genome.fa.s271.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold271
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  492225

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1677--1755	27	3.1	27	77	18	96	46	1	3	48	1.28
1727--1829	35	3.0	36	80	10	103	48	1	3	45	1.32
1675--1813	12	11.8	12	69	19	96	48	1	3	46	1.28
1769--1815	20	2.3	20	89	7	69	53	2	2	42	1.25
1701--1877	12	14.5	13	70	19	77	48	1	3	46	1.26
1749--1909	82	2.0	81	82	10	195	48	1	2	47	1.26
1847--1928	19	4.3	19	75	7	76	50	1	1	47	1.16
1903--1970	30	2.2	30	81	2	73	47	1	5	45	1.36
4029--4064	19	1.9	19	88	5	56	36	5	0	58	1.22
10229--10269	2	20.5	2	94	0	73	48	0	51	0	1.00
15759--15804	17	2.7	17	83	6	58	54	0	2	43	1.12
18719--18745	7	3.9	7	100	0	54	25	0	0	74	0.83
19078--19107	16	1.9	16	93	6	53	40	0	0	60	0.97
19637--19661	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
19338--19982	322	2.0	323	91	0	1033	35	10	9	44	1.73
19958--19994	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
20389--20437	14	3.6	14	75	5	55	61	2	0	36	1.08
20868--20898	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
25195--25241	23	2.0	23	84	8	60	48	2	4	44	1.34
31884--31935	22	2.3	23	78	18	65	7	28	3	59	1.43
34551--34599	24	2.2	21	85	10	62	40	0	2	57	1.10
37092--37163	20	3.6	20	75	0	72	37	13	8	40	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37089--37166	40	2.0	39	87	2	111	37	12	10	39	1.78
44178--44225	16	3.1	16	80	20	57	70	10	14	4	1.29
45448--45484	17	2.1	18	85	14	51	18	35	16	29	1.93
45512--46061	83	6.7	83	91	1	858	24	34	14	27	1.94
46064--46883	96	9.2	96	77	11	408	29	29	18	22	1.97
45485--47661	55	37.8	56	80	8	1301	27	30	17	24	1.97
45485--47661	28	75.5	28	82	6	1368	27	30	17	24	1.97
48299--48370	20	3.6	20	76	0	81	34	13	11	40	1.81
48296--48373	40	2.0	39	89	2	120	34	12	12	39	1.82
53074--53137	21	3.0	22	69	4	67	26	20	9	43	1.82
53074--53165	43	2.1	43	88	4	141	29	19	9	41	1.83
53089--53165	21	3.6	21	67	10	66	32	18	10	38	1.84
53209--53238	15	1.9	16	93	6	53	23	13	3	60	1.48
53185--53736	273	2.0	273	93	1	955	30	18	9	40	1.83
59163--59202	2	22.0	2	80	19	52	50	0	0	50	1.00
60140--60181	17	2.3	19	88	8	61	40	0	0	59	0.97
61847--61904	29	2.0	28	84	15	75	50	6	5	37	1.52
62362--62400	21	1.9	21	89	5	62	56	0	5	38	1.22
66686--66712	13	2.1	13	100	0	54	48	14	7	29	1.71
74441--74484	22	2.0	22	91	8	72	52	0	0	47	1.00
74443--74491	23	2.2	22	85	10	64	53	0	0	46	1.00
74732--74791	30	2.0	30	83	0	75	33	8	1	56	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74837--74883	22	2.2	22	85	11	62	40	0	4	55	1.19
75624--75658	17	2.2	17	90	10	56	60	2	0	37	1.12
75595--75676	19	4.2	19	71	22	62	52	2	1	43	1.22
76418--76449	16	2.0	16	93	0	55	50	3	0	46	1.17
76598--76641	23	1.9	23	90	0	70	59	0	0	40	0.98
76570--76670	31	3.2	31	81	13	116	57	0	0	41	1.05
76598--76660	27	2.5	24	72	20	65	55	0	0	44	0.99
82716--82766	19	2.7	19	76	14	52	45	0	0	54	0.99
86720--86761	17	2.4	18	84	11	52	30	0	2	66	1.04
90299--90373	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
90296--90373	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
90902--91187	32	8.9	32	94	0	473	15	18	33	32	1.92
91183--91716	27	19.5	27	90	2	782	28	14	33	23	1.94
91183--91716	82	6.5	81	90	3	782	28	14	33	23	1.94
91183--91716	219	2.4	218	90	4	826	28	14	33	23	1.94
100172--100246	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
