genome.fa.s2713.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2713
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  368274

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6495--6578	1	84.0	1	71	0	60	85	11	2	0	0.68
6496--6565	13	5.3	13	83	8	88	85	12	1	0	0.66
6495--6578	26	3.2	27	88	6	120	85	11	2	0	0.68
6495--6578	13	6.9	12	81	9	82	85	11	2	0	0.68
6497--6576	10	7.9	10	74	14	67	85	12	2	0	0.71
7578--8187	55	10.9	55	88	5	725	27	29	20	22	1.98
8059--8141	26	3.1	26	64	16	69	27	31	21	19	1.97
9028--9095	19	3.9	18	71	23	65	36	10	16	36	1.82
9030--9092	32	2.0	32	90	0	99	36	11	17	34	1.85
9135--9160	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
9117--9181	33	2.0	33	87	0	94	27	15	13	43	1.85
11527--11644	51	2.2	53	86	7	161	31	20	11	36	1.89
18469--18536	20	3.8	20	69	25	69	39	11	13	35	1.81
19328--20123	49	16.8	49	75	12	410	30	17	25	26	1.97
19672--20120	87	5.0	87	77	11	406	30	17	24	27	1.97
19939--20129	43	4.3	43	75	15	188	31	17	24	26	1.97
19995--20123	45	2.8	46	89	4	188	31	16	24	27	1.96
19845--20123	94	2.9	96	75	11	279	31	16	25	26	1.97
20120--20515	34	11.8	33	76	7	348	37	12	31	18	1.88
21829--21865	11	3.5	11	88	7	58	2	0	13	83	0.74
29021--29059	21	1.9	20	89	5	60	35	10	15	38	1.81
35868--35893	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35848--35911	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
36601--36644	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
37509--37533	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
41220--41245	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
41200--41263	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
42020--42223	33	6.2	33	81	5	225	23	26	12	37	1.90
42021--42223	66	3.1	66	83	6	250	23	26	12	37	1.90
42027--42208	99	1.8	99	91	2	303	25	26	12	35	1.92
42192--42281	28	3.0	29	78	16	110	26	28	11	33	1.91
42120--42279	33	5.0	32	76	15	127	25	26	11	36	1.91
42279--42394	32	3.6	31	82	8	126	31	33	14	19	1.92
42341--42543	78	2.6	76	83	7	241	26	31	13	28	1.94
42341--42563	76	2.9	76	78	8	220	25	31	14	28	1.95
42496--42762	33	8.4	31	75	8	234	28	32	17	21	1.96
42815--43119	52	5.9	52	74	7	185	23	21	16	37	1.93
43146--43270	53	2.4	53	82	4	146	22	26	18	32	1.97
43188--43321	52	2.6	52	80	2	144	26	20	17	35	1.94
44051--44124	21	3.6	21	78	7	71	43	13	12	31	1.81
48090--48126	19	1.9	19	88	0	56	45	21	8	24	1.78
48649--48688	22	1.9	21	90	10	64	42	0	0	57	0.98
48646--48732	37	2.4	36	80	14	99	36	0	0	63	0.95
50197--50246	24	2.0	25	85	11	68	46	2	0	52	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57415--57481	21	3.4	19	72	13	55	56	0	2	40	1.14
57611--57651	22	2.0	21	85	9	57	41	0	7	51	1.30
57978--58018	21	2.0	21	95	0	73	31	4	7	56	1.48
58094--58156	19	3.3	19	84	4	81	50	11	0	38	1.38
58095--58156	20	3.2	20	83	2	81	51	11	0	37	1.38
59342--59395	22	2.5	22	78	6	65	51	1	1	44	1.22
59353--59393	21	1.9	22	90	5	66	56	2	0	41	1.13
70052--70126	20	3.8	19	77	7	78	41	12	12	34	1.79
70049--70126	40	2.0	39	85	7	104	41	12	11	34	1.80
70705--71487	60	13.1	60	87	7	1078	20	18	31	28	1.97
70705--71776	179	6.1	175	84	7	1054	23	18	31	26	1.97
70737--72180	28	50.5	28	83	6	1021	25	16	31	26	1.97
70737--72212	82	17.2	83	81	7	998	25	16	31	26	1.97
71459--72212	110	6.8	110	86	2	987	29	14	30	24	1.95
80451--80565	20	5.8	20	78	0	131	41	11	12	34	1.78
80448--80565	40	3.0	39	92	1	182	41	11	11	34	1.79
