genome.fa.s258.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold258
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5730937

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2554883--2554934	25	2.0	28	85	11	74	36	9	11	42	1.74
2566502--2566526	6	4.2	6	100	0	50	20	16	32	32	1.94
2571576--2571655	31	2.5	31	75	16	76	45	1	1	52	1.16
2575503--2575546	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
2580764--2580818	19	2.9	19	78	5	67	60	0	0	40	0.97
2580764--2580835	18	3.7	19	79	9	65	59	0	1	38	1.06
2581367--2581411	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
2581820--2581849	15	2.0	15	93	0	51	50	0	0	50	1.00
2581804--2581884	34	2.4	34	83	6	94	46	0	0	53	1.00
2581870--2581914	22	2.0	23	86	4	65	53	0	2	44	1.13
2582462--2582508	3	15.3	3	95	4	85	65	2	0	31	1.04
2585563--2585608	13	3.7	12	85	8	56	30	2	0	67	1.03
2599458--2599498	20	2.0	20	100	0	82	14	21	14	48	1.80
2605863--2605898	14	2.6	14	91	8	56	80	0	19	0	0.71
2607499--2607538	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2609658--2609701	3	14.7	3	95	0	79	63	2	0	34	1.07
2612469--2612512	2	22.0	2	90	0	70	0	54	0	45	0.99
2613697--2613752	26	2.2	26	84	9	71	44	1	0	53	1.11
2614460--2614503	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
2615780--2615820	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
2616718--2616748	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2617220--2617269	22	2.3	20	80	10	55	40	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2617219--2617272	20	2.8	20	71	17	53	42	0	0	57	0.98
2621270--2621297	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2624910--2624948	16	2.4	17	83	12	55	0	17	0	82	0.68
2633860--2633884	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2634235--2634280	21	2.2	21	88	0	65	50	0	0	50	1.00
2634237--2634309	21	4.1	17	72	19	51	53	1	0	45	1.09
2634234--2634309	27	2.8	27	79	15	77	51	1	0	47	1.09
2634242--2634310	27	2.6	27	81	9	79	53	1	0	44	1.09
2634271--2634316	21	2.2	21	84	7	58	54	2	0	43	1.12
2648587--2648637	23	2.1	26	85	10	72	39	0	1	58	1.09
2653173--2653215	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
2653215--2653239	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
2659323--2659383	21	2.9	21	90	0	77	52	1	1	44	1.20
2659323--2659384	11	5.7	11	83	7	74	53	1	1	43	1.20
2660160--2660225	21	3.1	21	77	12	73	53	4	4	37	1.42
2660286--2660377	21	4.3	20	78	6	85	58	10	1	29	1.39
2660931--2660972	3	13.7	3	90	5	66	66	2	0	30	1.04
2661739--2661778	2	20.0	2	94	0	71	52	0	0	47	1.00
2667456--2667820	182	2.0	182	93	0	622	26	19	14	39	1.90
2669334--2669375	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2673025--2673083	21	2.7	22	76	12	59	42	0	3	54	1.17
2673036--2673096	24	2.6	23	82	12	63	45	0	1	52	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2673049--2673096	24	2.0	24	87	0	69	47	0	0	52	1.00
2676240--2676362	41	3.0	41	98	0	237	31	4	23	39	1.76
2677011--2677037	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2678284--2678316	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2681702--2681743	16	2.5	17	88	7	68	57	0	0	42	0.99
2688862--2688928	29	2.4	28	85	5	89	52	1	1	44	1.19
2689134--2689164	15	2.1	15	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2698349--2698374	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
2702274--2702322	3	16.3	3	100	0	98	67	0	0	32	0.91
2702643--2702757	11	11.1	10	77	12	99	43	1	2	52	1.25
2702653--2702730	41	1.9	41	87	10	115	43	0	3	52	1.19
2702643--2702757	21	5.6	20	79	10	108	43	1	2	52	1.25
2702804--2702843	21	1.9	21	94	0	71	47	0	0	52	1.00
2702960--2703022	31	2.0	31	100	0	126	39	6	12	41	1.69
