genome.fa.s270.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold270
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  409424

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
371--440	26	2.5	28	75	13	72	50	0	0	50	1.00
668--710	18	2.4	18	84	7	52	48	0	0	51	1.00
667--710	12	3.7	12	84	6	54	47	0	0	52	1.00
760--802	21	2.0	21	86	8	61	37	0	2	60	1.10
1158--1198	21	1.9	22	85	14	59	58	0	0	41	0.98
1515--1559	17	2.7	17	79	3	56	55	0	0	44	0.99
2220--2285	30	2.2	30	83	5	80	39	1	3	56	1.24
3339--3413	35	2.1	36	82	7	91	49	1	1	48	1.18
3970--4003	16	2.1	16	89	10	52	29	2	11	55	1.50
4035--4089	26	2.1	25	83	10	65	58	1	1	38	1.20
4095--4336	117	2.1	118	89	2	371	51	9	3	35	1.52
5352--5424	22	3.2	23	78	7	60	54	0	0	45	0.99
6723--6758	18	2.1	17	89	5	54	58	0	0	41	0.98
6731--6781	26	2.0	25	88	11	77	66	0	0	33	0.92
8956--9021	20	3.0	20	80	10	51	40	1	0	57	1.08
8955--9043	11	7.9	11	68	28	55	41	1	0	57	1.06
8955--9034	25	3.4	24	78	16	96	41	1	0	57	1.07
8987--9027	20	2.0	20	95	0	73	39	2	0	58	1.11
8957--9012	14	4.1	14	80	15	73	41	0	0	58	0.98
9125--9154	6	5.2	6	92	8	53	70	0	0	30	0.88
9632--9678	19	2.5	19	92	0	76	61	0	0	38	0.96
9667--9708	21	2.0	21	86	9	59	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11164--11228	30	2.2	30	85	0	85	32	6	6	55	1.49
12779--12834	19	2.9	18	84	7	67	26	0	10	62	1.28
14281--14319	21	1.9	19	85	10	51	20	28	5	46	1.72
16760--16790	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
16777--16839	22	2.8	21	83	9	63	38	0	4	57	1.20
16792--16847	22	2.5	22	88	5	78	37	0	5	57	1.22
18506--18549	22	2.0	22	100	0	88	40	13	4	40	1.65
19006--19038	17	1.9	17	100	0	66	48	3	0	48	1.17
19795--19826	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
21199--21246	18	2.7	17	83	6	51	39	0	0	60	0.97
21421--21476	19	3.1	18	71	14	53	39	0	7	53	1.28
21721--21757	19	1.9	19	89	10	58	45	0	0	54	1.00
23282--23317	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
23513--23539	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
23867--23917	24	2.1	25	85	3	68	43	0	1	54	1.11
25458--25482	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
25937--25966	11	2.7	11	100	0	60	46	6	0	46	1.29
27691--27743	17	3.2	17	73	10	56	37	0	1	60	1.08
27691--27756	32	2.1	32	88	2	98	37	1	3	57	1.23
29568--29668	11	9.7	11	68	14	63	55	0	0	43	1.06
29571--29643	37	1.9	38	84	13	98	54	0	1	43	1.08
29608--29672	32	2.1	31	85	8	87	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29585--29680	16	5.5	17	69	16	63	56	1	1	41	1.13
30949--30991	22	2.0	22	86	9	61	39	2	0	58	1.11
35890--35927	19	2.0	19	85	10	51	34	5	0	60	1.19
50330--50382	21	2.5	22	75	12	56	49	0	0	50	1.00
50406--50450	16	2.8	16	86	6	56	42	8	2	46	1.47
50439--50472	14	2.4	14	95	0	59	41	2	17	38	1.65
50687--50733	16	2.9	17	78	6	53	23	12	23	40	1.89
51388--51431	16	2.8	16	92	0	70	27	20	15	36	1.93
51388--51436	16	3.1	16	85	5	64	26	20	16	36	1.93
51432--51478	16	2.9	16	87	6	51	34	2	10	53	1.48
51450--51489	16	2.4	17	91	4	64	40	0	2	57	1.12
56529--56573	22	2.0	23	83	12	58	62	0	0	37	0.96
56730--56816	42	2.0	42	82	4	102	44	0	0	55	0.99
58009--58079	22	3.2	23	77	15	69	56	1	0	42	1.08
58022--58089	23	3.1	23	79	8	79	58	1	0	39	1.07
