genome.fa.s271.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold271
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  492225

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150756--150861	56	1.9	56	84	3	142	37	20	15	26	1.92
153732--153774	21	2.0	21	82	13	52	46	0	4	48	1.22
153790--153858	31	2.1	34	81	7	81	39	0	4	56	1.19
154972--155039	21	3.2	21	77	8	75	52	0	0	47	1.00
154979--155051	15	5.2	13	71	15	56	53	0	0	46	1.00
154985--155061	22	3.4	24	73	21	76	53	0	0	46	1.00
155036--155092	19	2.9	21	80	15	68	50	0	0	49	1.00
156785--156814	15	1.9	16	93	6	53	23	0	0	76	0.78
156882--156920	20	2.0	20	84	0	51	41	7	10	41	1.68
158910--158985	21	3.6	21	71	7	73	36	22	1	39	1.63
159511--159573	30	2.1	31	87	3	92	42	4	3	49	1.39
160515--160589	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
160515--160592	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
161501--161556	22	2.6	22	91	5	89	19	8	8	62	1.51
166915--167200	79	3.6	78	76	7	227	30	13	28	27	1.94
167135--167265	51	2.5	52	86	6	185	30	9	27	32	1.89
169592--169658	34	2.0	33	88	2	98	44	11	16	26	1.82
169682--169797	13	7.5	13	70	29	70	35	18	12	33	1.89
169690--169843	19	9.1	18	68	27	106	35	16	12	35	1.86
169682--169818	32	4.3	32	98	0	256	35	17	12	35	1.87
173344--173406	28	2.2	29	88	2	92	22	4	7	65	1.38
173360--173424	28	2.3	28	82	10	71	24	4	7	63	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173531--173590	29	2.0	30	83	6	77	55	0	3	41	1.16
178203--178231	15	1.9	15	100	0	58	55	0	0	44	0.99
179389--179498	48	2.3	48	82	6	143	27	38	13	20	1.91
180555--180584	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
187006--187072	27	2.5	26	80	7	71	46	1	0	52	1.09
187057--187102	20	2.3	20	92	3	76	43	2	0	54	1.12
187684--187732	21	2.2	21	89	7	71	36	18	34	10	1.85
190265--190333	17	3.8	17	73	17	57	44	1	2	50	1.25
190614--190658	16	2.8	17	83	6	58	44	0	0	55	0.99
190614--190720	56	1.9	57	81	12	132	48	0	1	49	1.12
191157--191391	97	2.4	98	78	12	243	40	10	4	45	1.58
191590--191617	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
192644--192673	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00
192905--192934	14	2.1	14	93	0	51	40	10	0	50	1.36
199908--200122	63	3.4	62	78	3	207	28	17	28	25	1.98
204523--204605	41	2.0	41	100	0	166	55	9	15	19	1.67
208353--208388	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
208553--208608	26	2.2	26	86	0	76	53	7	1	37	1.39
209004--209075	30	2.3	29	86	9	90	56	0	0	43	0.99
209301--209393	44	2.1	44	87	0	132	31	19	9	39	1.84
209553--209587	18	1.9	18	88	0	52	40	0	2	57	1.14
221439--221515	2	38.5	2	94	0	136	53	0	46	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221694--221762	23	3.0	23	81	12	72	49	1	0	49	1.09
221845--221897	25	2.3	22	74	22	54	39	3	0	56	1.17
223492--223566	20	3.6	21	73	26	63	0	25	0	74	0.82
223511--223568	26	2.2	27	81	9	75	0	29	0	70	0.87
223721--223751	12	2.6	12	100	0	62	45	0	0	54	0.99
223813--223856	11	3.9	11	83	13	54	25	0	0	75	0.81
224219--224271	19	2.9	19	76	15	58	33	0	0	66	0.92
224691--224733	18	2.3	18	84	11	52	39	2	9	48	1.48
224745--224776	8	3.9	8	95	4	55	62	0	3	34	1.11
227259--227296	13	2.9	14	80	11	53	44	0	2	52	1.14
227682--227706	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
227888--227946	16	3.8	16	75	8	50	69	6	0	23	1.12
228199--228254	3	19.0	3	88	3	87	64	0	3	32	1.11
235560--235608	19	2.5	20	83	3	64	55	2	2	40	1.23
