90
243294--243348	19	2.8	20	78	15	69	36	18	12	32	1.88
243932--243975	22	2.1	22	87	8	65	40	20	4	34	1.73
245111--245161	21	2.5	22	78	15	56	47	0	21	31	1.51
250024--250746	64	11.2	65	80	7	620	29	32	17	21	1.96
249990--250746	33	23.5	32	76	8	540	29	31	16	21	1.96
250024--250530	65	7.8	64	81	6	375	30	32	16	20	1.95
250036--250746	97	7.3	95	76	9	589	29	31	17	20	1.96
250967--251251	113	2.5	113	84	2	358	25	26	12	35	1.92
250917--251290	113	3.3	112	78	5	342	25	25	13	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
252416--253579	599	1.9	599	98	0	2247	30	24	12	32	1.92
256151--260076	476	8.2	476	80	5	4162	32	18	13	35	1.89
259774--260386	318	1.9	315	83	5	801	32	18	13	36	1.89
261641--269208	475	16.1	474	82	5	8103	31	18	13	36	1.89
266914--268592	158	10.6	158	65	12	424	31	18	13	35	1.90
265046--269200	474	8.8	475	84	5	4781	31	18	13	36	1.90
269232--279555	472	22.0	475	81	4	11371	31	18	13	36	1.90
287774--290359	476	5.4	474	81	6	2893	31	17	14	36	1.90
290662--292483	475	3.8	475	82	3	2168	31	18	14	36	1.90
292789--292815	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
292771--292834	32	2.0	32	87	3	92	31	15	14	39	1.87
292799--292852	19	2.8	19	83	10	74	35	16	14	33	1.90
292884--292937	20	2.7	20	88	5	74	29	12	18	38	1.88
301643--301669	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
301625--301688	32	2.0	32	87	3	92	31	15	14	39	1.87
301653--301704	19	2.7	19	82	11	70	34	15	15	34	1.89
302741--303399	158	4.2	155	68	10	393	31	18	14	35	1.91
302520--304687	474	4.5	475	82	5	2567	30	18	14	36	1.91
303962--304006	20	2.2	20	96	0	81	31	11	20	37	1.87
307916--307991	20	3.8	20	79	6	82	42	10	14	32	1.80
308441--308465	13	1.9	13	100	0	50	64	0	4	32	1.12
308490--309676	474	2.5	473	83	4	1480	31	18	14	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
310618--310643	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
310704--310776	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
310682--310776	41	2.3	42	94	1	165	30	17	12	38	1.87
313205--313229	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
315309--315339	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
319401--319426	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
319487--319559	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
319465--319559	41	2.3	42	94	1	165	30	17	12	38	1.87
319944--325469	473	11.4	474	68	13	1751	31	18	15	34	1.92
326098--326750	28	22.2	28	84	5	457	22	18	29	29	1.97
326098--326504	171	2.4	170	84	4	534	23	17	30	28	1.97
326491--326742	32	8.1	31	88	4	305	20	19	27	32	1.97
328488--328604	52	2.3	52	84	1	146	34	11	22	32	1.89
328587--328661	28	2.7	27	81	8	89	25	20	32	22	1.98
328697--328767	28	2.5	28	83	0	88	22	16	35	25	1.95
328805--328873	28	2.5	28	81	9	88	28	14	31	24	1.95
328572--328891	109	2.9	109	87	0	462	32	14	25	28	1.95
328865--329032	51	3.3	51	77	2	151	30	14	26	28	1.95
331334--331407	20	3.7	19	83	7	85	44	12	14	28	1.81
332004--332162	43	3.9	43	72	21	126	41	13	25	18	1.88
332177--332424	61	4.0	62	81	4	277	30	18	25	25	1.98
332297--332596	157	1.9	154	81	4	354	29	18	25	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
332489--332656	58	3.0	54	79	5	174	25	21	26	26	1.99
332759--332867	54	2.0	54	85	1	146	20	22	28	28	1.99
332247--333629	211	6.6	211	90	2	2032	26	19	27	25	1.99
332937--333075	55	2.5	57	83	6	187	25	21	25	27	1.99
332937--333078	54	2.6	55	86	4	189	25	21	26	26	1.99
333181--333289	54	2.0	54	85	1	146	21	22	28	27	1.99
333392--333500	54	2.0	55	87	1	157	22	22	27	28	1.99
333518--333661	61	2.4	61	88	6	204	27	18	27	26	1.98
334649--334704	1	56.0	1	78	0	58	1	0	8	89	0.56
334649--334704	19	2.9	18	89	10	85	1	0	8	89	0.56
334649--334703	10	5.8	9	85	10	74	1	0	9	89	0.57
334637--334703	19	3.4	18	84	12	71	1	4	7	86	0.75
334649--334704	29	1.9	28	89	7	85	1	0	8	89	0.56
347150--347266	52	2.3	52	85	4	148	33	11	23	31	1.91
347249--347322	28	2.6	28	74	18	73	27	21	29	21	1.99
347234--347552	109	2.9	109	86	4	455	33	15	25	26	1.95
347358--347431	28	2.7	27	81	8	87	25	17	33	22	1.96
347467--347540	28	2.6	29	81	12	91	25	21	31	21	1.98
347527--347670	51	2.8	51	81	0	180	33	13	23	29	1.93
353245--353309	32	2.0	32	93	0	112	33	16	13	35	1.89
353622--353697	11	7.1	10	72	21	57	3	1	13	81	0.89
359960--359985	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
362202--362246	21	2.1	22	88	8	67	55	4	17	22	1.60
364049--364079	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
368017--368096	38	2.0	40	83	9	103	35	5	23	36	1.77
368719--368744	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
368801--368838	20	1.9	20	94	0	67	42	13	10	34	1.78
374671--374700	13	2.3	13	94	0	51	20	10	40	30	1.85
375532--375572	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
375612--375682	20	3.6	19	77	7	70	40	16	12	29	1.86
375759--375789	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
375967--375992	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95

Tables:   1   2   3