genome.fa.s270.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold270
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  409424

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216854--216899	24	2.0	25	87	12	71	43	2	0	54	1.12
217110--217156	20	2.3	21	85	3	60	65	0	2	31	1.04
217298--217329	16	2.0	16	93	0	55	50	0	3	46	1.17
217302--217386	35	2.4	34	75	16	84	50	2	3	43	1.32
217858--217914	24	2.4	23	77	13	62	57	1	1	38	1.19
218053--218084	4	8.0	4	100	0	64	50	0	0	50	1.00
223295--223344	18	2.6	20	87	6	77	32	20	14	34	1.92
231398--231422	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
231411--231509	20	5.7	20	64	30	73	35	18	7	39	1.78
231380--231509	33	3.9	33	92	2	199	34	18	8	38	1.81
232954--232980	13	2.1	13	100	0	54	59	7	0	33	1.25
232988--233024	18	2.2	18	85	9	51	51	2	0	45	1.15
233251--233393	11	13.3	11	67	15	75	58	0	0	40	1.08
233251--233375	21	6.1	21	70	20	77	56	0	0	42	1.04
233252--233351	40	2.4	43	73	11	100	55	0	0	45	0.99
233253--233352	20	5.6	18	71	23	61	54	0	0	46	1.00
233224--233352	52	2.5	52	82	7	138	55	0	0	42	1.10
233308--233360	20	2.7	20	77	17	56	50	0	0	49	1.00
234008--234088	18	5.1	15	68	24	51	55	2	0	41	1.13
233999--234105	8	12.2	8	70	20	56	57	1	0	40	1.16
234822--234876	11	4.8	12	81	14	55	69	0	0	30	0.89
234819--234877	20	3.0	20	78	4	68	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
234820--234877	25	2.4	25	83	16	77	68	0	0	31	0.89
234821--234876	14	4.3	14	78	15	57	69	0	0	30	0.89
236773--236815	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
236967--237030	31	2.0	32	82	8	78	51	0	0	48	1.00
237385--237424	21	1.9	21	89	0	62	17	2	7	72	1.19
237383--237430	21	2.3	21	77	0	60	22	2	6	68	1.23
238016--238073	20	2.7	22	78	7	57	46	0	0	53	1.00
238631--238695	27	2.4	27	85	7	80	72	4	1	21	1.11
238884--238930	16	2.8	17	77	9	51	46	0	0	53	1.00
238893--238956	23	3.0	22	82	17	73	46	0	0	53	1.00
239297--239419	11	12.3	10	67	22	62	55	0	0	43	1.11
239279--239347	22	3.3	21	76	11	70	62	0	0	37	0.96
239289--239356	32	2.1	33	86	13	97	57	0	0	42	0.98
239587--239631	22	2.0	22	87	8	65	46	0	0	53	1.00
241089--241138	15	3.5	15	75	5	50	60	0	0	40	0.97
241604--241658	26	2.2	26	87	9	78	54	0	0	45	0.99
241619--241673	24	2.2	26	80	6	69	54	0	0	45	0.99
241626--241693	24	3.0	23	75	10	68	52	0	1	45	1.09
245179--245215	2	19.5	2	83	10	51	51	2	0	45	1.15
245634--245667	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
246135--246175	12	3.7	11	81	18	50	48	0	0	51	1.00
246206--246265	20	3.1	19	75	11	59	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
246241--246285	22	2.0	22	91	0	72	62	0	0	37	0.96
246896--246938	20	2.0	21	82	13	52	60	0	4	34	1.17
248795--248851	26	2.2	25	81	9	69	38	0	3	57	1.16
249340--249379	21	2.0	20	85	5	53	57	0	2	40	1.12
249371--249460	41	2.2	42	86	6	130	55	3	0	41	1.16
250279--250315	13	3.0	13	84	7	51	37	0	0	62	0.96
251455--251516	24	2.4	26	75	17	67	58	0	0	41	0.98
251868--251903	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
252111--252192	8	9.2	8	75	24	60	36	0	1	62	1.03
252125--252191	6	11.8	6	75	20	56	34	0	1	64	1.03
252108--252191	28	3.0	27	76	19	84	34	0	1	64	1.02
252109--252206	27	3.5	28	78	17	98	34	0	2	63	1.06
252103--252231	16	7.5	17	70	25	69	37	0	1	61	1.06
252168--252218	25	2.0	25	84	7	66	37	0	3	58	1.16
252111--252219	15	7.3	14	67	25	64	36	0	1	61	1.07
