genome.fa.s258.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold258
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5730937

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2010459--2010518	20	2.9	21	79	18	56	56	1	0	41	1.09
2010474--2010528	18	2.9	18	78	5	56	60	0	0	40	0.97
2010450--2010522	28	2.6	28	83	12	80	56	1	0	42	1.08
2010450--2010531	26	3.0	25	77	18	76	57	1	0	41	1.06
2015440--2015474	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00
2018377--2018410	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2028187--2028234	19	2.6	18	78	18	53	68	4	6	20	1.28
2028196--2028238	19	2.2	20	91	8	70	65	4	6	23	1.37
2028206--2028252	19	2.5	19	82	0	58	74	6	6	12	1.20
2029119--2029180	26	2.3	28	88	5	92	40	14	6	38	1.72
2041078--2041210	66	2.0	66	94	0	230	39	15	18	27	1.90
2045237--2045288	18	2.9	17	77	8	52	42	0	1	55	1.10
2046157--2046191	4	8.8	4	93	0	61	22	2	22	51	1.61
2050418--2050461	19	2.4	18	80	3	52	68	9	4	18	1.34
2051947--2051985	18	2.2	18	85	0	51	48	7	5	38	1.54
2053413--2053440	7	4.0	7	100	0	56	0	42	0	57	0.99
2056852--2056982	66	2.0	66	98	0	253	29	14	14	41	1.86
2063784--2063816	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2067872--2067960	28	3.2	26	64	21	63	49	2	0	48	1.13
2068870--2068902	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2082482--2082523	21	1.9	23	90	9	70	59	0	0	40	0.97
2082709--2082746	2	19.0	2	94	0	58	44	50	5	0	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2082746--2082788	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
2083116--2083143	9	3.1	9	100	0	56	46	0	0	53	1.00
2083602--2083631	10	3.0	10	95	0	51	43	0	6	50	1.28
2085026--2085054	13	2.2	13	100	0	58	6	13	0	79	0.93
2088896--2089001	52	2.0	52	92	0	176	33	14	20	32	1.92
2089675--2089713	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2091429--2091476	12	3.9	13	78	13	57	37	0	2	60	1.09
2091934--2091959	12	2.2	12	100	0	52	65	0	7	26	1.20
2092448--2092505	26	2.2	26	87	6	80	37	1	6	53	1.38
2092448--2092505	14	4.3	14	85	12	77	37	1	6	53	1.38
2094965--2095280	67	4.7	66	77	5	260	25	24	16	33	1.96
2094981--2095267	134	2.1	134	81	5	339	24	25	17	33	1.96
2095352--2095498	66	2.3	64	78	4	152	25	18	14	41	1.88
2106028--2106061	3	11.3	3	100	0	68	0	35	0	64	0.94
2108753--2108794	5	8.0	5	84	10	57	54	0	0	45	0.99
2108753--2108794	11	4.0	11	90	3	61	54	0	0	45	0.99
2109001--2109029	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
2122632--2122663	3	10.7	3	93	0	55	65	0	3	31	1.08
2130626--2130668	6	7.3	6	94	2	70	48	11	0	39	1.40
2134296--2134342	18	2.6	18	82	0	67	53	0	0	46	1.00
2134274--2134340	25	2.7	25	77	11	66	55	0	0	44	0.99
2134540--2134585	16	2.9	16	80	6	58	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2134517--2134580	23	2.6	26	79	15	75	56	0	0	43	0.99
2134221--2134711	242	2.0	244	98	0	959	45	8	4	41	1.55
2139209--2139519	50	6.2	50	87	1	417	29	18	18	33	1.95
2139209--2139519	100	3.1	99	91	1	487	29	18	18	33	1.95
2139829--2139860	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2140512--2140583	23	3.2	22	73	19	60	55	1	0	43	1.08
2141108--2141147	19	2.1	19	86	9	55	40	2	0	57	1.12
2142008--2142057	23	2.2	23	82	7	57	28	0	2	70	0.99
2141980--2142050	16	4.6	15	74	10	63	38	0	1	60	1.06
2148075--2148260	42	4.4	42	89	1	266	21	33	19	24	1.97
2159242--2159296	7	7.7	7	79	4	56	16	5	3	74	1.15
2159255--2159296	22	2.0	21	85	4	57	16	4	2	76	1.07
2159999--2160053	2	27.0	2	96	3	101	49	1	0	49	1.11
2160413--2160452	2	20.0	2	100	0	80	0	50	0	50	1.00
2164610--2164687	24	3.3	22	75	16	66	61	3	1	33	1.22
2165433--2165484	2	26.0	2	96	0	95	48	0	1	50	1.12
