genome.fa.s270.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold270
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  409424

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106769--106810	11	3.6	12	78	15	52	64	0	0	35	0.94
107069--107121	23	2.3	23	75	12	63	64	9	5	20	1.44
107392--107452	24	2.6	26	78	19	71	67	13	0	19	1.23
107898--108010	59	1.9	59	83	1	147	51	7	10	30	1.63
108747--108813	8	8.4	8	81	15	68	1	14	0	83	0.72
108751--108820	4	18.5	4	77	11	60	1	18	0	80	0.80
108750--108815	26	2.6	25	88	7	96	1	16	0	81	0.76
111399--111433	3	11.7	3	93	0	61	65	2	0	31	1.07
111536--111595	32	1.9	31	86	10	86	40	0	0	60	0.97
111548--111647	32	3.0	34	72	11	84	45	0	0	55	0.99
111637--111682	18	2.4	20	85	7	60	60	0	0	39	0.97
112651--112699	19	2.5	19	78	12	55	40	2	0	57	1.10
114999--115228	110	2.1	111	84	5	306	30	17	14	36	1.91
118374--118427	28	1.9	29	85	7	76	42	9	7	40	1.65
118601--118653	18	3.0	18	77	2	63	54	0	0	45	0.99
119703--119810	39	2.8	39	92	1	182	9	38	3	48	1.53
120565--120609	22	2.0	23	86	4	65	51	0	0	48	1.00
120926--121004	17	5.2	16	71	20	62	43	0	1	55	1.07
120928--121027	42	2.3	42	80	16	107	44	0	1	55	1.06
121086--121172	30	2.9	29	77	14	88	50	2	0	47	1.13
130336--130550	107	2.0	107	97	0	403	25	15	20	39	1.92
131548--131583	15	2.3	16	85	4	56	69	2	0	27	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136577--136609	16	2.1	16	88	11	50	42	0	0	57	0.98
136622--136661	21	1.9	21	85	10	55	52	5	0	42	1.23
136642--136693	16	3.2	16	80	2	50	55	5	1	36	1.35
137281--137317	17	2.2	17	90	0	56	54	13	21	10	1.69
142868--142892	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
143222--143264	21	2.0	21	82	8	52	46	0	0	53	1.00
143655--143682	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
144387--144414	13	2.2	13	100	0	56	64	0	0	35	0.94
144612--144655	16	2.6	18	76	23	51	63	0	0	36	0.95
144633--144667	17	1.9	19	88	11	56	65	0	0	34	0.93
145185--145236	8	6.1	8	76	10	50	61	0	1	36	1.07
145182--145230	20	2.5	20	90	6	73	59	0	0	40	0.98
145195--145247	26	2.0	26	89	7	81	64	0	1	33	1.05
145888--145942	25	2.2	26	83	9	69	58	3	0	38	1.16
146041--146086	18	2.6	17	83	12	58	47	0	0	52	1.00
146503--146546	22	2.0	23	95	4	81	63	0	4	31	1.14
146624--146664	15	2.8	15	79	17	50	43	0	0	56	0.99
152455--152898	221	2.0	221	100	0	888	36	11	8	43	1.71
155813--155860	24	2.0	24	84	8	62	45	2	0	52	1.12
155874--155928	25	2.2	25	81	9	67	32	0	0	67	0.91
155892--155927	18	2.1	17	89	5	54	36	0	0	63	0.94
157990--158043	26	2.0	27	85	3	74	48	0	1	50	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158173--158238	18	4.0	17	73	23	61	50	1	0	48	1.10
158161--158230	29	2.3	30	76	9	72	48	0	0	51	1.00
160806--160833	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
160876--160909	7	4.9	7	89	10	52	52	0	0	47	1.00
162875--162945	20	3.5	20	75	11	65	35	0	1	63	1.03
162890--162976	20	4.0	21	78	13	79	40	0	1	58	1.05
162927--162973	23	2.0	22	84	12	58	40	0	0	59	0.97
163873--163974	49	2.1	45	77	18	107	43	1	0	54	1.11
164347--164413	28	2.3	28	82	12	73	40	0	1	58	1.07
164944--164976	14	2.3	15	94	5	59	48	0	0	51	1.00
164953--165003	15	3.3	15	81	13	50	52	0	0	47	1.00
165174--165212	12	3.4	11	82	10	51	58	0	2	38	1.12
165498--165564	5	13.8	5	74	14	52	40	0	1	58	1.07
165498--165563	33	1.9	35	87	9	100	40	0	1	57	1.08
165630--165677	22	2.2	22	84	0	60	50	2	0	47	1.12