58906--58959	16	3.2	16	75	15	56	53	3	1	40	1.29
58989--59026	11	3.4	11	82	17	51	63	0	0	36	0.95
59533--59580	3	15.7	3	95	4	87	33	0	0	66	0.92
59876--59909	14	2.4	14	100	0	68	41	0	0	58	0.98
59889--59923	17	1.9	19	88	11	56	40	0	0	60	0.97
60019--60113	11	8.1	11	68	18	50	40	2	0	57	1.10
62428--62482	20	2.8	20	81	5	60	67	0	1	30	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62415--62471	22	2.6	21	76	15	62	66	0	1	31	1.02
62726--62750	12	2.1	12	100	0	50	32	8	8	52	1.60
63893--63952	26	2.4	25	78	13	70	41	0	0	58	0.98
63887--63987	43	2.3	44	81	6	116	45	0	0	54	0.99
63888--63972	15	5.5	17	64	26	55	42	0	0	57	0.98
68133--68244	56	2.0	56	98	0	215	44	24	7	24	1.78
69249--69299	14	3.6	14	75	19	52	52	0	0	47	1.00
69259--69301	16	2.7	16	81	0	50	55	0	0	44	0.99
69802--69881	2	40.0	2	89	0	124	55	0	0	45	0.99
69802--69881	20	3.9	20	93	6	142	55	0	0	45	0.99
70777--70815	18	2.1	19	85	4	53	20	0	10	69	1.17
73030--73063	2	17.5	2	87	6	52	47	0	2	50	1.16
73833--73864	4	8.0	4	92	0	55	50	3	0	46	1.17
74544--74581	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
74839--74906	25	2.7	26	82	8	79	60	2	0	36	1.12
75082--75118	12	2.7	14	80	20	51	64	0	0	35	0.94
75681--75721	18	2.2	19	91	4	66	26	0	0	73	0.84
75681--75721	12	3.3	13	80	10	50	26	0	0	73	0.84
75981--76021	20	2.0	20	85	9	55	43	4	0	51	1.23
76107--76139	12	2.8	12	90	4	50	30	3	0	66	1.06
76054--76148	17	5.8	17	71	15	74	34	1	0	64	1.01
78110--78200	31	3.0	31	85	4	105	41	1	10	46	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78132--78200	31	2.3	31	92	2	113	46	1	7	44	1.40
78850--78892	17	2.5	17	76	0	50	46	4	0	48	1.22
79817--79856	8	5.0	8	82	11	55	70	0	0	30	0.88
80819--80844	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
84786--84818	15	2.1	16	94	5	59	39	0	0	60	0.97
84824--84860	16	2.1	19	85	14	53	37	2	0	59	1.12
86849--86889	14	3.1	14	77	22	52	31	4	12	51	1.60
87224--87291	17	4.1	17	73	16	52	52	0	0	47	1.00
87600--87640	4	10.2	4	100	0	82	48	0	0	51	1.00
87999--88023	7	3.6	7	100	0	50	16	0	0	84	0.63
88013--88066	27	2.0	29	82	10	69	42	0	1	55	1.10
88156--88198	11	4.0	11	77	17	54	65	2	0	32	1.06
89037--89078	15	2.7	16	82	13	52	45	0	0	54	0.99
89847--89880	17	2.0	17	100	0	68	35	0	0	64	0.94
90620--90675	18	3.1	18	70	12	51	55	0	3	41	1.17
91851--91924	36	2.1	36	84	0	94	36	21	6	35	1.80
94164--94215	25	2.1	25	85	7	70	42	0	0	57	0.98
94266--94296	16	1.9	16	93	0	53	51	0	3	45	1.17
94400--94429	13	2.2	14	94	5	53	33	0	0	66	0.92
94682--94707	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
95293--95329	13	2.6	15	83	12	51	43	2	0	54	1.14
98062--98181	44	2.8	44	90	1	197	44	15	17	22	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98545--98613	14	5.1	14	70	18	56	33	8	13	44	1.74
98545--98616	13	5.5	13	71	19	60	31	9	12	45	1.74
98543--98616	27	2.7	27	91	0	121	32	10	12	44	1.76
98547--98592	12	3.6	12	78	16	56	39	8	8	43	1.66
98880--98999	44	2.8	44	90	1	197	24	19	14	42	1.88
103262--103310	15	3.5	15	72	16	59	38	14	12	34	1.83
103253--103325	27	2.7	27	93	0	128	42	13	12	31	1.81
103273--103322	12	3.8	13	73	17	50	40	12	10	38	1.76
105114--105150	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
106662--106751	30	3.3	27	71	17	78	57	0	1	41	1.06

Tables:   1   2   3   4