252468--252508	19	2.3	17	87	8	55	58	2	2	36	1.24
252718--252754	19	1.9	19	88	0	56	56	0	0	43	0.99
252930--252982	11	4.8	11	79	9	54	67	0	0	32	0.91
252932--252975	16	2.7	16	86	13	63	70	0	0	29	0.88
252932--252965	17	2.1	17	94	5	61	73	0	0	26	0.83
253223--253256	10	3.4	10	92	8	52	35	0	0	64	0.94
254851--254912	29	2.2	30	80	8	76	61	0	3	35	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
256604--256630	14	1.9	14	100	0	54	70	0	14	14	1.17
257750--257805	23	2.3	25	82	14	64	62	1	0	35	1.06
258269--258311	13	3.1	13	78	15	50	20	6	4	67	1.33
258788--258822	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
259768--259806	5	7.8	5	94	0	60	79	5	0	15	0.90
260357--260415	11	5.5	11	71	15	52	61	1	0	37	1.07
260355--260456	23	4.6	22	71	17	70	56	1	0	41	1.10
260372--260431	17	3.8	17	70	17	56	56	0	0	43	0.99
260394--260456	23	2.8	23	77	17	78	53	1	0	44	1.10
261027--261058	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
261377--261462	28	3.0	27	71	20	68	46	1	1	51	1.16
262385--262439	3	18.3	3	92	0	92	65	1	1	30	1.13
262945--262987	14	3.1	14	77	9	52	51	0	4	44	1.22
264170--264204	14	2.6	14	90	4	54	37	0	0	62	0.95
264289--264352	21	3.0	22	80	13	80	59	1	0	39	1.07
264292--264337	17	2.4	18	86	13	58	58	0	0	41	0.98
264283--264350	22	3.0	22	80	8	75	60	2	0	36	1.12
264292--264342	19	2.6	19	82	17	61	60	0	0	39	0.97
264396--264439	22	2.0	22	91	8	72	27	6	11	54	1.61
265565--265618	26	2.0	27	85	3	74	53	0	0	46	1.00
268154--268201	2	24.0	2	95	0	87	50	2	0	47	1.12
268467--268522	17	3.3	17	75	20	55	30	3	0	66	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
268509--268560	23	2.2	24	80	10	63	55	1	0	42	1.10
268583--268628	19	2.2	20	85	11	58	52	0	2	45	1.13
268650--268704	10	5.4	10	72	20	51	56	1	0	41	1.10
268652--268718	16	4.1	16	74	14	57	56	1	0	41	1.08
268683--268733	18	2.9	17	77	11	50	58	0	0	41	0.98
268632--268741	41	2.6	42	81	9	120	53	1	1	42	1.22
269983--270015	17	2.0	17	94	5	59	84	15	0	0	0.61
274344--274381	13	2.9	14	88	11	55	57	7	0	34	1.28
274573--274661	31	2.7	32	75	19	94	47	0	0	52	1.00
275468--275520	13	3.8	13	74	13	52	66	1	0	32	1.03
276774--276816	15	2.9	15	86	6	52	62	0	0	37	0.95
277023--277070	21	2.5	20	83	16	57	41	0	0	58	0.98
277276--277305	15	2.0	15	93	0	51	50	10	0	40	1.36
277974--278052	39	2.0	39	92	0	131	41	2	6	49	1.42
278790--278824	18	1.9	18	88	0	52	71	0	0	28	0.86
278815--278841	11	2.5	11	100	0	54	62	0	0	37	0.95
278823--278883	29	2.1	30	81	9	72	55	1	1	40	1.19
279291--279336	24	1.9	24	86	8	67	47	4	0	47	1.21
280142--280191	14	3.3	15	74	20	50	44	2	0	54	1.11
280381--280449	26	2.8	25	72	23	65	43	0	1	55	1.08
280436--280471	18	2.0	18	88	0	54	33	0	0	66	0.92
280381--280469	28	3.2	28	80	16	89	39	0	1	59	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
280424--280504	39	2.1	39	84	13	105	37	0	0	62	0.95
280424--280498	20	4.0	19	73	19	68	36	0	0	64	0.94
280901--280933	17	1.9	18	88	11	52	51	3	0	45	1.16
281731--281789	8	7.9	8	81	11	63	66	0	0	33	0.92
281732--281789	14	3.9	15	80	10	66	67	0	0	32	0.91
281731--281789	22	2.7	20	80	15	55	66	0	0	33	0.92
290550--290596	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
297000--297029	15	2.0	15	93	0	51	53	0	3	43	1.17
299661--299699	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
300070--300125	29	1.9	29	82	7	69	50	3	1	44	1.29

Tables:   1   2   3   4