100169--100246	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
101072--101133	26	2.3	27	86	2	90	40	4	1	53	1.32
101083--101148	26	2.6	25	80	9	62	42	6	0	51	1.26
101672--101713	21	2.0	21	86	13	61	40	0	0	59	0.97
101662--101719	22	2.6	22	74	20	66	48	0	0	51	1.00
101868--101967	49	2.0	49	84	3	130	34	9	7	50	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102878--102921	21	2.0	23	86	8	65	38	0	0	61	0.96
102865--102922	23	2.5	26	76	21	65	43	0	0	56	0.99
102870--102945	25	3.0	25	73	17	75	43	0	0	56	0.99
103057--103094	20	2.0	20	89	5	60	31	2	0	65	1.06
103870--103921	18	3.1	18	76	18	67	61	0	0	38	0.96
103874--103922	16	3.1	16	80	19	66	63	0	0	36	0.95
107280--107321	3	14.0	3	84	0	57	61	2	4	30	1.29
107487--107525	20	2.0	20	90	10	62	48	0	0	51	1.00
109172--109332	41	3.8	39	75	14	117	38	4	3	54	1.36
109187--109337	11	14.1	11	72	15	84	39	3	3	54	1.33
109172--109342	21	8.1	21	78	8	159	38	4	2	54	1.35
109637--109709	27	2.7	27	80	6	67	35	8	8	47	1.63
109705--109759	21	2.6	21	73	0	56	34	5	1	58	1.32
109765--109814	21	2.4	21	83	6	57	32	8	12	48	1.69
109834--109888	21	2.6	21	78	16	60	34	3	7	54	1.46
109830--109940	21	5.3	21	67	12	59	34	3	9	53	1.50
109913--109990	21	4.0	20	77	17	83	38	3	5	52	1.42
109900--110018	48	2.5	48	75	15	122	36	5	7	50	1.53
110060--110118	21	2.8	22	77	10	70	32	0	10	57	1.32
110023--110161	21	6.6	21	70	14	67	35	4	7	53	1.48
110171--110228	21	2.8	21	78	0	62	43	10	3	43	1.55
110693--110788	48	2.0	48	97	0	183	26	12	6	55	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113875--113941	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
113895--113919	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
113982--114006	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
114015--114138	52	2.4	52	93	4	207	34	18	17	29	1.94
127694--127763	25	2.8	25	82	6	88	44	0	0	55	0.99
127820--127889	27	2.7	24	76	20	61	61	0	1	37	1.05
133942--134037	30	3.2	30	76	5	95	6	6	58	29	1.47
133972--134097	15	8.2	15	67	20	64	5	9	59	25	1.50
134033--134097	30	2.2	30	82	0	76	3	13	61	21	1.46
134117--134250	36	3.6	36	71	11	124	14	8	54	23	1.66
134153--134203	24	2.1	24	85	0	66	15	3	56	23	1.56
134120--134807	78	9.1	77	73	14	538	11	10	54	23	1.67
134159--134208	24	2.1	24	88	0	73	14	4	54	28	1.58
134165--134965	102	7.7	101	74	15	693	11	9	55	24	1.64
134231--134300	24	2.9	23	78	16	79	10	8	57	24	1.59
134291--134355	18	3.6	18	71	8	60	7	9	58	24	1.55
134382--134434	24	2.4	21	80	17	70	15	5	58	20	1.57
134409--134515	54	2.1	49	84	10	135	9	12	55	23	1.65
134490--134544	18	3.1	18	70	0	56	10	14	50	23	1.74
134484--134572	36	2.5	36	86	0	115	11	12	52	23	1.71
134520--134634	48	2.4	48	88	2	151	12	12	54	20	1.69
134576--134772	36	5.1	36	65	16	99	12	8	55	22	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134679--134729	24	2.1	24	88	0	75	15	1	60	21	1.44
134704--134963	48	5.2	48	65	20	163	11	7	55	25	1.61
134703--134969	54	5.2	54	70	13	256	11	7	56	24	1.61
134757--134933	24	7.1	24	70	16	101	11	6	57	24	1.57
135122--135235	42	2.6	42	79	6	113	8	9	56	25	1.60
135140--135187	18	2.7	18	90	0	69	6	6	58	29	1.47
136430--136470	17	2.3	18	87	8	57	36	0	0	63	0.95
136503--136540	9	4.2	9	83	10	51	47	2	2	47	1.30
140014--140101	39	2.3	39	76	7	90	32	20	12	34	1.90
140252--141489	500	2.5	492	81	6	1410	41	10	11	36	1.76

Tables:   1   2   3   4