236620--236671	26	2.0	26	100	0	104	23	7	26	42	1.81
239693--239733	19	2.2	19	95	0	73	34	0	4	60	1.18
239763--239810	22	2.1	24	84	7	64	47	10	0	41	1.37
240481--240532	22	2.4	21	83	6	59	44	3	0	51	1.19
241033--241083	24	2.1	24	96	0	93	49	23	7	19	1.74
240953--241164	105	2.0	105	92	0	352	41	20	8	29	1.82
241184--241388	39	5.4	39	63	15	124	41	20	6	30	1.79
241058--241442	75	5.1	75	89	2	547	38	20	7	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241148--241422	36	7.4	35	63	14	95	39	20	6	32	1.79
241742--241799	27	2.1	27	90	0	89	31	1	41	25	1.66
241899--241939	15	2.7	15	88	0	64	17	9	48	24	1.76
242462--242536	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
242462--242539	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
243448--243504	22	2.5	24	88	11	100	17	10	8	63	1.51
243457--243511	22	2.6	21	88	5	58	20	9	9	61	1.52
250711--250745	15	2.3	15	100	0	70	48	25	0	25	1.51
251839--251873	15	2.3	15	100	0	70	48	25	0	25	1.51
252967--253001	15	2.3	15	100	0	70	48	25	0	25	1.51
254095--254129	15	2.3	15	100	0	70	48	25	0	25	1.51
255223--255257	15	2.3	15	100	0	70	48	25	0	25	1.51
256351--256405	15	3.7	15	92	4	85	45	23	0	30	1.53
256351--256413	30	2.1	30	85	11	85	46	25	0	28	1.53
256638--256682	21	2.0	21	83	8	54	51	0	26	22	1.49
260652--260718	26	2.6	26	75	11	66	46	2	1	49	1.26
261505--261563	20	2.8	21	72	12	59	54	0	0	45	0.99
261485--261584	52	1.9	52	80	8	114	55	1	1	43	1.13
263896--263962	33	2.1	33	94	2	118	29	10	8	50	1.67
264799--264839	21	2.0	21	85	9	57	51	0	2	46	1.14
265007--265031	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
265508--265556	21	2.3	22	82	10	57	71	0	0	28	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
265511--265548	19	2.1	19	90	5	60	73	0	0	26	0.83
265508--265565	22	2.7	21	81	7	55	67	0	0	32	0.91
266108--266209	32	3.3	29	76	23	93	45	1	1	50	1.24
266741--266791	16	3.1	16	91	2	84	45	0	0	54	0.99
266765--266806	22	1.9	22	85	9	59	38	0	0	61	0.96
266744--266827	36	2.3	37	83	8	100	40	0	2	57	1.12
270135--270215	30	2.7	30	83	9	112	46	6	0	46	1.27
270238--270309	29	2.5	29	93	4	119	61	1	0	37	1.05
270606--270658	28	1.9	27	88	3	79	47	3	0	49	1.19
272219--272440	34	6.6	34	80	11	242	41	25	7	25	1.81
272222--272440	68	3.2	67	82	3	269	41	25	7	25	1.81
272221--272440	102	2.2	101	87	3	325	41	25	7	25	1.81
276836--277056	34	6.5	33	81	9	248	41	26	7	25	1.81
276838--277056	68	3.2	67	83	3	278	41	26	7	25	1.81
276836--277056	102	2.2	101	86	1	334	41	26	7	25	1.81
278007--278052	16	2.9	16	83	3	58	50	4	4	41	1.42
278022--278071	26	1.9	26	84	8	66	52	0	2	46	1.12
280231--280277	21	2.2	21	88	0	67	46	8	8	36	1.65
280242--280294	21	2.5	21	87	6	72	52	5	3	37	1.43
280319--281001	11	64.9	11	63	24	92	52	9	5	32	1.57
280319--281001	21	32.5	21	70	15	213	52	9	5	32	1.57
280309--280496	82	2.3	82	81	8	202	53	11	4	30	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
280514--280752	120	2.0	118	90	3	381	53	7	5	33	1.54
280878--280957	10	8.0	9	72	20	52	55	5	2	37	1.35
280799--281002	41	4.9	42	76	12	147	51	9	4	34	1.54
280744--281001	83	3.1	82	75	9	202	51	10	5	33	1.57
281332--281415	3	27.7	3	84	11	100	7	28	0	64	1.20
281528--281616	32	2.8	31	76	8	90	49	2	10	38	1.49
282688--282723	19	1.9	19	94	5	65	30	0	0	69	0.89
282688--282728	9	4.2	10	81	12	50	31	0	0	68	0.90
284444--284508	20	3.3	19	74	16	69	52	0	3	44	1.16
286967--287008	20	2.1	20	86	8	59	45	0	0	54	0.99

Tables:   1   2   3   4