2713447--2713495	21	2.3	21	96	0	89	32	18	16	32	1.93
2714498--2714528	5	6.2	5	100	0	62	0	41	0	58	0.98
2720564--2720622	26	2.3	25	79	5	64	57	1	0	40	1.09
2722336--2722374	16	2.6	16	84	8	55	35	0	0	64	0.94
2723139--2723201	16	3.8	16	74	4	54	73	3	1	22	1.07
2723638--2723677	22	1.9	20	85	10	53	42	0	0	57	0.98
2736942--2736997	15	3.8	15	73	17	55	42	0	0	57	0.99
2736933--2737012	28	2.8	29	83	12	103	42	1	0	56	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2736963--2737016	23	2.4	21	87	9	72	40	0	0	59	0.98
2736963--2737030	22	3.0	22	77	12	75	44	0	0	55	0.99
2741627--2741669	23	1.9	23	86	13	63	18	6	6	67	1.37
2752463--2752519	16	3.6	16	73	17	57	64	0	0	35	0.93
2752509--2752556	17	2.6	18	80	9	53	39	2	0	58	1.10
2759547--2759571	1	25.0	1	100	0	50	0	100	0	0	0.00
2759844--2759915	24	3.0	23	67	15	65	13	40	20	25	1.90
2763765--2763794	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2766668--2766710	22	2.0	22	95	0	77	32	16	18	32	1.93
2766947--2766986	21	1.9	21	90	10	64	50	0	5	45	1.23
2767313--2767377	30	2.2	29	86	2	85	40	4	1	53	1.31
2771368--2771392	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2783352--2783424	35	2.1	35	97	0	137	46	6	2	43	1.44
2784746--2784780	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2785088--2785201	55	2.1	55	89	0	174	44	9	9	35	1.70
2786346--2786377	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2788177--2788232	2	28.0	2	96	0	103	50	1	48	0	1.11
2797688--2797730	13	3.4	12	78	9	50	41	0	4	53	1.21
2800563--2800603	19	2.0	20	86	13	57	41	2	0	56	1.13
2802678--2802707	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2804705--2804737	15	2.1	16	94	5	59	42	12	6	39	1.67
2805247--2805278	16	2.1	16	88	11	50	31	6	0	62	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2808103--2808149	2	23.5	2	86	0	67	48	6	0	44	1.28
2810802--2810857	29	1.9	29	89	7	87	42	0	3	53	1.18
2811857--2811881	13	1.9	13	100	0	50	12	0	8	80	0.92
2812301--2812340	20	2.1	19	85	4	53	27	0	2	70	1.01
2813512--2813549	2	20.0	2	89	10	62	52	0	0	47	1.00
2813696--2813733	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2814319--2814343	1	25.0	1	100	0	50	0	100	0	0	0.00
2816221--2816276	24	2.3	24	75	6	60	46	3	0	50	1.19
2816292--2816321	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
2817875--2817945	28	3.0	22	72	21	61	42	2	0	54	1.14
2818020--2818082	28	2.2	30	80	11	78	58	3	1	36	1.23
2832153--2832198	2	23.5	2	95	4	85	50	0	0	50	1.00
2839849--2839890	22	1.9	22	90	0	66	54	2	2	40	1.26
2845299--2845327	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2847856--2847893	2	19.0	2	100	0	76	0	50	0	50	1.00
2856849--2856910	26	2.3	27	81	8	65	40	0	1	58	1.08
2857981--2858028	23	2.1	24	88	7	73	70	0	0	29	0.87
2858193--2858225	2	16.5	2	93	0	57	54	0	45	0	0.99
2858402--2858439	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2862392--2862436	18	2.6	18	82	6	58	46	0	8	44	1.34
2863626--2863727	19	5.5	19	67	17	63	41	1	0	55	1.17
2863652--2863703	22	2.3	23	78	18	56	34	3	1	59	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2863626--2863762	73	1.9	72	90	1	220	37	4	1	56	1.28
2865559--2865610	2	26.0	2	100	0	104	50	0	50	0	1.00
2866900--2866930	16	1.9	16	93	0	53	29	19	16	35	1.93
2871803--2871893	45	2.0	44	82	14	107	52	2	1	43	1.20
2873452--2873549	49	2.0	49	90	4	153	39	15	8	36	1.77
2886061--2886094	14	2.4	14	95	5	59	35	0	26	38	1.57
2888912--2888947	18	2.0	18	100	0	72	27	27	16	27	1.97
2894489--2894513	12	2.1	12	100	0	50	24	16	24	36	1.94
2903125--2903154	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
2904605--2904629	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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