165838--165872	17	2.1	17	94	0	61	62	0	0	37	0.95
165839--165881	17	2.6	16	85	10	52	60	0	0	39	0.97
165842--165895	18	3.1	18	82	15	60	53	0	1	44	1.11
170384--170443	24	2.4	26	81	15	65	66	1	1	30	1.11
170909--170977	19	3.6	19	72	20	63	52	0	0	47	1.00
170915--170972	21	3.1	17	74	25	55	55	0	0	44	0.99
170917--170970	22	2.4	24	76	20	62	59	0	0	40	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
170909--170979	20	3.6	19	72	22	58	52	0	0	47	1.00
171401--171440	6	6.5	6	85	5	53	62	0	0	37	0.95
172084--172123	19	2.0	20	90	4	64	62	0	0	37	0.95
184937--184970	9	3.8	9	92	7	52	76	0	0	23	0.79
184934--184983	19	2.8	17	74	14	55	68	0	0	32	0.90
187359--187416	24	2.5	23	73	13	57	51	0	0	48	1.00
187665--187740	10	7.6	10	77	0	80	39	2	1	56	1.21
187837--187867	14	2.3	13	94	5	53	51	0	0	48	1.00
187893--187951	30	2.0	30	83	6	75	37	0	1	61	1.07
188562--188620	26	2.3	26	82	11	68	55	0	1	42	1.09
189191--189265	30	2.5	29	79	14	89	45	5	0	49	1.25
189356--189386	13	2.4	13	94	0	53	54	0	0	45	0.99
189570--189608	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
189622--189668	19	2.3	22	82	14	64	65	0	2	31	1.04
189625--189668	21	2.2	21	88	8	65	65	0	2	31	1.05
189765--189827	21	3.1	20	80	8	74	34	0	3	61	1.12
190080--190118	21	1.9	20	89	5	60	48	0	0	51	1.00
190158--190200	15	2.6	17	82	10	54	65	2	0	32	1.06
194557--194583	11	2.5	11	100	0	54	81	0	0	18	0.69
195002--195036	15	2.4	15	90	4	54	45	8	0	45	1.34
195215--195255	18	2.2	19	91	4	66	43	0	0	56	0.99
195586--195660	13	5.2	14	72	24	59	53	0	1	45	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195609--195673	33	2.0	34	90	6	107	53	0	0	46	1.00
195607--195711	47	2.2	47	79	6	113	55	0	0	43	1.06
195657--195723	29	2.3	30	80	12	79	58	1	1	38	1.17
195848--195890	3	14.3	3	100	0	86	34	0	0	65	0.93
196689--196726	2	19.5	2	89	5	60	47	0	2	50	1.15
196795--196820	12	2.2	12	100	0	52	23	0	0	76	0.78
196907--196962	26	2.2	26	84	15	73	42	0	1	55	1.10
197464--197511	16	2.9	16	73	14	53	47	0	0	52	1.00
198905--198962	20	2.9	19	72	18	55	53	1	1	43	1.21
199660--199686	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
200649--200713	22	3.1	21	73	4	69	50	0	0	49	1.00
200637--200718	12	7.0	13	69	27	51	50	0	1	48	1.08
201116--201170	2	27.5	2	81	0	56	40	0	5	54	1.23
201121--201174	16	3.2	16	84	7	63	37	0	7	55	1.28
201116--201174	18	3.4	18	79	11	70	38	0	6	54	1.27
201307--201401	11	9.1	11	75	15	78	38	0	1	60	1.04
201318--201401	33	2.6	33	81	3	91	39	0	1	59	1.05
202564--202589	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
204998--205103	27	3.6	28	76	19	92	44	0	0	55	0.99
205724--205788	21	3.0	20	78	12	58	53	0	0	46	1.00
205751--205793	22	2.0	22	90	9	70	58	0	0	41	0.98
206241--206302	17	3.3	18	74	20	56	67	0	1	30	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206235--206322	39	2.4	37	86	9	117	64	1	2	31	1.13
206234--206302	22	3.4	21	71	19	65	66	0	2	30	1.06
206267--206322	19	3.1	18	71	19	53	64	1	1	32	1.14
207453--207504	23	2.3	23	83	6	61	48	0	1	50	1.12
208954--208993	16	2.4	17	88	12	57	65	0	0	35	0.93
210218--210569	175	2.0	176	99	0	697	21	7	19	51	1.72
210497--210916	213	2.0	213	98	0	813	30	11	16	41	1.84
214622--214681	21	2.8	21	85	7	68	51	1	8	38	1.42
216499--216532	16	2.2	16	89	5	52	0	14	2	82	0.79
216492--216540	14	3.5	13	79	20	55	2	16	2	79	0.92

Tables:   1   2   3   4