2165550--2165583	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
2165638--2165680	19	2.3	18	80	11	50	48	2	2	46	1.27
2167280--2167318	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
2171502--2171527	3	8.7	3	100	0	52	69	30	0	0	0.89
2171526--2171561	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
2172269--2172294	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2179925--2179967	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
2183465--2183502	2	19.0	2	100	0	76	0	50	0	50	1.00
2184662--2184722	32	1.9	32	83	6	79	52	0	1	45	1.10
2185180--2185228	24	2.1	24	81	11	57	14	2	8	75	1.12
2186148--2186191	22	2.0	21	86	4	61	63	2	0	34	1.07
2186670--2186718	24	2.0	24	88	4	71	32	10	0	57	1.32
2190590--2190631	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2191554--2191749	101	1.9	101	83	6	254	28	20	16	34	1.94
2197455--2197499	15	3.1	14	84	12	56	22	0	0	77	0.76
2206015--2206082	25	2.7	25	84	6	84	58	2	0	38	1.13
2206015--2206087	12	5.6	13	77	9	69	57	2	0	39	1.13
2206353--2206400	19	2.6	17	83	9	60	58	0	0	41	0.98
2206920--2206959	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2207855--2207883	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2209170--2209206	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2212189--2212220	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
2212669--2212712	16	2.6	17	82	7	54	38	0	0	61	0.96
2212678--2212733	28	2.0	28	89	6	87	39	0	1	58	1.08
2212686--2212749	28	2.3	29	78	13	71	42	0	1	56	1.09
2212781--2212841	20	3.0	20	83	13	72	52	1	0	45	1.10
2213695--2213739	21	2.3	18	82	14	54	53	4	0	42	1.21
2213695--2213734	20	2.1	19	86	9	55	55	5	0	40	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2213751--2213830	41	2.0	41	90	5	126	41	8	6	43	1.61
2218883--2218921	2	19.5	2	100	0	78	0	48	0	51	1.00
2219133--2219185	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
2220310--2220389	22	4.0	20	71	18	67	35	1	0	63	1.02
2220311--2220394	18	4.3	18	77	15	69	34	1	0	64	1.02
2221451--2221491	21	2.0	21	85	0	55	82	7	9	0	0.83
2221451--2221491	16	2.8	16	85	10	52	82	7	9	0	0.83
2221451--2221493	15	3.0	14	83	12	52	81	6	11	0	0.87
2222484--2222687	50	4.1	50	80	8	227	31	16	16	35	1.91
2227081--2227336	50	5.1	50	86	0	316	28	15	20	35	1.93
2227081--2227336	100	2.6	100	86	0	359	28	15	20	35	1.93
2229050--2229105	2	28.0	2	78	7	60	46	1	1	50	1.22
2229369--2229397	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
2235976--2236000	1	25.0	1	100	0	50	0	0	100	0	0.00
2236876--2236900	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2247960--2248013	22	2.4	23	73	14	58	48	1	1	48	1.23
2248999--2249049	26	1.9	26	88	11	77	60	0	1	37	1.08
2250669--2250699	16	2.0	16	93	6	55	16	0	0	83	0.64
2251524--2251561	7	5.4	7	96	0	58	34	13	7	44	1.72
2252670--2252703	2	17.0	2	93	0	59	47	2	0	50	1.16
2253456--2253480	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2259366--2259712	86	4.0	86	98	0	667	38	16	14	29	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2265094--2265192	31	3.2	31	64	23	80	29	11	19	40	1.86
2265072--2265202	63	2.1	63	95	0	235	31	9	21	38	1.85
2265103--2265199	29	3.2	29	66	23	81	28	9	20	41	1.83
2269867--2269900	17	1.9	18	88	5	52	50	0	0	50	1.00
2281901--2281966	29	2.3	29	84	5	80	34	3	3	59	1.28
2290483--2290533	24	2.2	23	89	10	77	54	7	7	29	1.57
2293261--2293288	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
2303711--2303748	19	2.1	18	85	14	51	50	5	10	34	1.59
2303469--2306193	987	2.8	961	85	7	3410	39	8	10	42	1.68
2308078--2308119	2	21.0	2	95	0	75	47	0	2	50	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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