80829--80946	51	2.3	51	89	0	173	29	27	12	29	1.93
80762--81155	130	3.0	129	88	1	563	28	25	13	32	1.93
80961--81077	51	2.3	52	85	4	157	29	28	11	30	1.92
81010--81200	79	2.4	78	84	3	256	27	25	14	32	1.94
87167--87967	155	5.2	152	74	9	563	27	15	19	37	1.92
87354--87961	307	2.0	309	79	6	660	26	16	19	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87694--88150	155	3.0	151	79	8	413	28	14	18	38	1.90
92007--92093	33	2.6	34	72	18	83	33	3	4	58	1.35
92069--92138	11	5.8	11	70	23	52	34	2	0	62	1.10
92362--92401	18	2.3	18	86	4	55	80	0	15	5	0.88
92520--92574	22	2.5	21	80	13	67	20	0	7	72	1.07
92522--92558	11	3.2	12	81	14	51	21	0	5	72	1.04
93197--93243	23	2.1	21	88	7	67	23	0	2	74	0.93
93197--93241	12	3.8	12	82	11	58	24	0	2	73	0.95
93508--93557	24	2.0	25	85	11	68	46	2	0	52	1.12
93575--93615	17	2.3	18	80	12	50	48	0	0	51	1.00
92362--93623	679	1.9	670	85	6	1749	44	3	5	46	1.44
93591--93633	21	2.2	21	84	12	56	55	0	0	44	0.99
93591--93642	21	2.5	22	81	6	54	61	0	0	38	0.96
94123--94164	14	3.3	13	78	15	52	28	2	0	69	1.01
94470--94515	20	2.2	22	85	14	62	65	2	0	32	1.05
95609--95654	22	2.0	24	87	8	69	39	0	0	60	0.97
95650--95706	19	3.1	18	85	7	69	40	0	3	56	1.17
95665--95706	18	2.3	19	91	4	68	38	0	4	57	1.20
96157--96201	15	2.9	16	73	6	56	20	15	28	35	1.93
96115--96219	53	2.0	52	84	1	138	25	14	23	36	1.93
97415--97450	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
102940--102987	24	2.0	24	92	8	80	37	8	20	33	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106700--106739	21	1.9	21	89	0	62	37	2	2	57	1.26
115162--115271	50	2.2	50	87	6	152	29	24	13	32	1.93
115023--115229	79	2.6	78	82	2	261	27	24	12	35	1.91
115290--115402	50	2.3	50	84	6	149	30	29	10	29	1.90
115086--115483	128	3.1	125	84	7	503	28	25	11	34	1.91
115340--115519	79	2.3	79	82	7	233	27	25	15	31	1.95
118275--118328	19	2.8	19	83	8	65	37	14	14	33	1.88
118314--118340	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
120816--120840	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
124806--124846	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
124886--124956	20	3.6	19	77	7	70	40	16	12	29	1.86
124926--125062	53	2.6	53	92	3	222	37	17	16	28	1.92
125026--125062	19	2.0	19	94	5	67	40	16	10	32	1.83
125086--125116	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
125104--125158	21	2.5	22	94	5	103	27	25	10	36	1.89
125235--125260	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
125739--125805	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
127464--127489	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
127444--127507	33	2.0	32	87	9	94	28	14	17	40	1.88
127562--127611	20	2.5	20	86	0	64	38	16	16	30	1.90
129393--129420	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
134348--134419	20	3.6	19	81	7	90	41	13	13	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134366--134575	71	3.0	71	94	0	366	40	13	16	29	1.87
134439--134493	20	2.8	20	85	0	74	38	14	14	32	1.87
134299--134493	91	2.2	90	85	0	255	40	13	15	30	1.87
135276--135442	48	3.5	48	81	1	158	37	16	25	20	1.93
135276--135484	48	4.5	46	80	1	150	36	17	24	22	1.94
135364--135492	46	2.8	46	84	2	154	34	15	23	26	1.94
135565--135613	25	2.0	25	91	0	80	22	20	24	32	1.98
135602--136133	28	18.5	28	81	6	503	23	17	29	29	1.97
135638--136133	205	2.5	199	82	8	615	24	17	28	29	1.97
137320--137364	21	2.1	21	91	0	72	2	0	15	82	0.77

Tables:   1   2   3